我们很难在反射运动和本能行为，以及本能行为和智力活动之间划出一条精确的界线。“本能”一词通常意味着一种先天的倾向，它使得生物体在某种特定的条件下表现出某种特定的行为，而且通常意识不到这种行为的最终目的。一般而言，这类行为对个体的生存和种族的延续都是有益的。另外，在特定的情况出现时，处于同一发展阶段的同种族个体会表现出一定程度的相似行为。尽管许多物种都会对新奇或突然出现的事物感到恐惧，但每个物种的反应都具有一定的独特性。一只受惊的画眉鸟不会表现得像一只受惊的猫一样，它们二者的反应又都和受惊的儿童相去甚远。到此为止，本能看起来与反射并无显著不同，而且与反射类似，特定的本能会出现在不同的发展阶段。例如恐惧和愤怒在人类个体很小的时候就开始发展起来，而性本能则要等到很久之后才会出现。
本能与反射之间的分界难以确定，但人们通常认为二者之间最重要的差异在于本能所涉及的刺激和行为反应都更加复杂，而在经验的影响下，其行为反应的可塑性也更强。此外，情绪或类似反应的出现或许也可以被认为是本能行为区别于反射的一种特征。
本能行为的刺激总是对某些特定事物的知觉，虽然这种知觉有时可能非常原始；而其引发的反应则通常是一系列固定的动作。因此，当小鸡听到一种特殊的咯咯声时就会跑回到母鸡身边，并躲到她的翅膀下面。人类观察者会把这种情况下的刺激叫作“母亲对危险的警告”，但小鸡在冲回去寻求母亲的庇护时可能并不清楚发生了什么危险。“当单独抚养大的松鼠第一次见到坚果时，它就能够打开它们，吃掉其中一些，并把剩下的埋藏起来，它的行为举动和别的种族成员殊无二致；幼猫面对狗时会表现出猫科动物的典型反应。” 6 鸟的筑巢行为是本能行为中更加引人注目的一个例子。筑巢的方法非常复杂，但被人类养大的鸟儿也会在合适的环境中完成筑巢，即使它们之前从未见过鸟巢的建造过程。这一现象使我们确信，只有与不可预见的最终结果联系起来看时，漫长的一连串行为中那些早期的举动才是有意义的。
与此同时，必须记住一种本能反应总是具有或多或少的可塑性。我们无法预测受惊的小鸡会跑向哪个确切的方向，会跑多远，因为每次它的行为都会有细微的不同。本能反应还可能被幼小生物的模仿倾向所影响。据称幼鸟——例如红雀——如果被放在其他鸟类的巢中，就会学会其代养父母的叫声；跟老鼠在一个笼子中长大的幼猫可能在玩闹中不小心杀死对方，但不会故意伤害它们，直到它看见大猫是怎样做的。另外，许多本能就像反射一样，要在机体处在某种特定的适宜状态时才会出现。例如母鸡只有在孵蛋时才会筑巢，虽然它一直都能够获得所需要的材料。
即使是低等动物的本能行为——例如，小鸡因为母亲的呼唤而迅速地向她奔来，或者鸟儿在求偶季节的鸣叫——通常也会带有某种情绪性的激动状态。当然，我们不能轻率地认为动物具有与人类情绪相同的高级心理活动，但一般观点认为，所有真正的本能都包含一定的情绪性因素，虽然这种情绪可能多少有些原始。无论如何，本能行为显然不仅仅是单纯的机械运动。在本能行为中表现出的对客体的兴趣足以激起后续的行为反应，和后续的反应一样，这种兴趣也是本能性的。小鸡会本能地注意到母鸡的呼唤，其他动物则不会对这种叫声感兴趣；松鼠也会本能地喜欢坚果。
