相传公元前13世纪，以斯巴达为首的十万古希腊联军远征小亚细亚的特洛伊城，发生了著名的特洛伊战争。“木马计”的故事就发生在这次战争中。
当时，特洛伊是一个易守难攻、非常坚固的城市，古希腊联军连续攻打了九年也没能将其拿下。到了第十个年头，正当统帅阿伽门农一筹莫展之际，希腊英雄奥德修斯献出一计。这一天，联军突然撤退，特洛伊城外的海滩上留下一匹巨大的木马。
特洛伊士兵以为希腊军队是因攻城不克而撤军的。他们跑到城外，发现希腊人遗留下来的大木马，心生疑惑，不知道这是做什么用的；有人主张把它烧掉，有人主张把它扔进大海。正在这时，几个士兵捉到了一个希腊人，他告诉特洛伊国王，这匹木马是希腊人为供奉雅典娜女神而准备的祭品，如果特洛伊人把木马拉进城里，将会给他们带来神的赐福；如果毁掉它，则会引起神的愤怒，因而遭到报应。特洛伊国王信以为真，命手下的士兵把木马抬进城里。当晚，特洛伊人举杯痛饮，庆祝胜利，直到深夜才回家休息。
原来，劝诱特洛伊人拉木马进城的希腊人是个间谍。夜深人静之时，他走到木马边，发出暗号，本来严丝合缝的木马肚子忽然打开了一个小门，全副武装的希腊战士一个又一个地从里面跳了出来。他们杀死了睡梦中的特洛伊守军，迅速打开城门，并在城里到处点火。隐蔽在城外四周的大批希腊军队如潮水般涌入，把全城洗劫一空。特洛伊的男人大多被杀死，妇女和儿童成了奴隶，城中财宝都装上了希腊人的战舰，海伦也被带回了希腊。十年特洛伊战争就此结束。
这就是脍炙人口的“木马计”故事。后来人们用“特洛伊木马”指潜伏在内部进行破坏和颠覆活动的敌人，计算机中的某些病毒文件被称为“木马”，都是源于这个典故。
