1861年的美国内战，是在国家陷于分裂的严重危机中爆发的。以林肯为首的北方政府一开始就宣布，恢复国家的统一（拯救联邦）是战争的主要目标。当时美国面临的局面是：南方诸州宣布脱离联邦而独立，国内分裂势力企图勾结英法对美实行武力干涉，美国有重新沦为外国殖民地的危险。因此，内战初期，林肯政府没有提及解放奴隶的问题；而且，就林肯个人所持的资产阶级民主主义立场而言，他虽反对奴隶制度，但并不主张去干涉或废除当时存在于南方的奴隶制度；他认为只要不让奴隶制度扩张，它自会在一定时间内消亡。
但到1862年，形势逐渐发生了变化。
其一，南北战争初期，由于北方准备不足，指挥不当，战略失误，一度损失惨重。到1862年7月，战争进行了一年多，北方在军事上始终进展迟缓，这大大影响了北方民众参军的热情。而且，据当时一些州长反映，有废奴情结的青年都不愿意报名参军，因为他们认为联邦军队不是为解放奴隶而战的。兵源后继不足，战斗减员如得不到及时补充，将对北方军的士气和战局产生十分不利的影响。在此情况下，林肯意识到解放奴隶已刻不容缓：一来，这是基于自由平等精神的正义之举，可鼓舞北方民众参军参战的热情；二来，可推动南方奴隶逃离南方，加入到北方军，这样既增加了北方兵源，又有利于瓦解南方赖以维持战争的种植园经济，扭转战场上的被动局面。
其二，当时英国政府正在和“南部联盟”接触，积极准备出兵干涉美国内战。美国的外交官提醒林肯：只有实行解放奴隶的政策，才能粉碎英国干涉的图谋。林肯明白，废除奴隶制度可以争取国际社会的同情和支持，这是制止外国势力与南方分裂分子合作的良策；正如他当时对一个外国代表团所说：“我已认识到，解放奴隶会在欧洲造成有利于我们的后果。”
1862年9月22日，林肯签发了《解放黑奴宣言》（简称《宣言》），宣布从1863年1月1日起，中央政府对仍在叛乱诸州的黑奴一律予以无条件解放，他们将永远获得自由。《宣言》敲响了南方奴隶制的丧钟，对美国历史的进步具有积极的意义，并对南北战局产生了巨大的影响：近百万民众踊跃参加到联邦军队，其中黑人士兵达23万人；南方奴隶成批地逃亡，沉重打击了南方的种植园经济。《宣言》也使英、法工人阶级清楚地看到，正义在美国北方一边，他们积极开展活动，迫使政府最终放弃武装干涉美国内战的计划。从1863年起，战局出现了根本的转折，联邦军队掌握了战争的主动权，他们采取新的战略方针，主动出击，先后发动了葛第斯堡等几次大的战役，歼灭南方军队的有生力量。之后，又在东西两线同时展开攻势，令南方军总司令李将军的军团主力消耗殆尽。到1865年，联邦军队从陆、海两个方向发起最后攻势，迫使南方残军全部放下武器投降。至此，南北战争结束，美国恢复统一。
