为了在网络安全方面给比特币矿工一种补偿，大多数交易都包括交易费。大多数钱包都会自动计算并计入交易费，但如果编程构造交易，或者使用命令行接口，就要手动计算并计入这些费用。
交易费可以看作是一笔交易到下一个区块中的一种鼓励，也可以看作是对于欺诈交易和系统滥用的一种有效防御。一旦交易费被挖出该区块的矿工得到，就会被记录在这个交易的区块链中。
基于交易的尺寸，交易费通常都是用千字节来计算，而不是用比特币价值。也就是说，交易费是基于市场设置的，在比特币网络中发挥效用。矿工要依据许多标准，按重要性对交易进行排序，不仅包括费用，甚至还可能在某种特定情况下免费处理交易。
交易费影响处理优先级，只有费用足够的交易，才可能被包含在下一个挖出的区块中；交易费不足或没有交易费的交易，则可能被推迟，基于尽力而为的原则在几个区块后被处理，甚至可能根本不被处理。交易费不是强制的，没有交易费的交易也许最终会被处理，但包括交易费能够提高处理的优先级。
随着时间的不断流逝，交易费的计算方式和在交易优先级上的影响一直都在发展。开始的时候，交易费是网络中的一个固定常数。为了便于被市场基于网络容量和交易量而强制影响，渐渐地，交易费的结构就被放宽了。目前，最小的交易费被固定在每千字节0.0001比特币，或每千字节万分之一比特币，最近一次改变是从千分之一比特币减少到这个数值。大多数交易少于1000字节，但包括多个输入和输出的交易尺寸可能更大。在未来的比特币协议修订版中，钱包应用大概会使用统计学分析，即基于最近的几笔交易平均费用，计算出最恰当的费用并附在交易上。
比特币系统的一系列网络规则中包含手续费规则，这一系列规则也就是“客户端要做什么”。当用户使用比特币客户端发送比特币的时候，整个过程大致如下：
客户端主要负责收集用户钱包里的比特币余额，因为用户收到的每一笔比特币都存在用户的钱包里，直到花掉它们。如果输出小于0.01比特币（包括用户钱包内部的资金变动），就要支付0.0001的手续费，即使是自己转给自己。钱包在为用户准备支付金额时有一个既定规则，就是在众多输入中筹备支付金额时，尽量不要产生小于0.01BTC的金额变动。比如，要支付5.005比特币，钱包要尽可能选择3+2.005或者1+1+3.005，而不是5+0.005。
数额越大、币龄越高，优先级就越高。如果发送金额太小或者比特币刚开采出来不久，那么用户的转账就不在免费之列。每一个交易都会分配一个优先级，这个优先级通过币的新旧程度、交易的字节数和交易的数量来确定。具体来说，对于每一个输入来讲，客户端会先将比特币的数量乘以这些币在块中存在的时间，然后将所有的乘积加起来除以此次交易的大小（以字节为单位）。
每千字节的收费，在转账的最后客户端，都会检测本次转账的大小，其大小一般取决于输入和输出数额的大小。如果该次转账超过了10000字节但优先级符合免费标准，那么依然可以享受免费转账，否则需要支付手续费；每1000字节的费用默认是0.0001比特币，也可以在客户端进行追加，操作方法为：依次选择“设置→选项→主要”选项进行手续费调整；如果设置的手续费小于0.0001比特币，则按0.0001计算。
