比特币也有缺点，诸如交易平台的脆弱性、交易确认时间长、价格波动极大、大众对交易原理不理解、目前无法同时处理大量交易等。
1.交易平台自身的脆弱性
比特币交易平台很健壮，但是作为带有交易功能的网站，它也很脆弱，会遭到黑客攻击，或者遭到主管部门的强制关闭。比特币并不依赖于任何金融机构运行，用户需要对自己的资金安全负全部责任。
2.交易确认的时间比较长
比特币钱包初次安装时，会消耗掉大量时间下载历史交易数据块。区块是记流水账的，比特币系统大约每10分钟记一次流水账，由于该系统的流水账可以永远保存且不可更改，新的交易记录只能记录在新开采的区块上，然后将该区块接在区块链上形成总账本。
比特币系统规定，一次转账需要经六个新区块验证，而区块是矿工挖出来的，且大约每10分钟只能挖一个区块，这就意味着比特币转账需要历时约1小时。这还是最快的，比特币支付按自愿出的交易费排队，较低或想免费转账的人可能要等十几个小时甚至一天的时间才能完成一次支付。
3.价格波动极大
随着大量炒家介入，比特币兑换现金的价格如过山车般起伏，使得比特币更适合投机，而不是匿名交易。
4.大众对交易原理不理解
从比特币诞生至今，比特币是骗局、比特币毫无价值等言论就从未间断，但是比特币的价格就在这无数的质疑声中悄然上涨。另外，一些传统金融从业人员也对比特币交易抱有抵制态度。有些网民了解P2P网络的原理，知道比特币无法人为操纵和控制。但大多数人并不理解，很多人甚至无法分清比特币和Q币的区别。“没有发行者”是比特币的优点，但在传统金融从业人员看来，“没有发行者”的货币毫无价值。
5.无法同时处理大量交易
由于每个区块容量的限制，目前比特币还无法同时处理大量交易。不过，这个问题的解决难度并不大，未来会逐步得到改善。
