孔子的祖先本是殷商后裔。周灭商后，周武王封商纣王的庶兄、商朝忠正的名臣微子启于宋。微子启死后，其弟微仲即位，微仲即为孔子的先祖。自孔子的六世祖孔父嘉之后，后代子孙开始以孔为姓，其曾祖父孔防叔为了逃避宋国内乱，从宋国逃到了鲁国。孔子的父亲叔梁纥（叔梁为字，纥为名）是鲁国出名的勇士，叔梁纥先娶施氏曜英，生九女而无一子，其妾生一子孟皮，但有足疾。在当时的情况下，女子和残疾的儿子都不宜继嗣。叔梁纥晚年与年轻女子颜征在生下孔子。由于孔子的母亲曾去尼丘山祈祷，然后怀下孔子，又因孔子刚出生时头顶的中间凹下，像尼丘山；故起名为丘，字仲尼（仲为第二的意思，叔梁纥的长子为孟皮，孟为第一的意思）。
孔姓最初的发源地之一在今天的河南商丘一带。孔父嘉的后代因为避祸逃奔到鲁国，并且在鲁国定居下来，这是孔氏的第一次东迁。这次东迁意义很大，以至后世鲁地竟成了孔氏繁衍的居住地。进入秦朝，孔姓在鲁地已成为一大望族，并不断向四周邻近省份迁徙繁衍。两汉之际，孔姓族人除有部分居鲁地祀奉孔子香火外，还有部分入仕，成为当朝高官，地位显赫一时。三国两晋南北朝时，北方连年战乱，孔姓族人又一次大规模南徙，进入浙江、安徽等地。盛唐时期，社会安定，经济发展，士族壮大，孔姓繁盛，郡望与名人大量涌现，家族播迁也愈加广泛，逐渐分居于江苏、浙江、江西等江南各地。元、明两代，孔姓族人又广播于江夏（今属湖北）、临川（今属江西）、江宁（今江苏南京）、池州（今属安徽）等地，且陆续向四周徙居繁衍。至明末清初之际，又入迁福建、广东、贵州、云南一带。清朝以后，孔姓子孙已遍布全国各地，还远播海外，使孔姓成为我国诸多家族中一个著名的大宗族。当今孔姓族人分布很广，以山东、江苏、吉林为多，国外孔姓则以韩国居首。目前孔姓人口列全国第72位。
知识链接：中国从何时开始有姓氏
最古老的是“姬”姓。姬姓的族人，可以说是黄帝的嫡系后裔，这个姓氏具有将近5000年的悠久历史。
可是，全世界的华人都自称是“黄帝的子孙”或“炎黄（炎帝与黄帝）子孙”，他们和姓姬的族人有什么分别呢？“真相”是这样的，在中华民族繁衍与发展的过程中，黄帝是中华民族的共同始祖。但是黄帝的子孙很多，在漫长的封建社会里，他们分封在各地，多数以地名为姓氏。
在中国的宗法制度下很注重长子嫡孙，也就是嫡系子孙，黄帝的嫡系后裔长期以来保持着“姬”姓，其他的非嫡系子孙就不姓“姬”了。
根据《说文》的记载，起初黄帝居住在姬水，因而姓“姬”。在远古时代，黄帝是轩辕氏部落的首领，他与炎帝都出自少典氏，这两个部落经过一场坂泉之战（坂泉在今河北涿鹿东南，因此，又称涿鹿之战），炎帝被打败，合并为炎黄部落。于是中华民族自称“炎黄子孙”。
接着，黄帝领导的炎黄部落又打败了九黎族的首领蚩尤，黄帝率领的炎黄部落都姓姬，他们是今天的炎黄子孙的远祖，也是姬氏族人的远祖。
后来，黄帝的家族越来越大了，他的后裔陆续分封在各地，成为其他的姓氏，构成中华民族的主流。然而黄帝嫡系子孙（长子、长孙……）世世代代仍旧以姬姓相沿袭，直到3000多年前的周文王父子，仍然继承着祖传的姬姓，建立了中国最长的王朝，奠定了家庭及宗族之间伦常关系以及封建制度的基础。
中华民族姓氏的变动，以先秦时期较多，到了汉代各个姓氏已渐趋固定。不过，根据《名贤氏族言行类稿》的记载，在唐朝开元年间，有一位世代居住在长安，官至水部郎中的姬居逊，由于避讳唐明皇的名字，而改姓周（唐明皇即唐玄宗，姓李，名隆基。“姬”与“基”同音）。这一来，分散了姬氏家族的力量。
不过，在较早的南北朝时期，本来以周为姓的人，也有改姓姬的，根据《姓氏考略》记载：“梁（梁朝）周弘正，谄事王伟，避侯景讳改姓姬氏，周石珍亦改姓姬氏。”
和许多著名的姓氏一样，姬氏家族也很可能有其他民族的血统加入。南北朝时，在北魏为桓、穆二帝效劳，征伐有功，官至信义将军，封为楼顿侯，后来归顺晋朝的姬澹，据说便是当时的鲜卑人。
