人之所以为人的依据是什么？
埃塞俄比亚东北方向有个地方叫阿法尔，是个不毛之地，那里可以算是人类祖先和黑猩猩祖先分道扬镳的地方。最早让这个地方出名的是一具320万年前的南方古猿的骨骼化石，人们给她起名叫露西。2001年，在露西化石出土地点附近又发现了一具更古老的南方古猿化石，这具化石是一个3岁女童的，距今330万年，考古学家给她起名叫塞拉姆。能得到这么小年龄的骨骼化石非常难得，因为儿童的骨骼比成年人的脆弱，不容易保留下来。像塞拉姆这种程度的完美骨骼，考古历史上只有另外一具尼安德特儿童的化石，不过那是一具距今5万年的骨骼化石，和这具330万年前的化石无法相提并论。科学家花了5年的时间才从沉积物中把整个化石发掘出来，然后对形态做了详细的分析。下颌的部分用断层摄影术拍到了真正的牙齿，把磨牙萌生的高度还有犬牙的大小和以往的化石做对比，最终确认了塞拉姆的年龄，只有3岁。对比脑颅腔可以知道她脑部发育快慢，塞拉姆的头颅只发育了68%，而如果是黑猩猩的话，3岁时大脑已经发育完90%以上了。对比下肢还能知道她是以爬行为主还是以直立行走为主；对比上肢，发现她双手过膝，而且手指又长又弯，就说明她当时还生活在树上；对比耳中的半规管，发现和黑猩猩的一样，这就说明她的下肢已经可以支持直立行走，但是并不能快跑，因为她的头部不能很好地配合身体的高速运动。在她的化石中还发现了舌骨，这是固定舌头和喉头的关键零件。塞拉姆的舌骨和黑猩猩很像，所以如果我们穿越到330万年前听到塞拉姆喊妈妈，那应该和现在黑猩猩的叫声差不多。所有这些都证明了，在330万年前塞拉姆的同族们没有脱离森林生活的形态，但他们的很多关键部位已经脱离了黑猩猩的模式，朝着人类的方向发展了。
330万年前，南方古猿还是浑身披着毛发的。在人类学家中有一部分持这样的观点：人的皮肤之所以光滑无毛，是为了剧烈运动或者长时间奔跑时保证散热。这方面科学家们就需要找证据，现在有证据很好地证明了这个猜测。科学家们利用动植物化石重建了古生态，发现在300万年前，地球曾经进入全球降温期，人类祖先所在的东非变得干燥，降雨量大幅减少，适宜人类祖先生存的茂密森林被开阔的稀疏草原代替了，从前人类祖先赖以生存的水果、嫩叶、块茎、种子都大幅减少，不但少，而且分布零零散散，还有很强的季节性，也就是说我们的祖先一年之中只有几个月可以吃到这些植物。于是我们的祖先实行了更加积极的策略：不断迁徙，寻找食物和水。而且在这个阶段祖先们的食谱也变了，他们的菜单里开始出现了肉类。最早的化石记录证明人类开始以肉为食是在260万年前，大量石头工具和被宰杀的种类丰富的动物骨骼化石证明了这一点。从人类骨骼化石可以看出，我们这一分支的腿越来越长，踝关节、膝关节、臀关节也都更适合长时间奔跑。最早出现这些特征的是距今160万年的匠人。匠人既然已经拥有这些直立奔跑的特征，所以我们就推测他们身上的毛已经退化得差不多了。但这些只是形态上的区分，真正的证据出现在基因科学发展后。2004年犹他大学顺着人类肤色基因MC1R做了研究，发现非洲黑人几乎都存在MC1R基因的特殊突变。这个突变最早发生在120万年前，在它突变前人类祖先的皮肤和今天的黑猩猩一样，都是粉红色的，上面盖着一层黑色的毛发。但是突变后的皮肤就变成了黑色。人类的皮肤在防水性和耐磨性上都远比黑猩猩的好，这在一定程度上弥补了没有毛发后带来的不利影响。
在160万～120万年前这段时间，人类祖先从体态上已经和现代人类很像了，所以我们判断他们是经常直立奔跑的。科学家们又从那个年代的人类居所找到大量不同种类的动物化石，可以推断人类祖先要追上这些善于奔跑的动物不得不长时间追赶，而追逐猎物而身体发热量很大是常态，这就不得不解决散热问题。最后，我们又从MC1R基因的突变证明皮肤变黑是在120万年前发生的，所以现在我们可以更肯定地说，人类没有厚厚的毛发是出现在大约120万年前，而且是在受环境逼迫、不得不追赶猎物的情况下，为了散热褪掉了大部分毛发。
但我们不是一直裸体的，穿衣服这件事是什么时候开始的呢？这也是基因技术揭开的秘密。科学家们研究的是虱子的基因。和人类为伍的虱子分两种，一种是头虱，另一种是体虱，它们分别寄生在头发和衣服上。这两种虱子很像，但是基因上还是有所不同。通过研究虱子基因突变的速度，再统计出两种虱子基因上的差异，统计出虱子每一代繁殖周期，就可以找出体虱和头虱大约是在20万年前分道扬镳的。也就是我们褪掉了厚厚的毛以后大约裸奔了100万年，然后才又重新穿上了衣服。
在各种科普介绍黑猩猩时都是说黑猩猩和人类99.5%的DNA是相同的，从几百万年前我们和黑猩猩分道扬镳后人类的DNA只变化了0.5%，那么0.5%是多少呢？人类基因组有30亿个碱基对，所以比起黑猩猩我们有1500万个碱基对发生了变化，这也是个庞大的数字。2005年，加州大学圣克鲁斯分校通过大型计算机群组进行运算，从0.5%的基因中筛选出变化最剧烈的部分，经过4个月的运算，最终筛选出118个碱基对，它们被命名为人类1号加速变化区。科学家们拿到这段碱基后就和其他已经测序完毕的动物对比，比如老鼠、鸡、狗，结果发现几年前科学家们就曾经在两个人类脑细胞样本中检测到1号加速变化区的活性，只不过错过了。如果我们观察黑猩猩和人类，他们最大的区别好像就是大脑，而这个1号加速变化区就是活跃在脑细胞中的基因。这就暗示了科学家：难道说这里就是人脑区别于黑猩猩大脑最重要的地方吗？
研究继续开展，科学家就发现1号加速变化区几亿年前就出现了，但是变化极为缓慢。他们对比了12种脊椎动物，发现鸡和黑猩猩在1号加速变化区的分化发生在3亿年以前，但是经历了3亿年的时间，鸡和黑猩猩在这118个碱基对中只有两个不同。人类和黑猩猩的分化在600万年前，只有3亿年的五十分之一，但在1号加速变化区上，我们和黑猩猩有18个不同的点位。人类出现前几亿年这里都没有什么变化，而且这里又一直保持活跃，也就能说明这里是一个对于生存来说非常重要的区域。但人类出现后，它的变化速度是之前的450倍，这就说明在人类谱系中， 1号加速变化区发生了重大功能上的改变。
在反复比对中，科学家也证明了在漫漫历史长河中，基因突变的整体速度是个常数，没有任何加快或者减慢的迹象。只不过到了人类这里，这些变化都集中在某些区域中了，而这些区域就是人之所以称之为人的区域。
1号加速变化区具体会影响的主要是大脑皮层的形态和布局。如果这段基因出了问题，会导致严重的认知障碍，最典型的就是平脑症。正常大脑的皮层都分布着密集的沟回和纹路，但是平脑症患者的大脑表面沟回非常少，或者完全光滑，这些病人通常出生后不久就会夭折。1号加速变化区的正常工作对这人类大脑至关重要。
顺着这样的思路，科学家又找到了其他区域，也是在人类出现之前变化很缓慢，但自从人类出现后就以之前几百倍的速度突变的基因。其中一个和语言紧密相关，是牛津大学发现的，命名为FOXP2。这段基因出现问题的人即便可以听懂语言，也没法通过面部和口腔内肌肉的调控顺利地说出话来。德国马普进化人类学研究所在我们的近亲尼安德特人的化石中提取到了残留的DNA——因为尼安德特人最晚是在24000年前灭绝的，所以他们的化石中还残存着少许没有完全钙化碳化的DNA——他们发现尼安德特人的FOXP2基因竟然和现代人类完全一致。我们现在可以很大概率地说，尼安德特人也能和智人一样说话、发音。
1号加速变化区发现后两年，2号加速变化区也被同一科学家发现了，而且发现这里的基因50%以上都和大脑发育有关系，所以1号、2号加速变化区的碱基对虽然只有那么几百个，但一旦这个区域发生了变化，就会深度改变人类大脑。2号加速变化区上还有一个已经识别出的重要功能，就是能在胎儿发育期激活孩子腕部和拇指中的基因，而其他灵长类动物对应的DNA序列就不具备这种特征，于是人类手腕的活动范围就比黑猩猩的要大很多。到了现在，这类自从人类出现后才开始以超快速度突变的基因已经找到了好几个区域，除了刚刚说的1号、2号加速变化区，还有控制发音动作的FOXP2基因、帮助消化淀粉的AMY1基因、控制大脑体积的ASPM基因，以及让成年人可以消化乳糖的LCT基因。
有了AMY1基因，人类就可以大量食用淀粉，这样淀粉就不会像纤维素一样穿肠而过没有留下什么营养。有了2CT基因，人类就会在成年后还拥有分解乳糖的能力，这样牲畜的奶就可以作为另一种优质的食物来源。当然，目前人类这种能力进化并不完全，有相当比例的人在成年后只保留了很少的消化乳糖的能力，这些乳糖不耐受的人，喝了牛奶就容易拉肚子。
在早期，通过考古和形态学上的归类，我们找到了很多有用的素材，之后又通过基因科学，我们可以探究到从前理论上来说根本不可能得到任何证据的事情的大致原貌。
解读
这篇文章又在一定程度上回答了“哲学三问”中的其中一问：我是谁？人和动物的区别是不少人从中学就能背诵的内容：人会劳动，人有语言，人能制造工具。但其实这个结论早该更新了。这个结论把当年的一部分科学成果和作者自己的思辨式思考糅合在一起，虽然谈不上有多严重的错误，但今天已经有足够充分的理由淘汰它了。
其实，只要涉及“是否与现实相符”的硬性要求，在得出结论的过程中就要尽量避免采用古代思维方式——思辨式思考，而是要脚踏实地地关注那个领域科学共同体的结论。科学并不仅指具体知识，而是指获取具体知识的方法+具体知识的总和。
考古学是最近的一个好例子，因为2003年时整个学科发生了翻天覆地的变化——那一年人类基因组计划完成，之后DNA测序的速度大幅加快，成本大幅降低，不止是人，其他物种的测序结果也在猛增。考古学家们不必再用形态学的方法给化石分类。目前能最准确回答“人是什么”“人从何处来”这两个问题的，就是由基因技术推动的考古学和人类学，而不是任何古代思维的产物。
考古学和人类学大发展依赖于基因技术。基因技术之所以突飞猛进，是因为在1950年左右X射线晶体学的发展。X射线晶体学之所以能成为一门分支学科，还是因为基础物理学的发展。基础物理学在20世纪初能突飞猛进，凭借的是新的数学方法和物理学的结合。经过这一系列关联，我们可以得出这样的结论：最准确、错误最少、最难以撼动的世界观是托数学和物理学发展之福。
