福建和广东一样，在先秦两汉时期都是不毛之地，文化极为落后。因为瘴气弥漫，很不适合人类生存。到了唐代，南方的优势逐渐凸现出来。隋朝开通的京杭大运河，将南北经济文化连接起来。从安史之乱发生到明朝建立这600多年的时间里，许多北方人因为战乱迁往南方，不少选择广东和福建南部作为居住地。这些南迁的汉人，除了给当地带来先进的生产技术之外，还带来了中原地区悠久而又独具魅力的饮食文化。就这样，闽南菜在民族交融的过程中逐渐形成。
闽南菜中以泉州菜作为代表，很好地保存了古代北方的一些饮食文化和烹调技术，如“羹”，泉州的肉羹、虫豪仔羹、粉羹都保留了最古朴的烹调方法。泉州是海上丝绸之路的起点，在唐宋以来就是我国商贸对外交往的重要门户。当时很多外国人来泉州经商，并将他们独特的饮食习惯带到了泉州。如目前在泉州流行的沙嗲菜，原本是印度尼西亚的著名菜式，就是在那个时期传到泉州的。
闽南地区位于我国东南沿海，背靠武夷山，海岸线较长，气候温和，雨量充沛，光照和热量都很充足。得天独厚的气候环境，为闽南人带来了种类丰富的海鲜，以及其他地区不大容易能找到的山珍野味，保证了闽南菜的丰盛。此外，闽南菜的调味品也值得一提。明代郑和下西洋后，从东南亚带回来咖喱、沙茶、芥末等香辣型的调料，形成了以本地口味为主题，同时具有西餐的独特风格。
不过，现在的闽南菜随着人们口味的变化，很多调料在用料是一致，味道很浓的特点，而是突出清鲜香脆，口味清淡，酸甜适宜。
