拿破仑仅40多岁时，多种身体内的疾病及缺乏运动使他衰老。哈德逊爵士坚持在拿破仑骑马超越朗沃德限制时，派一个士兵跟随他，这使这名囚徒愤怒而不再骑马，哨兵站在他室内可见之处，使拿破仑更有理由留在室内。同时，丧失延年益寿的兴趣，更加迫使他怠于活动。1818年，贝特朗记载：“自从他……起身到房外后，已经过100天了。”拉斯·卡斯注意到：国王血液循环不良，脉搏跳动低到每分钟55次。
1820年，他从事园艺工作，以军事的勇气和纪律对付各种问题。他征召全体部属参加工作，他们高兴地丢下旧日的例行撰文工作，参加锄地、运土、栽种、灌溉和除草。哈德逊爵士以一种新的亲善态度，致送这位囚徒植物和工具。这个灌溉良好的菜园，不久出产新鲜蔬菜，拿破仑愉快地享用。他的健康显著改进，但菜园产物耗尽、恶劣气候来临时，拿破仑又回到室内怠惰了。
不久，他的疾病复发，有12处之多：牙疼、头疼、皮疹、呕吐、赤痢、四肢发冷，他的溃疡恶化。同时，据他死后解剖显现的癌症，也已开始使他疼痛不断。这些身体上的苦痛影响他的情绪，甚至他的心灵。他变得忧郁、易怒和疼痛，自夸并重视他的尊严。易于发怒，却又很快宽恕；吝啬钱币，在遗嘱中却慷慨地赠与。1820年，他沮丧地描写自己：
我怎么倒下来了！我，曾活力无限，这个脑子从不休息的人！我坠入茫然昏睡，我必须用力才能睁开眼皮。有时，我惯于对我四五位秘书叙述不同的主题，他们记的和我讲的一样快。可是，当时，我是拿破仑。今天，我什么也不是……我是植物，不再活着。
他连续有几位医师，但无人久留以对他的症状做有系统的研究，或提供一种合适的养生之道。奥马拉医师是第一位，也是最好的。可是他逗留在圣赫勒拿岛的时间被削减，代替他的两位英国医师——斯托克和阿诺特都是好人，忍耐而尽责。但1819年9月21日，拿破仑的舅舅费斯克红衣主教介绍一位39岁的医师安托马尔基来到，使局面混乱。两位英国医师同意由他负责。安托马尔基一再跟拿破仑辩论他的问题，是将军还是医师杀人最多。拿破仑抱怨胃痛时，他得意、自信又无情。他开一服催呕剂放在柠檬水中，拿破仑痛苦地扭转身体，几乎死去，以为中毒了。拿破仑赶走了安托马尔基，并禁止他回来。但在一两天内，安托马尔基又拿着药物和小药瓶回来，国王虽然咒骂他，但也只有容忍他。
1821年3月中旬，拿破仑病倒在床，此后，很少起床。他遭受几乎不停的疼痛。安托马尔基和阿诺特一再使用小量的鸦片麻醉他。3月27日，他说：“如果我现在结束生命，那将是一种极大的快乐。有时，我渴望死去，我不怕死。”在他去世前几个月，他几乎吐出所吃的一切食物。
4月15日，他立下遗嘱，摘录如下：
一、我死为天主教徒，死于我所从出的怀抱……二、我希望：我的骨灰长眠在塞纳河畔，在我热爱的法国人民中间。三、我永远有理由喜欢我最亲爱的妻子玛丽·露易斯，直到最后片刻，我都为她保持最恩爱的情感。我恳求她照顾我儿子，以免他踏入环绕他幼年的陷阱……五、我的早死是由于英国寡头政治执政者的暗杀。
他须处理存在拉菲特那里的约600万法郎——包括530万法郎存款和利息。他相信，他约有200万法郎留给了欧仁。他在遗嘱中，以相当多的数额赠予贝特朗、蒙托隆、拉斯·卡斯；赠予他的仆役长马尔尚和秘书克梅纳瓦尔；赠予那些曾经侍候或帮助他的人，这些人，为数不少。没有人被遗忘，同时“以1万法郎赠予康蒂永军官，他曾被控从事暗杀威灵顿爵士受审，结果被判无罪。康蒂永有足够权利暗杀这位寡头政治者，因为他曾送我至圣赫勒拿岛毁灭我”。
他单独留些“给我儿的忠告”（1821年春）：
我儿不必为我的死而想报仇，他应由此获得教训。他不必常将我的成就牢记在心。他和我一样，永远是一位纯粹的法国人，他必须致力于和平的统治，如果他只想模仿我，并非出于绝对必要，再度重启战端，那他除了模仿外，将一无所是。要重新开始我的事业，一定要假定我一无所成，要完成它。另一方面将要加强基础力量，说明这座开工大厦的全部计划。像我这种工作，在一个世纪内不会做成两次，我曾被迫用武力约束、制服欧洲人。今天，人们一定会相信我曾挽救法国大革命于奄奄一息。我曾经清除它的罪恶，并扶持它让人们赞赏，我曾以新理想激励法国和欧洲，这些新理想将永远不会被忘却。愿我儿使我的播种都开花，愿他把埋藏在法国土壤中一切繁荣元素向前推展！
最后准备处理他的灵魂。他曾费时地去接触宗教信仰，他似乎读过吉本的著作，考虑所有宗教对哲学家都是错误的，但对政治家，一切宗教都是有用的。他为赢得埃及，曾变为一个穆斯林；为控制法国，曾变成一个天主教徒。他曾对古尔戈表现单纯的现实主义评论说：“尽情地说，每件东西都是物质，多少都有组织。外出打猎时，我解剖鹿，发现它们的内脏与人类一样。我看见猪的胃和我一样，并和我一样消化时，我心中暗想：‘如果我有灵魂，它也有。’”“亲爱的古尔戈，我们死亡，我们一起死亡。”3月27日，去世前六个星期，他对贝特朗说：“我非常高兴没有宗教信仰，我发现这是一种极大的安慰，因为我没有恐怖的幻想，不惧怕未来。”他问道：我们如何以一位公正上帝的存在去调和邪恶者的幸福与圣贤的不幸？“瞧着塔列朗，他确是寿终正寝。”
他即将过世时，他开始发现信宗教的理由。他告诉古尔戈：“只有一个疯子才会宣布：他将死去而不忏悔。一个人不知的、不能解释的，有这么多。”他觉得，宗教对爱国心是必要的一部分：
宗教形成我们命运的一部分。灵魂、法律和风俗结合在一起，组成神圣的整体，我们称它为祖国。我们永不应放弃它的利益。在宗教协同时期，有些老革命者向我谈到使法国尊奉新教时，我感到非常厌恶，好像他们要求我放弃法国人的身份，宣布我是一位英国人或日耳曼人一样。
所以，他决定谦虚地来配合法国人死亡的传统仪式。他找到一位当地牧师，安排每周日在朗沃德举行纪念弥撒。他轻易、舒适地恢复童年的信心，并以预言他在天堂受款待来娱乐友人和自己：“我去看克莱贝尔、德塞、拉纳、马塞纳、奈伊等人，他们将会来见我，我们谈及我们与腓特烈、图伦内、孔代、恺撒、汉尼拔的职业。”
4月26日，他非常虚弱，首次无异议服从他的医生。当晚，他叫嚷了一会儿，提议给其子4亿法郎。据当时日夜陪伴他的蒙托隆回忆，4月26日清晨4点左右，拿破仑告诉他，“有一种奇特的感觉”，“我刚看到我美好的约瑟芬……她正坐在那里，我好像昨晚才见过她，她没有改变——一直那样，仍完全忠于我。她告诉我，我们正再度相见，她答应我永不分离，你看见她了吗”？
5月3日，他接受临终仪式。当天除阿诺特和安托马尔基外，又增加了两位医生，这四人同意给病人10粒氯化亚汞。“这剂特别大量的不合适药物引起了可怕的肠挛，使他丧失知觉，而且显示肠胃系统出血。”
他于1821年5月5日病逝，喃喃私语道：“居军队首位。”
5月6日，安托马尔基在16位证人面前，包括7位英国外科大夫、贝特朗和蒙托隆，主持验尸。验尸结果立即显示，拿破仑致死的主因为：幽门溃疡性癌症——这是胃通往肠的一部分。一处溃疡穿破胃壁形成1/4英寸的洞并蔓延腐烂。安托马尔基曾诊定肝炎，肝脏虽较正常者大却无疾病症状。除了皮肤、腹膜处发现有脂肪素外，心脏也有，这或许会造成心跳不正常减慢。膀胱缩小并有几粒结石，这是肾脏不健全。也许正是这个造成国王经常排尿，也可解释他在博罗季诺和滑铁卢之役中缺乏精力的原因。没有检验报告有梅毒迹象，但生殖器短小，显然阳痿。
5月9日，一列相当大的队伍，包括哈德逊·洛爵士，护送棺木至朗沃德郊外格拉纽姆斯谷地拿破仑自选的墓地，棺木上覆盖他在马伦戈穿戴的斗篷及他生命标记、军装中最骄傲的部分——宝剑。他于当地安厝19年后，至法国重新爱戴他，而移陆返国。
