我们曾经读到过：拿破仑身为执政时，为了维持革命后法国社会的秩序安定，曾制定民法。为了保持政府和人民传统宗教的和平与合作，他签订了宗教协同。除了这些教育民众的方法外，他又提出第三种方案，即重组法国的教育制度。“所有社会制度中，学校应为最有成效者，学校对其指导抚育的青年有三种影响的途径。一为通过师长，一为通过同学，一为通过校规。”他相信法国大革命时，法律秩序之所以不行，其原因之一为在当时生死攸关的纷争里，无法建立一个适时的教育制度，以取代先前天主教制定的制度。当局曾经拟定过冠冕堂皇的方案，然而此方案因无财力、无时间，未能实现。初级教育只好委托神父修女，而其他教师赖家长和社区接济，仅能糊口而已。公立二级学校勉强维持二级的教育，但只能传授历史、科学知识，无暇顾及品格的培养。拿破仑由政治的角度来看公共教育制度，他认为其功能在于培养有才智但服从的公民。他曾毫不讳言地说：“我训练教师，主要目的是掌握指导政治、道德、舆论的工具……如果民众长大成人后还不知应拥护共和或专制，不知应信奉天主教或不信宗教，那么国家永远不成为国家，国家的基石不稳，将不时变动不安。”
他恢复了与教会的情谊后，也允许半教会的组织，如基督徒教育兄弟会从事初级教育，允许修女教导富家女子，但是他不允许耶稣会士再进入法国。不过，他倾慕耶稣会教师团体奉献自我的精神和严谨的组织。1805年2月16日，他写道：“当务之急为设立如古时耶稣会般的教师团体。”布里埃内记得：“我随侍时，常听他说，所有学校、学院及公共教育组织都必须军事化。”1805年，拿破仑指示下属：“如果国内所有校长、教授能由一个首领或数人，如将军或耶稣会的会长加以管辖”，如果规定每人必须经历不同的低阶职位，方能充任高一层的职位，“那么教师的规范就可以建立了”。同时，教师最好独身不娶或晚婚，“直到他拥有适当的地位和收入……足以维持家庭”。
一年之后，1806年5月10日，弗朗索瓦奉立法院临时敕命：“在帝国大学名下成立一个机构，负责全国教育。”这个新大学（巴黎大学成立于1150年，1790年为革命政府关闭）不仅为各种学术——神学、法律、医药、科学、文学——的研究场所，而且为法国二级教育师资唯一的培育场所。各行省应择一至多个城市设立中等学校，其课程应包括古典语言、文学、科学等。其经费由县负责，但所有教师必须大学毕业。每位教育人员必须经历所有低阶职务，并对上级，如士兵对军官似的，一向服从，方可升任高阶职位。为了鼓励法国青年接受大学严谨枯燥的训练，拿破仑设立6400个奖学金，接受人必须尽忠教职，并允诺25岁后才可结婚。他们的最高奖励为“光明的远景，有希望成为国家最高元首”。拿破仑告诉弗朗索瓦：“这些只是开始，我们会做得更多更好。”
1810年，他恢复师范学院，归属为大学的一部分。他选拔优秀学子，接受军训生活。他延聘拉普拉斯、拉格朗日、贝托莱、蒙日等大师为教授。此为拿破仑得意的措施。他期望到1813年，法国各学院的教师将由此学院的毕业生充任。在各学院课程中，科学课程已逐渐多于古典课程。这奠定了法国知识分子的风格。科技学院建于革命时期，此时改制为军事学院，教导自然科学以实用于战场。一些地方学院侥幸逃过了拿破仑军事化的措施。私立大学申请执照，并接受大学定期检查，仍能继续存在。控制稍为缓和后，外来教授也可使用大学讲堂讲授特殊课程，学生也可自由听课。
这个知识金字塔的顶端是法国国家研究院。法兰西学院1793年废止，1795年恢复为国家研究院的第二部，拿破仑以身为研究院一个成员为荣。但是，1801年，道德政治部门打算讨论治国之道时，他命令谢古伯爵：“告诉第二部，我不许任何关于政治的讨论存在。”当时研究院中有许多拥护启蒙运动和革命运动的死党，政府恢复天主教地位之事，他们都出言嘲讽或暗自悲悼。卡巴尼斯、特拉西曾使用“观念学”（ideology）一词来指对思想形成过程的研究。拿破仑认为这些心理学家、哲学家只知沉迷于主义、陶醉于推理，而不知体验洞察人生和历史的真相，因此称他们为“理论家”（ideologues）。这些知识分子著书立说，传播其思想，在他看来是优良政治的阻碍。“文笔优美、口才流畅的人往往只有肤浅的判断能力。”他哥哥约瑟夫统治那不勒斯时，他提醒约瑟夫：“你与文人的来往太频繁了。”1807年7月18日，拿破仑对沙龙里嗡嗡议论的知识分子，有一番这样的评论：“我看学者、文人都好像卖弄风情的女子。我们应该常去探访她们，和她们谈天。可是，千万别从这般的女子中选择妻子，也别从这些文人中选择大臣和阁员。”
1803年1月23日，他重组研究院，将其分为四部，删除了道德和政治部门。第一部他最为重视，以研究科学为主。其60名研究员中包括了勒让德尔、蒙日、比奥、贝托莱、拉普拉斯、拉马克、圣希莱尔、居维叶。第二部有40位研究员，致力于语言和文学的研究。这个部取代了旧日的法兰西学院，并负起完成编纂《大词典》（Dictionnaire）的工作。此部成员有年轻的诗人德利尔（Delille）、知名的剧作家谢尼埃、年轻的历史学家基佐（Guizot）、浪漫派作家夏多布里昂、哲学家沃尔尼、特拉西和比朗。第三部有40名研究员，从事古典、东方历史、文学、艺术的研究。郎格莱斯（Louis Langlès）专攻波斯、印度学。他的研究曾促使东方语言学院于1795年成立。维卢瓦松（Villoison）曾发现亚历山大学者对荷马的评注，他的研究影响了沃尔夫。后者因而发表创见，主张“荷马”不是一人，而是多人。第四部艺术学院包括10位画家、6位雕刻家、6位建筑家、3位浮雕家、3位作曲家。在此地，雅克·路易·大卫、安格尔、乌东大放异彩。
拿破仑尽管对“理论家”不表欣赏，他仍衷心支持研究院，一心一意使其成为王朝的点缀品。每名院士每年可从政府那里支领1500法郎的年薪，每部之长可支6000法郎。每年二三月每一部门须就所做的研究呈报皇上。拿破仑对此制度十分得意。因为如梅纳瓦尔说过的，“由对文学、艺术和科学的全面研究，可以看出人类的智慧不曾在其不断进步的过程中停止，绝无倒退的现象。”“不断”两字固值得商榷，但不容置疑的是：在拿破仑的统治下，科学、学术得以重整，这些学者因而才能在未来半个世纪里领导着欧洲的知识界。
