然而，当幻想闭上了双眼，他也能和法国、埃及学术院里的硕儒谈玄说理，坐而论道。他虽未苦心思虑以整理出任何的思想系统来解释一个似乎无任何常理的宇宙。然而，他思想落实，常能看出“理论家”的偏颇之处。他们往往误认思想为真实的人生，没有历史和生物学的知识，便建起空中楼阁来。他曾试用拉普拉斯等科学家从政，结果十分失望，然后他下了结论：“跟哲学家是做不了什么事的。”不过，他支持科学的研究，鼓励历史的探讨。他在圣赫勒拿岛时曾说：“我儿必须多读历史，并体会其中教训，因为历史才是真正的哲学。”
理论家不用具备历史知识而能高谈阔论的唯一领域是宗教。可是，拿破仑觉得只有逻辑学家才为如“神存在吗”这类问题去伤脑筋。受历史熏陶的真正哲学家应该问：宗教，虽然长久受人驳斥嘲讽，为什么仍然存在呢？而且在每一个文明里，宗教都扮演着重要的角色呢？为什么伏尔泰即使怀疑宗教，仍然说：即使神不存在，我们还是必须发明一个？
拿破仑早在13岁就失去了对宗教的信仰。不过他有时会表示希望有信仰，因为“我想宗教必定会给我一种纯真的喜悦吧”！有一个家喻户晓的故事是这样的：在他前往埃及途中，他听到了一些科学家怀疑宗教的谈话。他于是指着天上的星星，质问他们：“各位，你们尽可在此高谈阔论，可是请问这些是谁创造的呢？”不过，他的观点往往随着时间而改变，我们不难找出他对宗教等问题前后矛盾的说法。同时我们容易忽视说话时的时间。其实，我们年轻时誓言维护的见解，到了50岁哪个有思想的人不会摒弃呢？而对中年“成熟”的观点，哪个有思想的人到了80岁不觉得可笑的呢？拿破仑一向相信，物质世界中或其背后必有神灵在焉。但对神灵的本质和目的，他承认他一无所知。在圣赫勒拿岛时，他下了结论：“每件事物都证明神是存在的。可是我从何处来、我是谁、我将到哪里去，这些问题就不是我能够回答的了。”有时，他的论点又像一个崇尚物质的进化论者。他曾说：“万物皆为物质。”“人只是较为高等，更会思考的动物而已。”“灵魂并非不朽的。如果它真正不朽，我等灵魂在生前应该已经存在了。”“我如果信仰宗教，我将信仰太阳。因为太阳滋养万物，它才是世上的真神。”“宗教如在洪荒未辟前已经存在，我便会相信宗教。但读了苏格拉底、柏拉图、摩西思想后，我不再信仰任何宗教。信仰完全是人发明的。”
可是人们为什么发明宗教呢？拿破仑回答说：为了安抚贫苦的人，防止他们杀害富人。因为人生而不平等，随着科技的进步和分工的愈加精细，人更加不平等。在文明社会里，上材上智必定会脱颖而出，为人提拔重用并受到优厚的待遇。至于其他运气不好的凡人，社会需要开导他们，让他们接受此报酬和财产不平等的现象，接受其为自然界不可避免的现象。因此，他们就会心平气和地接受命运。如何才能做到呢？告诉人们，这是上帝的旨意！“对于我来说，宗教显示的并非神性、人性集于一身的玄秘，而是社会秩序的奥妙。没有报酬和财产的不平等，社会便无法存在。而没有宗教，这种不平等的状态即无法维持……社会一定要让穷人相信，世上一定有贫有富，这是神的旨意。可是来世永生将会有不同的分配方式。”“由天堂的观念，宗教引入了一种平等的意识。由于这种意识，富人逃过了被穷人屠杀的厄运。”
假设以上所说成立的话，启蒙运动攻击基督教，法国大革命阻挠传布教义，都是错误的举动了。“今日法国思想的混乱是道德沦亡的结果，全是信仰丧失，以往遵循的原则（信仰）为人否定的后果。”拿破仑或许为了这个原因，也是为了政治的因素，恢复了法国天主教教会“精神督察”的地位。当然，这种新的政教联盟对于他而言，并不表示他愿意遵行十诫，他自己仍然不时违反戒律。但是他付钱给僧侣，命令他们向厌倦了混乱、渴慕秩序的一代法国人传道。大多数父母师长也乐于借助宗教的信仰来教育子女。建立于宗教信仰和孝道上的这种道德规范正是遏制年轻人放荡不羁本性的最有效的利器，因为这种规范源自上帝，承受上帝的庇护。上帝是全知全能、无所不在的，他监视着世人的一举一动。对恶人他将予以永恒的惩罚，对善人他将赐予永生的福泽。一般来说，统治阶层赞赏这种教育方式，因其培养的人民，必定会接受能力和财富的不平等，认为这是必然的现象。同时，旧有贵族阶级高雅的仪态洗涤了他们的铜臭气息，因此也有存在的理由了。拿破仑又建立了新贵族。在这代，革命的喊声低沉了，革命藏起了枪管。
拿破仑对婚姻的观点接近穆罕默德，即婚姻的功能是繁衍旺盛的后代。但其先决条件为男人必须不受婚姻的限制，忠实的妻子应该受到保护。结婚虽然不必一定举行宗教仪式，仍应正式庄严，以强调婚姻的义务。夫妻应该同床共寝，因为这“对婚姻有重大的影响，可以保障妻子的地位，维持丈夫对妻子的依赖，巩固两人的亲密关系，因而保存了婚姻的道德”。拿破仑在决定离婚前，一直遵行这个古老的习俗。
但是，丈夫即使有一个忠心耿耿的太太，还是不够的。“我觉得一个人应该只有一个合法妻子的这个观念十分可笑。这样她怀孕时，男人就好像根本没有太太似的。”多妻制总比离婚和通奸好。两人结婚10年后，就不应该离婚。女人只准离婚一次，而且离婚后5年内不得再婚。丈夫通奸，除非携情妇登堂入室与发妻同居屋檐之下，否则不构成离婚的理由。丈夫不忠时，他应该向妻子忏悔，然后罪行就可以一笔勾销了。妻子通常会十分生气，但会原谅他，然后两人又和好如初，妻子因此往往还取回一些优势。可是妻子不贞，情形就不一样了。她忏悔、认错固然很好，但谁知道有些什么留在她的心里或肚子里呢？“因此她不能也不可能取得丈夫的谅解。”（可是他自己曾原谅约瑟芬两次。）
他看女人，一向抱着穆罕默德的观点，因此他不易为女色所惑。“我们一向对待女人太过优裕，因此往往败事。我们让女人和我们平起平坐，是大错特错的。东方国家认为女人是男人的财产，在这方面，他们真是比我们有脑筋、有见解。事实上，自然使女人天生要成为我们的奴隶……自然把女人给了男人，让她为他生儿育女……正好像果树属于园主一般，她应该是他的财产。”
这些观点十分落伍（也和生物学的论点违背。其实雌性通常是统御的一性，雄性往往是恭谨谦卑地侍奉衣食，有些甚至自身沦为雌性的食物）。因此我们宁可相信拉斯·卡斯的话。他安慰我们，拿破仑所说的不过是开玩笑，表示男人的勇武而已；或只是他身为军人，梦想母胎能有壮丁源源而来的心理作祟而已。可是，拿破仑的想法是和科西嘉所有雇佣兵头目的观念完全吻合的。《拿破仑法典》也坚持男人对妻子及她的财产有绝对的控制权，认为这是维持社会秩序必要的步骤。1807年，他在给约瑟夫的信上写道：“我一直认为女人是为男人而生，而男人是为国家、家庭、光荣、名誉而生的。”弗里德兰血战（1807年6月14日）次日，他拟定一个计划，决定为失去母亲而亲族无力抚养的女孩在伊考恩设立一所学校：
在伊考恩的女孩子应该学习什么呢？首先应该教导她们遵行宗教中最严谨的规范……我们教育这些女孩的目标不在于教她们思考，而在于教她们相信。女人通常大脑薄弱，思想不稳……她们时常自怨自艾……这些只有宗教才能开导她们……我希望此地出来的并非千娇百媚的女子，而是德行贤淑的女子。她们必定会引人倾慕，这是因为她们持身高洁，心地善良，而不是因为她们言词慧黠，可爱动人……此外，这些女孩应该学习写作、数学、初级的法文……一点点历史、地理……不要掌握拉丁文……她们应该学着做所有妇女的工作……除了校长外，任何男人都不准留在校内，甚至园艺也应该由女人来做。
拿破仑有坚定不移的政治哲学，他认为既然人生而不平等，大多数的“脑筋”必然只在少数中，他们将以枪管或言论来统治大多数人。人人平等的乌托邦只是弱者安慰自己的神话而已。无政府主义者高喊脱离法律和政府的束缚，那只是思想幼稚、一厢情愿的幻想。民主政治只是强者用以掩饰其少数统治形态的游戏和花招而已。法国事实上一度曾面临在世袭贵族统治和商人阶级统治两者之间做抉择。因此，“在国际，在革命时期，贵族政治永远存在。摧毁了贵族阶级，第三阶级中有钱有势的家族立即又会形成新贵族。如果将新贵族打倒，工人和群众的领袖又立即形成新贵族”。“合理的民主政治只限于供给每人公平竞争，去争取成就的机会。”拿破仑宣称他已做到了这点，他给予人民在各行各业平等公平的发展机会。不过他也曾做出一些违反此原则的事情来。
关于革命，他的观点则有些闪烁不定。“集体犯的罪行，谁也不会受到惩罚。”同时，“从没有不恐怖的革命”，因为暴民要发泄他们原始狂野的情感。“革命是社会风气重新和改革的真正主因。”然而一般而言（1816年他下了结论），“革命是人类最大的苦难之一。引发革命者往往即身受其害者，革命带来的所有益处往往不足以补偿身处革命中遭受的痛苦”。
他认为王朝政体优于任何政体，沙皇亚历山大曾怀疑世袭君主的制度是否完善，但拿破仑不赞成沙皇。他维护王位世袭制度（指他自己的王朝）：“世袭制比选举制更可能产生贤明的政府领袖。”在世袭君主的稳定政府下，比起人人自由、听其自然的民主政府，人民较为幸福。“在太平年代，人人均能得其所哉，自得其乐。在小店铺里的补鞋匠，他的乐趣并不逊于王侯，而士兵也能和大将一样的快乐。”
他的政治理想是以巴黎为“世界的首都”统御全欧，形成一个欧洲邦联。在这个欧洲邦联里，货币、度量衡等制度及基本的法律都将统一通行，旅行和通商不必受到政治疆域的障碍。1812年，拿破仑到达了莫斯科。那时他以为只差和亚历山大订立和约这步，就可以实现多年以来的梦想了。可是他低估了各国国情不同而造成的离心力。不过，他知道欧洲的统一不可依赖理性的说服，势必要以优势的力量强迫这代来完成，这个见解应该是正确的。然后那时虽然还会有战争，已经是“内战”了。
近晚年时，他有些彷徨，不知道自己是自由自在、随心所欲的主人，还是受某些宇宙力量任意摆布的工具。如果我们认为：凡相信人不论自己如何选择，其成败、健康、一生的事业早已为某些无形的力量决定者即为宿命论者，他显然不是一个宿命论者。一个决定论者相信：一个人过去的经历，各种因素的组成决定了他未来的一举一动，决定了他所有的决定、思想、行为。从这个定义来看，拿破仑显然也绝非决定论者。然而他一再谈到“命运”——大势，事物的主要趋向。这种趋向，人类的意志或可使其部分改变，但其主要的本质出于事物的本性，不可能改变。有时他认为自己意志坚强，足以阻遏或改变潮流——“我一向能以意志改变和创造命运。”可是他缺乏自信，又说过相反的话：“我依顺大势。我没有自己的意志。我任事物自然发展。”即依事物本性的必然趋势而行事。“人越伟大”，即权势越高，“越没有自由的意志”。即加诸于此人的外在力量愈为繁多，愈为强大。“我们的一切完全看环境及事物的大势而决定。我是人类最大的奴隶，我的主人是事物的本性。”有时，他中和了这些矛盾摇摆的观点，又会骄傲地认为自己是命运的使者、代理人——命运即决定万物趋向终点的事物本性。“命运驱使我朝向不可知的目标前进。目标没有达到以前，我是不可侵犯、不可阻挡的。”他认为自己随着潮流前进。可是，“命运借着我的手达成使命后，连一只苍蝇都可以毁灭我”。他觉得他和伟大壮观但危险的命运已形成一体。因此，自负的心理、环境的因素驱策着他不停前进，因为“命运必须实现”。
他像我们一样，常想到死亡的问题。他有时也会有赞成自杀的念头。年轻时，他认为自杀是每个人最后保有的权力。不过50岁那年他加了一句注脚：“这要看他的死是否对别人无害。”他不相信灵魂是不朽的。“除了留在世人心中记忆外，并无任何不朽之物……生而无荣耀，不曾留下一丝生活的痕迹，就是白活了一生。”
