拿破仑1月23日抵达巴黎时，发现了在大众的不满情绪中酝酿的阴谋。前线士兵的来信，向无数法国家庭透露西班牙的反抗运动正在重新形成而且勇敢坚决，韦尔斯利的部队已扩增，他不久将发兵再度将约瑟夫逐离马德里。显然战争会继续下去，而法国的子弟将年年被征服兵役，以迫使西班牙人接受一个反对他们有力的教会及与他们的荣耀和血统完全不同的政府。法国的保王党不顾拿破仑安抚他们的措施，重新实施废除他的阴谋，6个阴谋参与者被捕并于1808年枪毙。另一位阴谋者夏多布里昂，虽有他哥哥雷涅（René，当时法国最受称赞的作家）的呼吁哀恳，仍于1809年2月被处决。几个激进的雅各宾派为同一目的的相反理由而策划。纵然在帝国政府中，不满拿破仑的情绪也在增长中。丰塔纳（Fontanes）尚谨慎地表示，戴克雷斯却公开表示：“皇帝疯了，完全疯狂了，他将毁灭他自己和我们全部。”
警察总监富歇因揭发暗杀的阴谋，博得拿破仑的称赞，但他日益怀疑他主子的政策及在不可避免的崩溃中他自己的前途。他感到被打败但仍高傲的奥普两国政府，与表面亲法的俄国政府迟早会再结合，受英国资助而对陷于困窘的法国发动另一次猛攻。而且，拿破仑在将来的战斗中可能丧失生命，难道他就不会像不久前一枪打死站在他旁边的将军那样遭到枪杀吗？他无嗣而暴死就不会陷法国于混乱而使法国无法抵御仇敌吗？也许可说服塔列朗拥立缪拉登上因拿破仑被俘或死亡而留下的皇位。1808年12月20日，富歇和塔列朗同意以缪拉为他们拥立的对象，缪拉也表同意。欧仁风闻这个计划，告知莱蒂齐亚夫人，她将消息转告她在西班牙的儿子。
拿破仑愿宽恕富歇而不愿宽恕塔列朗。富歇的劝告常常是属于拯救性的，而塔列朗曾建议处决当甘和占有西班牙，而且亚历山大日益冷淡的态度也与塔列朗有关。1809年1月24日，在国务会议中见到塔列朗，拿破仑按捺不住长期隐藏的愤恨，破口大骂：“你竟敢坚持说你对当甘之死一无所知？你竟敢坚持说你对西班牙之战一无所知……你忘记曾书面劝我处决当甘吗？你忘记在你的信中曾劝我重采路易十四的政策（安置他自己的家属于西班牙的皇位上）吗？”接着，拿破仑向塔列朗挥舞着拳头，喊道，“要明白这点：革命万一爆发，不论你在革命中担任什么角色，你将是首先被打倒者……你是丝袜中的污秽。”说完，国王匆匆离开房间。塔列朗一边一跛一跛地跟着他出去，一边对议员们说：“这么伟大的人竟一点礼貌也没有是多么遗憾！”次日，拿破仑免去他的掌礼大臣之职并停支薪水。不久，他如往常一样懊悔他的发怒，并对塔列朗继续出现在宫廷中不表反对。1812年，他仍然说：“他是我们所曾拥有的最能干的大臣。”塔列朗不放过任何加速拿破仑垮台的机会。
奥地利在从事其本分工作。举国上下，不论贫富，似图渴望解脱拿破仑加在其身上的难堪的和平，仅弗兰茨一世对抗议军费正使该国破产一事犹豫不决。塔列朗致函鼓励他：“无敌军团陷于西班牙，法国的舆论强烈反对战争，拿破仑的地位岌岌可危。”迄今犹豫不决的梅特涅，也表示奥地利进攻的时机已来临。拿破仑警告奥地利政府如果继续备战，他只好不计一切招募另一支军队。奥地利继续备战。拿破仑请求亚历山大警告他们，沙皇传话警告之，其语意可阐释为劝告延期发动。拿破仑从西班牙召回两个师，征召10万新兵，并下令从莱茵邦联取得10万兵员，该邦联深恐奥地利万一打败拿破仑，危及其生存。1809年4月，拿破仑麾下有了31万人。7.2万法军和2万意军混组成一支独立部队，保护欧仁抵御由约翰大公率领派至意大利的奥军。4月9日，路德维希率20万人侵入巴伐利亚。4月12日，英国与奥地利签订新盟约，保证给予更多的补助金。4月13日，拿破仑向他担心的宫内僚属宣称“两个月后，我将逼使奥地利消除军备”后，就离开巴黎赴斯特拉斯堡。4月17日，他抵达位于多瑙河旁多瑙沃特的大军本部，并发出部署其部队的最后命令。
法军在阿本斯堡和兰茨胡特赢得几次小型会战（4月19—20日）的胜利。在艾克默耳（4月22日），达武元帅在拿破仑自己率领的师团攻击敌军中坚时，对路德维希大公的左翼发动锐不可当的攻击。损失3万人后，路德维希退入波希米亚。拿破仑挥军进抵维也纳，经过艰难英勇的争渡至3000英尺宽的多瑙河右岸后，于5月12日进入维也纳。路德维希重组部队，挥师至该河左岸的艾斯令（Essling）。拿破仑设法重渡该河，希望在一次决定性的会战中击败路德维希。但多瑙河正值洪水泛滥，冲掉了主要的桥梁，不得不遗留部分法军和许多军火。5月22日，拿破仑的6万人发现自己与11.5万名奥军对阵。损失了2万人（包括爱将拉纳），拿破仑命留下的4万人尽一切方法重渡过多瑙河。奥军损失2.3万人，但全欧洲相信此会战为拿破仑的惨重失败。普俄两国急切注视其后果，准备一有令人鼓舞的消息，就扑上来打击这个长久困惑封建君主们的讨厌的暴发户。
在意大利，欧仁的命运在局势的悬而未决中飘摇不定。他的米兰虽有他温和的统治，已因人民日益不满拿破仑对待教皇的方式而不安全。欧仁带着非常惶恐的心情率军向东迎战约翰大公。4月16日，兵败于塔利亚门托（Tagliamento），若非约翰闻知拿破仑在艾克默耳得胜，而折返妄图援救维也纳，情况可能更糟。欧仁冒着丧失意大利之险增援他的义父，也挥军北上，及时与他在瓦格拉姆会合。
在艾斯令被击退后，拿破仑增强兵力和大炮，建筑新桥跨越多瑙河，并将距左岸仅360英尺的罗贝岛强化为兵营和兵工厂。7月4日，他再度挥军渡河。眼见众寡悬殊，路德维希向北撤退，拿破仑追击之，18.7万名法军及其盟军部队与13.6万名奥军及其盟军交战于瓦格拉姆，此为历史上最惨烈的战斗之一。奥军奋勇作战，有时几近胜利，但拿破仑在人力和战术上的优越使局势改观，嗜杀的路德维希在丧失5万人的两天（1809年7月5—6日）后，下令撤退。拿破仑丧失3.4万人，但尚留下15.3万人，而路德维格仅留下8.6万人。优劣之差现为二比一。这位沮丧的大公要求休战，拿破仑欣然同意。
拿破仑与瓦莱夫斯卡夫人定居于舒伯鲁，并欣然获知她已怀孕。现在谁还能说约瑟芬没有为他生孩子是他的错？瓦莱夫斯卡夫人年迈的丈夫温柔地宽恕她明显的不贞，他邀她返回他在波兰的家园，并准备承认这个孩子是他自己的。
和平协商稽延3个月，一半因路德维希不能说服他哥哥弗兰茨一世关于无法组织进一步的抵抗力一事，一半因弗兰茨国王希望普俄两国赴援。拿破仑给予亚历山大加利西亚一部分，并允诺不恢复波兰王国，促使他拒绝求援。9月1日，沙皇通知奥地利他不拟与法国断绝关系。奥地利谈判使者仍然坚不让步，直至拿破仑下最后通牒才软化。10月14日，他们在法国世仇哈布斯堡家族的皇宫中签订《舒伯鲁条约》。奥地利割让印维尔特耳（Innviertel）和萨尔茨堡二城予屡屡遭它们侵犯的巴伐利亚。加利西亚省的一部分归属俄国，其中部分归属华沙大公国以局部归还波兰瓜分中被奥地利夺取的领土。法国取得费姆、伊斯特里亚、的里雅斯特区、威尼斯朱利亚、克罗地亚的部分、卡林西亚的大部分和卡尼奥拉。奥地利一共失去了350万人口，必须赔偿8500万法郎。拿破仑视这笔赔款为他的正当报酬，6个月后他娶奥地利女大公为新娘，得到更佳的战利品。
