1807年，几乎全欧洲大陆均服从柏林敕令。奥地利于1807年10月18日加入大陆封锁，教皇抗议但终于在12月12日签约。土耳其虽不愿意，但可由俄法两国继续合作而使之服从。葡萄牙与英国联盟，但西部与历史上受波旁王朝控制的西班牙接界，因此保证实施封锁，而且（似乎）军事上在拿破仑的掌握中。也许，国王一味想着实行某事只要经西班牙进军即可——使葡萄牙服从，不顾英舰控制其海港和英国代理商控制其贸易。
1807年7月19日，拿破仑通知葡萄牙政府必须封闭港口拒纳英国货物，但遭拒绝。10月18日，法军2万人（大部分是新征之兵），由朱诺率领，越过毕达索亚进入西班牙。这支军队受到人民和政府的欢迎，因为人民希望拿破仑使国王免受某个奸臣的束缚，而该奸臣则希望拿破仑酬谢他的合作，让他在葡萄牙的瓜分中分享一杯羹。
光辉的西班牙的开明时代已随查理三世之死（1788年）而结束。如今他花甲之年的儿子查理四世志大才疏，又欠活力。在戈雅的名画《查理四世及其家庭》中，显见国王爱好饮食甚于思考，而王后玛里亚·路易莎颇具大丈夫气概。但她是一个女人，不满意她顺从的丈夫，而与戈多伊亲近，她将他自御林军军官提升为首席大臣。西班牙人民在性方面是欧洲最守道德的，为此暧昧关系深感愤慨，但戈多伊未受抑制，梦想征服葡萄牙，为他自己创造一个纵非王国，但至少一个属于自己的公国。他用计诱取拿破仑的援助，并设法忘记1806年他曾对普国的计划对法作战积极示好。拿破仑支持戈多伊的希望，并于1807年10月27日，在枫丹白露签订征服及占领葡萄牙的协议。西北部及波尔图预定为西班牙王后的属地，南部的阿尔加维及阿连特茹省预定为戈多伊的属地，中部剩余之地及里斯本，在另行通知前，置于法国的管制下。该条约第13条加注：“订约双方自当均分葡萄牙的岛屿、殖民地及其他海上领地。”秘密条款规定8000名西班牙步兵和3000名西班牙骑兵须于朱诺的军队经西班牙进军时加入。
葡萄牙王族未能抵抗该联合武力，乘船逃亡巴西。11月30日，朱诺进入里斯本，征服葡萄牙一事似乎完美无缺。为了偿付他的作战费用，他强使他的新臣民赔偿1亿法郎。部分为了如遇英国远征葡萄牙时协助朱诺起见，也许具有更大的目的，拿破仑增派三个军团进入西班牙，置于缪拉的统一指挥下，并吩咐他占领马德里附近的战略要地。
西班牙政府的意见不合，使拿破仑坐收渔翁之利。23岁的王子（或嗣子）斐迪南怕戈多伊阻碍他登上王位，参与推翻最受喜爱者的阴谋。戈多伊发现此阴谋，逮捕斐迪南及其主要支持者（10月27日），并提议以叛国罪审问他们。两个月后，得悉逼近的缪拉可能会纵囚，戈多伊先释放他们，并准备偕国王和王后逃至美国。城市的民众随即叛变（1808年3月17日），俘虏了戈多伊，并将他囚入地牢。昏乱的国王让位与他的儿子。遵照拿破仑的命令，缪拉率法军进入马德里（3月23日），释放戈多伊，并拒绝承认斐迪南为国王。查理撤销他的逊位，西班牙呈现一片混乱景象。塔列朗敦请拿破仑登上西班牙王位。
拿破仑把握——也许是制造——这一机会。他邀请查理四世和斐迪南七世与他在巴约讷会晤，希望恢复该政府的秩序和稳定。国王于4月14日抵达，斐迪南于4月20日抵达。拿破仑设宴款待这位年轻人和他的顾问埃斯科伊基斯，判定这位年轻人在情绪和理智上都太不成熟，不能控制大众的热情并保持西班牙与法国有益的同盟。他将此结论透露与埃斯科伊基斯，埃斯科伊基斯勉强地将此事告知斐迪南。这位王子力言他保有他父亲放弃的王权。他派信使至马德里告知他的支持者，他在拿破仑的权力面前无能为力。这些信使被截住，所携信件则被送呈国王。虽然如此，斐迪南的处境仍传抵首都。消息散布说查理四世、王后和戈多伊已于4月30日抵达巴约讷，目前统治马德里的缪拉已奉令送国王的弟弟、幼子和女儿赴巴约讷时，增加了大众对拿破仑企图结束西班牙的波旁王朝的怀疑。1808年5月2日——西班牙历史上久已庆祝的一日——愤怒的群众集聚在王宫前，试图阻止王子和公主们离去，并以石投掷保卫王家马车的法国士兵，据说其中若干士兵被碎尸万段。缪拉命其部队向暴民开火直至驱散。依据戈雅着力描绘纪念的一幅情景，情况确属如此。叛乱在马德里虽已平息，但蔓延于全西班牙。
暴乱的报告送抵在巴约讷的拿破仑时，他召唤查理和斐迪南至面前，在有意的盛怒中，谴责他们由于无能而让西班牙陷于无秩序中，作为法国的盟邦已非常不可靠。斐迪南的父母对儿子大加辱骂，指控他意欲弑亲。拿破仑命这位受惊的年轻人于当晚11点前退位，如果他拒绝，就将他交与他的父母以叛国罪下狱并审判。斐迪南终于让步，将王位归还他的父亲。渴望安全与和平而非权力的查理将王位献给拿破仑，拿破仑将该王位让给他弟弟路易，路易拒绝，又让与热罗姆，热罗姆感到不很能胜任这个危险的职位，最后让与约瑟夫，实际上他是被命令接受的。查理、玛里亚·路易莎和戈多伊被送至马赛，在有人看守的幽闭中生活。斐迪南和他的兄弟被给予充足的收益以安抚他们，并委托塔列朗在他瓦朗赛的庄园中供给他们舒适安全的住所。拿破仑感到做了一笔划算的买卖后，悠闲地慢慢骑马返回巴黎，沿途人们欢呼他为欧洲的无敌之主。
曾希望为西班牙王的缪拉，愤慨地前往接替约瑟夫为那不勒斯王。约瑟夫在巴约讷停宿一晚后，于1808年6月10日进入马德里。他已习惯于那不勒斯，在严肃敬神的西班牙，他不久就怀念在意大利时那种稳定南意大利人普遍热情的生活的愉快。他带给西班牙一部由拿破仑匆忙设计的半自由主义的宪法，颇能表现《拿破仑法典》的精神，但接受天主教为西班牙唯一合法的宗教（如查理四世曾坚持的）。约瑟夫极力做受人欢迎的统治者，许多西班牙的自由主义者支持他，但贵族保持疏远的态度，教士谴责他为秘密的自由思想者。而民众吃惊地发现，拿破仑以一个对西班牙文几乎一字不识，而且完全缺乏时代的领袖气质之人取代他们教会保佑的朝代。
愤慨之感逐渐增长，接着迅速扩展，从皱眉而诅咒，从诅咒而反叛。农民纷纷组队就地起义，以旧武器和利刃武装起来，使家家为兵工厂，人人为诱陷者，任何法国人离开营房或脱队即被视作目标。面对法国的骑枪，西班牙教士高举十字架。他们斥责约瑟夫为“路德教徒、共济会会员、异教徒”，并召集教友“为上帝、圣母和圣约瑟夫”起义。民众的狂热如沸如腾，导致如戈雅在名画《战争的灾难》中描绘的锯切、阉割、钉死在十字架、斩首、绞死、刺刑等结果。西班牙军队重新组织并加入起义，他们的联合军队击败分散的、人员不足的法国卫戍部队，他们的领袖有时以谋略战胜受地形不熟及部队数量、装备和训练不足所限的法国军队。1808年7月20日在拜兰（科尔多瓦东北），两师法军误以为被优势敌军包围而投降，这是历史上最屈辱的失败之一，2.28万人成为战俘，被拘留于卡夫雷拉小岛上，其中数以百计的人因饥饿或疾病死于该地。由于失去主要的军事支持，约瑟夫和其残余的士兵从马德里撤至距该首都东北170英里处沿埃布罗河部署的防御线。
这时，英国政府深信朱诺在里斯本逐渐减小的军力不再能从西班牙获得增援，派阿瑟·韦尔斯利爵士（未来的威灵顿公爵）率一支舰队和一个军团前往葡萄牙。1808年7月1日，他使部队在蒙德古河口登陆，不久即有葡萄牙的步兵加入。耽于愉快安适的生活而不能保持部队良好状态的朱诺，率领他的1.3万人从里斯本出战在维米罗的韦尔斯利的1.9万人（1808年8月21日），遭到惨败，溃不成军。葡萄牙后与英国联盟，法国侵入半岛似乎完全失败。
拿破仑在西部各省做胜利的巡视后，1808年8月14日返回巴黎时，发现他传统的敌人在庆贺法军的挫败，并已准备与这位现在可予击败的毁人之国者做另一次联盟。奥地利驻法大使梅特涅一面与拿破仑谈和，一面计划战争。渴望解放的普鲁士出色的首席大臣施泰因于同年8月在写给一位朋友的信中说：“法奥之战不可避免，此战将决定欧洲的命运。”拿破仑的间谍截获此信，拿破仑阅后表示同意。他在写给弟弟路易的信上说：“战争将暂缓至春天。”
拿破仑在思考。他是否应该率领他不败的无敌军团前往西班牙，镇压叛乱，将韦尔斯利逐回他的兵舰，封住封锁中的葡萄牙空隙，并冒着奥普两国趁他的最佳部队远赴千里之外时起而袭击之险？在泰尔西特的亚历山大答应西班牙缠住他时阻止他的这种攻击，但沙皇会在压力下遵守诺言吗？拿破仑邀请他来爱尔福特会谈，他将在这里授以一列灿烂夺目的政治星章使他深受感动，并使他固守诺言。
