在拿破仑的事业和胜利中，他必须永远防御对他权力和生命的挑战。法国的保王党相当安静，因为他们希望说服拿破仑最安全的途径是使波旁王朝复位，并给他一个坐领干薪的职位以为报答。他们鼓励冉丽斯夫人之类的作家，她的历史爱情故事《拉瓦利埃小姐》（Mademoiselle de La Valliêre）描写路易十四时法国的愉快情景。他们利用拿破仑的秘书布里埃内的秘密尊王主义，并通过他，企图劝诱约瑟芬投到他们这边。这位爱好享乐的混血儿已饱经政治刺激，她怕拿破仑如不改变路线，就会寻求君权，就会跟她离婚而改娶一位更可能替他生一嗣子的女人。拿破仑设法以情爱来减轻她的恐惧，并禁止她干预政治。
他认为对他权力的主要威胁并非来自保王党或激进的雅各宾派，而是来自将军们的妒忌，他们领导着他的权力最后必须仰赖的军队。莫罗、皮舍格吕、贝纳多特、马拉、马塞纳已公开表露他们的不满。在莫罗做东的一次宴会上，一些军官当众指责拿破仑为篡位者，德尔马斯将军称他为“罪犯和怪物”。莫罗、马塞纳、贝纳多特对拿破仑草拟一项要求，请他以巴黎的政府及其附近地区为满足，将法国的其余地方分区配给他们并赋予几乎绝对的权力。不过，他们中没有一人愿允诺将这个建议呈交第一执政。贝纳多特统辖位于雷恩的西部军团，一再濒于叛变，但失去勇气。“万一我遭到严重的失败，”波拿巴说，“将军们将是首先背弃我的。”
我们必须以军事密谋为背景，解析拿破仑于1802年5月4日在国务会议中发表的反黩武演说：
在教士之前……在硕学鸿儒之前，武力低首……除非由于50年的浑浑噩噩……而野蛮化，军事政府永不会在法国生根。如果我们从其他关系中析论之，就会了解军人除武力外不知其他的法律，使一切顺从武力，看不到其他的事物……反之，文人仅注意普遍的利益。军人的特性在专横地决定每件事，文人的特性在于将每件事提出讨论、推理及探求真相。这些事往往是虚幻骗人的，但他们在推究讨论时使之暴露……我毫不犹豫地决定高位当然属于文人……而“真正的”军队是国家的。
拿破仑因深受不安全感的苦恼和永远想要取得权力，向他的知友提议，他进一步改进及美化法国的计划，需要比已授予他的10年任期更长的时间。1802年8月4日，元老院宣布“×年（1801年）新宪法”，新宪法将元老院人数自40人增至80人——所有新人由第一执政提名，并使他成为终身执政。他的崇拜者提议也授予他选择继承人的权力时，他特别谦虚地推辞说：“世袭继承违背民权的原则，在法国是不可能的。”但元老院辩论该提案后，以27票对7票赞成该提案，这错误的7票借改该决议为一致的意见，以掩饰他们的错误。拿破仑和蔼地接受该荣誉。8月17日，所有登记为法国公民的成年男子被要求投票决定两个问题：应否使拿破仑成为终身执政？应否容许他选择他的继承人？结果3 508 885票赞成，8374票反对。也许，正如其他公民投票一样，政府有鼓励投赞成票的方法。巴黎证券交易所对此投票有所不满时，揭露了有产阶级的情绪：拿破仑成为终身执政的前一天，交易股值的指数是7，现已迅速升至52。
地位巩固后，他将周围之人做了一些变动。他选了一小群人成为他的枢密院，他的权力无可置疑时，除了供他自由利用的元老院咨询机构外，他可由枢密院颁布法令。他将护民官的人数自100人减至50人，并规定他们此后辩论须保持机密，他解除聪明但不可靠的富歇警察总监的职位，并将警务部并入克劳德·雷涅（Claude Régnier）管辖下的司法部。发现布里埃内在利用他的职位致富后，他开除了布里埃内（1802年10月20日），此后信赖克劳德·梅纳瓦尔的忠实服务。后来布里埃内的回忆录反对拿破仑，而梅纳瓦尔的回忆录赞成，两者都不可靠。不过将两者综合以观，仍不失为这位后10年驰骋欧洲的小巨人的最精确的记载。
也许是1802年的公民投票使马伦戈和亚眠的种种胜利锦上添花，毁灭了拿破仑的节制和明智。失去这些，天才濒临疯狂的边缘。他为使自己达到权力的顶峰，找到具有说服力的理由。南阿尔卑斯共和国的领袖们集中于米兰，请他帮助草拟宪法时，他提议在此宪法中三个选举团——地主、商人和专门职业团体供职人员——选一委员会，授以权力以任命立法机关、元老院和国务会议的成员，由这些人选立总统。1802年1月，代表们在里昂开会，批准该宪法，并敦请拿破仑——他们视他为在法国落难的意大利人——担任这个新国家的第一任总统。他从巴黎来到意大利向他们发表演说，并于1月26日，经口头表决，这位法国的第一执政成为意大利共和国的元首。全欧洲都不知接下来会发生什么。
他将皮埃蒙特并入法国时，警报发生了。那个“山脚”1798年曾被法国占领，该地位于拿破仑允予保护的“天然边界”之外。但如果归还给撒丁，可能成为法国及其在利吉里亚和伦巴底的保护领地之间的敌对障碍。1802年9月4日，拿破仑宣布皮埃蒙特为法国的一部分。
在瑞士，他已找到许多条通往意大利的道路，他不能过于大胆地行进。那些坚定不屈的州县，人们数世纪来视自由比生命更可贵，会使任何敌人付出惨重的征服代价。不过，他们大致欢迎1789年的理想，并于1798年变成法国保护下的赫尔维蒂共和国。此举遭到大地主的强烈反对，他们利用农民为士兵，在伯尔尼建立独立的共和国，并向以洛桑为中心的亲法的共和国挑战。双方派代表寻求拿破仑的支持，他拒绝接待伯尔尼的代表，该代表向英国求援，英国送钱与武器给该寡头政府的执政者。拿破仑派军队援助拥护共和政体者（1802年11月）平定了伯尔尼的叛乱。拿破仑以《调停法案》安抚了双方（1803年2月19日），该法案制定瑞士邦联为19个独立的州，每州都有自己的宪法，全都在法国的保护之下，全都有义务派一部分军队加入法国军队。据英国人的证言，该法案“受到各方的赞同，而且无疑在各州中深受欢迎”。
虽然如此，英国政府依然视这些连续的行动——在伦巴底、皮埃蒙特和瑞士——为法国影响力危险的扩张，严重扰乱了欧陆势力平衡。拿破仑派往检查开罗、雅法、耶路撒冷及阿卡防务的霍拉斯·塞巴斯蒂亚尼伯爵呈给法国政府的官方报告，在1803年1月30日的《导报》上发表，激起了更深的愤恨，伯爵估计“6000人就足以……征服埃及”。该文使英国人怀疑拿破仑打算再次远征埃及。英国政府感到不能再考虑撤出马耳他岛和亚历山大城，这两个地方如今对防护在地中海的英国势力是不可缺少的。
另一次拿破仑影响力的扩张也使英国大为震动，《吕内维尔条约》规定：莱茵河以西各公国的日耳曼统治者，因承认法国对该地区的主权而丧失4375平方英里的可课税的领土，应以该河流以东诸侯的领土补偿之。20个日耳曼贵族派代表至巴黎力陈他们的要求，普、俄加入逐鹿。塔列朗因此又发了一笔财。最后，使数世纪来受天主教主教管辖的城市脱离宗教，而完成大部分的分配。在这个过程中，拿破仑的目的是提高莱茵邦联为法国与奥、俄之间的缓冲国。奥地利抗议说，小国的改组将证明是瓦解神圣罗马帝国的另一步。事实果真如此。
被拿破仑扩张武力控制激怒，英国的统治阶级自问战争也许不比这样的和平花费少！制造业者抗议法国控制莱茵河，使法国成为英国与最赚钱的欧洲市场贸易的决定者。商人抱怨《亚眠和约》结束英国对法国的封锁，而法国对与法国工业竞争的英国产品，则严令禁止进口。贵族指责该和约，认为它是对法国大革命不荣誉的投降。几乎所有党派都同意必须保有马耳他岛。同时，英国新闻界在新闻记事、社论和漫画中丑诋拿破仑。拿破仑向英国政府抗议，英国政府告诉他英国新闻界是自由的。拿破仑吩咐法国新闻界以牙还牙。
在政府之间的函件中，语气变得日益恶劣。英国大使惠特沃斯爵士唐突地通知拿破仑，在法国政府对自《亚眠和约》以来所做的扩张主义的行动提出满意的解释前，英国不离开马耳他岛。1803年3月13日，在法国与外国显要的大聚会中，拿破仑如战斗似的面对惠特沃斯，指控英国破坏和约及武装准备作战。惠特沃斯对这种违反外交常规的行为非常恼怒，此后宁愿与塔列朗交涉，因为塔列朗知道如何礼貌地润饰事实。4月25日，惠特沃斯奉英国政府的命令，提出最后通牒：法国必须同意英国至少保留马耳他岛10年；法国必须撤离荷兰、瑞士和意大利，必须补偿撒丁国王在最近战争中对皮埃蒙特的损失。拿破仑嗤之以鼻，惠特沃斯要求并获得他的通行证，双方准备开战。
拿破仑知道英国控制海洋，可随意夺取法国的殖民地，因此将路易斯安那以8000万法郎售给美国（1803年5月3日）。英国在技术上虽仍处于和平中，却命令其海军扣押可能遭遇的法国船只。1803年5月16日，两国正式宣战，并延续12年之久。
从这个痛苦的时刻开始，行政官身份的拿破仑退出历史，而将军身份的34岁的拿破仑，将他的热情专注于战争。他命令逮捕在法国土地上发现的一切英国人。他吩咐莫尔捷将军，在汉诺威王朝的乔治三世将汉诺威变为军事基地前，立即夺取之。让他极感愤怒的是，想到10年冲突期间，英国以经费供给反对法国的欧洲大陆军队，封锁了法国的港口，抢去法国的船运和殖民地，而且在所有军事活动中，英国一直得以免受攻击。他甚至想过设法渡过那该死的海峡，使那些商人和银行家亲身触及战争。
他命令他的将军们沿布洛涅、敦刻尔克和奥斯坦德海岸集结15万人和1万匹马，命令他的元帅们在布雷斯特、罗什福尔和土伦集聚并装备有力的舰队。准备驶往作战时，须觅路穿过英国船舰网，至布洛涅附近百万工人已为他们准备妥善的海港。在这些海港中，工人们预定建造数以百计的各种各样的运输舰。他本人一再离开巴黎，巡视军营和船坞，标注工作进度，以激励士兵、水手和工人，因为他的出现对于他们似乎是一项目的和胜利的保证。
在海峡中，英国战舰保持警戒，而沿英国海岸，在多佛尔、迪耳及其他各处，10万名爱国者日夜保持警戒，决心拼死抵抗侵犯他们神圣海岸的任何企图。
