即使这样，拿破仑仍不满意。他从自己的天性中知道人的精神倾向于法律的是何等微小。他曾在意大利和埃及见过人类依自己的愿望多么接近兽性、多么恋旧，留恋凶暴和无拘束的过去生活。这是历史的奇事之一，它防止了活生生的爆炸物粉碎社会组织。是警察压服了他们吗？这不可能，因为警察既少又相隔甚远，而且潜在的无政府主义者隐藏在每一等公民中。那么，是什么抑制了他们呢？
拿破仑本人是一位怀疑论者，推断社会秩序最终有赖于人类对超自然力的天然的、小心培养的恐惧。他变为视天主教会为曾发明的控制男女的最有效工具，控制他们对经济、社会和性的不平等的抱怨或默默承受，及控制他们对不适合人体的圣诫的公开顺从。不可能在每个角落派驻警察，而神灵却无处不在。基督教是多么崇高的构想！就其传播和作用而论，是多么无与伦比的组织！就老师、丈夫、父母、主教、国王来说，是多么珍贵的支持！拿破仑推断革命的混乱和暴乱最主要是由于它的弃绝教会。他决定一俟拔除惊悸的激进的雅各宾党和禁欲的哲学家之毒牙，就恢复教会团体。
1800年，法国的宗教处于紊乱的不断变迁中，这与革命遗留的道德混乱有关。在各省的许多少数派——也许在巴黎是多数派——对教士的呼吁已变得漠不关心。从农民至百万富豪，无数的法国人曾从政府那里购得没收教会的财产。这些人被逐出教会，并以不友好的眼光视那些告发他们的人为收赃者。那时，法国有8000名活跃的教士，其中2000人是支持宪法者，他们曾宣誓效忠于1791年主张没收的宪法。另6000人反对革命，拒绝宣誓，并力图废止该宪法，而且有进展。非移居的贵族和中产阶级，致力于使宗教恢复为财产和社会秩序的保卫工具。这些人中有许多——革命的世家后裔——送子女进教士和修士教导或管理的学校，相信他们比不穿长袍的俗人老师更知道如何栽培出彬彬有礼的儿子和端庄淑静的女儿。宗教在社会和文学中渐趋时髦，不久（1802年）夏多布里昂（Chateaubriand）的“庄严颂词”成为该时代的谈话资料。
为了寻求对他无根的统治的援助，拿破仑决定赢得天主教会精神和组织上的支持。这些措施终于安抚了叛变的旺代，取悦于各省，并使6000名教士加入他的精神宪兵队。此举将获得教皇道德和精神影响力之助，减弱路易十八使波旁王朝复位的主要论据，减少天主教的比利时、巴伐利亚、奥地利、意大利及西班牙对法国和拿破仑的敌意。“所以，我一得到权力，我……重建宗教。使它成为我建国的根基和基础。我视之为健全的原则和善良的德行的支持物。”
此事遭到巴黎不可知论者和罗马红衣主教的反对。许多传教士不愿认可和容忍离婚，或放弃对法国教会被没收财产要求权等任何协议。许多激进的雅各宾派力言承认天主教为国教，由政府保障和补偿，无异于放弃他们认为是新近革命的主要成就之一——政教分离。拿破仑威吓红衣主教，暗示如果他们拒绝他的建议，他也许仿效英国的亨利八世，使法国的教会完全脱离罗马。他设法安抚怀疑论者，说明他将使教会成为维持内部和平的政府工具。但他们担心，他的提议将变成从革命退向君主政体的另一步。他绝不原谅拉朗德，“因为拉朗德与罗马法庭开始谈判时想要将他列入无神论者的名录中”。
这些事情于1800年11月6日在巴黎开始，连续经过8个月的探讨，红衣主教们是经验丰富的外交家，但拿破仑已闻悉教皇急于达成协议，因此坚持有利于自己对言归于好的教会控制权的每个条件。庇护七世一再让步，因为该计划试图结束法国教会的10年灾祸，让他废除许多藐视教皇权威的主教，使他能借助法国的仲裁，免受已占领他的首都的法军之扰，并将1797年让给法国的公使馆（费拉拉、博洛尼亚及拉韦纳——通常由教皇的使节统治）归还给罗马教皇。最后，经延至清晨2时的会谈后（1801年7月16日），罗马教会和法国政府的代表签订了左右他们的关系达一个世纪之久的协定。拿破仑于9月批准该协定，庇护七世于12月批准。不过，拿破仑签约附有条件，即他以后可能作“调整，预防可能因该协定的文字技巧而产生的较严重的不便”。
该历史性的文件保证法国政府承认天主教为执政官及大多数法国人民的宗教，并供以经费，但没有确定天主教为国教。法国人完全信仰自由，包括新教徒和犹太教徒。教会撤回对被没收的教会财产的要求权力，但政府同意付给主教们年薪1.5万法郎，及付较少额的薪水给教区的教士们作为补偿。如同路易十四统治时一样，主教须由政府提名，他们须宣誓效忠国家，但在教皇批准之前，他们不得担任工作。所有“合乎宪法”的主教须辞去他们的职权，所有正统的主教予以复位，正式开放教堂做传统的礼拜。经过再三辩论后，拿破仑就某一要点对教会让步——接受遗产权。
为安抚怀疑的批评家中比较友善者，拿破仑片面将121条《组织条例》加入该协定，以保障国家支配法国的教会。未经政府的明确许可，教皇的敕书、提示、使节、大会或全国宗教会议的颁令不得进入法国。公证结婚是宗教结婚的法定先决条件，所有攻读天主教圣职的学生须予讲授1682年波舒哀（Bossuet）的法国《天主教条例》（Gallican Articles），该条例确定法国天主教会脱离教皇绝对权力统治的合法独立。
该协定如此修改后，于1802年4月8日提交国务会议、护民院及立法机构讨论。此时尚未处于拿破仑恐怖统治，他们公开热烈地反对该协定，认为其出卖了大革命和启蒙运动（该协定基本上合于1791年宪法）。在护民院中，法国革命哲学家沃尔尼伯爵与第一执政就该协定做激烈的辩论。而立法机关选迪皮伊为会长，他是强烈反对教权的论文《一切崇拜的起源》（L’Origine de Tous Les Cultes，1794年）的作者。拿破仑将该协定从国会讨论中撤回，并等待适当的时机。
下一次提名护民院和立法机构的人员时，许多批评者未再被元老院任命。同时，拿破仑将该协定的情节和内容传布于公众，正如他期盼的，人民呼吁批准。1802年3月25日，拿破仑因与英国签订和约而声望大增。地位加强后，他再度将该协定提交国会。护民院通过该协定，反对者仅7票而已；立法机关赞成者228票，反对者21票。4月18日，该协定成为法律。复活节时，在圣母院的庄严典礼中，《亚眠和约》和该协定在革命者的叹息中、军方的嘲笑中及人民的欢欣中正式宣布。一幅讽刺画在军营中流传，描绘拿破仑被溺死在圣水盆中。一首讽刺的短诗说：“为了做埃及国王，他信《古兰经》。为了做法国国王，他信福音。”
拿破仑坚信他表达了法国大多数人的愿望，虽然减弱他在上层的力量，但加强了在底层的力量，而引以自慰。他使圣职人员复职，但因他任命主教及付给他们和约3000个教士的薪水，他估计能以经济的束缚掌控他们。他认为教会将成为他的工具之一，会歌颂他的光荣、支持他的政策。不久，他注意到新的教义问答中应教法国孩子：“尊敬国王就是尊敬上帝”，及“如果他们未能对国王尽其责任……他们就是在反抗上帝建立的秩序……会使他们自己受到永远的惩罚”。他虔诚地参加弥撒，不过尽可能简短，以表达他对圣职者的谢意。
在这些胜利的时期中，他坚信已赢得整个天主教世界。实际上，法国圣职人员从未忘记他们土地的丧失，憎恨他们受国家薪水的束缚，更期盼教皇支持对抗他们私底下认为是异教徒的统治者。按法律他们是主张限制教皇权力者，在感情上他们却变成教皇至上论者。国王剥夺了庇护七世的千年来由教皇保有的土地时——更甚者，罗马教皇被逐出罗马，囚于萨沃纳和枫丹白露时——法国的圣职人员和民众奋起保卫他们的教宗和教条，而拿破仑发现神话和文字的力量大于法律和刀剑的力量时，为时已晚。
