拿破仑建立了内部的秩序，制定了可望经济复兴的条例，但法国依然受1792年4月20日开始的战争的敌人的包围。法国人民渴望和平，但拒绝放弃革命期间并吞的领土：阿维尼翁、比利时、莱茵河左岸、巴塞尔、日内瓦、萨伏依及尼斯。这些并吞的领土，几乎全被包括在法国人称之为他们国家的“天然疆界”内，而拿破仑宣誓就职时，曾保证保障这些疆界——莱茵河、阿尔卑斯山脉、比利牛斯山及海——视为恢复古高卢国疆界必要的。此外，法国占领了荷兰、意大利、马耳他岛和埃及，他愿放弃这些掠取的土地作为和平的代价，还是他会迅速排除任何协商放弃这些有利的获得物的领袖？在以国家主义为荣、充满战争意味的政策中，法国人的特性与拿破仑的特性结合在一起。
1800年2月20日，几乎被所有的逃亡者和保王党视为法国合法统治者的路易十八，致函拿破仑建议避免这种命运：
先生：
不论他们的表面行为如何，像你这样的人从不会激起恐慌。你已接受一个显赫地位，我感谢你这么做，你比任何人都知道应具备多大的实力与势力以确保一个伟大国家的幸福。拯救法国以免她受伤害，你就满足了我内心的第一愿望。使她的国王复位，后代将会心怀大德。你对国家永远是非常必要的，使我不能借酬以高官厚禄以清偿我一家人和我自己的受惠。
路易
拿破仑不回复这个恳求。他怎么能将王位归还给曾应允他的忠实追随者，随同他的复位、恢复革命前旧状的人呢？解放了的农民或教会财产的购买者会遭到怎样的结果？拿破仑会遭到怎样的结果？每天阴谋除掉他的保王党已宣告，他们将处置这个没有身家门第竟敢做国王的暴发户。
1799年圣诞节，即公民投票已认可他的统治之后一日，拿破仑写信给英国国王乔治三世：
我遵奉法国人民的意志，出任本共和国最高职位，在担负我的职责时，理当亲自函告陛下这个事实。
8年来，已扰乱了每个地区的战争不应结束吗？我们没有办法达成协议吗？两个欧洲最文明的、超过其安全与独立所需的强而有力的国家，怎么会允许牺牲他们的成就、他们的内部繁荣、他们家庭的幸福，而梦想虚幻的伟大呢？他们怎么会不视和平为他们最大的光荣和最大的需要呢？
因陛下统治一个自由的国家，唯一目的是使其幸福，因此对上述观念谅有同感。
务请陛下相信我初次提出这个问题，诚心诚意欲对高贵的和平做实际的贡献……每个文明国家的命运有赖于终止扰乱全世界的战争。
乔治三世认为一国之君不宜回答一介平民，他授权格伦维尔爵士回复，格伦维尔致塔列朗一封措辞严厉的函件（1800年1月3日），指责法国侵略并称必须使波旁王朝复位作为和平的先决条件，除非是波旁王朝，否则英国不与法国谈判。拿破仑致奥地利国王弗兰茨二世之函，从奥地利首相图古特男爵那里接获类似的回复。也许这些文字的反对不可全部置信，拿破仑深知政治家视武力大小权衡字句。实际情形仍然是奥军重占北意大利而且抵达尼斯，而法军被英国和土耳其围困在埃及，正接近投降或毁灭的地步。
克莱贝尔，这位勇敢显赫的将军、失败的外交家，盼不到解救，公然与他部下失去斗志。德塞将军奉他的命令，与土耳其人及当地英国指挥官在埃尔阿里什签订条约（1800年1月24日），让法军安然有秩序地离开，带着他们的武器、行李和“给予战败军队的恩惠”，乘土耳其人供给的船只回法国。同时法军应将曾保护欧洲人以防止埃及人叛乱的堡垒交给土军，英国政府下令拒绝接受撤退条件并坚持法军放下武器以战俘身份投降时，这些堡垒已被放弃。克莱贝尔拒绝这么做，并要求归还堡垒，土军不同意并进攻开罗。克莱贝尔带领1万名士兵，在赫利奥波利斯平原迎战土军。他以几句话重振起部队的热情：“在埃及你们仅有脚下的土地。如果后退一步，你们就完了。”交战两天（1800年3月20—21日），土军激昂的勇气屈服于法军的训练有素，重振的胜利者回到开罗，再等待来自法国的援助。
在英国统治地中海期间，拿破仑无法赴援。但对71岁的老将梅拉斯已率领10万名奥地利精兵胜利地经过北意大利推进至米兰一事，他必须有所作为。拿破仑派马塞纳阻挡他。马塞纳被打败，为他的部队在热那亚要塞找到避难所。梅拉斯留了一支部队将他围困在那里，增派分遣队保护阿尔卑斯山的隘口，以防止法国的攻击，并沿意大利的里维埃拉推进，直到前锋抵达尼斯（1800年4月）。形势对拿破仑颇为不利：那个他1796年开始征服伦巴底的城市，如今已落入曾被他打败的国家手中——而他有名的意大利军队的较佳部分，太自信地分开了，正在埃及无助而绝望地损耗着。这是拿破仑接受的最直接的挑战。
拿破仑把行政工作放置一边，再度挂帅，筹集金钱、部队、物资，提高士气，准备补给品，研究地图，给将军们下达指令。他将莫罗将军——他的军事敌手中最直率者，交给莱茵军团并下达残酷的指令：越过莱茵河，穿过克鲁格元帅的奥地利师团，然后派2.5万名士兵越过圣哥特哈德隘口（St.Gotthard Pass），以增援拿破仑答允在米兰附近等待援军的后备军团。莫罗英勇地执行大部分任务，但感到（也许是正确地）处于险地，他只能为他的长官拨出1.5万人。
在这位历史上最伟大将军的所有战役中，1800年的这次战役是计划最微妙而实施最拙劣的一次。在他的直接指挥下仅有4万人，大部分都是未经战争磨炼的新征之兵。他们驻扎在第戎，本来可能已向南越过滨海阿尔卑斯山至尼斯对梅拉斯发动正面攻击，但他们人数太少而且无经验。纵然梅拉斯战败，他会有一条经北意大利至设防良好的曼图亚的撤退保护线。拿破仑建议率领其部队和装备越过圣伯纳德山隘进入伦巴底，与等待莫罗增援的士兵联合，切断梅拉斯的交通线，击败保护该线的奥地利分遣队，并于该英雄的军团从里维埃拉和热那亚赶返米兰时，捕捉处于混乱中的该军团。然后消灭该军团，最好是围住它，阻止其撤退，逼迫其将军——遵守一切礼貌——放弃所有北意大利。南阿尔卑斯共和国，拿破仑最初战役中引以为自豪的被征服者，就会再度效忠法国。
1800年3月17日，拿破仑吩咐布里埃内将一幅意大利的大地图摊开在地板上。“他躺在这上面休息，希望我也这样。”他将红头钉插在某些点上，黑头钉插在其他的点上。移动大头钉成各种不同的组合后，问他的秘书：“你认为我将在何处击败梅拉斯……就在斯克里维亚（Scrivia）河的草原上。”同时，他指向圣朱利亚诺。他知道他孤注一掷——他所有军事和政治的胜利——在一次战斗中，但他的自负鼓励他。“4年前，”他提醒布里埃内，“我不是曾带领一支弱兵驱逐赶在我前面的大群撒丁人和奥地利人，而且重惩意大利？我们将再这样来一次。现在照耀我们的太阳，跟昔日照耀阿科莱和洛迪两地的太阳一样。我信赖马塞纳。我希望他在热那亚支持下去。不过万一饥饿逼使他投降，我必定夺回热那亚和斯克里维亚草原。那时我将何等愉快地返回我亲爱的法国！”
他做好长期规划，但未疏忽微不足道的细节。他计划路线和交通工具，从第戎至日内瓦，乘舟渡湖至维那夫，骑马、骡，或乘马车、游览车，或步行至马蒂尼。从那里再到圣皮埃尔，然后攀越有时仅3英尺宽的30英里长的山路，沿着常为大雪掩盖的绝壁，时时刻刻易遭雪块、泥土、岩石崩落的侵袭，最后进入瓦莱达奥斯塔。在该路线的每一站，拿破仑都备有食物、衣服及交通工具供应士兵。有几处尚备有木匠、马鞍修理匠及其他工人做修理工作，而且途中每个士兵被检查两次是否装配妥善。他与住在山顶教堂招待所的修道士换取面包、干酪和酒以犒赏士兵。虽有这些准备，仍有许多短缺之事，那些年轻的征召兵员似乎已产生一种被老兵沉默的勇气激起的耐性。
拿破仑于1800年5月6日离开巴黎。他刚消失，保王党、激进的雅各宾派及波拿巴家人就开始计划如他不胜利返国就取而代之。西哀士及其他人讨论卡诺、拉法耶特和莫罗担任新的第一执政的资格，拿破仑的兄弟约瑟夫和吕西安则表示自己绝对有权继承王位。卡杜达尔（Georges Cadoudal）从英国回来（6月3日），激起保王党（Chouans）叛变。
实际征服圣伯纳德山隘始于5月14日。“人与马一个接一个地沿着羊肠小道前进，”布里埃内回忆说，“炮被卸下，枪支则置于挖空的树干，用绳子拖曳……到达绝顶……我们就坐在雪上向下滑。”骑兵都下了马，因恐他们无经验的马滑倒可能连人带马一起摔死。一天通过一个师，5月20日完成了通行，而后备军团在意大利安然无恙。
拿破仑留在马蒂尼——日内瓦湖和该山隘之间的一个可爱的中途站，直到看到最后一包补给品发送。然后他骑马至该山隘底和山顶，向补充他军粮的修道士道谢，随即身裹重裘滑下山坡，5月21日与在瓦莱达奥斯塔的军团会合。拉纳已击败途中遭遇的奥地利分遣队。6月2日，拿破仑进入米兰，再度征服米兰的奥地利卫戍部队。意大利人民像以前一样欢迎他，南阿尔卑斯共和国得以复国。征服者召开米兰的教阶组织会议，向他们保证他对教会的忠贞，并告诉他们他一回到巴黎，就谋求法国和教会之间的和平。后部确保无虞后，他一无拘束地详细构思他的作战战略。
两个指挥官违背了一项战略的主要原则——不可过度分散现有的部队，以致无法迅速重新集结。梅拉斯与他的主力部队驻在亚历山德里亚城，留置卫戍部队在热那亚、萨沃纳港、盖维、阿克维、都灵、托尔托纳及其他法军可能攻击点。从尼斯退回与他会合的后卫兵团，被絮歇及逃离热那亚的马塞纳所部2万名法军袭击。从伦巴底越过亚平宁山脉进入利吉里亚的7万名奥军中，梅拉斯如今仅能获得4万人以迎战拿破仑。这些人中有一部分他派去重夺皮亚琴察，作为主力部队万一打败时逃往曼图亚必要的通路。拿破仑也冒险分开他的部队：他留下3.2万人在斯特拉代拉以保卫皮亚琴察。留9000人在泰西诺，3000人在米兰，1万人沿波河和阿达河部署。他为了封锁梅拉斯部队逃脱的所有道路，牺牲了部队的集结。
他的将军们齐心协力以免拿破仑一无准备面临大战而身陷绝地。6月9日，拉纳率领8000人从斯特拉代拉出发，遭遇到攻击皮亚琴察的1.8万人的奥军。在卡斯泰焦损失惨重的交战中，虽然拉纳浑身浴血，依然领先奋战不懈，法军终被击退。但一支6000人的法国生力军及时赶到，得以在蒙特贝洛附近反败为胜。两天后，他最心爱的将军之一，德塞从埃及抵达，拿破仑大为振奋：“德塞在军事才能上也许与莫罗、马塞纳、克莱贝尔相埒，但在品格的完美方面超越他们。”6月13日，拿破仑派他率领5000人南下赴诺维，调查一项谣言，说梅拉斯及其部下正逃至热那亚。在那里英国舰队可能已使他们脱逃，或以食物和物资增援。6月14日决定性的战斗来临时，拿破仑的大军更少了。
地点是梅拉斯选择的。靠近马伦戈，一个亚历山德里亚至皮亚琴察路上的村庄，他看到一块巨大的平原，在那里他可以集结他依然可掌握的3.5万人和200门炮。但是，拿破仑抵达该平原时（6月13日），他未发现梅拉斯打算冒险走出亚历山德里亚的迹象。他将维克托将军的两个师和拉纳将军的一个师，及缪拉的骑兵和仅有的24门炮留置在马伦戈。他本人带着他的执政官近卫军转往沃盖拉，准备在那里会见从他分散的部队前来的参谋官。他到达斯克里维亚时，发现该地春潮泛滥，以致前进缓慢，并在加罗福洛塔留宿。这是一次幸运的延缓，如果他继续行进至沃盖拉，他就永不能及时到达马伦戈下达免于覆没的命令了。
6月14日一早，梅拉斯命令他的军队推进到马伦戈平原，打开一条通往皮亚琴察的生路。3万人奇袭维克托、拉纳及莫罗的2万人，法军虽有一贯的英雄主义，但还是在大量杀伤的炮火前被逼后退。拿破仑被远处的炮声惊醒，派信差将德塞从诺维召回。他本人则赶往马伦戈。在那里他的近卫军的800名手榴弹兵投入战斗，但无法阻止奥军，法军继续撤至圣朱利亚诺。梅拉斯急欲再向国王保证，便传信至维也纳宣告胜利。同样的报告也在巴黎散播着，民众惊恐万状而保王党大为雀跃。
他们没有考虑到德塞。在前往诺维途中，他也听到了炮声。他立即将他的5000人折返，循着炮声迅速挺进，下午3点钟抵达圣朱利亚诺，发现他的同僚将军们正劝告拿破仑进一步后撤。德塞抗议，他们告诉他：“战斗已失败了。”他回答说：“是的，战斗已失败，但这只是3点钟，还有时间赢得另一场战斗。”他们让步了，拿破仑组织新的攻击线，并策马在部队中巡行以恢复他们的斗志。德塞领头行动，自身暴露，中枪而落马，临死吩咐副手：“隐藏死讯，以免使部队气馁。”他的士兵们得知消息，反而奋勇向前，要为首领报仇。纵然如此，他们遭遇到几乎不可动摇的抵抗。拿破仑有见于此，令凯勒曼以其骑兵全力赴援。凯勒曼率军猛攻奥军侧翼，切之为二，其中2000人投降，代理梅拉斯外出时指挥的扎克将军被俘，缴佩剑给拿破仑。梅拉斯从亚历山德里亚城被召回时，为时已晚无法影响结局，他回到司令部时伤心欲绝。
拿破仑无法高兴。忠实的德塞之死，他引为个人的重大损失，深感哀悼，还有许多其他的军官随同6000名法军战死在马伦戈。8000名奥军同日死于该地，不足以引以为慰，就死亡人数占交战人数的比例来说，奥军尚小于法军（限于通信困难，使拿破仑未悉在德塞结束其一生的同一天，他的前任指挥官克莱贝尔在开罗遭暗杀）。
6月15日，梅拉斯鉴于他的残余军队绝不能恢复战斗，要求拿破仑订休战协议。条件很苛刻：奥军须撤离全部利吉里亚和皮埃蒙特，明乔和曼图亚以西的全部伦巴底，他们须交给法军投降区的一切堡垒，奥军须被容许给予特殊的礼遇离开，但礼遇程度仅与交给法军的堡垒成比例。梅拉斯屈服于这些条件，使一切战利品毁于一旦，并呈请奥地利国王批准该协议。6月16日，拿破仑亲自致函弗兰茨二世，要求所有前线均停战。那封信的若干段似乎出自于和平主义者的口气：
贵我两国兵连祸结。无数人已不再……无数失去亲人的人祈祷父亲、丈夫、儿子返回家园……这种不幸是无可补救的：但愿它至少使我们得到教训，避免可能延长战争的一切！为此期望，我拒绝接受先前要求的失败，特再致书陛下，祈求结束欧洲的不幸。
在马伦戈的战场上，哀鸿遍野，1.5万人丧生其间，我恳求陛下俯允人道的呼吁，不使两大勇敢国家的子孙为了莫名其妙的利益之故而彼此屠杀。
最近的这次战役，充分证明了并非法国威胁势力均衡。日复一日的事实，证明英国在威胁势力均衡——英国独占世界的商业和海洋，以之能独立对抗俄国、瑞典、丹麦、法国、西班牙、荷兰……的联合舰队。
我认为适宜向陛下建议者如下：
1.所有部队一律休战。
2.按尊意双方秘密或公开派谈判人员至明乔和基耶塞之间的某处商定保证较小列强安全的方法，并阐明《坎波福尔米奥和约》中意义不明的条款……
奥皇无动于衷。显然，这位年轻的征服者欲巩固他的获得物。但并无迹象显示，对人类生命的尊敬曾阻碍他的活动。也许这位执政官和奥皇都未停止行动而自问法军或奥军在意大利做什么。图古特男爵签订条约由英国承诺给予奥地利一笔新的补助金，以换取不单独签订和约，从而解决了此事。
同时，拿破仑采取各种手段，于7月18日参加神圣的赞美弥撒，弥撒中米兰的教阶组织感谢上帝驱走奥军。非教士的俗人则游行庆祝胜利以表示对这位胜利者的敬意。“布里埃内，”他问他的秘书，“你听到不绝于耳的喝彩声吗？对于我来说，那声浪如同约瑟芬的声音一样甜美。我为这样的一个民族所爱是多么高兴，多么光荣！”他仍然是一个意大利人，爱她的语言、热情、美丽、花圈状的果园、宽容的宗教、和谐的仪式和超凡的曲调。他也深为7月3日他夜返巴黎的次日早晨集聚在土伊勒里宫群众的喝彩感动。法国人民开始认为他是上帝的宠儿。他们狂饮光荣之酒。
而路易十八，身为波旁王朝的法国和哈布斯堡王朝的奥地利之间几个世纪不和的继承者，对克服旧仇的新胜利自然难以漠不关心，也许这位年轻的征服者尚可说服拥护波旁王朝而非自为帝王。因此，1800年夏天的一日，他再度致书拿破仑：
将军，你一定久已相信深受我的尊敬。如果你怀疑我的感激，就请决定你的报酬和酬庸你的朋友。至于我的原则，我是一个法国人，凭身份也凭道理行事。
不，洛迪、卡斯蒂廖内、阿科莱的胜利者，意大利和埃及的征服者，岂能宁要空虚的名声而不爱真正的光荣。但你正失去珍贵的时间。我们可以确保法国的光荣。我之所以说我们，因为我需要波拿巴的协助，而没有我，他也一无办法。
将军，欧洲在注视你，光荣在等待你，而我对使人民重获和平已不耐烦。
路易十八
拿破仑迟至9月7日始予答复：
先生：
大札敬悉。承蒙惠赐佳评不胜感激。阁下必须放弃返回法国的任何希望，否则势必尸横遍野。牺牲阁下私人的利益，以求法国的和平幸福……必将名垂千古。对尊府的不幸，我并非无动于衷……我颇乐意尽可能使阁下的退隐生活愉快安宁。
路易十八的信来自他在俄国的临时避难处，也许1800年7月沙皇保罗一世从拿破仑那里收到几乎改变历史过程的一项礼物时，他就在场。1799年之战，约6000名俄军被法军俘虏。拿破仑向英、奥提议以他们交换法军俘虏，但遭拒绝。因为法国不能合法利用这些人，又发现供养他们费用浩大，拿破仑命令他们全部解除武装，换上新制服，并不要求任何回报而将他们送还沙皇。保罗宣布与法国友善并形成对抗英国的武装中立第二同盟以还报之。1801年3月23日，保罗遭暗杀，列强恢复奥斯曼帝国以前的状况。
这时，奥皇拒绝亚历山德里亚休战协定，并派8万人由贝勒加德将军率领坚守沿明乔之线。法军将奥军驱出托斯卡纳，并攻击在巴伐利亚的奥军。1800年12月3日，莫罗率6万人与6.5万名奥军交战于河汉林登（Hohenlinden，慕尼黑附近），取得决定性的胜利：俘获2.5万名奥军。奥地利政府鉴于维也纳在莫罗掌握中的事实，签订总休战条约（1800年12月25日），并同意与法国政府商订单独和约。一回到巴黎，莫罗就受到欢呼喝彩，以致惹起拿破仑的反感情绪，因为莫罗是保王党和激进的雅各宾派用以取代拿破仑作为国家元首的最得人望的候选人。
危害拿破仑生命的阴谋并未终止。1800年初，在马迈松拿破仑的书桌上发现一个酷似他平时使用的鼻烟盒，内含毒物。9月14日和10月10日，几个激进的雅各宾派被逮捕，他们被指控图谋杀害拿破仑。12月24日，卡杜达尔从布列塔尼派出3个保王党人，用定时炸弹对付送该执政官和其家人前往歌剧院的一群人。22人被杀，56人受伤——没有一人是拿破仑的随员。他泰然自若，继续前往歌剧院。但一回到土伊勒里宫，就下令彻底调查，处决被囚的激进的雅各宾党，并拘留或放逐130多名嫌疑犯。富歇相信是保王党而非激进的雅各宾党干的，拘捕了其中100人，并将其中2人斩首（1801年4月1日）。拿破仑的行动过激而不顾法律，但他觉得他是在作战，必须使蔑视法律者有所畏惧。他越来越敌视激进的雅各宾党，而对保王党日益宽大。
1800年10月20日，他建议副官们将那些被容许返回法国的人的名字从逃亡名册上除去，并可收回他们被充公而尚未被国家出售或拨充政府使用的财产。此时约有10万名逃亡者，他们中的许多人提出返国的要求。因为充公财产购买者抗议，拿破仑使4.9万人的名字从名册上删除，即容许逃亡者中的4.9万人返国，并随时做更多的除名工作，希望此举会减少外部反对，并增进欧洲的普遍和解。保王党为之称快，激进的雅各宾派为之忧伤。
这个和平方案的主要步骤是法奥两国的谈判人员在吕内维尔（南锡附近）的会议。拿破仑不派塔列朗而派他自己的兄弟约瑟夫去那里辩论法国的立场，而约瑟夫圆满完成任务。他采取的每一步骤都由这位坚定不移的执政官支持，每当奥人拖延时，他就扩大他的要求。最后，鉴于法军将要吞并几乎整个意大利，并直叩维也纳的大门时，奥地利谈判者最终让步，签订了他们所谓恐怖的《吕内维尔和约》（1801年2月9日）。奥地利承认比利时、卢森堡及从北海至巴塞尔的莱茵河左岸土地为法国领土，批准法奥和约，接受法国对阿尔卑斯山与那不勒斯之间、阿迪杰河与尼斯之间意大利的宗主权，及对巴达维安共和国（荷兰）和赫尔维蒂共和国（瑞士）的保护权。“奥地利完了，”普鲁士大臣豪格维茨写道，“它如今单靠法国建立欧洲的和平。”巴黎证券交易所一日内上涨30点，而巴黎的工人宁要胜利不要选票，高喊“波拿巴万岁！”以庆祝拿破仑在外交和战争方面的成就。不过，《吕内维尔和约》的签订，也许是战争而非外交的成就，是骄傲超过谨慎的胜利，其中埋藏着许多战争的种子，终成滑铁卢之战。
其他的谈判带来更多的权力。与西班牙缔结的协定（1800年10月1日）使法国取得路易斯安那，与那不勒斯国王缔结的《佛罗伦萨条约》给予法国厄尔巴岛及拥有中意大利的那不勒斯，封闭与英、土通商的那不勒斯港口。法国对圣多明哥——伊斯帕尼奥拉岛西段的要求，导致拿破仑与意志力方面跟他匹敌的一个人的冲突。卢维杜尔（L’Ouverture）于1743年生而为黑奴。48岁应属谨慎的年龄时，他领导圣多明哥的奴隶进行一次成功的叛乱，首先取得该岛法属部分的控制，继之控制西属部分。他统治力很强，但发现难以恢复解放黑奴的生产秩序，他们似乎因炎热之故宁愿闲散度日。卢维杜尔容许许多以前的地主返回他们的农场，并建立近乎奴役的工作纪律。理论上，他承认法国对圣多明哥的主权。但实际上，他终身擅用总督的头衔，并具有提名继任者之权——很像不久前拿破仑在法国所为的。1801年，第一执政派查理·勒克莱尔将军率2万人要求归还法国在圣多明哥的权力。卢维杜尔英勇作战失败，死于法国监狱中（1803年）。1803年，全岛落入英国人之手。
英国舰队在英国商业、工业、民族特性的持久支持下，始终是拿破仑成功的主要障碍。海峡的保护，使英国免除战争的直接破坏；无可匹敌的海上贸易、殖民地的获得物和岁入、工业革命的优势，使她富足。因而英国有足够的财力支援大陆盟邦的军队，并不断试图推翻拿破仑。商人和制造业者同意乔治三世、保守党、逃亡者及埃德蒙·伯克的意见，即让波旁王朝恢复法国王位是重获旧政权舒适稳定的最佳方法。不过，英国有一个有力的少数派，由福克斯、辉格党、激进工人及雄辩的文人领导，反对说继续战争会扩展穷困、引起革命，拿破仑已是一项既成的事实，寻求一项与该常胜军的暂时协定的时机已经来临。
此外，他们辩说英国支配海洋的行为已为自己制造敌人，而为法国制造朋友。英国海军将领们声言为封锁法国，英国船员应有权登上中立国的船只搜查并没收运往法国的货物。俄国、瑞典、丹麦和普鲁士愤恨这些措施侵犯其主权，于是组成武装中立第二同盟（1800年12月），并计划抵抗英国人。摩擦升级时，丹麦人占领了汉堡（该处已成为英国通往中欧市场的主要门户），普鲁士人则攻占乔治三世的汉诺威。最近联合反对法国的一半欧洲大陆，如今转而反抗英国。因为法国已控制莱茵河口和左岸，英国的货物大半被排挤出法国、比利时、荷兰、日耳曼、丹麦、波罗的海诸国及俄国的市场。意大利封闭与英国通商的港口，西班牙要求对直布罗陀拥有主权，拿破仑正建立一支陆军和舰队以备进攻英国。
英国发动反攻，时来运转颇有收获。一支英国舰队在哥本哈根港摧毁了丹麦舰队（1801年4月2日）。沙皇保罗一世已被亚历山大一世取代，他的法国政策被废止，指责拿破仑侵犯埃及，承认英国从法国夺取马耳他岛，并与英国签订条约（1801年6月17日）。武装中立第二同盟渐趋没落。不过英国的经济挫折，法国军队在布洛涅的日益增强，及奥地利虽有宝贵的补助金而竟告崩溃，使英国倾心于和平。1801年10月1日，英国的谈判使者签订初步协议，保证法国将埃及让给土耳其，及英国在三个月内将马耳他岛移交给圣约翰骑士团，法国、荷兰、西班牙须恢复被他们占领的大部分殖民地，法国应从中部和南部意大利撤走全部部队。经过7周的争论后，大英帝国与法国签订了等待已久的《亚眠和约》。拿破仑的代表带着批准的文件抵达伦敦时，快乐的群众在“法兰西共和国万岁！拿破仑万岁！”的欢呼声中簇拥着他的马车前往外交部。
法国人民深深感激这位年轻人，年仅32岁，光荣地结束了十年战争。全欧洲早已承认他的将才，如今明白他的明智和坚定在外交方面也表现得卓越不凡。《亚眠和约》只是开始而已。1802年5月23日，他与普鲁士签订和约。5月24日与巴伐利亚，10月9日与土耳其，10月11日与俄国签订和约。将近11月9日——共和周年纪念，他预备以和平节日庆祝之。这天，他愉快地宣告他的工作目标：“本政府信守其愿望和诺言，未曾屈服于危险的非常的事业的欲望之下。其责任在恢复人类的宁静，并借强固持久的关系，聚合欧洲大家庭以担负决定世界命运的任务。”这也许是他一生中最美好的时刻。
