除了准备制定法律以统治法国外，拿破仑专注于更困难的行政工作。他将该工作分给八个部，选他能找到的最能干的人为部长，不拘其党派或其过去，有些是激进的雅各宾派，有些是吉伦特派，有些是保王党。在某种情况下，他容许个人的钟爱支配实际的判断。他命拉普拉斯担任内政部长，但不久他发现这位伟大的数学家和天文学家“将无限小的精神带入行政”，他就将他调入元老院，并将该部长职位给予兄弟吕西安。
内政部长的基本而且几乎不可能完成的任务，是恢复公社或自治区的偿债能力和活力，作为政治体的基础组织。
拿破仑在1799年12月25日致吕西安的函中说明他们的情况：
自1790年以来，3.6万个地方团体就像3.6万个孤女。作为旧封建权利的继承人，他们（公社）已被国民公会或督政府的地方自治受托人忽视或拖欠债务……新班底的市长、估税员、市政顾问只不过意味着新式抢劫而已：他们盗取了僻路、小径、森林，抢劫教堂，窃取公社财产……如果这个制度再延长10年，地方团体的遭遇将如何？除债务外他们将一无继承，将破产到请求居民周济的地步。
这是拿破仑在文学的心情下所言，所以有些夸大，如果真是这样，可能就已促成公社像巴黎一样选择他们自己的官员了。至于较小的公社，据最近历史学家评断，革命已揭露只有很少的村民被施以良好的教育及培植正直感和公益心。常常当地挑选出来的统治者，如那些从巴黎派出的一样，结果证明是无能、贪污或两者兼有，所以拿破仑不理会公社自治的请求。他退回到罗马执政制度或前波旁王朝的监督官制度，宁愿派任（或请内政部派任）每一行政区一位行政长官，每一郡一位次行政长官及每一公社一位市长。每位被任命者对其长官负责，最后对中央政府负责。所有如此任命的行政长官都是经验丰富者，而且大部分很有能力。在任何情况下，他们使拿破仑的权力得以传达。
行政事务（总行政组织）在拿破仑时期的法国，可能除古罗马外是历史上最不民主、最有效率的。人民反抗该制度，但结果证明它是可抵御他们贪得的个人主义的一种矫正法。复位的波旁王朝及其后的法兰西共和国都保留了，该制度使法国经过一个世纪政治和文化的动乱保持隐藏的、基本的连续性。1903年旺达尔写道：“今天法国生存于拿破仑遗留给她的行政结构中和民法下。”
比较紧急的问题是国库的复原。经执政官勒布伦推荐，拿破仑请戈丹出任财政部长，他曾拒绝五人执政官下的该职位，博得有能力和诚实的名声。他的就职为新政府保证获得财政界的支持。丰富的贷款援救了这个国家：一位银行家出借50万法郎黄金，而不要求利息。不久国库有了1200万法郎用以支付运作费用，及养活和满足衣衫褴褛、长期未发饷的军队（永远是拿破仑最为关怀的）。戈丹立即将课税和收税权从地方官员转至中央政府，地方官员在这些手续上的贪污已恶名昭彰。1800年2月13日，戈丹将各种财务机构并合为一个法国银行，借出售股份以筹资本，并授权发行纸币。不久由于银行的仔细管理，它的钞票跟贵金属一样受欢迎与可信赖。该银行不是一个国家机构，它依然属于私有，但它由政府岁入支持并部分管制，而且国库长巴尔贝·马波士加入财政部以保护、管理该银行的国家基金。
最令人不愉快的治理，是罪行的防止、侦察和处罚，及保护政府官员以免被暗杀。富歇正是干这个工作的人，他具有丰富的经验。而且，因为他是保王党标明为复仇对象的弑君者，他只能倚赖保护拿破仑为对抗波旁王朝复位的最强障碍。戈丹珍护银行家，而富歇使激进的雅各宾派同意第一执政为真正革命之子——保障平民以御贵族和教士，保障法国以御反动力量。拿破仑不信任而且惧怕富歇，因此保持单独的间谍组织，其责任包括监视警察总监。拿破仑1802年就小心翼翼地监视富歇，1804年使他复职，留用他到1810年。他欣赏富歇要求资金时的温和，并假装没有看见这位狡诈的总监以从赌场没收的钱和妓院的捐献，供作他组织的部分资金。独立的宪兵队不断监视街道、店铺、办公处所和居民家，也许分享被监视者之所得。
个人违抗警方、法律及国家的辩护——纵然是刑事犯，在法国并不像英国那样获得很多注意，但有些由一个有效的不受贿赂影响审判的司法制度保障。拿破仑派法学家阿巴立默（AndréJoseph Abrimal）掌理这个行政部门时说：“公民，我不认识你，但据说你是法官中最诚实的人，所以我请你担任司法部长。”不久法国就遍布许多不同的法院，大小不一的陪审团、执法官、监守官、检察官、原告、公证人、辩护人……
保护国家以御外国的责任，归于贝尔蒂埃将军领导的作战部、戴克雷斯领导的海军部及不屈的塔列朗领导的外交部。塔列朗当时45岁，他以礼貌的优雅、智力的敏锐和道德的堕落闻名于世。我们上次看到他在战神广场庆典中庆祝神圣弥撒。不久，他写信给他最近结交的女友弗拉奥女伯爵菲耶尔说：“我希望你感觉出昨天我对什么神祷告和宣忠贞之誓。只有你才是我崇拜的上帝，而且将永远崇拜。”他有一个女伯爵生的儿子，但他悄悄参加她的婚礼，就像新娘看不见的施予者一样。他对女性美的爱好自然随伴着对法郎的欲望，钱是美女赖以生活的依靠。因为他拒绝基督教的道德观和天主教的宗教信仰制度，他调节他的口才以配合赚钱的目标，并博得卡诺绝妙的恭维：
塔列朗带有旧政权的所有恶习，未能获得新政权的任何德行。他没有固定的原则，他更换原则如同更换衣衫似的，而且根据潮流采取原则——哲学流行时他是哲学家，如今则是拥护共和政体者，因为这是必要的摇身一变。明天如果有利可图他会宣称是一个绝对的君主主义者。我无论如何不要这种人。
米拉波同意说：“为了钱，塔列朗会出卖灵魂——他也许是对的，因为他会以石易金。”
不过，塔列朗的长袖善舞也有其限度。暴民将国王与王后逐离土伊勒里宫并建立无产阶级专政时，他未向新主人致敬，而是乘船赴英（1792年9月17日）。在那里他受到冷暖兼有的接待：普里斯特利、边沁、坎宁和福克斯热烈地接待他，记得他参与革命的贵族冷淡地接待他。1794年3月，英国人的容忍性消失，命令塔列朗于24小时内离境。他航行到美国，靠他的所有权和投资的收入逍遥自在地过活。1796年他回到法国，并于1797年7月成为督政府下的外交部长。以这个地位，他用不同的方法增加他的财富，以致在英国和德国的银行储存300万法郎。他预见督政府的垮台，于1799年7月20日辞职，并安心地等待拿破仑召他复出。这位执政官没有等很久，1799年11月22日塔列朗又出任外交部长。
拿破仑发现他作为新贵的统治者和衰微的国王之间的中间人很有价值。在整个革命期间，塔列朗保持旧贵族的衣着、礼貌、言词和思想：态度从容温文（尽管他的脚稍跛），泰然自若，具有诡谲的机智，知道需要时用隽语伤人。他是一位勤奋的工作者和精明的外交家，能以有礼貌的优美措辞改述他的率直主人的鲁莽坦率的话。他有一个原则，那就是“永不迅速做决定”——这对于一个不完美的人是一个有益的箴言，好几次他迟延发送急件使拿破仑得以撤回危险的决定。
不论在任何旗帜下，他都要丰富地过活，悠闲地勾引及采集名花野草。这位执政官问他如何积储了这么一大笔财富时，他坦白地回答：“我在共和雾月7日买进股票，3天后售出。”这只是开始而已，在他复职的14个月内，他又增加了1500万法郎。他根据内幕消息利用市场，从夸张他对拿破仑的影响力的列强处收集消息。执政府结束时，他的财富估计为4000万法郎。拿破仑发现他背叛而无法替换。他附和米拉波，用一个在法文比在英文中较少臭味的词“丝袜中的污秽”称呼这位温文的跛子。拿破仑本人获得法国的国库和法国，是不屑收受贿赂的。
