深使浪漫主义者着迷的这位形而上学家究为何物？形而上学的中心论题为：个人自觉的自我是所有实体的中心与要旨，而自我的本质是意志，自我的意志是自由的。没有比这个更能讨浪漫主义者欢心了。然而，此事不像腓特烈·施莱格尔的《鲁辛德》那般简单。费希特在出版《全知识基础论》（Foundation of the Whole Science of Knowledge，1794年）一书后，发觉有阐明的必要（1797年），于是又写了《再绪》（Second Introduction）和《新陈述》（New Presentation），但这使其说法显得更荒诞。关键字本身需要加以解释，知识意指研究知识的主要部分或精华——精神——用另一个冷僻的字眼即是“知识论”（epistemology）。
费希特先将哲学家分为两种。其一为“独断论者”或“实在论者”，他们认为所有经验与所有“事实”都是精神的知觉表象。因此，一切我们所知的实体是认知精神的一部分。他反对实在论，因为在伦理上它被迫成为一种机械似的决定论，而决定论使意识成为多余并破坏了责任与德行——事实上，自由意志是我们最贴切、最强烈的信念之一。费希特进一步驳斥说，以物质为出发点的哲学不能解释意识，而且此种哲学显然不足取。而哲学的主要问题即涉及称为意识的这种神秘实体。
因而费希特以自我（或本我）为出发点。他承认有一个外在世界，即通过我们的认知认识的外在世界。而这些认知凭其过程——通过记忆与目标解释知觉，将客体转换成精神的一部分（因而一个字就如声音一样，与那种以经验、环境和目的来解释的文字迥然不同。而就感觉来说，一场风暴不过是一种混乱而无意义的混杂信息落在各种感官上，但由认知通过记忆、环境和愿望，一场风暴即成为有意义行为的刺激物）。费希特下结论说：我们必须假定一个外在客体或“非我”作为我们引发外在感觉的原因，但此“客体”由认知、记忆和意志来解释，是一种精神的构成概念。就此而言，主体与客体都是自我的一部分，而自我以外的世界就不得而知了。
这些仅是费希特哲学的一面罢了。在认知的自我背后是希望和意志的自我。“自我是一种刺激体系，自我的本质即是倾向或冲动。”“我们整个思想体系视我们的冲动与意志而定。”（费希特这里的思想接近斯宾诺莎的“欲望是人的本性”，并导向叔本华的“意志与表象的世界”的观点。）这种永不休止的意志并非似乎囿于机械决定论的客观世界的一部分，因此意志是自由的。这种自由意志是人类的本质，因为它使人成为明辨是非的道德行为者，并自觉遵守道德律。
费希特接着将康德对天文与道德体系的赞美，发展成一种新神学。这种新神学假定有一种统治、支撑宇宙及人类性格与社会的道德律。最后，他将这种宇宙的道德秩序认同为神，换句话说，宇宙的每个角色必须恪尽其责，以维持整个宇宙。自由人的目标与职责即是与此神圣的道德秩序融洽调和。这种宇宙道德秩序并非是人而是一种过程，在人类道德的发展中表现出来。“人类的天职”即是与此神的秩序和谐相处。这些让人忆起斯宾诺莎，但就另一方面而言，费希特也令人想起黑格尔——个体的自我或精神生命有限，但它是整个有意识的自我不朽的一部分，而有意识的自我就是绝对的自我、理念或精神。
在费希特的哲学中，我们感觉到一个人的焦虑摸索，他已丧失了遗传的宗教信念，却为自己和他的读者或学生在信仰与怀疑之间寻找中庸之道而奋斗。1798年，在《基于我们对神统治宇宙的信仰》（On the Ground of Our Belief in a Divine Governance of the World）一文中，他再度面临此难题。他重申其以神为宇宙的自然道德秩序的观念，但他承认为了使其概念与信心显得生动，有些人可能赋神以人格。然而，他又说将神想象为我们未来的欢乐赖它赐予的暴君，等于崇拜一位偶像，而那些崇拜这位偶像的人应称为无神论者。
一位匿名的批评家指责此篇论文为非宗教，其他人于是加入攻击费希特的行列。萨克森政府将能弄到手的费希特论文全部没收，并向魏玛政府提出诉讼，控告政府准许无神论者在其管辖区内被公然聘为教授。在魏玛教育委员会试图礼貌地答复萨克森人民以平息此事时，本非和平主义者的费希特发表两小册论文公开辩护其书（1799年），一本是《请大众公断》。魏玛教育委员会认为这本《请大众公断》是对它处理此事的挑战，此时费希特也听到了一则谣言，说魏玛教育委员会将要求耶拿大学评议会公开谴责他。费希特申论表示，公开谴责他将违反学术自由，于是致函魏玛枢密院说：万一评议会发表对他的谴责，他将辞职。他还说，如果此事发生，其他若干位教授已同意与他一起辞职。魏玛教育委员会发布敕令给耶拿大学评议会（席勒与歌德也同意），要求该会谴责费希特。然后，该会接受费希特的要挟与挑战，将他解雇。该校学生曾提出两份陈情书请求撤销敕令，但他们的请求被驳回。
1799年7月，费希特夫妇移居柏林，在该地他们受到腓特烈·施莱格尔、施莱尔马赫和其他浪漫主义人士的热烈接待。这些人感受到费希特想象力的浪漫主义情趣及其哲学英雄式的自我论。为节省开支，费希特（与其不情愿的妻子）接受施莱格尔的邀请，与他和布兰德尔·门德尔松·维特同住。这位善变的哲学家喜爱这种群体生活，因此提议将其扩大。他写道：“如果我的计划实现，施莱格尔兄弟、谢林和我们将成为一个家庭，住一栋较大的房屋，只需要一名厨子。”然而这项计划并未实现，原因是卡洛琳·施莱格尔与布兰德尔合不来。在社会主义乐园中，个人主义是条毒蛇。
然而，费希特直至去世仍带有社会主义者色彩。1800年，他出版一本短文集《封闭的商业国家》（The Closed Commercial State）。他在其中表示，外贸与货币管制使较富有的国家剥削了较贫穷的国家的金属财富。因此，政府应该控制所有外贸，并持有所有可流通的金块和货币。握有这种力量后，国家应向每个人担保供给生活费，并均分国家物产。而个人必须交给国家稳定物价及决定其工作的职务与性质的权力，以为回报。
不可思议的是，与此偏激论调同时出现的一册宗教短论《人类的天职》（The Volation of Man，1800年），将神描述为宇宙的道德秩序，并提升为一种崇拜的狂喜：
我们的信念……我们对职责的信念，是对上帝、上帝的理智和上帝的真理的唯一信念……那种永恒的意志无疑是宇宙的造物主……因为他是永生的，我们也获得永生。
崇高而不朽的意志！无以名之，不囿于任何思想……你最为天真烂漫、忠实与淳朴的心灵知悉……
在你面前，我蒙住面孔，捂着嘴巴……你究竟如何，你的存在似乎为何，我永远无法知道……你使我认识在有理性动物的世界中，我的职责为何。如何认识的，我不知道，也无须知道……在沉思你我的这些关系中……但愿我将在宁静的祝福中安息。
费希特显然依赖公开演说及出版这些演说词来维持生计，但他愈来愈趋向信仰基督教并热爱日耳曼。1805年，他应邀就任埃尔兰根大学的哲学讲座。拿破仑军队进入日耳曼（1806年），迫使他再寻找一个较安全的职位时，他正在埃尔兰根大学建立新的名望。他进入东普鲁士，并在柯尼斯堡教课一段时日。不久，拿破仑军队逼临附近的弗里德兰，迫使他再度迁居，这次迁往哥本哈根。1807年8月，由于厌倦到处流浪的生活，他起程返回柏林。在那里，他将哲学搁置一边，把全部精力投入协助这个支离破碎、饱受屈辱的民族恢复自尊与精神。
