如同在“三十年战争”中一样，普鲁士在宗教上仍然分裂。腓特烈大帝与奥地利和法国的多次战争，为其延长的悲剧的重演。假如腓特烈输了，新教徒可能已从普鲁士消失，如同在1620年之后它从胡斯的波希米亚消失一样。
在新教的北方，新教牧师接管了天主教主教的财产时，他们成为仰赖新教王侯的军事保护者，承认他们是该地新教教会的领袖。因此，不可知论的腓特烈成为普鲁士教会的领袖了。在天主教国家中，奥地利、波希米亚及几乎所有莱茵邦联的主教，假如他们自身不是统治者的话，也需要同样的保护，因而陷入政府权力的附属中。他们大多数不太注意教宗的公告，但绝大多数定期在他们的布道上朗诵保护他们的政府当局的法令。因此，在拿破仑保护下的日耳曼诸国的主教，不管是新教还是天主教，都要在他们的布道上朗诵他的行政规则和军事告示。
此种教会的臣属产生了相异——几乎矛盾的结果：虔敬主义和理性主义。许多日耳曼家庭有一种较政策更强、较仪式更深的虔信传统，他们发觉在家庭祷告中较教士的雄辩或职业性的宗教信仰制度更富启示。他们越来越多地否定教会，而在秘密团体中，秘密而热诚地做祷告。更热烈的是一群自豪的神秘论者，他们珍爱雅各布·伯麦（Jakob Bohme）等先知的圣传，主张或寻求直接会晤上帝，体验已解决人生中最深、最苦问题的启发。特别令人难忘的是，忍受了数世纪宗教迫害的无言的英勇事迹，摩拉维亚派教徒的不隐遁、不宣誓的修道士和修女，为天主教的波希米亚所逐，而散布在新教的日耳曼各处，深深地影响其宗教生活。斯塔尔夫人曾见过他们之中的一些人，为他们婚前的守贞、财产的共享及为他们每个死去的人选择的墓志铭——“他生于这样的一天，而在这样的一天，他回归他的祖国”——感动。芭尔贝·朱莉·冯·克吕德纳（1764—1824年）是斯塔尔夫人最喜爱的神秘论者，她献身于他们的宗派，她如此深具魅力地宣道，普鲁士的露易斯王后和俄国亚历山大沙皇，深受其影响，除了财产共享之外。
与神秘主义者相反的是怀疑论者，他们已经吸入法国启蒙运动的气息。莱辛发掘并部分出版了《匿名的残简》（Fragmenteeines Ungenannten，1774—1778年），而放任了日耳曼的开化。在此，赫尔曼·赖马鲁斯（Hermann Reitmarus）表达他对《新约》四福音史实性的怀疑。当然，每个时代都曾有过怀疑论者，但是他们之中绝大多数懂得沉默是金的道理，因此它的蔓延就被地狱之火和警察抑制。但是现在它已进入兄弟会会员和玫瑰十字会（Rosicrucian）的分会、大学，甚至修道院。1781年，康德的《纯粹理性批判》一书辨明了一种理性神学的困难，在日耳曼的知识分子中引起骚动。在他之后30年中，日耳曼哲学致力于摒拒或隐蔽康德怀疑的工作，而某些明敏的组织者，如施莱尔马赫获得了国际声誉。根据米拉波（1786—1788年曾三度访问日耳曼）的记载，那时几乎所有的普鲁士新教牧师曾秘密地摆脱他们的正统信仰，进而认为耶稣是一位宣称世界末日迫近的可爱的神秘论者。1800年，一位草率的评论者叙说宗教在日耳曼已死，而“当一名基督徒已经不再是时尚了”。乔治·利希滕贝格（Georg Lichtenberg）预言道：“所有对上帝的信仰就像对育婴室的精灵的信仰一样，这一天将会来临。”
诸如此类的记事被情绪性地夸大了。宗教怀疑影响了少数的教授和一些二年级学生，但是它几乎不曾感动日耳曼的群众。基督教的教条依然使人们的依赖感诉诸超感力，即使知识分子也倾向于请求超自然的助力。新教的宗教集会以强力的赞美诗温暖了他们自己的心灵。天主教会依然给奇迹、神话、神秘、音乐和艺术提供一个庇护所，为经年在哲学和性的风暴及浅滩中，做智力航行而精疲力竭的心灵，提供一个最终的港口。因此博学的学者如施莱格尔、多才的犹太人像门德尔松的女儿，终于在圣母教堂寻求温暖。信仰总是恢复，而怀疑依旧。
