多情的国王去世了，照顾这个病态国家的重担落在他儿子腓特烈·威廉三世的肩上，历经拿破仑、梅特涅，他将国家继续维持至1840年。他意志薄弱、感情温和，因之他能延续如此长久的时间，众人皆感讶异。他有着一个好公民所具有的一切美德：合作、正义、仁慈、谦和，忠于婚姻，热爱和平。他解放所有王室土地上的农奴。1793年，他和梅克伦堡-史特雷利茨公国的露易丝结婚，她年方17岁，美丽而具有热烈的爱国心，不久就成了全国的偶像。她依然是欢乐的主要源泉，但他似乎将所有的灾难引入其中。
这个新世纪带给了他一个接一个的危机。1803年，法国攫取了汉诺威，它的中立性曾为普鲁士保证。于是，陆军的年轻军官们喧嚣着，即使不发生战争，也要与法国绝交，但腓特烈·威廉保持他的和平。法军闭锁了威悉河和易北河的河口，伤害了普鲁士的贸易，但腓特烈主张忍耐。露易丝王后恳求战争，穿着印有她名字的军服，骑在马背上游行，在未曾败北的陆军中燃起火焰。斐迪南王子，国王的表兄，渴望得到一个表现他勇气的机会。年迈的不伦瑞克公爵提议领导普鲁士陆军，布吕歇尔将军——滑铁卢的未来英雄，支持他。腓特烈·威廉默默地对抗他们。1805年，奥地利向拿破仑挑战，寻求普鲁士的帮助，但国王不愿意。
但法军在前往奥斯特利茨途中，穿过普鲁士的拜罗伊特时，腓特烈·威廉的耐心消失了。他邀请俄国的亚历山大在波茨坦开会，在那里，他们宣誓，就在腓特烈大帝的坟墓处，并肩抵抗拿破仑，帮助奥地利。亚历山大的军队进军南方，不幸败北。正当普鲁士的军队动员时，战争结束了。亚历山大逃回俄国。拿破仑给腓特烈·威廉一个宽大、折中的和约（1805年12月15日和1806年2月15日）：普鲁士割让纳沙泰尔、克莱弗、安斯巴赫给法国，但以接收汉诺威作为报答。为了得到这个垂涎已久的奖品，腓特烈·威廉同意所有普鲁士港口对英货的封锁，和法国签订一个攻守同盟。英国向普鲁士宣战。
向复仇女神挑战，拿破仑开始组织莱茵邦联——它包围西日耳曼地区中的普鲁士省份。得到拿破仑秘密地将汉诺威呈献给英国的消息，腓特烈·威廉和俄国订立一个秘密同盟（1806年7月）以防御法国。8月1日，拿破仑将整个西日耳曼纳入其保护之下。8月9日，腓特烈·威廉动员他的一部分军队。9月4日，他重新打开普鲁士港口对英货的贸易。9月13日，他命令他的军队进入萨克森。由于萨克森军队的加入，在不伦瑞克公爵的领导下，他的将官统率20万人。拿破仑认为这是对两个条约和一个同盟的违反，狂怒的他命令已驻扎在日耳曼的军队集中在同盟国的前方和侧翼。他本人则匆匆赶至前方，在同一天，即1806年10月14日，指挥耶拿和奥尔施泰特两地对普鲁士人和萨克森的歼灭战。
此事从法国方面来看，已如上述。从普鲁士方面来看，即是它历史中最黑暗的悲剧之一。腓特烈·威廉和他的政府、家属一齐逃入东普鲁士，并尝试从梅梅尔继续他的统治。拿破仑则从柏林的国王宫室中对欧洲大陆发号施令，并宣布“封锁大陆”（Continental Blockade）。他的军队将普人赶出波兰，在弗里德兰打败俄国人，而护送拿破仑至泰尔西特，在那里他和亚历山大签订和约。于是，腓特烈·威廉获悉必须接受屈辱的条件，借此普鲁士的继续生存将被允许。必须割让易北河西岸的所有普鲁士土地给法国，并将三次瓜分中普鲁士所有窃取的地区归还波兰。必须接受并供应法国士兵在普鲁士的占领开支，直到完全付清1.6亿法郎的战争赔款为止。由于1807年7月9日签订的这个条约，普鲁士失去了它之前拥有土地的49％，及之前所拥有的975万人口中的525万人。在1806年至1808年之间的这几年中，占领部队的费用和赔款的支付耗去了普鲁士的全部收入。凝视着这个惨遭破坏的国家，部分日耳曼人预言：这种情况再也不会在日耳曼历史中重演。
