博学的音乐学家们将贝多芬的创作生涯划分为三个时期：1792年至1802年，1803年至1816年，1817年至1824年。此种分野很值得怀疑。在第一时期，贝多芬的作品暂时带有莫扎特和海顿简单而静穆的风格。在第二时期，贝多芬对演奏者在拍子、灵巧和力度上更为苛求。他探究轻柔与剧烈气氛的对比，纵情于变奏的创作与即兴的技巧上，这些均循着起首与展开的原则。贝多芬更易奏鸣曲和交响曲的风格，把原来女性化的纤美伤感变为男性的刚强果决。贝多芬仿佛要表现这种转变，把小步舞曲置于第三乐章上，伴着诙谐曲欢乐跳跃的音符，以嘲弄命运。贝多芬发现音乐能抚慰遭遇的不幸，他孜孜不倦于音乐的创作，使他肉体的死亡只是永恒生命偶然的插曲而已。“我演奏和作曲时，我的痛苦……很少能妨碍我。”贝多芬不再能以耳朵听到自己的曲调，但以音乐家不可思议的能力，把想象中的乐音变为点与线的墨迹，而自刊印的曲谱上用眼睛悄无声息地听出了音乐。
几乎所有这个时期的作品都是古典的，在后代的管弦乐的曲目上都可找到。1803年，为小提琴家乔治·布里奇沃特所作的47号作品《克莱采奏鸣曲》（Kreutzer Sonata），是题献给巴黎音乐学校小提琴教师鲁道夫·克莱采的。克莱采认为这首曲子与他的风格相左，似乎从未公开演奏过。
贝多芬认为交响曲中，1803年至1804年谱成的《英雄交响曲》是他最得意的作品。这首曲原先是献给拿破仑的，世人大半都知道这个故事。纵然贝多芬有贵族朋友，而且明智地献乐给他们，但贝多芬终其生，坚定不移地拥护共和政体。他对波拿巴1799年至1800年僭取法国政权与立宪，大为喝彩，认为尽责的政治指日可待。然而1802年，拿破仑与教会签了协定，此时贝多芬已萌生悔意，他写道：“每件事恢复到昔日的轨迹。”至于对拿破仑的献乐，让目击此事的斐迪南·里兹来说这个故事：
在作这首交响曲时，贝多芬心中只有拿破仑。当时拿破仑是第一执政，极为贝多芬推崇，喻他为罗马最伟大的执政官。我和几位贝多芬的知友，看到桌上《英雄》乐谱的手稿，在扉页的最上方有波拿巴的字样，最下方写着路德维希·范·贝多芬，此外别无文字……我是第一个带给他拿破仑称帝的消息，结果贝多芬勃然大怒：“这么说来，他也跟一般人没有两样，现在他必会蹂躏所有的人权以满足野心，他将凌驾其他人而成为暴君。”贝多芬走向桌子，拿着乐谱扉页的上半，一撕两半丢到地上。首页改写过，交响曲更名为《英雄交响曲》。
这首交响曲出版时，名称是《英雄交响曲，为纪念一位伟人而作》。
1805年4月7日，在维也纳剧院首次公演此曲，不顾听觉的缺陷，贝多芬亲自指挥演奏。贝多芬指挥的风格与他的性格相契合——激动、苛求、“夸张”。在最弱音时，他的身子整个伏了下来，为桌子遮掩；乐音逐渐增强时，他缓缓起身，不停地打着拍子，直到最强音时跳了起来，好像希望漂浮在云端。这首交响曲被抨击为“奇特激烈的转调”、“可厌的开始”与“过于冗长”。批评家建议贝多芬恢复到早期简朴的风格。贝多芬畏缩退避，继而愤愤不平，企图更正此种说法。
贝多芬向命运另下赌注，他试图染指歌剧。1805年11月20日，贝多芬指挥《莱奥诺拉》（Leonore）的首度公演，但拿破仑军队已于11月13日攻克维也纳，弗兰茨国王和朝中显贵仓皇遁走，人民也无闲情逸致来欣赏歌剧。公演时虽在寥寥落落的观众中，传来法国军官疏落的掌声，还是失败了。有人告诉贝多芬，歌剧太冗长，编排又笨拙。贝多芬修正删剪后，再度于1806年3月29日推出，再次失利。8年后，维也纳国会议员汇集此城，歌剧更名为《费德罗》做第三度尝试，结果仅获有限的成功。贝多芬所作的乐曲，适合于比声乐还有更大弹性或音域的乐器，然而歌手急于打破新的樊篱，唱不出高昂的乐节，最后他们群起反对贝多芬。这出歌剧偶尔在今日上演，舞台的两侧书有作曲者的名字。贝多芬对这出歌剧所做的修正，如今已成为绝响了。
从艰苦而未获得报酬的经验中，贝多芬创作了一首又一首的杰作。1805年，贝多芬创作了作品58号G大调第四号钢琴协奏曲，大为音乐鉴赏家眷爱，仅次于第5号协奏曲。他以作品57号F小调奏鸣曲庆祝1806年，其后此曲命名为《热情奏鸣曲》，另外增加3首四重奏（作品59号）题献给驻维也纳的俄国大使安德烈亚斯·拉祖莫夫斯基伯爵。1807年3月，贝多芬的朋友或许为安慰他歌剧的失利，为他举办慈善音乐会。音乐会中，他指挥1号、2号、3号交响曲和近作作品60号降B大调第4号交响曲。我们无法想象听众如何忍受一次聆听这么多的交响曲。
1806年，米可罗·尼可劳斯·埃斯泰尔哈吉公爵委托贝多芬为他夫人受洗日作弥撒曲。贝多芬于1807年9月13日到埃斯泰尔哈吉公爵在匈牙利艾森斯泰特的别墅，弹奏作品86号C大调弥撒曲。曲终时，公爵问他：“我亲爱的贝多芬，这回你又创作了什么？”贝多芬解释这个问题时，明显地表现出不满的样子，而在邀请期届满之前，离开了别墅。
贝多芬有两首目前是举世皆知的交响曲：C小调第5号交响曲和F大调第6号《田园交响曲》，使他1808年声名大噪。几年来，似乎这两首曲子的创作同时进行，但气氛的经营大异其趣。第5号交响曲是沉思默认，而第6号交响曲是欢愉喜悦的。这两首交响曲于1808年12月22日适时地一同首次公演。经常重复地演奏，即使对于资深的音乐爱好者而言，也会使吸引力大为减少，我们不再为“命运敲打着门”或鸟鸣于林而感动。也许我们喜悦的凋逝，意味着音乐教育的缺乏，以致无法欣赏音乐的雅趣，诸如：主题对比和展开的逻辑法则、对位法的和谐一致、相异乐器演奏时的针锋相对、管乐器和弦乐器的相互呼应、乐章的气氛经营、全曲的方向和结构等，都无法领略。人类的心智可以用不同的方式塑造——有的以感情，有的以理念。对于黑格尔来说，要了解贝多芬就如同贝多芬（或任何人）要了解黑格尔一样不易。
1808年至1809年，贝多芬谱出作品73号降E调第5号钢琴协奏曲，即为人熟知的《国王》（Emperor）协奏曲。在所有作品中，这首是最动人、最华美不朽的，令人百听不厌。曲中的活泼灿烂、洋溢欢乐的创作，永无休止的感觉与喜悦的源泉，都使我们有一种难以言宣的感动。在这首协奏曲中，一个人自明显的灾祸中胜利地站起来，写出较《第九交响曲》更为嘹亮的合唱，更具信服力的《欢乐颂》。
或许《国王协奏曲》和《田园交响曲》的欢乐气息，反映出贝多芬日渐好转的境遇。1804年，鲁道夫大公聘他为钢琴教师，教授弗兰茨国王的幼子，两人的友谊于焉开始。鲁道夫经常协助这位越来越谨慎的共和主义者。1808年，威斯特伐利亚国热罗姆·波拿巴曲意逢迎贝多芬，请他担任卡塞尔皇家唱诗班和管弦乐队的指挥，贝多芬同意年俸600金币就任斯职。贝多芬显然对他日益失聪的耳朵仍寄予厚望。朋友听到贝多芬和卡塞尔的磋商，提出抗议，认为不忠于维也纳。贝多芬回答说，他在维也纳辛劳了16年，还得不到一个有保障的职位。1809年2月26日，大公送给贝多芬正式的协议，载明贝多芬依然留在维也纳，保证年薪有4000弗罗林，其中鲁道夫付1500，罗布可维兹公爵付700，金斯基伯爵付1800。除此之外，贝多芬可保有其他赚来的钱。贝多芬接受这个条件，留在维也纳。1809年，“音乐之父”海顿辞世，贝多芬因而承继了海顿的冠冕。
