拿破仑觉得他已采取了重大的步骤，使意大利由一个地理名词变为一个国家。他在北方成立了南阿尔卑斯共和国，在南方成立了那不勒斯王国，可是在他远征埃及时，奥地利人已经结束了一年前才成立的罗马共和国。教皇国又取回了历史悠久的古都及大部分疆土。1800年3月13日，主教会议选出了新教皇庇护七世。如今几乎所有的天主教徒都仰望他来坚定地维护教皇“世俗的权力和领土”。
拿破仑觉得庇护七世颇为通情达理，庇护七世愿意和巴黎协商政教关系，他为拿破仑称帝前来祝福。不过这些教皇国是754年由法兰克人之王丕平赠送给教皇斯蒂芬的。有人说，这些领土并未真正由所谓“君士坦丁之赠”（Donation of Constantine）的正式文书赠送给教会。774年，查理曼大帝认可了“丕平的赠送”，可是他“干涉教皇国的政务”，而且“认为他自己是基督教国家的领袖，教皇必须听命于他，即使在宗教事务上，也要服从他”。拿破仑也有类似的想法。他已经下定决心贯彻大陆封锁政策，禁止英国货物的输入，来报复英国对法国的封锁，但是教廷坚持对所有国家开放港埠通商。尤为甚者，教皇国是分割南北意大利的界线，而如今在有生之年统一意大利已成为拿破仑的最大心愿。他曾告诉约瑟夫·波拿巴：“这是我首要固定的政纲。”为了配合此政策，法军已于1797年占领安科纳，此为亚得里亚海的一个战略港口，为控制南北交通要道的枢纽。1805年11月13日，正当拿破仑与奥地利和俄国大战前夕，庇护七世在教廷人士的怂恿下，一反常态，语气转趋强硬。他对拿破仑发出了挑战：“我们认为有权要求阁下退出安科纳，如果阁下拒绝，我们甚难与阁下政府保持良好友善的情谊。”拿破仑在奥斯特利茨大战前夕在维也纳接到此最后通牒，他对教皇利用这个时机甚为愤怒，因此以牙还牙，以强硬的口吻答复教皇：“阁下固然是罗马之主，但我是她的国王。”像查理曼大帝一般说了这些话以后，他像恺撒一般率军前进，在奥斯特利茨全面击溃了俄奥两军。
一年后（1806年11月12日），拿破仑于耶拿大败维也纳，他接着在柏林要求罗马将英国人逐出罗马，并要求教皇国加入“意大利邦联”。他说他无法容忍“在意大利王国和那不勒斯王国之间”存在着“一些战时英军可能占领的城堡和港埠，它们将危及意大利各邦人民的安全”。他限庇护于1807年2月前答复。庇护拒绝了这个要求，仍然让英国官员留在罗马。拿破仑由泰尔西特凯旋后，再度要求教皇将英国代表逐出罗马，教皇再度拒绝。8月30日，拿破仑威胁将夺占“边界”各邦，教皇大为惊恐，终于同意对英国关闭港埠。拿破仑进一步要求教皇和他站在同一条战线上，共同抵抗法国的敌人，庇护拒绝了这个要求。1808年1月10日，拿破仑命令米奥利斯将军——当时佛罗伦萨的法军统领——进军罗马。
从那天起，政教之间又兴起了一次历史性的冲突。2月2日，米奥利斯率军攻占奇维塔韦基亚港，次日进入罗马，包围了教皇宫殿及元老院驻地奎里纳尔山（Quirinal）。从那时起一直到1814年3月，庇护成了法国的犯人。1808年4月2日，拿破仑下令将教皇国“边界”各邦并入意大利王国，从此在意大利王国和那不勒斯王国之间——在约瑟夫·波拿巴和欧仁之间——有了一条通行的走廊了。
一年过去了，其间拿破仑忙着处理西班牙的事务。1809年5月17日，拿破仑再度占领维也纳，他在此地宣布将教皇国并入法兰西帝国，并结束教皇世俗的权力。6月10日，教皇褫夺拿破仑的教籍。7月6日，拉代将军率领法军直趋教廷，命令教皇自行选择让位或放逐。庇护只携带着每日祈祷书及一具十字架，便随着捕快进入了一辆等待的马车，沿着意大利海岸经热那亚至萨沃纳。在那里他被监禁，不过当局对他十分礼遇。1812年6月，拿破仑公布了一个绑架教皇至英的阴谋，又将教皇迁至枫丹白露。1813年2月13日，教皇与拿破仑签订了新协议，3月24日他又宣告他的签名无效。他住在皇宫似的“牢”中，生活俭朴，甚至亲自缝补衬衫。他在枫丹白露经过了1812年和1813年的变局。1814年1月21日，拿破仑本人也面临成为囚犯的命运，他于是将教皇送回了萨沃纳。4月，联军攻占巴黎，俘获拿破仑后，他们通知释放教皇。这时，庇护七世已因近年来心理和生理的折磨，形容憔悴。5月24日，他回到罗马。几乎全城的人都出来热烈欢迎他，赞美他。罗马的年轻人抢着为他换马，争夺替教皇驾车回奎里纳尔山的殊荣。
拿破仑的行政官员在治理教皇国的短暂期间，靠着当地自由人士的协助，费尽苦心，迅速有力地改变了当地经济和政治的景象。他们结束了封建制度、宗教裁判所，关闭了500所宗教机构，让5852名神父和修女得到了并不自在的自由。他们黜除了贪官污吏，引进了主计制度。他们修建并保护道路，盗匪因此几乎绝迹。他们清理市街，装设路灯。他们疏浚了罗马市东南部的蓬蒂内沼泽（Pontine Marshes），并加以开垦。他们宣布信仰自由，犹太人可由犹太区自由迁出，兄弟会会所也蓬勃发展。医院大量增加，他们革新了狱政，成立学校，并充实学校人员，又在佩鲁贾增设了新的大学。他们继续挖掘古物的工作，并任命卡诺瓦管理放置这些古物的博物馆。然而，另一方面他们征收赋税的严苛，也是罗马人未曾经历过的，罗马壮丁都必须入伍服役，商人对限制与英贸易则时有怨言。大多数民众不满法国人骤然改变了传统体制，也因为听了法国人对待教皇的传闻而愤恨法国人。如今连无神论者也开始敬爱这位教皇了。“民众如今怀着悔恨的心情，怀念着往日教皇温和、纵容的统治。”
拿破仑这么一位精明的君主，居然会犯了囚禁教皇的错误，实在令人愕然。他与教皇议和，教皇亲来加冕，这些事实在已大大帮助了拿破仑，使他和全欧洲的天主教徒建立了友谊，甚至欧洲所有的君主都可能正式承认他的地位。但是，他后来对待教皇的方式疏远了所有的天主教徒和许多新教徒。拿破仑想拿教皇作他的政治工具，结果反而加强了教皇的威望。法国天主教教会一向是“高卢化”的，即反对教会的，如今也对教皇表示尊敬和效忠了。前任教皇曾因政治压力，将耶稣会会士驱出，1814年，温和但坚定的庇护七世恢复了耶稣会。同年，教皇重新取回了世俗的权力。由于成为囚徒的教皇始终默默抵抗、毫不妥协的毅力，教皇的精神号召力量也增强了。拿破仑在两次下台期间也曾承认低估了教皇：“我一直以为他是一个软弱的人……我对他过分了些，我错了，我看得不清楚！”可是庇护七世从不曾低估拿破仑，他对拿破仑的许多作为表示钦佩。当他前日的狱吏如今成为阶下囚时，他表现了温柔敦厚的胸怀。拿破仑的母亲曾向教皇指称英国人在圣赫勒拿岛虐待其子，庇护为此还请求康萨尔维红衣主教为这位下台的仇人斡旋。教皇比国王多活了两年，他死于1823年，神志恍惚濒危时，仍喃喃念着：“萨沃纳，枫丹白露。”
