在从埃及回来的9个月中，拿破仑一直努力使法国人民接受他对政治自由所下的定义：定期举行其结果必然是赞成开明专制的公民投票。正当法国人已厌倦自由和民主之时，意大利人在奥地利复辟政权的统治下，却烦躁不安，渴望民主和自由。那位原籍意大利的伟大法国人，究竟什么时候再回到意大利，把奥地利踢出去，给意大利一个自己的政府呢？
然而，拿破仑执政一向工于心计。他从容不迫，因为周详的准备是他战略的首要原则。他终于来临时，比起1796年的一击，更是精彩：他越过并直下阿尔卑斯山，将奥军截成两段，直取奥军主力后方，然后缩小包围圈，将奥军及统帅一一擒拿，最后奥地利只好将威尼斯以西的意大利疆土都割给了法国（1801年）。拿破仑将他的战利品变成了与1797年类似的模样，一为以米兰为首府的南阿尔卑斯共和国，一为热那亚的利古里亚共和国（Ligurian Republic），成为两个由意大利人统治的法国保护国。教皇国这时仍可不受干扰，因为拿破仑不再是反对天主教的异教徒，他正在和教廷商议协定。1801年3月18日，他又取得那不勒斯斐迪南四世的允诺，禁止英国货物进入那不勒斯港。纳尔逊这时正忙着攻打哥本哈根（1801年4月2日），见此情势也无可奈何。意大利在这些杰出的成就后面，见到了一双巧妙的“意大利手腕”，他们极为高兴。
然后，这双手慢慢地抓紧了权力。1802年1月，南阿尔卑斯共和国的454名代表集会于里昂，通过了拿破仑拟订的新宪法。塔列朗经授意在会中提议选举拿破仑为新意大利共和国总统，众代表欣然同意。可是，1804年拿破仑自封为法国皇帝以后，意大利总统的头衔又显得不太相称了。1805年5月26日，拿破仑在米兰接过了旧日伦巴底王尊贵的王冠，成为意大利（北部）王。他引入了《拿破仑法典》，又以富有的省份来补助穷困的省份，使人人都有平等受教育的机会。他答应使“我的意大利子民……成为全欧洲赋税最轻的人民”。他离开意大利时，留下了他钟爱的养子欧仁，以表达他对意大利的关怀，并代表他行使政务。
在未来的8年里，这个新王国（主要在伦巴底地区）享有了民生乐利、政治昌明的局面。这段日子是令意大利人怀念的。政府并不想挂出民主的招牌，拿破仑根本不相信民众有足够的能力去明智地选举他们的领袖或决定政策。他指示欧仁应网罗经验丰富、能力卓越的行政人才。他们果然竭尽所能，热心尽职。他们组织了极具绩效的官方机构，他们从事规模广泛的公共工程，修筑道路、运河、公园、住宅、学校。他们改进了环境卫生，革新狱政和刑法。他们消除文盲，鼓励音乐和艺术。而税收由1805年的8200万法郎升至1812年的1.44亿法郎，不过其中部分是由于战费引起的通货膨胀，部分是由于将集中的财富再行分配，以增进公众的福利。
同时，法皇继续使意大利“拿破仑化”。1802年9月，他将皮埃蒙特并入法国。1805年6月，热那亚政府在他的诱惑下主动要求将利古里亚共和国并入法国。1805年9月，他吞并了帕尔马、皮亚琴察、瓜斯塔拉等公国。1805年12月，在奥斯特利茨一役结束后，奥军几乎全军覆没。他又游说奥皇弗兰茨二世将威尼斯割让给欧仁的新王国。1797年，拿破仑曾出卖了威尼斯，如今他补偿了这不光彩的行为，威尼斯人感激万分。1807年，他访问该城时，全城通宵达旦狂欢庆祝。1808年5月，他占领了奥地利属地政绩最佳的托斯卡纳大公国。拿破仑因其妹夫巴乔基治理卢卡颇有贤名，特别命令他前来托斯卡纳。在巴乔基贤明宽大的政策下，佛罗伦萨成了文学艺术的中心，回到了美第奇时代的盛况。
1806年3月30日，拿破仑宣布派其哥哥波拿巴为那不勒斯王，并派遣他率领法军去赶走桀骜不驯的斐迪南四世和他专横跋扈的王后。法皇似乎为这位温和的波拿巴留下了最困难的任务，而且好像没有认真计算执行时的困难，便要评价他的成果。约瑟夫·波拿巴是一个文质彬彬的人，他喜爱与知识分子为友，也喜欢略识诗书但又不因学问而减少魅力的女人。拿破仑觉得抱着这种生活态度的人是永远不可能治理国家的。那么他为什么还派给约瑟夫这样的任务呢？实在是因为拿破仑的王国比兄弟还多，同时他除了近亲外，又不信任任何人。
那不勒斯的中产阶级早已在封建制度下蠢蠢欲动，他们欣然接受了波拿巴王。可是一般老百姓视他为窃国贼和异端，不欢迎他的来临。波拿巴只得硬起心肠，采取严厉的手段来减少他们的抵抗。王后已经将国库的所有财富带到西西里，一支英国舰队又封锁着各个港口，杜绝了海上贸易。法军虽然战胜了，但待遇微薄、军心动摇，波拿巴于是向他弟弟乞求一些周转的财源，拿破仑却要他命令那不勒斯为其自由付款。波拿巴最后向荷兰银行家借了一笔款项，同时课征国民税金，无论贵族、平民、教士都必须纳税。他又将拿破仑最欣赏的财政专家罗德勒子爵由巴黎请来掌理财政，不久财政状况即告稳定。其他经验丰富的官员在王国各个地区建立了免费的学校，在各省建立学院。政府废止了封建制度，将教会的土地收归国有，再售予农民及人数日增的中产阶级。同时，政府依照《拿破仑法典》，根据当地环境，稍做增减以制定法律。政府整顿司法，简化繁琐的程序，改革狱政和刑法。
1808年6月10日，正当约瑟夫·波拿巴已逐渐成功地赢得了民心，他却奉命坐上另一个更为艰险的王位——成为西班牙国王。拿破仑如今再没有兄弟可用了，他只好任用妹妹卡罗琳的丈夫缪拉为那不勒斯王。
缪拉主要以他炫耀夺目的衣着及勇猛善战的战绩闻名于世，但是我们也应该赞扬他重建那不勒斯政府的功劳。他除了没有耐心外，具备了农民所有的美德。他适合从事磨炼筋骨的艰苦工作，而不适合诡诈的外交活动或极需深思远虑的政务。他虽偶尔逢场作戏，可是不失为一位忠实的丈夫。在他认为拿破仑行事已近疯狂前，他对这位专横的妻兄一直忠心耿耿。他抱怨拿破仑经济封锁政策破坏了那不勒斯的经济，我们可以了解他的苦衷何在。然而，也许正是由于他急躁的个性，他的政府在短短4年的统治时期完成了许多大事。他们完成了税政的改革，成立了国家银行，偿付了政府的债务（大部分由出售教会财产来偿付），废止了国内的关税，建设重大的公共工程。约瑟夫·波拿巴和缪拉治理那不勒斯总共不及8年，但改变了那不勒斯政治、经济、社会的基本面貌，因此1815年斐迪南四世复辟后，几乎保留了所有法国人的革新措施。
最令缪拉得意的措施是他组织训练了6万人的大军，他希望以此武力统一意大利，成为第一位意大利国王。不料，1812年，他毫无准备地被召回法国，加入了妻兄征俄的行列，远离了意大利的阳光，也远离了统一意大利的梦想。
