在一小群自由主义人士的鼓吹下，意大利的知识分子对法国的重大变革已有了心理准备。米兰的贝卡利亚和巴里尼，那不勒斯的塔努奇、杰诺韦西和菲兰杰里，西西里的卡拉乔里都曾经在散文、诗歌、法律和哲学上阐扬新说。以理智和中庸为圭臬的法国国民大会如今通过的一些议案，就是受了他们的影响。在托斯卡纳，连利奥波德大公都为革命欢呼，他认为这是全面改革欧洲可贵的先声。
1796年，拿破仑以革命将领和继承人的姿态，冲进意大利，如狂野的秋风，将撒丁岛和奥地利的军队扫出了皮埃蒙特和伦巴底。当时几乎所有人都夹道欢迎他。他们认为他是一位率领法军来拯救意大利的意大利人。有一段时期，帕维亚、热那亚、维罗纳虽有抵抗，他仍能够势如破竹，意大利各城市都好像是无条件赠送的礼物，纷纷落在他手中。1797年7月和8月，他将米兰、摩德纳、雷焦艾米利亚、博洛尼亚及瑞士的一小部分领土，合并成为南阿尔卑斯共和国，并为这个共和国制定了类似法国革命时期的宪法。
在他统治意大利北部早期，自由主义的作风的确安抚了渴望独立的人士。高官厚爵，虽有名无实，也驯服了地方的领袖。他们深知：在这群豺狼割据的欧洲大陆，不得不接受一位保护意大利的主人。而这位主人虽然有些苛捐杂税，虽然会掳掠一些艺术品，但他说得一口漂亮的意大利语。而且，法律公正开明，不是比别人要好得多吗？可是法国革命政府反对教会的趋势及以后压制教会的立法，却消除了意大利人的好感。对于意大利民众而言，宗教比起这种压迫教士、有“九月大屠杀”气息的政治自由要珍贵得多了。
1792年1月13日，法国一名外交官遭受罗马暴民的攻击，伤势严重，次日即告不治身亡。教皇庇护六世由于奥地利约瑟夫二世颁布《宽容敕令》（1781年）已受到了打击，如今面临新危机。法国政府正大肆没收教会财产，并于1790年7月12日颁布《教士法令》（The Civil Constitution of the Clergy）。庇护六世从小接受正统的思想，崇尚传统，因此他曾经指责法国大革命，支持各国受到威胁的君主来镇压革命政府的行动。但是，1797年2月19日，在胜利的拿破仑的威胁下，在《托伦蒂诺条约》中，他被迫将法国境内教皇的属地阿维尼翁和罗纳河以东的领土割让给法国，又将费拉拉、博洛尼亚、拉温纳等城市割让给新兴的南阿尔卑斯共和国。
1797年12月，一群罗马暴民杀害了法国迪福将军。当时贝尔蒂埃将军继拿破仑（当时在埃及）统率意大利的法军，便用这个时机入侵罗马，并建立了由法国统治的罗马共和国。庇护六世提出抗议，反而被捕，他继续反抗，结果被辗转递解，1799年8月29日死在瓦朗斯督政府的监狱里。对历史无知的人还以为教皇制度从此就结束了。
这种情势给那不勒斯的斐迪南四世制造了三个机会：一、考验阿克顿爵士组织的新军；二、表现他对教会的忠诚；三、他可以乘机取得教皇一块领土作为酬劳。这时纳尔逊正为汉密尔顿夫人神魂颠倒，滞留那不勒斯。他同意以海军登陆来助斐迪南一臂之力。斐迪南四世于是命令奥地利马克将军统率大军，然后他随军轻易夺占了罗马（1798年11月29日）。当地的法军早知道他们并非那不勒斯军的对手，已迅速撤出了罗马城。
逃亡的主教在威尼斯选举新教皇时，斐迪南的军队正在品评罗马的美女和艺术品，不料一位卓越的法军将领尚皮奥内正率领着新锐的法军由北方杀来。1798年12月15日，尚皮奥内在卡斯特拉那打败了马克散漫的那不勒斯军，马克大败而逃，法军乘胜追击，直逼那不勒斯，攻占了这座城市，城中的知识分子欣喜万分。法军于1799年1月23日在此成立了帕尔瑟诺佩亚共和国（Parthenopean Republic）。斐迪南带着王后，汉密尔顿爵士带着他的情人逃到纳尔逊停泊在巴勒莫港的旗舰上。
可是这个新共和国的寿命不到5个月，尚皮奥内及其主力不久奉命北上驱逐奥军，1800年他战死在当地。鲁福大主教在英将富特的协助下，又为斐迪南组成了新军。那不勒斯民众讨厌法军这些无神论者，他们协助斐迪南再度占领了那不勒斯。法军在那不勒斯海军将领卡拉乔洛的协助下，躲藏在海港的两座碉堡里。鲁福和富特答应法军，如果他们投降，可以不受阻挠地撤回法国。法军同意了这个条件。但在能履行此协定前，纳尔逊舰队载送斐迪南王室一行，已由巴勒莫抵达。纳尔逊接掌了统帅权，他不顾主教的反对，命令舰炮轰击法军堡垒。法军只好无条件投降。卡拉乔洛准备逃走时被捕，在为纳尔逊舰上一军事法庭草率审判后，在旗舰拉密内尔瓦上被吊死（1799年6月29日）。国王和王后复辟后，大捕自由派人士，并将他们的首脑人物一一处以极刑。
