西班牙国王波拿巴眼前困难重重。他努力在一小撮自由分子之外，争取更广泛的支持。自由派人士赞成把富有教会的财产没收，但约瑟夫·波拿巴早已因为他没有信仰的名声受尽阻挠。他知道，打击教会的每个措施，如今只会进一步燃起对他外族统治的反抗。被拿破仑击溃的西班牙军队现在重整旗鼓，零星聚合，虽然军容不整，但是士气高昂。在秋收春耕之间，农民反抗异族的游击战也间歇不断。而法军驻地散布西班牙全境，疲于奔命，法军将领争功邀宠，彼此不和，在巴黎的拿破仑根本无法统一协调西班牙的战略。据马克思说，拿破仑到现在才发现：“西班牙即使亡国了，社会上仍充满了民族的精神，每个角落都汹涌着反抗的怒潮……西班牙并没有抵抗的中心，但也可以说到处都是抗敌的中心。”法军一支主力在拜兰（Bailén）大败后，一部分主要的西班牙贵族也加入了革命，因此把民众对他们的怨恨转移到侵略者身上。由于教会积极地支持抵抗，抵抗运动已没有自由主义的色彩了。相反，抗敌的胜利反而巩固了教会和宗教裁判所的势力。不过，省级的军政权中仍有一些自由主义人士，他们派遣了代表参加在加的斯的全国议会，参与了拟定宪法的过程。如今，伊比利亚半岛上抗敌运动四起，到处弥漫着希望和虔诚的气氛。此时，波拿巴正怀念着昔日在那不勒斯的日子，拿破仑正在苦战奥地利，而威灵顿——一位具有新派思想的人物——正准备由英伦再度南下，为西班牙回到中世纪助一臂之力。
穆尔爵士在拉科鲁尼亚去世时（1809年1月16日），曾劝谏英国不要再费尽心力保卫葡萄牙。他认为法国人迟早要执行拿破仑的命令，让葡萄牙成为法国的属国。再说，英国如何能运输和补给足够的大军，来和驻西班牙10万名能征惯战的法军一决雌雄呢？可是，在爱尔兰的威灵顿如今静极思动，亟待有所表现。他告诉战争大臣：只要让他独力统率2至3万名英军，不受干扰，再加上当地的援军，他便能保住葡萄牙抵挡10万名以下法军的攻击。英国政府相信了他的话，1809年4月2日他率领2.5万名英军抵达里斯本。他后来形容这批英军是一群“地上的残渣……一伙坏蛋……一些只为有酒喝而从军，除了用鞭子无法管束的乌合之众”。可是，他们在面临杀敌或被杀的选择时，都能奋不顾身，拼死一战。
苏尔特元帅已料到了英军的入侵，他已率领2.3万名法军——一群终日酗酒没有文化的可怜家伙——沿海岸直下波尔图，同时另一支法军在维克多元帅的率领下，也由西面沿着塔古斯河来攻。威灵顿曾经详细研究过拿破仑的战略，他决定在法军两位元帅会师进攻英军据点里斯本之前，先发制人，进攻苏尔特。于是，他率领2.5万名英军和由贝雷斯福德（未来的贝雷斯福德子爵）率领的1.5万名葡军，赶到杜罗河波尔图的对岸。1809年5月12日，他渡河袭击苏尔特后方。法军措手不及，仓皇后退，共损失了6000人马及所有的大炮。威灵顿没有乘胜追击，因为他必须赶往南面阻止维克多的进攻。可是，维克多已经得到了苏尔特大败的消息，退回塔拉韦拉，在当地会合约瑟夫·波拿巴的援军。法军现共计4.6万人，而与法军对峙的威灵顿军包括2.3万名英军和3.6万名葡军。1809年7月28日，两军在塔拉韦拉展开了激战。葡军不久即不支逃出战场，威灵顿则奋战不懈，屡次击退法军的攻势，最后维克多损失了7000人及17门大炮后无功而退，英军也损失了5000人，但是守住了阵地。英国为嘉奖威灵顿身先士卒，特别封他为威灵顿子爵。
不过，战争大臣对他的支持逐渐减弱了。1809年拿破仑取得瓦格拉姆大捷，1810年3月他和奥地利公主结婚，结束了英奥的联盟。俄国这时还是法国的盟国。在此形势下，法国在西班牙又多出了13.8万人的兵力。同时，马塞纳元帅统率着6.5万人的大军，正准备出师西班牙，下定决心要攻克葡萄牙。英国政府因此通知威灵顿，一旦法军入侵西班牙，他可以撤军回国，而不致遭受处罚。
这是威灵顿一生事业的关键。固然上级准许他自行撤退，可是无论如何，这将是他人生记录上的污点，除非他将来再立下大功来洗雪这次失败，但是未来是不可预期和依靠的呀！于是，他决定以全部人马、一生的事业，甚至个人的生命再次孤注一掷。他命令全军在里斯本北方由塔古斯河经托里什韦德拉什到海岸构筑一条25英里长的碉堡防线，等待法军的进攻。马塞纳先攻克了西班牙重镇罗德里城，开始了征葡之役。然后他率领着6万人马，越过边境进入葡萄牙。1810年9月27日，威灵顿率领5.2万名联军（英军、葡军、西军）在布塞古（Bussaco，科因布拉的北方）迎战马塞纳。在此役中，威灵顿损失1250人，而马塞纳损失4600人。不过威灵顿知道，他不能和马塞纳一样等待援军，因此他撤退至托里什韦德拉什防线，一路命令实行坚壁清野战术，等待马塞纳大军粮食耗尽，自然无功而退。这个战略果然奏效。1811年3月5日，马塞纳领着饥饿疲惫的大军回到西班牙，并将统帅权让给了马尔蒙。
威灵顿的大军经过一个冬天的训练和休憩后，率先进攻西班牙。1812年7月22日，他率领5万人马进攻马尔蒙驻扎在萨拉曼卡附近的4.8万名法军。在此大战中，法军伤亡1.4万人，联军损失4700人，马尔蒙不支而退。7月21日西班牙王波拿巴已率领1.5万名兵士离开马德里前来增援马尔蒙，在途中得知马尔蒙大败的消息后，不敢再回到京城，直接奔向巴伦西亚与絮歇元帅的法军主力会合。宫中文武百官及1000名“法国化”的西班牙人也狼狈地跟随他。8月12日，威灵顿进入马德里，当地民众对拿破仑宪法一直不存好感，因此见了英军雀跃不已。威灵顿后来写信给一位朋友说：“我正在一群欣喜若狂的人民当中。但愿上帝能一直这么保佑着我，让我能为西班牙争取独立。”
然而，上帝此刻忽然拿不定主意了。马尔蒙依赖着布尔戈斯的坚固防线整顿军备。威灵顿前往将他团团围住，约瑟夫·波拿巴由巴伦西亚率9万大军前来解围。威灵顿因此不敌，于1812年10月18日沿萨拉曼卡和罗德里城撤退，沿途损失了6000名士兵。约瑟夫·波拿巴再度进入马德里，民众郁郁不乐，但是中产人士十分高兴。这时，拿破仑正在莫斯科冒着刺骨的寒冷，苦战不已。西班牙，正如欧洲的其他地区，在等待着这场以大陆命运为赌注的结果。
