皮特辞卸他的首相职务时（1801年2月3日），决定支持他的朋友亨利·阿丁顿作为他的继承人。阿丁顿具有皮特的厌战倾向。他指出战争得不到国人的拥护，特别以出口商为最。他看出奥地利在马伦戈兵败后，如何蓄意解散第二次联盟的意图。他看出将金钱资助这样优柔寡断的盟邦是毫无意义的浪费，他决定当面子能保全时立刻终止这场战争。1802年3月27日，他的代表与拿破仑签订了《亚眠和约》。有14个月之久，炮声沉寂了。但是，拿破仑在意大利和瑞士扩张他的势力，而英格兰拒绝放弃马耳他，终止了这段宁静的日子，对垒于1803年5月20日恢复。阿丁顿委派纳尔逊指挥并筹组一支舰队，他的任务十分简单：侦查出法国舰队的主力，就地歼灭至片甲不留。同时，拿破仑在布洛涅、加来、敦刻尔克和奥斯坦的军营、海港及军火库，补充人员和物资，并建造数百艘船只，准备载他的军团渡过英伦海峡去征服英格兰。阿丁顿挣扎着应付这次挑衅，但是他犹豫不决、不能指挥，同时国内的防御组织呈混乱现象。他的党派支持他的人数从270人降到107人时，他表示愿意辞职。1804年5月10日，皮特二度拜相。
皮特立即与俄国、瑞典和奥地利组成第三次联盟（1805年），并给予他们从提高25％的税收中得来的金钱补助。拿破仑命令他的海峡雄狮班师回法，以给予奥地利另一次教训，而且下令给他的海军副总司令皮耶·戴·维尔纳夫，要他准备法国海军最精良的战舰去对付纳尔逊，以一战结束不列颠的海上控制权。
纳尔逊的旗舰胜利号上有703人，平均年龄22岁，有些十二三岁，少数几人只有10岁。约有半数是强制征募来的，许多是被判决到海军服刑事判决罪的囚犯。他们的薪资极低，依据表现，他们可分到从截获来的船舶或仓库中得来的财物。上岸离去的绝少，因害怕脱舰罪。为迎合这些人的需要，一船船的妓女被带到船上去。在布雷斯特，某一清晨，309个女人和307个男人一起在水中载浮载泳。这批征兵经过严格的训练后，学会使自己适应环境，通常以他们的工作和勇气为傲。据说，纳尔逊颇孚众望，因为他决不处罚，除非在不得已的情况下，但也先表示出显然的歉意。因为他知道一名海员的辛苦，他在战略或指挥上也很少有失误，因为他亲冒敌人炮火的危险，因为他要使船上的人相信，他们决不背弃他或英格兰，也决不会失败。这就是纳尔逊的奇迹，使这批受刑的人拥护他。
1803年7月8日，他的11艘战舰驶入地中海上宽阔的土伦港，维尔纳夫和他的舰队受到要塞内护航的大炮掩护。法国海军司令稍后接到拿破仑的新命令：撤离土伦，往直布罗陀突围，航向西印度群岛，与在那里的另一支法国小舰队会合，攻击在那里遭遇到的任何不列颠武力。纳尔逊的舰队驶至撒丁港口的水面时，维尔纳夫逃离土伦（1805年3月30日），全速驶向美洲。纳尔逊稍后追赶他，于6月4日抵达巴巴多斯。听到这个消息，维尔纳夫回头驶入大西洋，与14艘由西班牙船舶组成的小舰队，在海军司令弗德里科·德·格拉维纳的统率下，在科鲁尼亚实施联合作战。
拿破仑的修正命令又要他驶向北方，加入另一支法国在布雷斯特的舰队，企图在纳尔逊从西印度群岛回来前，攫夺到英伦海峡的控制权。但是，维尔纳夫的战舰在加勒比海巡弋后，已不具备面对面战斗的条件。8月13日，他率领他扩充后的舰队全速驶向南方装备精良、防御严密的加的斯港，开始在那里重整战舰和人员。8月下旬，一支由海军副总司令卡思伯特·科林伍德统率的不列颠小舰队负责监视维尔纳夫的任务。纳尔逊于完成来回横渡大西洋的壮举后，认为他和他的人员也需要整编和休息。他获准和他的情妇在默顿休息几个星期。9月28日，他和他的舰队及科林伍德一起在加的斯外的海域上，不耐烦地等着法国舰队出来一战。
拿破仑又改变了他的训令：维尔纳夫驶离加的斯，设法避开不列颠舰队，前去与约瑟夫·波拿巴合作，加强法国对那不勒斯的控制。10月19日和20日，这位颇不情愿的海军司令率领他的33艘战舰离开加的斯，前往直布罗陀。20日，纳尔逊看见了它们，立刻命令他的27艘船只备战。他在那天夜里写给汉密尔顿夫人的一封信上说：
我至爱的艾玛，我胸中的亲爱朋友，讯号告诉我们，敌方的联合舰队正在驶出港口。海面平静无浪，所以明天之前他们不会到达。愿战神赐我万事成功，我愿以我的名字起誓，愿我爱得超过我自己生命的你和霍雷希亚永远温馨甜蜜……愿万能的上帝赐我们战胜这批家伙，使我们获得和平。
在战斗当天的日记上，他写着：
……愿伟大的主……赐予我的国家，并为了全欧洲的福泽，一次伟大、光荣的胜利，愿没有任何失误污损这次胜利，并愿人性接踵着胜利成为不列颠舰队的主要特征。至于我自己……我献上我的生命给造我的上帝。愿他的祝福使我忠诚地为我的国家服务。我将自己和托付我防卫的正义交给他。阿门！阿门！阿门！
敌方的舰队于1805年10月21日，在加的斯南方不远处的西班牙海岸上特拉法尔加角外海遇上了。维尔纳夫从他的旗舰布桑托尔号上发出讯号给他的战舰，形成南北向一线纵队，左舷对准驶近的敌舰。这批战舰发现自己成为以两列纵队朝东北向前进的不列颠武力的目标时，他才勉强地完成了这一部署。上午11时35分，纳尔逊从他的旗舰上发出一道有名的讯号：“英格兰期望人人尽忠职守。”讯号火速传给他的舰队。11时50分，海军上将科林伍德指挥着15艘战舰，命令他的旗舰皇家主权号，直接朝海军司令格雷维那的第一艘和第二艘巨型战舰圣安那和福努格沃之间的缺口驶过去率先攻击。借助这个行动，他的人员处在两艘西班牙战舰的舷侧开火的位置上，而它们无法还击——那时的战舰前后只设计少数炮位，甚或没有设置。不列颠的炮手还有一个额外的有利情势：他们可以用燧石发火装置点燃大炮，这种方法比法国人用火柴来引燃大炮的方法要快上两倍，火力因战舰的晃动而更为集中。科林伍德的小舰队的其他舰只依照他的方法穿过敌舰防线，然后散开，集中攻击格雷维那的舰队，法国海军的士气因之低落。在这条战线的北端，法国战舰勇敢地抵抗纳尔逊愤怒的攻击，有些士兵死去时高呼：“国王万岁！”然而，如在阿布吉尔一样，不列颠水手凭着在驾驶术和射击上卓越的训练和技术打了胜仗。
一名射手从敬畏号的中桅上朝纳尔逊射出致命一击时，胜负已经很分明了。这位海军上将不仅如往常一样身先士卒，由于拒绝取下挂在他胸前的英格兰颁赠给他的功绩勋章，而冒了更大的危险。弹头穿进他的胸部，撕裂了他的脊椎骨。他的忠诚助手托马斯·马斯特曼·哈迪上尉背他进入甲板下面的安全处，比蒂医官证实纳尔逊自信只有几小时生命的判断。他神志继续清醒了4个小时，足够他知道他的舰队已打了一场大胜仗。敌舰19艘投降，不列颠的则全部没有投降。他的最后遗言仅是：“照顾我心爱的汉密尔顿夫人，哈迪，照顾可怜的汉密尔顿夫人。”接着：“吻我，哈迪。此刻我很满足。感谢主，我完成了我的任务。”
全部纳尔逊的战舰，在纳尔逊临死时的命令下停航，躲过了他预见的飓风，并及时抵达英国，让水手们享受举国庆贺他们胜利的盛会。这位英雄的尸体，泡在白兰地酒中延长腐烂的时间，直立在一口棺材里运到英格兰，并接受了最盛大的葬仪。哈迪上尉交给汉密尔顿夫人她死去的情人的诀别信。她当作唯一的慰藉而珍藏着它。在信尾上，他写着：
啊，忧愁悲痛的艾玛，
啊，光荣愉快的纳尔逊。
他的遗嘱将他的全部财产和政府的酬劳留给他的太太，不包括在默顿的房子，那房子由艾玛·汉密尔顿保留。担忧这点财产——加上来自她丈夫的年金——不能让她过着舒适的生活，他在战斗当天，在遗嘱上加了一条附录：“我留下艾玛·汉密尔顿夫人，作为国王和国家的一项遗产，愿他们给予她充分的供应，以维持她那种身份的生活。”在他垂死的几个小时里，据司各特报告，他要求他的国家也应该照顾“我的女儿霍雷希亚”。国王和国家漠视这些要求。艾玛于1813年因债务被捕，不久即释放，逃到法国躲开她的债权人。1815年1月20日，她在贫困中死于加来。
海军司令格雷维那在一次光荣的抵抗后，乘着他的旗舰逃至西班牙，但是负伤过重，不出数月即死了。维尔纳夫的指挥并不明智，却战斗得十分勇敢，如纳尔逊一般身先士卒，毫不瞻前顾后，他在他的人员几乎全部阵亡后才投降。他被带到英格兰后，被释放了，回到法国。不愿见到拿破仑，他于1806年4月22日在雷恩的一家旅馆中自杀。他的最后一封信向他的太太请求原谅他的遗弃，并感谢命运，他没有留下子嗣去“背负他的姓氏”。
特拉法尔加角是历史上最重要的战斗之一。它决定了不列颠一个世纪之久的霸权。它终止了拿破仑将法国从不列颠舰队沿着她的海岸封锁线上解放出来的机会。它迫使他放弃侵入英格兰的念头，这意味着他在陆上的战斗花费愈来愈昂贵、愈昂贵却愈战斗。他想以奥斯特利茨大捷（Austerlitz，1805年12月2日）来消除特拉法尔加的耻辱，但此战导致耶拿、埃劳、弗里德兰、瓦格拉姆、博罗季诺、莱比锡和滑铁卢诸役。制海权占了上风。
纵然如此，熬受过上百次危机而欣见特拉法尔加角胜利的皮特，同意拿破仑奥斯特利茨大捷可媲美之说。经受内政和外交上一连串危机的折磨后，他从伦敦隐退至巴斯去休养调息。他在那里接到居于联盟国枢纽地位的奥地利再度崩溃的消息。这个消息给了已经被白兰地加倍销蚀的病体致命的一击。1806年1月9日，他被带回到他在帕特尼的家中。就是在那栋房子里，他担任了大不列颠的首相。他于1806年1月23日，以47岁的年纪，在那栋房子中逝世了。在那19年中，他协助指引了他的国家迈上工业、商业和海上霸业，而且娴熟地改良了英国的财政制度。但是，他既不能抑制法国大革命，也没能阻遏拿破仑的霸权在欧洲危险的扩张。对英国十分珍贵的欧陆势力平衡就此消失，辛苦地压制下去的国内言论、集会和新闻自由，因战争延续了12年，仍见不到息战的信号而不耐烦了。
