这支舰队的动向十分保密，以致5.4万人几乎都不知道他们的目的地。拿破仑仅称它为一支“英国军队的侧翼”，而且要求水手与战士相信他，即使他也尚且不能确定他们的任务。这项保密起了作用：英国政府显然误认这支舰队准备奋战通过直布罗陀，然后参与对英国的攻击。在地中海的纳尔逊的战舰警戒松懈，使法国的商船队逃过他们的监视。
6月9日，舰队接近马耳他。督政府已贿赂马耳他的总督及其他显贵的骑士 ，使其仅做象征性的抵抗，结果法国只损失了3人就占领了这个表面上难以攻取的堡垒。拿破仑在那里耽搁了一个星期，改组哥瓦德岛的行政。未来的诗人维尼当时才2岁，被介绍给这位征服者，他举起他并亲吻他——“他小心地将我放到甲板时，他又获得了一名奴隶。”维尼后来这样回忆道。然而，前往亚历山大途中，这位神一般的人物几乎一直处于晕船状态中。同时，他研读《古兰经》。
这支舰队于1798年7月1日到达亚历山大。这个港口由卫戍部队防守着，登陆将花费很大的代价。及时而有秩序的登陆还是必需的，如果这支分遣舰队不想被纳尔逊的舰队突袭的话。附近的波浪十分汹涌，但拿破仑亲自率领一支5000人的登陆队伍，踏上这个未加防护的海岸。这些人没有骑兵或大炮，在夜间接近卫戍部队，并以200名法国人伤亡的代价克服了它，占据了这座城市，并在舰只提供的保护下，将士兵与他们的军备卸置在埃及的国土上。
以这场胜利和一些阿拉伯语作为武器，拿破仑说服当地领袖坐下来与他会谈。他谈笑取乐，然后以他对《古兰经》的了解，巧妙地使用其中的惯用语和概念，留给他们深刻的印象。他保证自己与他的军队尊敬当地的宗教、法律与财产，他保证——如果当地领袖愿以劳力与军需品支援他——为他们赢回马穆鲁克（Mamluke，1250—1517年统治埃及的军人）雇佣兵夺取的土地——马穆鲁克在埃及衰微时统治了埃及。阿拉伯人半信半疑地同意了。7月7日，拿破仑命令他的军队穿过150英里的沙漠到达开罗。
他们从未遭遇过如此酷热、如此干燥、如此炫目的沙漠，如此不懈怠的昆虫，如此使人无能的赤痢。拿破仑沉默着分担了他们辛苦的工作，使他们的抱怨为之平息。7月10日，他们到达尼罗河，尽情地唱着，以消释他们肉体的疲劳。又经过5天的行军，他们的前锋接近一座有3000名马穆鲁克军队的名叫科布拉启塔（Kobrakit）的村庄。“华丽的骑兵，”拿破仑回忆起他们，“个个都是金银闪烁，配备了最好的伦敦卡宾枪与手枪，还有东方最好的军刀，骑乘也可能是欧洲大陆最好的马匹。”不久，马穆鲁克的骑兵攻击法国防线的前线与侧翼，却被法国的毛瑟枪和大炮射倒。肉体与自尊都受到伤害，马穆鲁克的军队掉头逃走。
7月20日，距开罗仍有18英里时，胜利者突然看到埃及金字塔。该夜，拿破仑得知6000名马穆鲁克的骑兵在23位地区省长的率领下，聚集在艾姆巴巴（Embaba），准备向异教的入侵者挑战。次日下午，他们在埃及金字塔的决定性战役中倾力狙击法国军队。在那里，如果我们相信拿破仑的记忆，他告诉他的士兵：“这些金字塔注视你们已有40个世纪之久了。”法国军队再度以大炮、毛瑟枪和刺刀抵抗猛攻，他们中有70名战死在那里。马穆鲁克的军队死亡1500人，大多数士兵仓皇而逃，跳入尼罗河被淹死了。7月22日，土耳其在开罗的当局将市政府的钥匙送给拿破仑，以示投降。7月23日，他进入这个如画般的首都，未遭到任何抵抗。
从那个中心，他用他控制的阿拉伯国务会议（divans），发布了埃及政府的命令。他用他的军队防御并阻止抢夺、保护现存的财产权利，但是为了补给他的军队，他继续占用习惯上由马穆鲁克征服者征收的税收。他与土著领袖会商，声明尊敬伊斯兰教的宗教与艺术，承认安拉为唯一的神，而且要求穆斯林援助埃及获得新的繁荣。他召集他的科学家设计消除瘟疫的方法，引进新的生产事业，改进埃及的教育与法律体系，设立邮政与公共交通事业，修筑运河，调节灌溉，使尼罗河与红海会合。1799年7月，他以法国与当地的博学之士组成了埃及研究所，并为它在开罗设置宽敞的工作场所。这些学者准备的24大册《埃及的叙述》（Description de l?gypte）由法国政府资助出版（1809—1828年）。这些人中的一位，我们得知为布夏尔（Bouchard）。1799年，他在距离亚历山大30英里的一个城镇上，发现罗塞塔石碑（Rosetta Stone）——碑铭为两种语言及三种字母（古埃及象形文字、简化的古埃及象形文字和希腊文字）刻成——使由托马斯·扬1814年开始、由商博良设定（1821年）的一种古埃及象形文字原文翻译法得以出现，因此向“近代的”欧洲吐露出古埃及文明的惊人复杂与成熟。这是拿破仑远征主要而且唯一有意义的成果。
拿破仑可暂时享有战胜的荣耀与施政的乐趣。在他稍后的回忆中，他告诉雷米萨夫人：
在埃及的时光是我生命中最为喜悦的……在埃及，我发现自己丝毫未受到使人厌倦的文明的拘束。我梦想到各种事物，而且看出我梦想的一切如何成为事实。……我预计要攻击在印度的英国军队，而且以我的战绩恢复我与古老欧洲的关系……命运却不利于我的梦想。
命运的第一次打击是一名副官朱诺传递给他的情报，约瑟芬在巴黎有了情人。他忧伤、愤怒了很多天。然后，在1798年7月26日，他寄给他的哥哥约瑟夫的一封沮丧的信中：
我可能在两个月内再度回到法国……家里有很多令我烦恼的事……你的友情对我非常重要，如果我失去它，而且见到你背弃我，我必将是一个十足的厌世者……
我要你在我回来之前，为我安排好一个乡村的地方，在勃艮第或靠近巴黎都好。我想在那里度过冬天，而且不接见任何人。我厌倦社交，我需要孤独与隔离。我的情感颓丧，厌倦公开的炫耀。年方29岁，我却已厌烦荣华富贵，它已失去了魔力，除了完全的自我主义没有任何东西留给我……
再见，我唯一的朋友……将我的爱给你的妻子与热罗姆。
他从一名跟随丈夫到埃及的法国女人菠利娜·富雷斯那里得到一些乐趣。拿破仑借一次任务将富雷斯送回巴黎时，她未做抗拒。这位丈夫得知这是为他的名声着想时，他回开罗与菠利娜离婚。拿破仑也想到离婚，以娶菠利娜生一嗣子的想法自娱，也不考虑约瑟芬的悲哀。菠利娜以丰富的礼物得到慰藉，并度过了不幸的69个年头。
朱诺泄露秘闻后一个星期，一个较大的灾难困住了这支胜利的东方军队。拿破仑舰队离开亚历山大，他亲自命令海军中将布律耶斯为军队卸下全部有用的物资，而且尽速驶往法国控制的科孚岛。为避免英国军舰的拦截，每项措施都被采用了。恶劣的气候延迟布律耶斯的航程，分遣舰队停泊在邻近的阿布吉尔湾。1798年7月31日，纳尔逊在那里发现了他们，并立即予以攻击。双方的军力似乎相等：英国有14艘战舰和1艘双桅帆船，法国有13艘战舰和4艘木造快速帆船。但是法国水手沾染了很难治的思乡病，而且训练不良。英国的水手将海作为他们的第二故乡，他们优良的训练、船舶操纵术与勇气，为他们赢得了白天与夜间的胜利，因为这场浴血战争一直持续到8月1日的黎明。7月31日晚上10点，布律耶斯的旗舰爆炸了，包括45岁的海军中将在内，几乎全舰人都被炸死在舰上。法国的军舰只有2艘逃脱。法国战死1750人、受伤1500人，英国战死218人、受伤672人（包括纳尔逊）。这次以及特拉法尔加角1805年的战役，是拿破仑一世的法国挑战英国对海洋控制权的最后尝试。
全军覆没的消息传到开罗时，拿破仑明白他对埃及的征服是毫无意义的。他疲惫的冒险现在却受阻于海路与陆路得不到法国援助的影响，而且马上任由具有敌意的人民与不适合的环境处置了。在悲伤中，他抽时间安慰布律耶斯中将的遗孀：
你的丈夫在他战舰的甲板上作战时被一颗炮弹杀害，他光荣战死，并无任何痛苦，像每位战士都愿意牺牲生命一般。
你的悲哀深深感动着我，我们离开一位我们所爱的人时，那是一个恐怖的时刻……如果没有活下去的理由，最好便是一死。但是，你经过仔细考虑，同时将你的孩子紧抱在胸前时，你的本性会被眼泪与爱意激发，你要为你的下一代活下去。是的，夫人，你将与他们一同哀悼，你将养育他们于幼稚时期，你将教育他们于成长时期，你将对他们谈及他们的父亲及你的悲伤、他们的喜爱、这个共和国的忧患。经过母亲与子女的共同感情交流，你的灵魂再度与这个世界连接时，我要你看到我友谊的价值及我对朋友妻子的关心。你应相信，有人……能转悲伤为希望，因为他们很仔细地探索到内心的苦恼。
坏消息不断传来。法国殖民地几乎每日受到阿拉伯人、土耳其人或者马穆鲁克不愿顺从他们的新主人而发起的攻击。10月16日，开罗当地的人民掀起暴动。法国人镇压了这次暴动，却也降低了他们的士气，拿破仑暂时放弃扮演和蔼征服者的角色，命令将所有的武装叛徒斩首。
闻知土耳其正准备一支军队来此拯救埃及，拿破仑决定率领他的1.3万人进入叙利亚对抗挑战。他们于1799年2月10日出发，占领阿里什（Arish），越过西奈沙漠。拿破仑2月27日的信描述这次痛苦经验的某些方面：酷热、干燥，“混有盐味的水，经常一点都没有，我们吃狗、猴子与骆驼”。幸运的是，他们在加沙经过一场硬仗，找到繁茂的农业区与世上独一无二的水果园。
在雅法（Jaffa），他们受阻于一座有围墙的城市、有敌意的居民及一座由2700名雄赳赳的土耳其人守卫的城堡。拿破仑派了一位密使向他们提出条件，但被拒绝了。3月7日，法国的挖壕工兵将城墙挖了一个洞，法国军队冲入，杀死抵抗的居民并掠夺城市。拿破仑派欧仁恢复秩序，他给所有愿投降的人一条安全出路。守城堡的军队为了使此城不遭受更多摧毁，放下他们的武器，成为拿破仑的俘虏。“我能利用他们做什么？”拿破仑问道。他们在行军中不能带着2700名俘虏，他的部队已尽全力为他们自己找寻食物与饮料。他不能派出一支足够人数的卫队将这些土耳其人带至开罗监禁，如果他释放他们，将无法阻止他们再次攻击法国军队。拿破仑召集部下开会，要求他们提出意见。他们决定最好的做法是杀死俘虏。其中的300人被赦免，2441人（包括各年龄段的男女百姓）都被射杀，或节省弹药用刺刀戳死。
入侵者向前挺进。3月18日，他们到达严密防守的阿卡镇（Acre）。土耳其人的抵抗部队由帕夏率领，并受助于菲利波——他是拿破仑在布里安的同学。法国军队予以围攻，但缺少亚历山大由海路运给他们的大炮，一支史密斯统率的分遣舰队虏获这些武器，运送它们至城堡，并在围困期间不断以食物与物资补给驻军。5月20日，在两个月的努力与巨大损失之后，拿破仑命令退却至埃及。“菲利波，”他悲叹道，“在阿卡之前挡住了我。假如不是因为他，我已经掌握通往亚洲的钥匙。我已经继续前进到君士坦丁堡，而且我已收复东罗马帝国。”1803年，他并未预测1812年发生的事，他告诉雷米萨夫人：“我的幻想消失在阿卡。我将永远不让它再妨碍我。”
沿着海岸撤退是一连串恐怖的日子，有时在水源地之间步行11个小时，找到的却是几乎不能喝的水。伤者与病患减缓了行军的速度。拿破仑要求医生对不治的病人配给致命的鸦片药剂，他们不接受，因而拿破仑收回他的建议。他命令所有马匹改为运送伤患，自己徒步行军作为表率。6月14日，从阿卡步行26天300英里路以后，疲乏的军队以胜利者的行列进入开罗，并展示17面敌军军旗及16名土耳其被俘的军官，以证明远征是光荣的胜利。
7月11日，100艘船舰在阿布吉尔湾放下一支受命将法国军队逐出埃及的土耳其军队，拿破仑以他最优越的军队向北前进，将土耳其人打击得溃不成军（7月25日），以致他们中有许多宁愿冲入海中淹死而不愿面对猛冲的法国骑兵。从史密斯写给他的英国报纸上的报道，拿破仑惊异地知道第二联盟迫使法国军队离开德国，并重新占领由阿尔卑斯山到卡拉布里亚（Calabria），几乎是整个意大利。从莱茵河与波河到阿布吉尔湾与阿卡的一连串的灾难，使他象征胜利的大厦倒塌。现在，处在受辱惨败中，他发现自己与大部分受折损的军队隐藏在一个有敌意的死港中，只要少许时间他们即可被消灭。
7月中旬，他接到一项执政团的命令，要他于5月26日立刻回到巴黎。他决意不顾包围的英军，并用某种方法回法国。他设计了一条夺权的路径，替换做事笨手笨脚而使他在意大利的所有收获很快化为乌有的领袖们。回到开罗，他即处理军政事务，并任命顽抗的克莱贝尔统辖剩余的生还者。军费空了，还有600万法郎的负债。士兵的薪饷拖欠了400万，他们的人数、他们的士气，日渐下降，但他们的统帅更加顽固，因而以平静的耐心等待另一次反叛机会。土耳其与大不列颠的政府随时会派出一支军队，借本土的支持，不久就可使法国军队无条件投降。拿破仑完全了解这些，声明他必须留在巴黎，而且是奉命回国，以此作为离去的理由。他向军队告别时（他保证过每个人在胜利返乡后有6公顷的土地），他誓言：“如果我运气好回到法国，那些蠢人的统治将为之结束。”这句话从来没有兑现过。
两艘快速战舰——缪尔伦号（Muiron）与喀瑞尔号（Carrère）在阿布吉尔湾的大毁灭中幸存。拿破仑下令它们准备回法国。1799年8月23日，他与布里埃内、贝托莱和蒙日登上缪尔伦号，将领拉纳、缪拉、德农与其他的人跟随在喀瑞尔号上。靠着大雾与上帝的眷顾，他们幸运地逃过纳尔逊舰队所有严密的监视。他们不能停泊在马耳他，因为胜利的英国舰队于2月9日攫取了那个要塞。10月9日，快舰停泊在弗雷瑞斯外海，拿破仑与他的副官划船到圣拉斐尔上岸。这将是决定他是恺撒还是无名小卒的时候。
