普鲁士与西班牙之间的条约使军事形势为之明朗化。但奥地利表示，只要法国固守在荷兰与莱茵河占领的部分，就不接受和平。英国继续海上的战争，并资助奥地利60万英镑以支持其在陆上的战争。奥地利自1713年起统治伦巴底。现在它和撒丁与皮埃蒙特的国王埃曼纽尔四世联盟，希望收复1792年被法国占领的萨伏依和尼斯。
督政府中的卡诺负责处理这项事务，并计划于1796年向奥地利进行一项三叉式攻击的军事行动。一支由儒尔当统率的法国军队，沿着桑布尔河与默兹河攻击奥地利的西北防线。另一支由莫罗率领，将沿着摩泽尔河与莱茵河袭击奥地利人。第三支由拿破仑统率，试图将奥地利人与撒丁人逐出意大利。儒尔当经过数次胜利后，被奥地利太子路德维希以优势军力击败于安贝格与维尔茨堡，并退却到莱茵河的西岸。莫罗进入巴伐利亚，几乎到达慕尼黑，获悉得胜的奥地利太子可能切断他的粮草路线或攻击他的后路时，他撤退到阿尔萨斯。督政府将最后的期望寄托在拿破仑身上。
3月27日到达尼斯后，他发现“意大利的军队”无力攻击那些困在由地中海与高耸阿尔卑斯山之间进入意大利的狭窄通道的奥地利与撒丁的军队。他军队的总数约为4.3万人，勇敢而习惯于山地战，但服装粗劣、皮鞋破烂、伙食极差，不得不以偷窃维持生存。他们中有3万人几乎不能参与艰苦的战役。他们缺少骑兵，几乎没有炮兵。受这位27岁统帅指挥的将领有奥热罗、马塞纳、拉阿尔普与塞苏里尔——他们的服役期都比拿破仑久，他们怨恨对他的任用，并决意要让他领教他们卓越的经验，但经过第一次会议，拿破仑自信并透彻地解释他的计划后，他们都心悦诚服。
他能使他的将领们折服，但逃不出约瑟芬的魔力，到达尼斯4天以后，他丢下地图与传令兵，以强烈的感情，写给她一封热情的信：
我无日不在想念着你，我无夜不想拥抱你。甚至喝杯茶都苦恼。我的军事抱负隔离了我与我生命中的灵魂。不论我是在拼命地经营事业，或统率我的军队，或检查军营，我都挂念着可爱的约瑟芬……
我很悲伤，我的心好像被捆住了，而且我想象着使我恐怖的事情。你不像过去一样爱我，你将在别处获得慰藉……
再见，我的妻子，我的折磨者，我的幸福……我爱的人，我恐惧的人，你是使我的情绪像大自然般温和，却又像受到大灾难般冲动的源泉。我并不要求你永远爱我或忠于我……而是仅要求你告诉我事实……造物主使我灵魂坚强而不屈，而使你镶有花边与披挂薄纱的……我的意向虽在于浩大的计划策略，我的心最后将归属于你……
再见吧！如果你不深爱我，你将永远不再爱我。那样我将为之非常可怜。
拿破仑
1796年3月31日，尼斯
在战云密布之下，他于4月3日和7日再度写信给她。他研判所有他获得的敌军情报：一支由博利厄统率的奥地利军队在热那亚附近的沃尔特里，另一支由阿根陶率领的军队在蒙特诺特较远的西部，还有一支由科利率领的撒丁军队在切瓦较远的北部。博利厄相信他的通信路线能使他的军队获得迅速支援，而且他的联军在数量上二比一胜过法国。因此，他合理地估计可击败法国的进攻。拿破仑的战略是秘密的，他迅速地调动大部分军队对抗敌军中的一部分，而且要在其他两支敌军援助来到之前，予以击败。这个计划牵涉到法军迅速步行越过崎岖不平而多山的路径，这需要能吃苦、不屈不挠的战士。拿破仑用以鼓舞他们士气的第一个著名的宣言，影响其军力至大：
士兵们！你们既饥饿又贫穷。共和国亏欠你们太多，但她也无力偿付她的债务。我是来领导你们进入阳光普照下最丰饶的平原的。富有的省份，富裕的城镇，都将任你们处置。士兵们！如此的远景，你们怎能失去勇气与信心？
这是公开准许他们掠夺，但他如何能使这些无薪水的士兵忍耐长途行军后再作殊死战？拿破仑像大多数统治者与革命家，永远不让道德挡住胜利，而且相信成功将洗刷他的罪恶。意大利不应对她的解放付出代价吗？
他第一个战略目标是击溃撒丁的军队，劝撒丁的国王退出都灵至皮埃蒙特首府。一连串决定性、成功的交战——蒙特诺特（4月11日）、米莱西莫（4月13日）、代戈（4月15日）与蒙多维（4月22日）——粉碎了撒丁的军队，并迫使埃曼纽尔在凯拉斯科（4月28日）签订休战和约，割让萨伏依与尼斯给法国，而且实质性地退出战争。这些战役中，他敏锐而迅速地了解局势、困境与机会，他聪明与果断的命令，他完成深谋远虑的战略，经常由侧面或后面攫取敌人的战术的逻辑与成功，所有这些都给他的部属留下了深刻的印象。年老的将领将他的看法与判断化作信心而学会服从他，年轻的军官朱诺、拉纳、缪拉、马尔蒙、贝尔蒂埃显示出不断为他的主义效命的热诚。这些胜利之后，幸存的战士疲劳地到达蒙特·塞摩托高地——从那里他们能俯览阳光照耀下的伦巴底平原——许多战士不由自主地突然向这位英明领导他们的年轻人发出欢呼。
现在他们无须以抢劫维持生存，任何可推行法国法令之处，拿破仑都向富人与教会的教士团征税，并说服或命令城镇人民资助他的军队的生活费，以促成其有纪律的行为。4月26日，在凯拉斯科，他以聪敏的赞词向他的军队演讲，同时警告他们不得抢劫：
战士们：
你们在两个星期内赢得6场胜利，夺到21面军旗，55门大炮，并征服皮埃蒙特最富裕的地区……在无任何资源的情况下，你们完成一切应该做的。你们没有大炮却赢取了许多场战役，没有靴子也可急行军，渡过没有桥梁的河流，过着没有白兰地酒与经常没有面包的帐篷生活……感恩于你们的国家，它的兴隆依靠你们……
但是，战士们，就那些留待要办的事来说，你们迄今丝毫未做。都灵和米兰并不是终点……你们之中有什么人缺乏勇气？有什么人宁愿回头翻过亚平宁山与阿尔卑斯山的山顶，痛苦地忍受卑屈士兵的耻辱？不，在蒙特诺特、代戈、蒙多维的征服者中，没有这样的人，你们都应积极地宣扬法国人民的荣耀……
朋友们，我保证你们的胜利，但是你们必须发誓遵守一个条件。那就是尊敬你们拯救的人民，而且制止由我们敌人鼓动一些恶人所犯的可怕的抢劫。否则你们将不是他们的拯救者，而是他们的灾难……你们的胜利，你们的勇敢，你们战死的弟兄的鲜血——都将丧失，甚至危及名誉与光荣的成就。至于我和你们信赖的将领，都将羞于统率一个无纪律与无约束的军队……任何参与抢劫的人都不被宽恕并予以处死。
意大利的人民，法国军队是来打开你们的镣铐的，法国人是全世界人民的朋友。你们可大胆地款待他们。你们的财产、你们的宗教与你们的习惯将受到重视……我们除了打倒压迫你们的暴君之外，并无不利于你们的企图。
不顾这些请求与威胁，在此后的第一次战役仍有许多起抢劫。拿破仑处决了一些抢劫者，其他则予以赦免。“这些可怜的人，”他说，“是值得原谅的，他们渴望这久已想往之地有3年了……现在他们来到此地，他们希望占有它。”他让他们分享由“被拯救的”城镇中取得的奉献与物质得到满足。
在行军、战斗与外交事务中，他几乎每时每刻都在想他新婚不久即离开的妻子。现在她可能正安全地越过塞文山。在4月17日的信中，他请求她回到他身边。“快些来，”在1796年4月24日的信上，他写着，“我警告你，如果再迟延，你将发现我病了。这些劳累与你的不在我身边两者合在一起是超过我所能忍受的……迅速来此，放……一个吻在你的心上，另一个稍低些，另一个更低些！”
她忠实吗？她能够完全习惯他的生活，只满足于书信上的奉承吗？同年4月，一位24岁年轻英俊的军官查理接近她，5月她请塔列朗去会晤他。“你将被他迷住，雷卡米耶、塔利安与哈默尔恩的夫人都因他失去理智。”她变得十分迷恋他，以致缪拉携带拿破仑的赠金要她到意大利与他会合时，她以生病为由予以拖延，而且让缪拉传话给他的长官，她有怀孕的迹象！拿破仑于5月13日写信给她：“这是真的，你已怀孕了！缪拉……说你觉得不舒服，他不认为你做如此漫长的旅行是聪明的。因此我仍有一段较长的时间，不能获得紧抱你的欢乐……我将否认见到你怀孕小腹的喜悦吗？”他高兴过早，她将永不能给他生一个孩子。
同时，他率领他的部队经过12场战役获得伦巴底——富有而文明的米兰市。在阿达河西岸，他的主力挡住博利厄率领的奥地利主力部队。博利厄退却，过了一座200米的木桥，然后将其大炮放在可阻止法国军队渡河的位置。拿破仑命令他的骑兵向北前进，一直到他们找到渡河的浅滩为止，然后向南转进，攻击奥地利的背后。他的步兵隐蔽在城镇的房子与围墙之后，他亲自指挥他的炮兵轰击护桥的奥地利人的大炮。他的骑兵突然出现于河的西岸，并突击奥地利人时，他命令他的掷弹兵引路渡过木桥。他们尝试了，但被奥地利的大炮阻止。拿破仑向前猛冲并与拉纳和贝尔蒂埃共同领导他们前进。奥地利遭到致命性的打击（1796年5月10日），2000名士兵被俘虏。博利厄撤至曼图亚。法国军队经过一天的休息，进军到米兰。法国军队被拿破仑鲁莽但勇敢地暴露在敌人炮火下的行动所感动，授予他一个挚爱的头衔“小班长”（Le Petit Caporal）。
在此胜利后不久，他收到执政团一项让他十分为难的任务，以致他不得不冒险以一生的前途作为他的答复。那5位执政对拿破仑成功的消息甚为高兴，并在5月7日通知他将其军队分为两个部分：一部分由克勒曼统率，保护意大利北部的法国边境不受奥地利人的攻击；另一部分由拿破仑统率，向南推进并将罗马教皇国与那不勒斯王国收归法国控制。拿破仑认为这不仅是对他个人的侮辱，甚至是战略上严重的错误。攻击罗马教皇的权力不仅会激怒欧洲所有的天主教徒——包括法国在内——反抗大革命，而且天主教的奥地利已准备派出一支强有力的军队，由经验丰富的陆军元帅武尔姆泽尔伯爵统率，准备将拿破仑驱回法国。他回答道：意大利军队必须联合并补充兵力以维持它所获的利益，在一位统帅的领导之下这才能成功。因此，他将位置让给克勒曼将军，而且提出他的辞呈。
督政府获悉此消息，及拿破仑最近军事与外交成功的报告。这位年轻的将军对他的胜利引以为傲，觉得那些不明白实际情况的政客不能像他那样结合敌军的策略与法军情况，去胜任条约的谈判，于是他僭取和谈或战争的权利，而且决定让每座意大利城市或公国获得他军队的保护，并付出相应的代价以免受洗劫。因此，胜利进入米兰后（1796年5月15日），他与帕尔马公爵、摩德纳公爵及那不勒斯国王休战，他保证他们与法国之间的和平，而且保护他们不受奥地利的攻击，同时载明每一属国的捐赠，用以支付这份仁慈友好的代价。他们支出为数甚大的款项，却又极度厌恶这些法国人从他们的画廊、王宫与公共广场偷窃艺术珍品。
米兰欢迎他，因为这里的人们渴望由奥地利的统治下获得自由已有一个世纪之久，而且这位年轻的军阀表现出胜利者少有的仁慈。他熟悉意大利的语言与生活方式，欣赏意大利的女人、音乐与艺术。他们不能立刻了解他喜爱意大利艺术的程度。而且，他本质上不就是意大利人吗？明显地，他使一批意大利艺术家、诗人、历史学家、哲学家、科学家聚集在周围，和他们亲切地谈天。有时他似乎是斯福尔扎（Lodovico Sforza）与达·芬奇的重生与融合。什么还能比他给天文学家奥里亚尼的信更迷人？——
在米兰，有学识的人往往不能获得他们应得的报酬。他们躲藏在实验室中，他们暗自高兴，如果国王与教士不妨碍他们的话。今非昔比。现在在意大利已有思想自由，没有宗教裁判所，没有不能忍受之事，没有暴君。我邀请所有有学识的人聚集在一起，而且让他们告诉我什么措施应当采取，什么需要应当供给，因而可给予科学与精美艺术一个新的生命……祈求让我表现这些情操给住在米兰杰出而有学问的人。
拿破仑将米兰与伦巴底共和国予以合并，那里的人民享有法国相同的自由、平等、博爱与税赋。在对新公民的宣言中（1796年5月19日），他解释为使伦巴底自由，拯救它的军队付出了很高的代价，获得自由的人们应捐献约2000万法郎作为他的军费，对如此富裕的国家，这当然是一个小小的奉献。此外，“税收应征于富人……及教会团体”，并可分享给穷人。先前的常规有不很好的声名，“一名密探应跟随在意大利的法国军队到各个占领的城镇，寻找所有的艺术、科学等物品，并送至法国”。意大利人仅能以一句双关语回报：“并非所有的法国人都是抢盗者，但有很多抢盗者是法国人。”拿破仑仍然仿效国民公会与督政府所订的前例。
这次对占领地的艺术掠夺是以前少有的。它在法国以外各地引起愤怒，并为以后的军人确定了一种模式。大多数掠夺品被送至执政团，后者欣悦地接受，并送至卢浮宫，在那里抢夺来的蒙娜丽莎从未失去她的微笑。拿破仑为他自己保留少许战利品，大多数付给军队，因而缓和他们偷窃的狂热。
为他的新娘安排住处后，他强烈要求她来会合（5月18日）。“米兰……使你不得不高兴，因为这是一个极美丽的地方，至于我，我将极为欣喜……我好奇得要死，想见到你如何怀着你的孩子……再见，我亲爱的……快些来听这美好的音乐，看这美丽的意大利。”当他的信还在途中，他继续地驱逐奥地利人于意大利之外。5月20日，他再度聚集他的军队，而且告知他们很快又要遭遇许多障碍与敌军，他发表另一篇动人的文告：
战士们！
你们的猛攻如亚平宁山冲下的山洪，你们打败并击散每支阻碍你们前进的敌军……波河、提契诺河、阿达河，无一能阻止你们前进……是的，战士们，你们已立了许多功劳，是不是再没有什么可让你们表现了吗？不是！我看出你们须迅速备战，因为懒散的睡眠使你们疲倦，你们的荣耀与快乐逐日失去了，让我们继续前进！我们仍须作急行军，克服敌人，打击邪恶，赢得胜利……
让人民不为我们的前进干扰，我们是所有人民的朋友……你们将获得改变欧洲的不朽荣誉。自由的法国……将给予欧洲一份光荣的和平……然后你们将回到你们的家园，你们的同胞将特别夸奖你们：“他与意大利陆军在一起。”
5月27日，他们通过伦巴底继续前进。不理会布雷西亚是威尼斯人的地方，拿破仑占领了那里，并使之成为新战役最重要的据点。威尼斯派公使抗议时，拿破仑假装激怒，严责威尼斯为何已准许奥地利人使用威尼斯城的城镇与道路。公使表示歉意，同意他使用威尼斯城的地方。一次急速行军将法军带至佩斯基耶拉，留驻那里的奥地利分遣部队逃散。拿破仑增强战略要塞抵抗力以保护其通讯，并推进到曼图亚——在那里，博利厄的3支残余部队躲避在难以攻陷的防御工事之后。拿破仑留下他一部分兵力包围城堡，派遣另一部分兵力将英国人驱逐于里窝那之外。缪拉发现很容易将奥地利公使逐出热那亚，及并入那个地中海基地成为一个受法国控制的利古里亚共和国。意大利很少见过在如此短的时间内有如此多的权力变动。
拿破仑回到米兰，等候约瑟芬。7月13日，她来了，这位胜利者拥抱他的征服者。次日，米兰在拉斯卡拉以一场特别的演出来表示对她的尊敬。那是在一场球戏之后，所有的地方名士与她会面。3天狂喜之后，这位将军回到他在马尔米罗洛的部队，他向她表示崇拜的赞美：
自从我们分别后，我无时无刻不在悲伤。我与你相处时，我不知如何保存幸福……我举世无双的约瑟芬的魔力点起的火焰，不断通过我的感觉，燃烧着我的心房。究竟何时我才能摆脱焦虑与责任，毫无拘束地用我所有的时间与你相处，除了爱你以外不做任何事情……
几天前我认为我深爱着你，但再次见到后，我爱你甚于以前1000倍……
我恳求你，让我发现你的缺点。让我发现你不很美丽，不很亲切，不很仁慈，不很温柔。然而，你从不妒忌，从不哭泣。你的眼泪夺走了我的理智，使我的血液燃烧着……
……快些来与我会合，最起码在死以前我们可说出：“我们曾有许多欢乐相处的时光。”
她十分顺从，而且不顾途中有敌人狙击的危险，在布雷西亚追上了他，伴随他至维罗纳。在那里，一名密探向他报告武尔姆泽尔伯爵率领一支新的奥地利军队准备进入意大利，他曾将法国人逐出曼海姆。这支军队的人数据估计为拿破仑军队的2倍。灾难是可预期的，他将约瑟芬送回佩斯基耶拉，再由那里护送至佛罗伦萨。同时，他命令他以前留在曼图亚的分遣队放弃包围并绕一安全的远路与他的主力部队会合。他们及时赶到并参与卡斯蒂廖内战役（1796年8月5日）。武尔姆泽尔未预料到突如其来的攻击，正率领他的部队以非常松散的行列向南移动。拿破仑突然扑击毫无准备的奥地利人，使他们混乱溃逃，1.5万人成为俘虏。武尔姆泽尔退却至罗韦雷托，法国人追击到那里并将其击败，而且再度在巴萨诺奏捷。这位沮丧的老将军与他的残余部队逃走，并躲入曼图亚城堡。拿破仑留下一些联队将他困在那里。
但是，现在又有6万名奥地利人在奥尔温齐男爵的统率下，翻过阿尔卑斯山蜂拥而来，迎战拿破仑的4.5万人。他在阿科莱与他们相遇，他们却在阿迪杰河的另一面，要攻击他们只有通过炮火封锁下的桥梁。由洛迪渡过阿达河，拿破仑又是首先过桥。 “在战斗的极度混乱中，”他随后回忆道，“我的副官穆龙上校，冲向我的身边，用他的身体掩护着我，阻挡向我射来的子弹，他倒在我的脚下。”3天持续的战争（1796年11月15—17日），奥地利人经过勇敢作战战败了，开始有秩序地退却。奥尔温齐在里沃利整编他们，但他们再次被击败。奥尔温齐损失3万人，领着幸存者退回奥地利。武尔姆泽尔失去获援的希望，同情他快饿死的军队，于1797年2月2日投降。法国对伦巴底的征服是彻底的。
无餍的拿破仑转移他的兵力到南面指向罗马教皇的国家，而且礼貌地要求庇护六世给予他博洛尼亚、费拉拉、拉韦纳、安科纳及他们的属地。依《托伦蒂诺条约》（Treaty of Tolentino，1797年2月9日），罗马教皇交出这些古希腊的城邦，并付出1500万法郎的“赔款”作为法国军队的开销。掌握皮埃蒙特与威尼斯以外的整个意大利北部之后，拿破仑重组他的军队，加入一些意大利组成的兵团与贝纳多特统率的法军的一个师，领着7.5万人翻过积雪3英尺的阿尔卑斯山，而且打算强攻维也纳，因为这里是反对法国大革命的各帝国的中心。
弗兰茨二世派刚从莱茵河旁得胜回来的路德维格大公爵，率领4万人抵抗他。路德维格惊异于向前推进的法军的人数，也知道拿破仑的声誉，采用了退却的战略。拿破仑尾随至距奥地利首都60英里处，也许不用一场战争他就可能占领此地，因而他忙于应酬海顿和年轻的贝多芬。但是在那种情况下，奥地利政府可能退却至匈牙利，战争可能在时间与空间上延伸。而且冬季将来临，法国陆军发现他们将留在有敌意而不熟悉的国土上，并将受制于突然的侧翼攻击。拿破仑以罕见的谦虚和日后对他甚为有益的谨慎心，邀请大公爵谈判停火。大公爵拒绝了。拿破仑在诺伊马克与温茨马克特对他的军队给予沉重打击，路德维格才愿谈判。在利奥本，1797年4月18日，这位年轻的统帅签订一项初步的和谈条约，呈请他们的政府批准。
和谈的进程受阻于奥地利拒绝投降，及拿破仑保有他占领伦巴底的决心。一个非常次要的事件给了他一个摆脱僵局的机会。他占领一些属于威尼斯的城市，其中几座城镇发生暴动，反抗法国驻军。拿破仑抨击威尼斯的参议院煽动这些暴动，因而废去它并在其原址设立一个受制于法国管理的市政机构，又剥夺当地的财产。1797年10月17日，利奥本的初步和约被变成《坎波福尔米奥和约》（Treaty of Campoformio），拿破仑允许奥地利无拘无束地并吞威尼斯，以交换割让伦巴底与比利时，而且承认法国在莱茵河左岸的权利。
新的马基雅维利理论坚持，无论如何要为法国保有威尼斯人在亚得里亚海各岛——科孚、赞特、塞法罗尼亚。“这些，”拿破仑于1797年8月16日写信给督政府，“对我们的重要性超过意大利其他部分的总和。它们是使我们的商业获有财富与繁荣的最重要的条件。如果我们要有效地摧毁英国，我们必须取得埃及。强大的奥斯曼帝国日渐衰微，迫使我们得事先准备重要事件，并采取早期措施保护我们在黎凡特（Levant，地中海东部及爱琴海沿岸的国家及岛屿）的商业。”这位28岁的年轻人很少需要外交界老前辈的指正。
他冷静地使用外交权力，将征服的地方重组为以米兰为中心的南阿尔卑斯共和国和以热那亚为中心的利古里亚共和国。二者都由在法国保护势力下的本地民主政体来管辖。报复并扭转恺撒领导罗马人对高卢人的征服之后，这位“小班长”带着光荣与战利品回到巴黎，并将他的条约带给他曾协助整顿却已变质的执政团予以批准。
