那些在世界变得费解、无意义与悲惨之时，以宗教信仰作为最后依赖的人，与认为宗教生来是为阻碍通往理性与自由道路的一种受人支配与浪费金钱的迷信的人，在这二者之间，现在存在着最深的分歧。这种分歧程度在旺代最深——卢瓦尔河与拉罗谢尔间法国临海的地区，酷冷的天气、多岩而不毛的土地，使人口锐减，伏尔泰的智慧与欧洲18世纪启蒙运动几乎没有影响此处。人们欢迎大革命，但是立宪会议颁布《教士法》——没收教会的财产，使所有教士成为政府的公务人员，而且要求他们宣誓效忠这个曾经剥削他们的政权。农民支持他们的教士，拒绝附和。年轻人被召为义勇军或被征入陆军来向暴徒开火，为何这些青年一定要舍命保护一个异教徒政府，而非他们的教士、圣坛及家庭的守护神？
1793年3月4日，旺代发生暴动，9天后，它波及整个地区。5月1日以前，3万名暴徒已被武装，几名保王党的贵族联合地方领袖，并将他们的新兵加入到受过训练的军队。国民公会了解他们的力量时，他们已占领图阿尔、丰特奈、索米尔和昂热。8月，公安委员会派了一支军队由克莱贝尔率领进入旺代，奉命摧毁农民武装并蹂躏所有支持他们的地区。克莱贝尔于10月17日击溃天主教在绍莱的军队，并于12月23日在萨沃奈将其完全瓦解。巴黎派出的军事委员被安置在昂热、南特、雷恩与图尔，有权处死任何有武器的旺代居民。昂热一带，有463人在20天内被处以死刑。在旺代的居民被奥什（1796年7月）征服前，已有50万人丧命于这场新的宗教战争。
在巴黎，大多数居民已不关心宗教。在这方面，山岳党与吉伦特派有一个协定，他们联合起来削弱教士的权力，并设立异教的历法。他们鼓励教士结婚，甚至放逐任何曾阻挠它的主教。在大革命的保护下，2000名教士与500名修女选择了配偶。
公安委员会的代表通常使教士不信仰基督教，这成为他们任务中一项特别的要素。他们将一名教士监禁，直到他结婚。在讷韦尔，富歇发布了严格的规定：教士必须结婚，必须生活简单如一名使徒，不得穿着教士服装，在教堂以外的地方不得执行宗教典礼，基督徒的葬礼仪式被废除，墓地必须设置碑文，以让民众知道“死亡是永久的睡眠”。他劝导一名总主教与30名教士丢弃他们的修道服，并戴上革命的红色小帽。在穆兰，他骑乘于一个行列的前列，沿途击碎所有的十字架、耶稣受难像和宗教的偶像。在克莱蒙费朗，库东宣称对基督的信仰已成为经济上的欺诈。他雇用一名内科医生当众证实一瓶由奇迹产生的“基督的血”，只不过是染色的松节油。他终止政府对教士支付报酬，没收教堂的金银器皿，而且宣布不能变成学校的教堂将拆毁改建成穷人的住宅。他认为大自然是上帝的神学，天堂是地上的乌托邦，因而它的人民都是善良的。
反基督教信仰运动的领袖是巴黎“市议会”（City Council）的赫伯特与巴黎公社的肖梅特。受到肖梅特演说与赫伯特新闻的鼓动，一群无套裤汉于1793年10月16日侵入圣丹尼斯修道院，把埋葬在那里的贵族棺材翻空，并熔化金属制品以备战争之需。11月6日，国民公会授权法国各行政区，正式舍弃基督教的教会。11月10日，巴黎劳工阶层与下等社会的男女行列以模仿宗教的服装游行穿过市区。他们进入国民公会大厅，并向代表要求参加在圣母院的夜晚庆祝典礼。在一家歌剧院中，康德莱穿着饰有三色旗的服装并戴着红色小帽，像自由女神般站着，由在场的女士唱谢尼埃著的《赞美自由》。礼拜者在礼拜堂中央跳舞、唱歌，而敌对的新闻记者与自由投机者在会堂附属的礼拜堂举行爱的仪式。11月17日，巴黎的主教戈贝尔屈服民众的要求，出席国民公会，发誓放弃他的办公室，将他的主教牧杖与戒指交给主席，并戴上表示自由的红色小帽。11月23日，巴黎公社命令巴黎所有基督教的礼拜堂关闭。
国民公会的第二个考虑，是想知道它并未重复它的反基督教的行动。代表几乎都是不可知论者、泛神论者或无神论者，但是他们其中几位想到受激怒的虔诚天主教徒的智慧——他们仍然处于过半数的优势地位，而且有许多准备以武力反对大革命。有些，像罗伯斯庇尔与卡诺，觉得宗教是能防止社会不断发生的骚动、反抗根深蒂固而无法被法律消除的不平等的唯一力量。罗伯斯庇尔相信天主教的教条是对迷信有组织的探究，但是他认为无神论是一种不谨慎的假设而不予接受。1793年5月8日，他曾责备哲学家是藐视人民并贪图国王奖金的伪君子。11月21日，他告诉国民公会：
每个哲学家与每个人，可以采取任何一种他满意的无神论主张。任何人因为有如此的主张便构成犯罪是不合理的，但是采用如此制度的政府官员或立法者将更为愚笨……
无神论是贵族政治的。一位全能的上帝照顾受压迫善良的人，并惩罚得意洋洋的罪犯，这是人民的基本观念。这是欧洲与世界人民的观点，这是法国人民的观点。这种观念不属于宗教、迷信或礼节，它仅仅属于难以了解的权能、罪犯的恐怖、美德的持久与慰藉。
丹东同意罗伯斯庇尔，他说：“我们永远不会为了设立无神论的权势而绝灭‘迷信’的势力……我要求终止在国民公会中那些宗教的假面戏。”
1793年12月6日，国民公会再度准许信仰的自由，而且保证对忠贞教士主持的宗教仪式予以保护。赫伯特提出抗议，他加入削减罗伯斯庇尔声望的一派。罗伯斯庇尔视其为主要敌人，并伺机消灭他。
