9月2日，由于宗教与政府的冲突，民众努力地将崇拜从宗教转移到政府，这种情绪的狂热升到了顶点。立宪会议已接受天主教为公认的宗教，并付教士与政府公务人员相等的薪资。但是巴黎公社认为政府无理由必须补助传道所需的金钱。这种看法为社会接受，最后也为立法会议接受，结果造成教会的敌对与对大革命的威胁。
国王被废位几个小时后，巴黎公社送给各教区一张涉嫌有反革命意见与企图的教士名单，这些教士大多被拘捕入狱，不久成为大屠杀中的受害者。8月11日，立法会议终止教会对教育的控制。8月12日，巴黎公社禁止公开穿着宗教的法衣。8月18日，立法会议修改一项全国性法令，删除所有宗教法规。8月28日，放逐所有未向《教士法》宣誓效忠的教士，限他们两个星期内离开法国。约有2.5万名教士逃到其他的国家，并加强对那里的移民传道。由于教士一直掌管出生、结婚与死亡的登记，立法会议必须将此职能移给俗世的机构。大多数民众坚持以正式的仪式举行圣礼之际，废弃传统典礼的企图会加深虔诚的民众与世俗主义的政府之间的裂隙。巴黎公社、雅各宾派、吉伦特派与山岳党一致希望对新共和国的奉献能成为民众的宗教，即以自由、平等、博爱代替上帝、圣子、圣礼，而且这新的三位一体的促进最终能成为考验社会秩序与道德的首要标准。
新共和国的正式成立被延至9月22日，共和历新年的第一天。同时一些未来派请求立法会议将此定为趋向他们梦想的全世界民主政治的范例。“法国公民权应授给凡有勇气支持自由主义与有助于人道的外国哲学家。”8月26日，立法会议同意将法国公民权赠予普里斯特利、边沁、威廉·威伯福斯、克洛茨、约翰·裴斯泰洛齐、科希乌斯科、席勒、华盛顿、潘恩、麦迪逊、汉密尔顿等人。亚历山大·洪堡来到法国，他说是“为呼吸自由空气，为支持谴责专制政府”。新的宗教分枝在生根后迅速延伸。
9月2日，民众穿上去教堂礼拜的服装，以不同的方式表现他们的忠诚：青年与中年人聚集在募兵站自愿投入陆军，妇女亲切地替他们缝制外衣，并为将来的伤患准备绷带；人们将武器、珠宝与金钱提供给各区的中心部门，以为战备之需；母亲们收养那些已赴前线的军人与护士的孩子；一些男人杀死监狱里的教士与新信仰的敌人。
自从不伦瑞克发布7月25日宣言后，革命领袖已成为人们受难时的榜样人物。8月11日，在市政府的行政长官发给桑泰尔（当时地方的军事统帅）一封奇特的短笺：“我们接到通知，一些暴徒计划绕至巴黎监狱并抢夺所有人犯，以便能迅速审判他们。我们请求你的监管伸展至沙特莱、康西格里与拉福尔斯——三个巴黎主要拘留中心。”我们不知桑泰尔如何阐明这个消息。8月14日，立法会议指定一个“特别法庭”审判所有革命的敌人，但是马拉不满公布的判决。在8月19日的《人民之友》中，他告诉读者：“拖出那些叛徒，特别是瑞士官员（属于皇家卫队）与他们的同谋，然后全部处死。审判他们是多么愚笨啊！”借此热忱，巴黎公社任命马拉为主笔，在公社的会议室中分配他一个位子，让他加入监督委员会。
如果民众听取马拉并尽可能服从他，那是因为他们也处于害怕与愤怒中。8月19日，由普鲁士国王腓特烈二世与不伦瑞克公爵率领的普鲁士人越过边界，而且跟随一队移民，誓言对所有革命者报复。8月23日，侵入者占领隆维。9月2日，他们到达凡尔登，该日早晨一件快报送至巴黎，丹尔登这个牢固无法攻破的堡垒业已陷落（它在下午陷落）。现在通往巴黎的路已陷于敌人，因无任何法军在此路上可阻止他们。首都似乎可随意任他们处置，不伦瑞克公爵预计很快就可进占巴黎。
同时反对大革命的革命队伍已经占有法国两个区域——旺代与多芬，而且巴黎本身容有成千成万同情国王的民众。由于9月1日发行的一本小册子，警告有一项阴谋试图释放所有犯人，并让他们屠杀所有的革命者，立法会议与巴黎公社召请所有男人加入军队，出发抵抗进犯的敌军。这些男人怎能离开家园而让他们的妻子儿女任由巴黎监狱逃出的贵族、教士与惯犯随意处置呢？一些地区投票决定，所有的教士与嫌疑犯应该在义勇军离开前予以处死。
9月2日，星期日，约下午两点，6辆马车装载不肯宣誓效忠的教士接近修道院监狱。群众嘲骂他们，一名男子跳上一辆马车的踏阶，一位教士用木棍打他。群众咒骂着，人数增加，在犯人于监狱门口下车时予以袭击，监狱的守卫加入攻击，30人被杀死。群众受到流血场面与不具名谋杀的狂喜的刺激，冲向圣衣派修道院，并杀死被监禁在那里的教士。夜间，经过一番休息，群众因罪犯与歹徒及由马赛、阿维尼翁与布列塔尼来的雄壮联盟代表的军队回到修道院而集结扩大，强行带走所有的人犯，给予他们一个迅速而非正式审判，然后将他们大多数——每支瑞士卫队、教士贵族或国王及王后的仆人——交给戴铁手套的人以剑、刀、矛或棍棒处死。
起初，这些刽子手是惩戒性的，在那里并无偷窃——从受害者那里得到的贵重物品则移交给巴黎公社当局，以后这些辛苦的工作者将获得战利品作为他们应得的报酬。每人每天工作报酬是6法郎、三餐与所有他们要喝的酒。他们之中有些显示怜悯，他们恭贺那些无罪释放者，而且护送许多有名望的人回家。他们之中有些人特别凶狠，他们将定罪者作为观众嬉弄的对象来延长他们的痛苦，一位狂热者将他的剑从拉勒将军的胸前拔出后，以手伸入受伤部分，拿出心脏，并放在嘴边似乎在吃——这是野蛮时代流行的风俗。这些屠杀者劳累之后，略作休息、喝酒，立即恢复工作，一直到修道院所有的囚犯均被路边法庭审判为自由或死刑为止。
9月3日，法官与刽子手转移到拉福尔斯与康西格里两处监狱。在那里又有新的受难者，并且大规模的屠杀继续着。此地有一位著名的妇人，朗巴尔公爵夫人，以前非常富有与美丽，是安托瓦内特心爱的朋友，她曾参与援救王室的计划，现在43岁，她被斩首与切断手足，她的心脏被拿出并被一个凶恶的共和党徒吃掉。她的头被用矛举起，游行经过王后居住的修道院密室的窗下。
9月4日，屠杀者转移到托尔·圣贝尔纳、圣菲尔曼、沙特莱、沙尔佩特各地的监狱，在那里对女犯以强奸代替死刑。在比赛特尔，入狱者中有43名年轻人，年纪从17岁至19岁，被他们的父母置于一处精神病院接受治疗，全遭屠杀。
大屠杀在巴黎持续两天，使受难者总数达到1247人至1368人。天主教徒与保皇党遭受恐怖，革命者认为暴动的发生是由于不伦瑞克的威胁与战争的危险。佩蒂翁，巴黎新任市长，将刽子手当作辛苦工作的爱国志士，而且接见他们，以酒款待，立法会议派了一些代表到达修道院现场，他们回来后指出大屠杀无法遏制。最后立法会议的领袖们——吉伦特派人与山岳党人——认为最安全的方法是他们的一项批准。巴黎俱乐部派代表参加临时审判。比兰-瓦伦，巴黎公社的代理律师，到达修道院现场，向屠杀者祝贺：“同胞们，你们正烧死你们的敌人，你们正执行你们的任务。”马拉骄傲地将整个任务归功于他。一年之后，科黛受审判时被问及为何杀死马拉，她答道：“因为他造成‘九月大屠杀’。”问及证据时，她答道：“我不能给你证据，这是整个法国的判决。”
要求丹东阻止屠杀进行时，他耸耸肩膀。“这将是不可能的，”他回答道，而且他反问道，“我难道应让我自己受困于正在等待外国人来屠杀我们的那些教士与贵族……我们必须使我们的敌人胆战心惊。”他暗中将他的力量由监狱撤回。一位行政会议的官员抗议这个屠杀时，丹东告诉他：“平静下来，这是必需的。”一位年轻人曾问道：“你为什么要助长这种恐怖行动？”他答道：“你是太年轻而不了解这些事情……巴黎人与移民间必定会发生战争而且流血成河。”他认为巴黎人现在是向大革命表示友善。而且，那些正赴前线抵抗侵略者的义勇军，应该知道他们的投降将得不到仁慈的宽恕。他们将为他们的生存作殊死战。
9月2日，立法会议也觉得这次突发事件，导致已被选定实施的宪法的毁灭，因而决定举办全国性选举以产生国民公会，草拟适合法国新情况与适应战争需要的新宪法。因为农民、劳动阶级与资产阶级同样受征召保卫他们的国家，他们其中任何人，不论缴税与否如被排拒不得参加投票似乎是无法忍耐的。因此，罗伯斯庇尔得到他第一个主要的胜利：他占重要角色的国民公会是经成年男子普选产生的。
9月20日，立法会议结束它最后一次会期，却不知在那天一支由杜穆里埃与克勒曼率领的法国军队遭遇到不伦瑞克率领的普鲁士与奥地利的正规军队，并与他们激战未分胜负——事实上是一场胜利，因为在此战役后，普鲁士国王命令他战败的部队从法国领土撤退——放弃凡尔登与隆维，腓特烈二世不能持久地与遥远的法国纠缠，因为现在他正与他的邻国俄国与奥地利竞争，以期能从瓜分波兰中得到最大的收获，此外香槟地区的葡萄使他的军队遭受痢疾的痛苦。
在那次战役之后，歌德对萨克森—魏玛公爵的幕僚讲了一句名言：“从今天、从此地世界历史的一个新纪元开始了。”
