1767年，卢梭寄居英国期间很不愉快，故于5月22日返回法国。此时他几乎神志不清，在人民的欢迎之下，他与泰蕾兹找到了一处舒适的住所，他出游时化名为让—约瑟夫·瑞奥。虽然于1762年被逐出教会，他的出行依然是合法的。虽是化了名，他还是被认出，而且受民众敬重。法国北部亚眠热烈地迎接他定居，其他城市也赠他别墅。
许多法国贵族赠卢梭住宅。首先，老米拉波将20块地产献出任他选择，卢梭选择了近巴黎的梅敦。但这位侯爵要卢梭阅读他的著作，使卢梭感到苦恼，卢梭离去另找避难所——逃到吉瑟尔斯附近的泰雷堡，波旁王朝的孔蒂王子处（1767年6月21日）。王子将整座古堡交由卢梭使用，甚至为卢梭请来乐师，为他演奏柔和的音乐。卢梭能享受于此，皆因他神志尚且清醒。他怀疑舒瓦瑟尔和布夫莱尔伯爵夫人（王子的情妇）加入伏尔泰、狄德罗与格里姆的行列阴谋破坏他。事实上，伏尔泰曾控告他于1768年1月29日纵火焚烧日内瓦剧院使其成为平地。卢梭相信古瑟尔斯民众，必误以他是罪犯。他渴望返回日内瓦，写信给舒瓦瑟尔，盼他说服日内瓦议会能让他补偿过去的失误。舒瓦瑟尔带来了官方的许可证，任他在法国任何地方活动，只要他愿意的话，可自由离开或回到此地。现在卢梭又想回英国，他写信给达文波特询问是否可收回乌东住宅，达文波特回答：“当然。”
在泰雷堡，卢梭担忧自己的生命安全。1768年6月，为顾及泰蕾兹的安全，卢梭让她留在堡中，自己逃走了。他乘坐公共马车前往里昂海岸，与亲戚丹尼·罗吉生活了一阵子，丹尼于1762年为他找到瑞士的藏身处。不久，他使自己孤立地生活在多芬的金喷泉客栈，并在他住宿房间的门上，写上自以为阴谋反对他的人的名单。他差人把泰蕾兹接来，泰蕾兹到达时，他喜极而泣，并终于决定娶她。1768年8月30日，他们在客栈中以平民的仪式举行婚礼。
1769年1月，他们搬至格勒诺布尔的牟昆农庄。在这里，他写了带有半疯狂状态的《忏悔录》，并以植物学的研究来缓和他的神经过敏。泰蕾兹发现他的脾气变本加厉，然而泰蕾兹本人也受风湿症之苦，加上各种模糊含混的疾病，有时甚至有生命之虞。这对新婚夫妇发生严重的口角，卢梭离家到野外研究并采集植物标本，临行送与泰蕾兹一封信，劝她入女修道院（1769年8月12日）。卢梭转回家中，发现泰蕾兹仍等着他，两人的爱情因而恢复。现在他懊悔绝了后代，他觉得：“能在自己眼前抚育儿女的是最快乐的人。”他写给一位年轻的母亲：“家庭生活是生命中最甜蜜的一段过程……唯有我们的家庭与儿女才是最强烈、最持久地和我们融为一体的……但谈及家庭、儿女的我……夫人，为那些因无情的命运而被剥夺了这种快乐的人们怜悯吧！为不幸的人们怜悯，为有罪的人们怜悯吧！”
冬天，强劲的风吹拂着牟昆农庄，泰蕾兹要求回巴黎。1770年4月10日，夫妇俩重新开始他们长期的冒险旅行。在里昂过了一段美好的日子，卢梭的小歌剧《乡下的大卫》在此地演出，受到敬重与庆祝。他们不慌不忙地经过第戎、蒙巴尔、欧塞尔。1770年6月24日，他们终于到达巴黎，寄宿于喧嚣的城市的一角圣依斯普里特旅馆4楼，这时将原来的化名卢·普拉特，改为卢·让—雅克·卢梭。
卢梭生活质朴安静，以抄写乐谱赚取收入，并研究植物学。1771年9月21日，他写信给林奈表明自己的尊敬之心。他住在巴黎之事为人所知，老朋友和新的崇拜者前来拜访他，包括利涅王子（供给卢梭布鲁塞尔附近的别墅）、格雷特里与格鲁克（与卢梭讨论音乐）、剧作家哥尔多尼、歌唱家索菲亚·阿诺德、瑞典皇太子古斯塔夫、年轻作家约瑟夫与贝尔纳丹·圣皮尔。1777年，他获知伏尔泰曾盼望拜访约瑟夫二世皇帝，但失去机会。卢梭再度加入歌剧院（当作曲家），偶尔去那里，特别是去听格鲁克所谱的曲子。圣皮尔描述卢梭60岁时身体如此纤弱、匀称，眉宇带着高傲，眼里充满怒火……眉间皱纹隐含着忧郁感，及一股强烈的含有讥讽的愉快气息。
卢梭遭敌继续攻击，被迫再事写作，他不顾1762年许下不再著作任何书籍的诺言了。为解决此事，避免巴黎与日内瓦敌意的闲话，他着手《忏悔录》一书（1765年）。1770年11月，书完成了，卢梭虽然不愿完全出版，但是他以为应将那些有关攻击的部分公诸巴黎。因此，12月在他的住宅中，他从他最伟大的书籍中读了一长段给在场的人听，诵读持续了17个小时，其间曾被两次匆忙的便餐打断。1771年5月，他在埃格蒙特伯爵与伯爵夫人、皮奈特利王子、梅姆侯爵、朱涅侯爵之前诵读《忏悔录》，以激烈的挑战做结论：
我写下了事实，假如任何人曾听说与记载相反的事，那么有千万次足以证明，他听见的是诽谤他人的谎言。假如在我活着的时刻，他完全拒绝检查比较事实的可靠性，则他不是公正与真理之友。就我而论，我公开、毫无所惧地宣称，任何人，甚至不阅读我的书籍，能以自己的眼光宣称我的人格、态度、爱好、习惯、性格与理想，而声言我是一位不值得荣耀者，那么他自己才应被绞死并示众。
听见卢梭以激动的情绪讲这段话的人都认为他已近乎精神错乱。迪佐宣称卢梭的疑心与反责不是“宽大的、有品德的卢梭”应有的，这个批评因而结束了他们的友谊。其余旁听者将卢梭《忏悔录》带至巴黎名流聚集之处，但一些较敏感者感觉卢梭中伤了他们。埃皮奈夫人写给警署的陆军中将：
我必须再次通知您，我昨晨对您提起的那人又对多拉、佩兹、迪佐诸先生朗读他的著作。他正利用这些密友做毁谤人的工作，您有权利让他知晓您对此事的看法。您必须尽可能和颜悦色地对他说明，那么他将不会抱怨，不过必须够坚定，那么他才不会重犯错误。假如您得到他的承诺，我相信他将遵守它。原谅我一千次，只因我心灵的平静涉及危险之地。
警员要求卢梭不再宣读《忏悔录》，他同意了。卢梭声言在一生中他从未得到一次公平的发言机会，挫败感使他心绪失常。1772年以后，除了圣皮尔外，他避不见客。他独自步行时，似乎觉得路过身边者皆是反对他的人。他受伏尔泰的反对，但仍为伏尔泰的雕像捐助基金。一位教士送卢梭一本揭发指责伏尔泰的小册子时，他反而责骂小册子的作者说：“伏尔泰无疑是一个坏人，我无意称赞他，但是他曾说了也做了许多好事，我们应该隐恶扬善。”
卢梭设法打消周遭人们可能加于他“阴谋”的念头时，他努力地写作，而且较以前澄清、保守、实际。我们可见1769年波兰如何热诚地为新宪法的问题请教卢梭的意见。1771年10月，他开始著作《论波兰政体》（Considérations sur le Gouvernement de la Pologne）一书，于1772年4月完成。此书给人的第一印象是他热烈地持以奋战之心而写出违法的诸种原则。人们读此书，甚感安慰的是：卢梭（60岁）如此年迈，仍努力使此书充实成熟，为人熟知。卢梭曾大声疾呼：“人生而自由，却处处都在桎梏中。”他警告波兰人，因其“自由否决权”使他们注定陷入无政府状态。自由是一项赐予和考验，需要比遵从外来的命令更艰巨的自律：
自由是一种难以消化的食物，需要良好结实的消化功能……人们如因密谋者的片语只字而导致反叛行为，是多么可笑。当不完全知晓自由的含义，谁敢轻言自由；谁……为了自由而做不该之事，就足成一位叛徒。情操高尚与神圣的自由，但愿这些可怜的人认识你。他们获知你被赢取与保卫的代价，但愿他们被教以你的法律远较暴君的蹂躏严厉！
生活及孟德斯鸠的思想使卢梭认识到，这种讨论与《社会契约论》都是纸上谈兵，是抽象的理论重点而不具有实在性。卢梭承认国家根基于历史与环境之下，如将根基不分青红皂白地除去则将灭亡。因此他劝告波兰人，宪法不应做突如其来的更改。他们应保留被选出的君王，限制其自由的否决权。他们应将罗马天主教作为国家宗教，但是要发展一种独立于教会的教育制度。波兰由于面积广大，在交通困难的情况下被分割、被分成三个邦联，而仅只于外交与交流时才联盟。一度指责私人财产为罪恶来源的卢梭，现在认可波兰的封建制度，他建议征收土地税，放弃现有完整的财产权。他盼望有朝一日农奴制能被废除，但不主张过早废止，因为他认为须等到农奴们有相当的教育程度时方可。他主张任何事皆依赖教育的扩张，如果自由权较智力与人格快速增长，则将开启混乱与瓜分的局面。
在卢梭完成其著作之前，波兰已形成被瓜分的局面了。与科西嘉一样，波兰的现实政治忽视他的哲学立法。双重的挫败使他的晚年更苦，也强化了他对那些哲学家们的轻蔑——他们赞美那些正在瓜分波兰的统治者腓特烈二世、叶卡捷琳娜二世、约瑟夫二世为开明的专制君主。
1772年，卢梭开始另一个答复他的敌人的尝试，他称这为《卢梭论卢梭》（Rousseau Juge de Jean-Jacques）。他断断续续地花了4年时间，完成这本540页的书。他继续工作，精神变得更加黯淡无光。在此书序言中，他请求读者读完下列对话：“留意一颗伤感的心要求你的这个恩赐，是上帝加在你身上的一种公正债务。”他承认：“此书冗长，重复，赘语而无秩序。”但他说：“过去15年，我一直被阴谋包围且被破坏名誉，因此我必须在死前澄清自己。”他否认了《论科学与艺术》、《论人类不平等的起源和基础》的个人主义与《社会契约论》集体主义的矛盾。他提醒读者，他未曾希望摧毁科学和艺术，使其回复到未开化的原始状态。他描述自己的书籍——特别是《朱利安》和《爱弥儿》——是散发仁慈与美德的书籍，怎么可能是欲摧毁他名誉者想象中的有病的浪子所写的。他控告他的敌人焚毁他的像以泄恨，以嘲弄的眼光为他唱夜曲。他抱怨他的敌人不断监视拜访者而且引发邻人来侮辱他。他喜欢重述自己的身世、家庭、年轻时代，描述自己有风度而且人格完整。但他又承认自己懒惰，“喜好幻想”，有写作的倾向。孤独步行时，他似亲临幻象世界，那时是他最快乐的时光。他试以预言安慰自己：“我有把握，死亡当日，善良与荣耀的人们将为我祝福，为我的坎坷遭遇而挥泪。”
卢梭在最后的对话中加了一章，定名为《此著作的历史》。他略述如何将此书引起巴黎与凡尔赛方面的注意，决定将原稿放入圣母院大教堂的祭坛上，寄予上帝保管。1776年2月24日，卢梭试着如此做，但发现圣堂门被暴徒闩住，他只得寻找进入之法。找到锁时，他已是头昏脑涨，立刻跑出教堂，精神错乱地徘徊于街道上达数小时始抵家。他写给法国民众一封信，定名为《给依然热爱公正与真理的法国人》并印成传单，分给过路人。拒绝接受的人们说，传单对于他们是无用的。卢梭只得放弃此番辛苦，接受失败。
卢梭的兴奋之心已渐消除，1777年至1778年，他写了一本最令人产生美感的书《一个孤独漫步者的遐想》。他说过，牟特斯人民如何攻击他的住宅，他又是如何隐退至比奈湖的圣皮尔岛。在此地，他找到了快乐。他回顾这个宁静的休息所，静静的湖水，潺潺的溪流，葱翠的岛屿，善变的天际。他接获一张带有诗意的纸条，建议他接触自然，从自然中寻回心底深处。我们读了几页书时，便会自问：一个半疯狂的人，怎么可能文章写得如此好，如此畅达，偶尔又显出明朗化。不久，往日的悲叹再生，卢梭哀悼他已失去儿女，他已无抚育家庭的勇气。他看见小孩游玩，便回到自己的房间暗自“哭泣与赎罪”。
卢梭在巴黎的后几年，羡慕宗教信仰将人类生命过程的死亡与复活戏剧化。有时，他参加教会仪式，前往圣皮尔一个隐居处，听教士们吟诵祷文：“啊！能信神者多愉快！”他不能信教，但举止上仍试着像一位基督徒，施救济金，使生病者得以健全舒适。他阅读肯比斯（Kempis）的《效仿基督》（The Imitation of Christ），并为此书做注释。
卢梭越接近死亡边缘，痛苦反而减少。伏尔泰抵达巴黎时，受到热烈的尊敬与欢迎，他虽嫉妒，却称赞他的旧敌。在法国剧院，他指责曾嘲弄伏尔泰加冕礼的老相识：“在神——伏尔泰所在的神殿里，您怎敢嘲弄他，是被50年来屡欲排斥伏尔泰杰作名著的牧师们影响吗？”他听到伏尔泰的死讯时，预言道：“我俩生命一体，我的生命将无法较他为长。”
1778年春天，卢梭征求满意的住宅。吉拉尔丹侯爵邀请他住进离巴黎约30英里的埃尔蒙诺维尔，此处是靠近他别墅的一所农庄。卢梭与泰蕾兹于5月20日抵达，住在此地后，他专心收集植物标本，教侯爵10岁的儿子植物学。7月1日，他设宴款待主人全家。第二天，他不幸得了严重的中风症，不支倒地。泰蕾兹将他扶至床上，但他又从床上跌落，重重地撞上砖地，以致头破血流。泰蕾兹喊人帮忙，侯爵到达时，卢梭已回天乏术。
谣言伴随卢梭至死，格里姆与其他学者扬言，卢梭乃自杀身死，斯塔尔夫人更加上：他是因发现泰蕾兹的不贞行为，忧伤过度才自杀的。这种说法是一种无情的毁谤。不久，泰蕾兹向人们说明并表露对卢梭的感情：“假如我的丈夫非圣人，则谁属？”仍有一些闲语描述卢梭死于疯狂神态，但所有在卢梭去世前在他身旁的人，描述卢梭死时神情宁静。
1778年7月4日，卢梭葬于波普拉岛（Isle of Poplars），吉拉尔丹私有土地上的小湖边。不久，此处成了虔诚的朝圣者必到之处，全世界名流——甚至女王——皆前往卢梭墓地拜谒。1794年10月11日，卢梭的遗骸迁葬于先贤祠，在伏尔泰墓地的附近，他们的精神从这处宁静的安息所再度掀起振奋革命魂、法国国魂与西方人心灵的战争。
