正如在科学方面，歌德在哲学方面也是一个爱好者，而非专家——不过费希特、谢林、黑格尔在耶拿任哲学讲座，都是由于歌德的推荐和介绍。他对各派系之间的辩论，没什么兴趣；对自然的诠释及对生命意义的探索，则兴趣无穷。当年事日高，他已透过科学与诗，走入哲人的境界。他从个体、瞬间与部分，发掘整体的意义：“每个暂时的东西，都只是一个象征。”《格言录》在他死后才印行，每一页都充满了智慧之言。
在逻辑方面他没有提出什么体系，不过提出很实用的见解：“只有有效的，方为真”，而“创始是行动（不是言辞）。”他并不像席勒那样接受康德的理论。他也承认实在的最根本的本质是无法认知的，但他并不认为这种见解使他成为正统主义者；反之，他建议弃绝不可知论：“不可知论是无实际价值的。”他又说，可认知的世界已足够我们俯仰其间。他毫不犹豫地承认外在世界的存在。在读过康德和谢林后，他写信给席勒说：“我愿意承认，我们理解的并非是自然（本体），而是仅由根据我们的心智的某种形式和官能而使我们理解到的自然……不过，我们的有机本质对于外在世界之适切（调整）……（指出）一种从无中生有的命题，一种对事物的关系。”“许多人拒绝认知实有，只因为他们一旦接受了它，他们就会崩溃之故。”
歌德拒绝唯物论和主观的唯心论。霍尔巴赫的《自然的体系》“对于我们（指在斯特拉斯堡的学生）而言，真是艰涩乏味透了，我们看到它就头大，怕它就跟怕鬼差不多”。这是歌德年轻时讲的话，而且直到他晚年，他仍持同一观点。从1812年4月8日写给克内贝尔的一段文字中可以见之：
一个抓不到事实的人，就不会产生精神与物质，灵与肉，思想与外延……而这种对称具有平等的权利，因此，在它们的聚合成分中，可视之为上帝的代表：倘使他不能了解到这一点，也许他是在无所事事中混日子。
歌德通常跟随斯宾诺莎的见解而成为决定论信徒：“我们是隶属自然律的，即使我们违抗自然律时，仍是自然律的一部分。”然而，有时他也倾向于同意康德的看法：“我们的生命，就像我们所属的宇宙一样，是自由与必然性的神奇组合。”他感到自身受命运的主宰——感到决定他自我发展的种种特质，他身不由己地要走向某种发展。不过他与命运持合作的态度，而不是持对立的立场。
他的宗教是崇拜自然，并与大自然的创造力合作并进。他冥冥中把自然拟人化了，在自然中看到了心灵与意志，不过这种心灵并不同于人类的心灵，其意志也是一种漠然的中立。自然没有尽其本身那一部分的责任来合作的道德感，因为它自身即整体。歌德在《神圣》（“Das G?ttliche”，1782年）一诗中，说自然是没有感情、不知悲悯的，她的摧毁如同她的创造一般充满活力。“你的一切理想不会阻止我（歌德）成为真实，就如同自然一般的善与恶。”自然的唯一伦理是，共荣共存。歌德承认许多人需要超自然作为心灵的支柱，而他本人直到晚年才有这种需要。他说：“凡是没有艺术或科学的人才需要宗教。”“作为一名诗人与艺术家，我是一位多神论者（将自然的个别威力加以拟人化），而我担当科学家的角色时，我则倾向于泛神论（一神在万物之中）。”
在宗教与道德方面，歌德是一个“绝对的异教徒”，他没有原罪感，也不觉得需要什么上帝代他赎罪而死。1782年8月9日他给拉瓦特的信：“我并不是反基督教，我只是断然不要做一个基督徒……你接受福音，视之为神圣的真理。而天堂并没有传下双耳能闻的声音，说服我一个女子能够不靠男人而生孩子，或者死人能从坟墓里复生。我认为所有这些说法才是对神的亵渎。”歌德对人表示：拉瓦特把他往死角里逼，“于是终于逼到进退维谷的地步，也就是‘非基督徒即无神论者！’关于这一点，我宣称，如果他不能容许我持自己对基督教的观点，那么我宁愿做一个无神论者，尤其是我觉得根本没有人明确地知道到底什么是基督徒，什么又是无神论者”。歌德认为“基督教是一场政治革命，革命未成功才退而求其次，转而成为一种道德主张”。在文学著作里“有成千的书页跟《四福音书》同样美丽而有用”，“不过我认为《四福音书》是十分真诚的作品，因为其中辉映着发自基督与他本性的恢弘气度……那是道德最高原则的神圣表现，我向他敬礼”。然而，他建议崇拜太阳也要跟崇拜基督一样，因为那也是神圣力量的表现。他推崇路德，赞扬其宗教改革打破了传统的镣铐，却也惋惜路德派陷于教条化。他怀疑新教将由于欠缺启示性与仪式而衰落，并认为天主教将精神关系象征化，是颇明智而有益的。
歌德对不朽的看法，随着年事的日增而渐变。1789年2月2日给弗里德里希·斯托尔贝格的信：“我多多少少服膺卢克莱修的主张，而将自身与自己所有的希望寄托于今生今世。”不过，1824年2月25日给埃克曼的信：“我绝不能不信仰来生的快乐；我甚至要说，对来生不寄予希望的人，今生也就跟死了差不多了。”1825年2月4日：“我坚决相信，我们的精神是一种不可毁灭的东西。”他读斯韦登伯格，接受其精神的观念，并抱转世轮回的希望。他研究犹太教的神秘哲学（Cabala）与米兰多拉（Pico della Mirandola），甚至有时也造命运图。他日趋老迈时，他承认了信仰的权利：
严格地说，除了如我从这颗仅有的行星上，从我有限的感知异象中推知的外，我没有任何有关上帝的知识。这种知识犹如凤毛麟角。我不承认这种可适用到我们对自然的观察上的限制，可适用在对信仰的实施上。反之才是事实。这么说来，我们十分不完整的知识，要求通过信仰的行为来辅助以臻于完整之境。
1820年，他后悔在年轻时写了反叛性的《普罗米修斯》一剧，因为现在激进的青年都引用里面的句子来反驳他。费希特控诉无神论时，他摒弃了费希特。歌德如今则说：“不要对别人灌输他们不能接受的观念，是我们的义务。人只能接受合乎自己需要的东西。”
正如他的宗教观一样，他的道德观也随着年岁渐增而有所改变。在充满青年的活力与傲气的时日，他认为生命纯粹是一个供自我发展与表现的舞台。“这种极欲将自我生命的金字塔尽量往高处建的渴望，驾凌了其他的一切，且不容须臾的怠惰。”在此过程中，我们看到歌德寻求温柔的心灵。透过政治生涯的成长，他察觉到人生是一个合作的过程。个人的生存靠互助来维持，自我追寻的活动仍是生命的基本动力，然而必须受到群体需要的约束。在第1卷中的浮士德就是个人主义的体现；在第2卷中，他发现了以救赎来达成灵魂的“超度”。在《威廉·迈斯特的学习时代》一，其主人翁也是不断寻求自我的教育与发展，虽然在本性和后天的训练上，威廉·迈斯特经常帮助别人。在《威廉·迈斯特的漫游时代》一，歌德试图增进社会群体整体的快乐。歌德并不拥赞“爱自己的敌人”的说法，不过在一篇极佳的诗篇里，他对高贵的人性作了界定：
愿人高尚，
有用而善良。
如此
他即
不同于万物。
大自然是
无所知 无所感者；
阳光照耀于
卑微 也照耀于伟大
月亮星辰
辉映于至卑 也
辉映于至善
疾风 狂流
雷电 雨雹
以永恒的铁则
呼啸……
唯有人得以
完成不可能者；
他分辨
选择、判断；
化瞬间
为永恒。
只有人会
报善
惩恶
救赎。
对迷途者
给以忠言
愿高尚的人
有用而善良。
要成为高尚的人，必须时时留心那些卑劣的影响力。“不要把精力全放在与同时代人的竞争上，多多钻研古往今来的伟人，他们的著作就是他们的价值所在。一个真有禀赋的人，是知道怎么由先贤处获取智慧的，而这种意念正是有较高禀赋的表征。”图书馆是古圣先哲留下来的遗产，应予敬重。“图书馆就像大宗的资金，默默流出无以计数的利息。”但是，有才智而无品德，较诸有品德而无才智，远为不善。“任何虽解放心灵却不赋予我们控制我们自身力量的事物都是有害的。”计划你的生活——不过要在思想与行动之间求取平衡。只想而不做，是一大弊害。“文化是思维与行动的结合。”“工作给人的福惠，甚于一切。”最重要的是成为一个整体，或参与一个整体。“唯有人类才是真实的人。个人只有有勇气在整体中体认自己时，才能获得快乐。”
歌德对欧洲当时风起云涌的革命思潮，持相当保留的态度。他认为，能积极为人民谋福利的贵族政治，是当时欧洲可能拥有的最佳政体。社会上的弊端是应予革除的，但是不宜以暴力革除。革命的代价太高，常是得不偿失的。而且，通常革命的成果，是回到原来的起点。
因此，这位承袭了幸福和安全，并使斯特拉斯堡的学生们嘲笑他的奇装异服的人，从哲人、圣贤和生活的体验上学到体谅穷人，希望有钱人更慷慨地愿意与人分享他们的财富。贵族的税赋应与他们的所得成正比，而且应让他们的子孙从“知识和繁荣带来的利益”上受益。纵然名满欧洲，歌德也体会到中产阶级对贵族出身的羡慕。“在日耳曼，除贵族外，没有人有获得充实的……良好教育的机会。”人人都知道1812年7月，歌德和贝多芬在特普立兹的故事。但是，它的唯一资料来源是根据不十分可信的白蒂娜，她声称是引自贝多芬的说明：
国王和王子们固然能颁赠爵衔和勋章，但是，他们不能造就伟人，因此，伟人不得不受到礼遇。歌德和我两人碰在一起时，那么这群出身高贵的绅士一定会注意到伟大如我们者是什么情形了。昨天，我们碰见（奥地利）皇室的成员们，歌德从我身边挣脱开去垂立一旁。我压低戴在头上的帽子，垂着双手走进群众中去。王子和朝臣们成两列纵队走了过来。魏玛公爵向我脱帽致敬，而女皇首先向我问好。更令我愉快的是，我见到仪队在歌德身旁排列着，他站在一旁，手中拿着帽子，频频鞠躬为礼。之后，我为此而曾严厉地责备过他。
因此，1824年歌德给埃克曼这样一封信：“我的确不是法国革命的友人。革命的恐怖是立即就感到了……而其好处则尚未见到……然而我同样也不是集权统治的友人。我甚至觉得，革命不是人民的错，而是政府的过失。”歌德欢迎拿破仑，认为法国与欧洲在经过10年的动乱后，是拿破仑为之带来了秩序。他不信任民主政体，认为“无知当道，恶莫大焉”，又认为“智慧绝非通俗、俯拾皆是的东西”。
他讽嘲派系之间的倾轧。“玩政治，就像是病人躺在病床上，从这边翻到那边，想躺得舒服些。”他反对新闻自由，理由是思想不成熟与不负责任的执笔者，会使社会与政府经常受其困扰。在他晚年，当年争取自由的呼声在他看来，只不过是无权无势的人争取权力与财富的吼声。“唯一的目的是从一边变到另一边去的权力、影响和幸福。自由是秘密的阴谋者们的密语、公然宣布革命者的呐喊，事实上，专制主义领导受它征服的群众起来反抗敌人，允诺而今而后中止一切外来压迫时，便成了专制主义本身的口号了。”
歌德尽了老年人最大的职责，以抑制年轻人的冲劲。
