康德从不如神学家一样踌躇自满。1791年，在一本小书《论神正论一切哲学试探的失败》（On the Failure of All Philosophical Attempts at Theodicy）里，他重复说“我们的理性，对深入了解这个世界……与最高智慧之间的关系，是全然无能为力的”。他加上一种警告，或者是对于他自己而言，“哲学家对这件事不可以扮演一种特殊辩论者的角色，他不会辩护任何原因，对他不能捕捉到的公正，而且也无法用思维模式，特别是哲学的方法加以证明”。
他又回到使他招致公然挑衅普鲁士政府的一连串论著的问题上，其中第一篇《根本恶论》于1792年4月发表在《柏林月刊》杂志上。出版检察当局允许他出版的理由是“仅仅有思想深度的学者才读康德的著作”，但是拒绝同意续编《人支配下的善恶原则论》。康德凭借德国大学具有批准出版书籍和论著的特权，将第二、第三及第四篇论文交付耶拿大学的哲学教授会（当时被歌德及萨克森—魏玛的卡尔·奥古斯都公爵控制着，席勒也在职中）。教授会给他出版许可，其全部四篇于1793年在柯尼希山以《纯粹理性界限内的宗教》为题出版。
第一行就宣告了极具影响的主题：“就道德是以人类概念为依据而论，作为一个自由的行动者，人是自由的，从他的理性到无条件的法则蒙蔽了他自己，使他了解他的责任，既不需要一个超越他的另一种存在的观念，也不需要一个除了法则本身之外的动机使他去行动……因此，这种自我原因的道德不需要宗教。”康德保证服从官方当局，而且承认检查制度的必要，但是他力陈检查制度“将使科学的领域造成没有纷争的局面”。科学被神学侵犯，正如伽利略的案子，“可能阻挠一切人类理性的努力……哲学的神学……就其科学的范围来说，必须有完全的自由”。
康德从人类善恶倾向的双重遗传引出了道德的问题，“一种颓废的倾向必须确切地根深蒂固于人类，不需要形式上的求证，因为大众经验的显著例子……摆在我们的眼前”。他不同意卢梭主张的人生下来就是善良的或者在一种“自然状态中”是善良的，但他指责“文化与文明的恶行”是“万恶之恶”，却跟卢梭的见解一致。“事实上，这一直是一个问题，是否我们在未开化的条件下更为不幸福，比起我们在目前的社会状态下”自私自利、伪善、道德失调及战争中的大规模屠杀。假如我们想知道人类的真正本性，我们须观察各种情态的行为。
“人性中的根本罪恶”是如何开始的呢？不是“原罪”，“毫无疑问，这种罪恶由我们的种族所有成员和组织已经被扩张，并为了普及的缘故而变形，其最愚昧的是把它描述为像一种遗产从我们的祖先传给我们”。大概“罪恶”的倾向根深蒂固于人类，是由于他们在原始条件下生存的需要吧！只有在文明——有组织的社会——之下他们才变得不道德，因此，他们需要的不是抑制而是控制。“自然的性向，‘他们自己认为’是‘善’，即不是一件可耻的事，而且想去消灭它们——不只是枉然的，如此做也将是有害的、有罪的。宁可让他们驯服，而不使他们彼此冲突，他们才能被带到一种称为幸福的整体的和谐中。”
道德的善也是与生俱来的，正如普遍的道德意识证实的，但那只是起初必须被道德教谕和刻苦训练发展的一种需要。最好的宗教不是一种胜过仪式崇拜的典礼，而是最能影响人类走向道德的生活。理性的宗教其本身不是以神的启示为根据，而是以一种被解释为人类最神圣的元素的责任感为根据。宗教可以合法地把它自己组织成一个教派，它可以从神的经典中寻求教条的定义。它可以正当地礼拜基督作为人类的最高神祇。它可以有天堂的寄望、有地狱的险恶，而且“没有宗教能被想象其不包含对未来生命的信仰”。但是，那将是没有必要的，对于一个基督徒而言，坚定信仰奇迹，或者基督的神圣，或者赎罪，要面对基督的十字架；对人类的罪愆，或者灵魂的宿命，到天堂或地狱，借着神的恩典的赐予而无关善恶的行为。这“必须在孩提时代小心地谆谆教诲一些祈祷的形式（一直还有使用字母的必要）”，但是请愿式的“祈祷……作为赢得神的恩典的手段，则为迷信的妄想”。
当教会变成逼人不得不信仰或做礼拜的一种机构，当它设定本身为唯一的公理解释《圣经》和界定道德，当它形成一种教士职位要求唯我独尊的接近上帝与神的恩典，当它的礼拜形成一种魔术般的仪式具有神奇的力量，当它变成一种政府的武器和知识暴政的代理人，当它企图统治国家及运用非宗教的统治者作为教会野心的工具——自由的心意将起而反对这种教会，而且在教会之外寻找、追求道德生活的“纯粹理性宗教”。
康德这部最后的巨著，带着一些踌躇与困惑，自然是谁也不愿做阶下之囚的缘故。其中有很多卖弄学问的赘述，还有一些奇妙的逻辑和异想天开的神学。奇异的是，69岁的人会一直展现如此丰富的思想和语言，以如此巨大的勇气与教会和国家的联合权力战斗。腓特烈·威廉二世向康德下达“内阁命令”时（1794年10月1日），国王与哲学家之间的冲突终于到了紧要关头：
鉴于长久以来，你一再误用你的哲学暗伤和破坏基督教及《圣经》极其重要的根本的教条，皇帝陛下至感震怒。而且，你在你的著作《纯粹理性界限内的宗教》里，也做上述的违犯……我们要求你即刻尽责答复，并盼望今后尽可能规避皇上的嫌弃，勿蹈前辙，宁祈善尽汝责，以汝之才智声望贡献于我们的传统目标，可获益良多。如果你继续反抗，势将使你自己招致不愉快的后果。
康德做了一个和解式的答复，他指出他的著作仅仅提供给学者和神学家，而他们的思想自由则被维持在政府本身的利益之下。他的书容许不充分的理由判断宗教信仰的最后奇迹。他以服从的誓约做结论说：“我在此，以陛下的最忠诚的臣仆的身份，郑重宣布，从此以后，无论在演讲或写作上，我将完全避开有关宗教的自然与天启两个方面，不做任何公开陈述。”大帝驾崩时（1797年），康德如释重负，而且腓特烈·威廉三世解雇了沃尔纳（1797年），废除检查制度并撤销1788年的“宗教令”。经过这番胜利，康德总集他的论文，出版了一本《权能的冲突》（Der Streit der Fakult?ten，1798年）。其中，他重复他的主张，学究的自由对一个社会的知识成长是不可或缺的。实质上，这位身处遥远世界角落的矮小教授，对一个在欧洲拥有最强大军队的国家，已经赢得了他的战斗。这个国家不久便崩溃了，但是到1800年，康德的著作竟成了最新影响德国人知识生活的力量。
