由于第一批判讨论到纯粹理性不能证明自由意志，又因为康德的观点，即道德要求这样的自由，理性的作用似乎已经离开了道德，正如神学缺乏合理推理的基础。更糟的是启蒙运动由于怀疑一位信赏必罚的上帝存在，而削弱了宗教的道德基础。假如这些传统的道德支柱崩溃了，文明如何能够残存？康德坦然以启蒙运动者的门徒自诩，负有为道德规范寻求某种合理根据的义务。在一篇名为《道德形而上学的基本原则》（1785年）的论文中，他拒绝自由思想家们把道德置于个人或种族经验基础之上的企图。这样一种后天的由来将使道德原则失去普遍性和绝对性，以他的判断是一种坚实的伦理要求。他以特有的自信宣称：“很明显，一切道德概念有它们的地位和起源，完全先天于理性之中。”他的第二本巨著《实践理性批判》（Kritik der Praktischen Vernunft）就是打算发现和阐明这种地位和起源。它将分析道德的先天因素有如第一批判对知识先天因素的分析。
每个人（康德认为）具有一种良知和责任感，有遵从道德法则的意识。这种道德意识时常和我们的本能欲望冲突，但是我们认为比起快乐的追求，它是一种更高的因素，它不是经验的产物，它是我们与生俱来的心理构造的一部分像范畴一样，它是赋予各种民族的心灵的裁判所。它是绝对的，它无条件地命令我们，没有例外或赦免，为自己的理由行使权利，它是以自我为目的，而不是获取快乐或奖赏或一些其他幸福的手段。它的命令是无上的。
“无上命令”（categorical imperative）具有两种形式。第一，“一切行为应遵从你意志的规律（maxim），则能永远有效地作为普遍立法的原则。”假如其他人的一切行动也像你一样，则一切将是美满的。这种“黄金律的变异”（Variation of the Golden Rule）是“纯粹实践理性的根本法则”，而且是“绝对至善的公式”。第二，“一切行为要合乎人道（humanity），无论对你的同胞或是任何其他人，在任何情形下总要当作目的，而不要仅仅作为一种手段。”康德宣告了这种原则，比起美国或法国的人权宣言更具革命性。
道德责任感是某些自由意志的附加证据。倘若我们没有自由去做或者不去做，倘若我们的行动仅仅是联系在机械因果牢不可破的链锁里，则我们将如何能有这种责任意识呢？没有自由的意志，人格将是无意义的。假如人格没有意义，生命也同样无意义。因此，假如生命是无意义的，宇宙也将是同样无意义了！康德认为这种决定论的逻辑显然是不可避免的，而自由抉择如何介入（他自认的）那个很明显被机械法则支配的客观世界呢？他的答复是文字晦涩的杰作。他提醒我们，机械法则是一种心理的建构、一种计划，心灵由其因果关系的范畴，强使时空世界成为与其协调一致的组合。因此，我们对现象世界的范畴给予限制，而且因此承认我们不知道实体世界（the noumenal world）——现象后面的物自体——的性质，我们不能假定终极存在也同样地具有我们为现象建构的法则。而且，因为我们承认我们自己知道的只是现象本身——只是知觉和观念的世界——而不知道内在和实体心灵的性质。我们不能假定因果法则好像是支配我们身体（包括我们的大脑）的行动，也同样应用于我们心理过程背后的终极精神存在的意志作用。在时间观念和空间现象世界的机械论背后，没有时空的实体世界的终极的内部或外部存在，可能会有自由。我们的行动和观念一旦进入了可感觉的肉体或心理事件的世界里，也就被决定了。在它们起源的无感觉的灵魂中，他们可能一直是自由的。“在这种情形之下，自由和本性……能一并存在。”我们无法证明这个，但是我们可以合法地假定它包含在我们道德意识的命令特性之中，假如没有它，我们的道德生活将化为乌有。
毕竟（康德说），为什么我们不把优位让给实践理性，让它超过思辨理性呢？科学，似乎使我们不会成为机器人，终究是一种思辨——一种结论永久有效与方法时常改变的赌博。我们有理由发现人的意志应该比智力更为根本，智力是被意志炼铸的一种工具，用来处理外部的和机械的世界，它将不会是利用智力而成为人格的主使者。
但是，假如道德意识保证我们设定一种自由意志的限度，那也是为了保证我们相信灵魂不灭，因为我们的道德意识怂恿我们趋向于被我们的本能冲动一再挫败的“圆满”（perfection）。在我们短暂的尘世生命里，我们不能达到这个“圆满”。我们必须设定：如果这个世界有任何正义，我们被赋予的，是为了我们的道德成就，在死后持续生命。假如也同样地设定一位公正的上帝存在，这也是被实践的理性保证的。世间的幸福往往不是与美德一致，我们总觉得在美德与幸福之间的平衡，有些方面需要加以重建，只有在假设有一位将实现这一调和的神，才使之成为可能。“于是，一切自然的一种起因的存在，有别于自然本身，而且包含幸福与道德的真正调和……的原则，也同样地（为实践理性）设定。”
康德倒转通常的程序：不把道德意识和规范当作源自上帝（如神学家所说的），而从道德意识演绎出上帝。我们必须想象我们的责任不是作为“外在意志的恣意训令，而是当作每个自身自由意志的根本法则”。无论如何，因为意志和上帝同属于实体世界，我们应该当作神圣的命令来接受这些责任。“我们将不把（道德的）行为视为义务的，因为那是上帝的命令。但是我们将把它们当作神圣的命令来关心，因为我们对行为负有将它演绎成自由意志的义务。”
假如所有这些意志性的思想稍稍难解的话，那可能由于康德并不太热衷于对伏尔泰与卢梭的调停。《纯粹理性批判》在供认纯粹理性不能证明意志自由、不朽或上帝，比起伏尔泰已经有了很大的进步。但是，康德发现卢梭的教条理性——觉醒、感觉优位和人类道德衍生宗教——才能逃避不可知论、道德的崩溃及沃尔纳的警察。他以为卢梭将他从伦理的“独断论睡梦”中惊醒，正如休谟把他从形而上学的独断睡梦中唤醒一样。第一批判属于启蒙运动，而第二批判属于浪漫运动。企图结合这两个方面是哲学史上最艰难的工作之一。海涅把这种企图归之于对大众需要的挂念，教授看到他的忠实仆人拉莫普为上帝的死亡悲叹：“然后，康德给予怜悯，并表示他自己不只是一位伟大的哲学家，也是一位善良的人。接着他半仁慈地、半讽刺地说道‘年老的拉莫普必须有一位上帝，否则他不能快乐……至于我自己，有实践理性就能保证上帝的存在’。”
