叶卡捷琳娜主要改革措施中，有一项是将全俄国的土地进行一次全面性的调查（1765年）。此举受到地主们的反抗。在她临终时，55个省已完成了20个省，但是全部计划到19世纪中叶才告完成。这一过程令女皇有些沮丧，因为她终于明白俄国的经济深深地根植在由地主与农奴组成的封建体系和农业组织之上。1766年，她悬赏1000杜卡特征文，题目是《农奴的解放》。结果得奖人为亚琛的阿贝。他认为“普天下的人民都要求他们的君主解放农奴”，同时预言若“使农民拥有其自耕地”，农业产量一定会大量增加。然而，贵族地主们警告叶卡捷琳娜，除非农民被束缚在土地和他们的地主之下，否则一旦解放，他们会移向城镇，更会漫无限制地流徙乡间，造成一片混乱，阻碍生产，也使陆海军不能征召到壮健的农村子弟。
叶卡捷琳娜对此萦绕于心。她小心翼翼地进行一切措施，因为贵族既有钱又有军队可以推翻她，而贵族们若想这样做，更可得到那些愤恨丧失土地和农奴的教士的支持。她唯恐一旦解放，初获自由的农民，会如潮水般涌向城镇，而城镇对他们的供养和雇佣毫无准备，因此必定会造成混乱。于是，她只能逐步使解放运动推进。她再次颁发彼得三世禁止购买农奴作为工厂劳力的诏令。她要雇主们付给工人现金，指令城镇里或公社的官员，制定合理的工人工作环境标准。虽然如此，工奴的状况仍是最惨无人道、最令人惊愕的奴隶制。叶卡捷琳娜禁止她建立的城镇有奴隶制。只要付一点款额，她就将那些从教会没收来的土地上的农奴解放。然而，这些改进毫无成就，因为速度赶不上她不时地将国有土地赐给那些侍候她的将军、政治家或情夫们。也因为如此，80万自由农成为奴隶。农村人口中，在她刚掌政时奴隶的比例是52.4%，在她临终时则升至55.5%，其人数从760万升至2000万。1785年《给贵族的宽限书》（Letters of Grace to the Nobility），叶卡捷琳娜等于完全向贵族让步，她再度确认他们可以免除人头税、体罚、兵役，而且享有只受其贵族审判的权利，拥有在他们各自的土地上的采矿权，拥有工业企业，以及随时出国旅行的权利。虽然她禁止地主成为暴君，对农奴不得残酷，但她又不准农奴向她控诉申冤，这使禁令变得毫无意义。
被压榨的农民暗地里使尽逃亡、叛乱、暗杀等各种手段。1760年至1769年，就有30个地主为其农奴所杀。1762年至1773年，有40起农村暴动。但是一直要到出了一个知悉如何将怨恨转化成力量，将农民加以组织武装以博取胜利的革命分子，叛乱才能大规模有效地进行，否则其前的一切暴动很快速地被敉平。这个人就是普加乔夫，顿河地区的哥萨克人。他曾在俄国军队里服役，与普鲁士人和土耳其人打过仗。他申请退伍被拒，于是企图逃亡，但未成功，后再度逃亡，其后他过着放逐流浪的生活。1772年11月，他受到不满现状的修道士的怂恿，对外宣称自己是彼得三世，现仍存于人世，以前所有预图杀害他的阴谋，都神奇地失败了。他吸引农民与盗匪为其部属。1773年9月，他认为势力已够庞大，便公开反叛篡位者叶卡捷琳娜。乌拉山、伏尔加河和顿河三个地区的哥萨克人，成千的被判刑到乌拉山采矿与炼矿的劳工，成百的欲推翻东正教的传统信仰者，被伊丽莎白以武力弹压被迫信奉基督教的鞑靼、吉尔吉斯和巴斯噶尔三个部落的当地人，逃离其主人的奴隶，越狱的罪犯，所有这些人都投向普加乔夫的麾下，最后他统率的竟有2万人之多。他们大队人马开向各个城镇，无往不胜，打败了地方政府派来的军队，夺取了重要的市镇如喀山和萨拉多夫。他们没收一切作为补给品，杀死地主，强迫不很愿意的农人加入他们的队伍，迈向伏尔加盆地，其后目标指向莫斯科。普加乔夫宣称，到达莫斯科时，将是保罗大公登基，而非他本人。但是——或许这是一种奸险的幽默——他称他那位乡村太太为皇后，并以叶卡捷琳娜皇族的姓氏封赠爵位予他的副手——奥尔弗伯爵、帕恩伯爵、沃龙佐夫伯爵等人。
叶卡捷琳娜最初还开玩笑地称他为“普加乔夫侯爵先生”，但闻悉叛军已攻下喀山市时，她马上派出大军，由皮特·伊万诺维奇·帕恩将军统领，前往镇压。贵族也深深明白整个封建结构已呈岌岌可危的状态，因此纷纷起而协助她。不久，由于与土耳其言和结束战事的关系，苏沃罗夫随即带领骑兵前来与帕恩会合。叛军在和由帝国军官统领的纪律严明的正规军相抗后，即刻瓦解，他们被迫撤出各个据点，粮弹也耗尽了，其内部饥饿继起。几个头目因为期望得到粮食和赦免，逮捕普加乔夫，将他交给官军。这位叛首被关进铁笼并押解至莫斯科的克里姆林宫，结果不但被判袅首，其尸首被剖成4份，然后在城的4个地区，同时悬于竿上，示众多日，借以吓阻众人。他底下的几个队长中有5个被枪决，余者皆被鞭打，几乎致死，后放逐西伯利亚。这次叛变的结果是强化了叶卡捷琳娜与贵族的联盟关系。
在某些措施上，她也向贵族挑战，比如鼓励商业阶级的成长。她相信重农主义的论调，于是先行建立农产品自由买卖制度（1762年），后更扩及各种产品。她结束了政府管制的独占制度（1775年），容许任何人自由从事和经营工业企业。由于农村式和庄园式工业的发展，而贵族又参与工商企业的发展，中产阶级的形成与增长受到阻碍，在其统治年间，工厂由984间增至3161间，但其大部分都是仅雇用一些工人的小工厂。都市人口从1724年的32.8万人增至1796年的130万人——此时仍占不到全国人口的4%。
女皇繁忙至极，但她赖着牢骚满腹的贵族的支持，还是尽一切可能来促进商业的发展。俄国当时的陆运恶劣不堪，但幸好水道很多可做补救；同时，运河居间联络，形成一道有利的运输网。在叶卡捷琳娜的治理之下，伏尔加河与涅瓦河间的运河，即沟通波罗的海与里海的运河开工了。她计划要开取另一条运河，用来连接里海与黑海。此外，借着谈判与战争手段的互用，她终于为俄国取得通往黑海和地中海的权利。她敦促外交官从事与英国（1766年）、波兰（1775年）、丹麦（1782年）、土耳其（1783年）、奥地利（1785年）和法国（1787年）贸易协定的签署。对外贸易由1762年的2100万卢布增长至1796年时的9600万卢布。
对这一数字的增加，我们必须考虑到政府因为战费太多而导致的通货膨胀。叶卡捷琳娜为支持她对土耳其的战役，从国内外借贷1.3亿卢布。她又发行纸币，其量远超过应存有的准备金。在其当政期间，卢布贬值32%。在此期间，虽然国家税收从1700万卢布增至7800万卢布，国债却累积至2.15亿卢布。这些现象主要源于她欲瓦解土耳其帝国的力量，而将俄国的边界扩展至黑海的企图，因此大兴战事，引起了财政上的大问题。
