叶卡捷琳娜现在得到胜利了，但是面临由各种混乱的改变可能带来的危险。为了犒赏军方护她上位之功，她下令首都中的制酒当局免费供应他们大量的啤酒和伏特加酒。其结果是军队酩酊大醉，有一阵子几乎要把她掌大权的军事基础给醉垮了。6月29日午夜，正是叶卡捷琳娜上位后第一次能安静下来大睡两天的时候，她被一个军官唤醒。这位军官紧急向她报告：“我们的军队喝得烂醉如泥时，一位轻骑兵突然向他们呐喊道：‘紧急集合！3万普军就要来劫走我们的母亲（叶卡捷琳娜）了！’因此他们全面武装，向此进发，要来看看你到底如何了。”叶卡捷琳娜着装整齐，步向室外，澄清了有关普军来袭的谣传，并劝她的战士们回营睡觉。
她8岁大的儿子保罗也给她带来几番险境。帕宁和许多贵族，及大部分的教士觉得，为了维系正统，保罗要加冠封王，而由叶卡捷琳娜摄政。但她深恐政府会因此落在寡头贵族的手中，而且如此一来，她更有被罢黜或被控制的可能，于是她在形式上正式宣布保罗为王位继承人。然而她的支持者仍不断地主张原议，她的儿子因此在对母亲骗走他的王冠的这股恨意中长大。
宫廷政变的消息传遍全俄时，都城外的民意很显然地对她不表欢迎，都城目击彼得的缺失，自然认为他不适合治理天下。但圣彼得堡之外的俄国百姓对他的了解是他行了若干慷慨大方的仁政，这给他的政权带来某种威望。莫斯科的民众因为离京城太远，无法感受到叶卡捷琳娜的魅力，因此在态度上，仍然是冷酷地对待她、反对她。叶卡捷琳娜把保罗带到莫斯科（正统派的大本营）时，保罗受到了疯狂的喝彩，而叶卡捷琳娜被冷落在一旁。许多省级的军团称圣彼得堡的军人是国家权力的篡夺者。
我们无法断言，彼得受到广泛的同情是否为其致死的原因之一。下台后，这位精神萎靡、落魄不堪的沙皇，谦卑地陈情他的妻子“怜悯我，给我唯一的安慰”——他的情妇，同时让他回到荷尔斯泰因那里的亲友身旁。然而，他的请求不但未获准，他反而被软禁在一个孤独的房间里，经常受到监视。守卫他的队长阿列克谢·奥尔弗，常和他打牌，并借给他钱。1762年7月6日（以新历法计），阿列克谢单骑急驰圣彼得堡，向叶卡捷琳娜报告道，彼得与他和其他侍从吵了一架后，在一阵混战中死亡。关于他死亡原因的记载，历史上只留下一些谣传，皆未获证实。其中，有认为他是被毒死或被扭绞致死，有认为他被拷打致死，也有认为他死于肠炎和中风。后世的历史学家则下此结论：“谋杀的真相不明，叶卡捷琳娜扮演何种角色也无从确定。”叶卡捷琳娜不太可能下令行事，但她并未惩罚任何一个人，而且事发一天后才公布，而后哭泣两天，表示哀痛，然后随即接受既成事实。几乎全欧洲都认为她铸下谋杀罪，彼得下台受损最大的腓特烈大帝却释了她的罪，他说：“女皇对这一罪行并未预知，她听到消息时，生发的那股悲伤并非是一种做作，因为她早已正确地预见了今天人人要加诸她的论断。”伏尔泰同意腓特烈的说法。叶卡捷琳娜之子保罗，在读过他母亲逝世后私下留给他的信件时，也肯定阿列克谢杀彼得时，并未获得叶卡捷琳娜的任何命令或请求。
这个事件给叶卡捷琳娜带来了麻烦，但也解决了一些难题：它引起了一连串欲图罢黜她的阴谋，使她身陷于行政混乱的重重危险与困扰之中。后来，她对这一时期有如下记载：“参议院对国事不闻不问，立法机构已经腐化不堪，到了近乎解体的程度，可以说没有人认为它还存在。”俄国此时虽然刚赢得战争，但花费非常惊人，财库亏欠了1300万卢布。情况如此恶劣，荷兰的银行拒绝贷款给俄国，军饷的发放都迟了几个月。军队涣散异常，叶卡捷琳娜深恐俄国南部的鞑靼人随时有入侵乌克兰的可能。宫廷上下到处煽动着阴谋与反阴谋，人人患得患失。在彼得下台不久，普鲁士大使即认定“叶卡捷琳娜女皇的统治只是世界史上的一个小插曲而已”。这当然是一厢情愿的想法，因为当时腓特烈因彼得的去世而深感哀痛，同时叶卡捷琳娜取消了彼得救援腓特烈大帝的命令。
彼得原下令收归教会土地还给世俗社会，女皇暂缓这一谕令的执行，以安抚教会，减低其反对的热潮。她以重赏来重新鼓舞支持者的热切忠心。比如格里格里·奥尔弗受赏5万卢布，并得共寝的殊荣。遭流放厄运的贝斯特兹弗也被召回，虽未复官职，但也得以享有旧日荣华。往日和她作对的人，都受到她宽宏大量的对待。明尼希在臣服后随即获谅，被任为爱沙尼亚与拉脱维亚的总督。这些措施当然都有助于她稳定摇摇欲坠的王权，但最主要的稳定因素还是她个人的智慧与勇气。17年失宠的冷宫生涯，使她学会了与她年轻时那股跳跃之情截然不同的作风，她有了耐心，她谨慎、自制，她也有政治家们具备的掩饰手法。她蔑视帕宁的谏言，她怀疑参议院的忠心、正直和能力，现在她总揽大权于一身，面对欧洲的诸集权王室，摆出绝对集权主义的态势，可以与腓特烈大帝拥有的集军国主义与哲学为一的作风媲美。她不再挑选丈夫。贵族当时既然控制参议院，她就必须在独裁与分崩离析的集权主义两者之间做一选择，这正是17世纪的法国黎塞留面对的选择。
叶卡捷琳娜重用了许多有能力的人，也赢得他们的忠心，也经常博得他们的爱心。她令他们奋力工作，但也厚待他们，也许太过厚待了——宫中的奢侈生活与浮华场面成为政府过度开支的主因。她的宫廷真是复杂多端，根基是野蛮主义，却深受法国文化的熏陶，而其统治者又是一个在教育与智力上皆强过其左右随从的日耳曼妇人。她对各种特殊使命予以重赏的挥霍作风，激起了朝野的争胜求功之心，但也无法制止腐化之风。她的左右随员大多收取外国政府的贿赂，其中一些更接受敌对一方的贿赂，以表示公允。1762年，叶卡捷琳娜通告全国的一篇有名的自白声明如此说：
我们认为，怀着极痛苦的心情，告诉全国人民这一件事是必要的职责。这即是我们久已闻及而现在被明显的事实证明的，我们这一帝国已受到贪污腐化的严重侵袭。因此，政府中几乎没有一个部门……其公正未遭这一恶毒传染病的抹杀。若有人想要谋得一个职位，他必须花钱买它；若有人要控诉别人的诽谤，也必须花钱；而若有人捏造事实控告邻人，他可以用贿赂来保证这一恶毒的意图能够成功。
在她的周遭酝酿的各种阴谋中，包括设法使伊凡六世取代她的王位。伊凡六世在1741年12月的政变中被黜后，已遭禁锢21年之久。1762年9月，伏尔泰即忧心地提到“伊凡可能推翻我们的女恩人”，后改写道：“我担心我们敬爱的女皇会被杀死。”叶卡捷琳娜曾去拜访伊凡，但她发现，他已成为“一具人体残骸，经多年的监禁已成白痴”。她下令卫士，若有任何非经她授权过的意图而要释放伊凡的话，务必先行杀死他，不得屈服。1764年7月5日午夜，监狱里来了一个叫瓦西里·米尔维斯的军官，他手提一纸，向狱官解释该纸为参议院之令，要将伊凡提交给他。他靠几个军人的帮忙，冲到了两位卫士与伊凡共寝的地窖，敲了门，要求入内。受拒后，他命令手下以大炮轰开大门，然而卫士一闻及此即将伊凡杀死。米尔维斯于是被捕，在他身上搜出的文件上载有“叶卡捷琳娜已遭罢黜，从此伊凡六世为俄国沙皇”的字样。他在受审时，拒绝透露同谋者，后被杀死。舆论群情无不指责叶卡捷琳娜谋杀了伊凡。
此后，又有一次阴谋。1768年，一位名叫乔格洛科夫的军官，声称受上帝之令，要报彼得三世的大仇。他身带一把长匕首，混入宫中，潜藏在叶卡捷琳娜时常经过的通道旁。格里格里·奥尔弗预先闻及这一阴谋，因此乔格洛科夫被捕，然而他骄傲地承认欲刺杀女皇的意图，后来他被放逐到西伯利亚。
