他的一切措施都非常宽容大度，令人震惊不已。他善良的天性，原本为粗野、无思想的举止玷污，但由于对他得以和平继承王位的那一阵感激，使他的本性又告浮现。他宽宥敌人，留用大多数伊丽莎白属下的大臣，尽量和蔼地对待叶卡捷琳娜。他让她住在皇宫中的一个舒适的房间，而他住在另一端。居间的大间则分给大臣们。这当然是极大的侮辱，叶卡捷琳娜暗地里却庆幸能远离他。他供给她可观的津贴，替她还大笔欠债，而从不过问其原因。在公开场合，他让她与他并肩而立，有时礼让她。他召回被前任统治者放逐到西伯利亚的男男女女。明尼希现在也回来了，他32岁的长孙迎接他时，他已是82岁高龄的老人了。彼得恢复他野战军元帅的旧阶，他誓言效忠至死，后来的确是如此。这位快乐的皇帝更免除贵族们牺牲他们一生时光贡献国家的义务，这是彼得大帝早先加诸他们的义务，他们遂提议替他造一尊金制雕像。他嘱咐他们最好较明智、较聪明地重新考虑这种贵重金属的用处。2月21日的谕令废除了众人痛恨的秘密警察制，而且禁止以政治犯的罪名来逮捕人，除非已经经过参议院的审查与批准下令。6月25日，彼得又下一纸敕令，自此通奸罪的人可免于接受惩处，“因为耶稣并未对这事判罪”。宫廷上下乐极，商人也因为出口税赋的减低而大喜，盐价也下降，贩奴为工厂劳力的恶习也停止了。在伊丽莎白的统治下，逃离俄国以避迫害的“传统信奉者”，现在获准归国，而且享有宗教自由。但是2月16日与3月21日的谕令激怒了教士们，因为这两道命令将所有教会的土地收归国有，而东正教所有教士都成为政府部门中按月领薪俸的雇员。这些从教会手中世俗化的土地上的农奴可以恢复自由身了，而在贵族采邑里的农奴也引颈以待。虽然有这许许多多的改革——由大臣们建议的，彼得照常耽于酗酒。
在所有措施中最令人惊骇、也最令他称心快意的是普鲁士战事的结束。其实早于他即位前，他曾暗中协助腓特烈王，比如曾经将伊丽莎白内阁会议的军事计划透露给腓特烈，而在即位后更以他以前的这种行为而沾沾自喜。5月5日，他代表俄罗斯与普鲁士缔结攻守联盟。他训令当时与奥地利军同在沙场的俄军的指挥官，要其部队转向，以便为“吾主国王”效力。他穿着普鲁士军服，也要求各地军队仿效他。在军中，他实行普鲁士军纪。在宫廷内，他组团每天进行军事操练，并强迫要求宫里的男性参加，不分老幼也不管其高兴与否。他给予他自己的“手枪卫队”一种未曾享有的特惠。
俄军并不是讨厌和平，但对俄罗斯猛然地背弃法国与奥地利两盟友又归还所有在战争中从普鲁士赢得的领土，感到非常震惊。而彼得宣布他准备派一支俄罗斯军队攻打丹麦，以夺回现有石勒苏益格的公爵辖地时，军队更是为之大惊。因为该领地是丹麦人从荷尔斯泰因诸公爵包括彼得的父亲手中赢得的。军方表明拒受此令的态度，在彼得下令要卡瑞尔·拉祖莫夫斯基率军攻打丹麦时，这位将军如此回答他：“陛下，您必须另拨给我一支军队来督促我军的前进。”
虽然彼得做了许许多多勇敢而非常值得称道的改革，他突然发觉自己竟不受爱戴。军人恨他这个国贼，教会也恨他这个信奉路德派的叛徒，未获自由的农奴嚷着要解放，宫廷上则嘲笑他为蠢夫。除这一连串事情外，更有一个普遍的谣传，即大家都怀疑他意图和叶卡捷琳娜离婚而和另一个女人结婚。据卡斯泰拉的说法，“那个年轻的女人各方面的表现，比如谈吐，都贫乏得可怜，她只是愚昧而一味地骄傲着……却以各种手段，有时谄媚，有时叱责，有时甚至鞭打——要彼得三番五次地重新保证……与她结合而使她登上本属于叶卡捷琳娜的俄国后座”。这时，权力与烈酒更加冲昏了他的理智，他待叶卡捷琳娜越发刻薄，甚至当众斥她愚笨。伯尔特乌尔男爵在写给舒瓦瑟尔的信中说：“皇后（叶卡捷琳娜）现况最惨，她被藐视得无以复加……因为我深深地了解到她具有那股勇气与猛烈的习性，因此若这件事使她趋于极端，我不会感到惊讶……她的一些朋友正尽最大可能安慰她，但是若她要求他们，他们必定会冒死为她做任何事情。”
圣彼得堡及其郊区到处都是叶卡捷琳娜的党人。军队里、宫廷上下及民间，她都广受爱戴。在这些艰难的时日里，除了她的贴身侍女和奥尔弗外，达斯卡瓦的公主罗曼诺夫娜是她最亲近的友人。这位大胆而富进取心的小姐只有19岁，但由于身为首相沃恩特斯瓦的侄女和彼得宠妇的妹妹，她在宫廷里已是非常耀目的女人了。不知道是出于天真，或是耽酒的缘故，彼得竟对她透露欲行废叶卡捷琳娜位而立其宠妇的意图。达斯卡瓦公主将这个消息传给叶卡捷琳娜，而且向她恳求加入推翻彼得的计划。但是叶卡捷琳娜已经和一些人安排了一个阴谋，这些人包括她儿子保罗的教师帕宁、乌克兰的司令官拉祖莫夫斯基、警察局长科夫和奥尔弗的诸兄弟，加上首都军团的军官帕西克。
6月14日，彼得下令逮捕叶卡捷琳娜；随之又将该令取消，但嘱咐她退隐到首都西方12英里外的彼得霍夫，彼得本人和其宠妇则退居到奥拉宁巴姆宫。他留下诏令，要军队准备向丹麦进发，并保证于7月同他们会合。6月27日，帕西克中尉以诽谤皇帝的罪名被捕。由于唯恐帕西克会招供阴谋，奥尔弗和他的兄弟阿列克谢认为时局紧迫，不能再延，必须立刻行事。28日清晨，阿列克谢急驰彼得霍夫宫，唤醒睡梦中的叶卡捷琳娜，劝说她和他一道回圣彼得堡去。归途中，他们在伊斯曼洛夫斯基军营中驻足片刻，一阵鼓号紧急集合了所有的官兵。叶卡捷琳娜恳求他们解救她面临的来自皇帝的陷害计谋，他们宣誓效忠誓死保卫她。“他们一拥而上，争相吻着我的手和脚，我的衣带，称我为他们的救主。”（叶卡捷琳娜写给波尼亚托夫斯基信中的话）——因为他们知道她不会派他们去丹麦，她由两个兵团和奥尔弗兄弟护卫，向喀山大教堂进发，在她被封为俄国专制君主的这座教堂附近，普列奥布拉任斯基的军队又前来会合，指挥官乞求她“原谅我们最后抵达”。骑兵队也投向她，1.4万名官兵护随她到冬宫。在那里，教会会议和元老院正式宣布彼得退位，叶卡捷琳娜继位。有些元老抗议，但是军队震慑了他们，他们只好发誓效忠女皇。
她穿着骑兵队一个队长的军服，率着她的部队，向彼得霍夫宫进发。彼得那天早晨本已在那里等着见她，但一闻及叛变，即逃至克琅施塔得（Kronstadt，圣彼得堡西方一个海岛要塞）。明尼希提议与他一道前往波美拉尼亚，另号召军队，恢复王位。彼得犹疑不决，遂回奥拉宁巴姆。叶卡捷琳娜的部队迫近时，他用了一整天时间来请求妥协；而后于6月29日（新历法），他签字退位。腓特烈说：“他让自己被推翻，如同小孩被送上床去睡觉一样。”他被禁在离圣彼得堡15英里处的罗普沙。他乞求叶卡捷琳娜准他保有他的黑人奴仆、狗、小提琴和他的女人。他的这些要求，叶卡捷琳娜都一一允准，只是最后一项不准。他的女人艾丽兹沃特·沃恩特斯娃被放逐到莫斯科，从此消失。
