次年，他仍充满了活力，忙着三件接连而来的工作：1791年5月，专门在乡下剧院演唱日耳曼歌剧的席卡内德，提供莫扎特写作有关一支魔笛歌剧的大概计划，并要他的兄弟会的弟兄们供给音乐，莫扎特同意了！当时康斯坦策再度怀孕，6月到巴登去了。因此，他接受席卡内德的邀请，住到剧院附近的花园旅社。在那里，他可在经理的督促下写作《魔笛》，晚上他又可加入席卡内德，过镇上的夜晚活动。“蠢事及放荡，”约翰告诉我们道，“在此情形下不可避免地伴随来到，而且这些事立刻传到人们耳里去，而大量的坏名声掩盖了他应得的声誉达数月之久。”从这些玩乐中，莫扎特也拨出时间到巴登（离维也纳11英里）看望他的妻子，她在7月26日生下了沃尔夫冈·莫扎特二世。
同时，在那个月中，一位陌生人来访，愿出100杜卡特要求莫扎特为他写作一首《安魂曲》，但需要秘密地完成，不要让公众知道是他的创作。于是莫扎特从写作快乐的《魔笛》，转而写作以死亡为主题的《安魂曲》。8月，他自布拉格方面接受制作一出歌剧《狄托的仁慈》，要在即将来临的利奥波德二世加冕为波西米亚国王的典礼上演奏。他只好用仅存的一个月的时间改编梅塔斯塔西奥的老歌剧，他在偕同妻子前往布拉格的途中，在震荡的马车上和嘈杂的旅店中不停地工作。歌剧在9月6日上演时，未得到太大的赞赏。莫扎特离开这个曾对他友好的城市时，知道国王目睹他的失败，不禁热泪盈眶。他仅有的安慰是得到200杜卡特的报酬，及后来的消息——此剧于9月30日在布拉格再次上演而得到完全的成功。
《魔笛》首演那天，莫扎特一边弹钢琴一边指挥演出。此剧情节的题材部分取自神仙传说，部分则取自兄弟会会员们入会的仪式。莫扎特花了巨大的心血从事这项艺术创作，但他仍把大部分的歌曲写得尽可能的通俗，以适合普通程度的听众。他在《夜之皇后》一幕中，尽情地炫耀花腔女高音，私下却不喜欢花腔女高音，而讥笑她们有如“切断的面条”。第二幕一开始的《祭司行进》撷自兄弟会音乐，祭司们高唱“在这些神圣的殿堂，我们永不怀报复之心，同志们！互助互爱是加入本会必须的条件”——这首表现出兄弟会的号召，要求恢复过去基督传道的“四海之内皆兄弟”的精神。（歌德把《魔笛》比作《浮士德》第二部，它也是倡导互助互爱精神。而他本人也是兄弟会员，赞扬剧中含有“崇高的意义将永传于世”。）第一次演出没有得到太大的成功，评论家们被复杂的赋格曲与曲折离奇的情节惊骇，然而不久《魔笛》变成瓦格纳和威尔第之前最受欢迎的歌剧。
这次最后的成功到来时，莫扎特正深受着死亡的威胁，好像要强调这个讽刺似的，一群匈牙利贵族愿意供给他1000弗罗林金币的年薪。一位阿姆斯特丹的出版商愿出更高的金额购买独家出版他作品的权利。9月，莫扎特接到庞特的来信，邀请他到伦敦。他回信道：“我很愿意接受您的好意，但我如何做得到呢？……情况告诉我，死期已经逼近，我将离开这个世界了。在发挥我的天才之前，竟不得不提早结束曾经一度光辉美丽的生命！”
在最后数月中，他把残余的精力用在写作《安魂曲》上，有好几个星期他一直狂热地工作，他太太试图把他的注意力转移到比较不伤感的题目上时，他告诉她：“我是为我自己写这首安魂曲的，它将在我的葬礼上演奏！”他已写了各个片断部分——而这些片断部分都未经校对地保存下来——显示他在面对死亡前头脑混乱的情形。后来弗朗茨·卡弗·苏施梅尔以惊人的天才把此未完成的《安魂曲》写好了！
11月，莫扎特的手和脚肿大的部分已开始麻痹，他必须躺在床上。在《魔笛》演出那晚，他把表放在旁边，并幻想着每一幕的进行，有时哼着剧中的曲子。最后一天，他要求取来他的《安魂曲》总谱，他唱女低音部，沙克夫人唱女高音部，弗朗茨·卡弗唱男高音，盖尔主唱男低音，当他们唱至“Lacrimosa”时，莫扎特不禁潸然泪下。他预知当晚将死，教士们前来为他举行临终的仪式。黄昏时分，莫扎特失去了知觉；半夜后，他短暂地张开双眼，然后面向墙壁，从此脱离苦海（1791年12月5日）。
他的妻子和友人，都不能为他举行得体的葬礼，遗体供在圣史蒂芬教堂（12月6日），供人祝福，然后葬在圣马克教堂的墓地。因为他们未曾购买墓地，因此，他的遗体只能放在一般用来埋葬15至20个穷人的地下室墓穴中。没有用以标示墓址的十字架或碑石。数天后，那位寡妇去祈祷时，已经没有人能指出哪里是莫扎特埋骨的所在了！
