从《唐·乔瓦尼》一剧所赚的钱，不久就花光了，只靠莫扎特低微的薪金甚至都不能糊口。他教了几个学生，但教音乐是一件吃力而花时间的工作。后来，他不得不搬到较便宜的郊区瓦林格史托拉瑟区居住，但欠债不停地增加。他向任何可以借到钱的人借钱，对象主要是一位好心肠的商人和兄弟会会员米歇尔·布奇贝克。这位布奇贝克，莫扎特曾在1788年6月写信给他：
我仍欠您8杜卡特的钱，虽然目前的处境不能偿还，但我对您怀着无比的信心，使我敢冒昧地恳求您再借我100基尔德以渡过难关，下星期我的演奏会在卡西诺一开始，我就可领付我的钱，那时我将带着十二万分的感激，很轻易地偿还欠您的136基尔德欠债！
布奇贝克寄了100基尔德给他。受到这次求借成功的鼓励，莫扎特于6月17日再向他借“1000或2000基尔德，在一两年内付您相当的利息”。他尚未付清前住地的房租，房东威胁要把他关进牢里，而莫扎特就是要借钱来付给他的。显然，布奇贝克并未寄来他要求的数目，这位走投无路的作曲家于6月和7月又向他恳求援助。然而，也是在这艰苦的几个月里，莫扎特完成了他那3首最伟大的交响曲。
莫扎特很高兴地接受了卡尔·利赫诺夫斯基王子的邀请，与他一同骑马到柏林。为了这次旅行，他向弗朗茨借了100基尔德。王子和穷光蛋于1789年4月8日从维也纳出发了。到德累斯顿时，莫扎特曾在选帝侯腓特烈·奥古斯都御前演奏，并得到100杜卡特的赏金。在莱比锡，他用巴赫风琴举行了一次公演，并为托马斯学生合唱团演唱的巴赫的圣歌《对上帝唱新曲》（Singet dem Herrn）深深感动。在波茨坦与柏林（4月28日—5月28日），他为腓特烈·威廉二世演奏，结果得到一件价值700弗罗林金币的礼物，及写作6首五重奏、6首奏鸣曲的工作。但他所得的钱奇异而快速地挥霍掉了。未证实的谣言称他把钱花在与柏林一位歌手亨里特·巴罗纽斯的厮混上。5月23日，在他写给他妻子的信上说：“至于我的归来，您能得到的，只有我而没有钱。”他于1789年6月4日回到家。
他妻子康斯坦策再度怀孕，她需要医生、药品及到巴登·拜文取用那里的水源的昂贵旅行。莫扎特只好再向布奇贝克借钱了：
老天！我目前的处境已经糟到我都不忍让它降临在我最痛恨的敌人身上的地步，愿您！我最敬爱的朋友及弟兄。能体谅我的困难——不论是我不幸而且无可指责的霉运或我生病的可怜太太和儿子……所有这些情形……均得靠您再借我500基尔德的援助了！等到事情安顿下来，我愿意每月付还10基尔德来把所有的欠款还清……天啊！我简直不敢把这封信寄出，然而我是非寄出不可的，看在上帝的分上，请您饶恕我、接济我吧！
布奇贝克寄来了150基尔德，然而大部分花在付他妻子在巴登的账单上。11月16日，她在家里产下一个女婴，但不久就夭折了！约瑟夫二世此时也帮上了忙，他委派莫扎特与庞特编写一部谐剧，取材自古老的故事（故事曾在1730年被马里沃在他的《爱之赌》一剧中使用过），大意是：两个男人假扮成别人来测验他们未婚妻的贞洁，竟然发现她们太易受人诱惑了，然而最后还是不得不承认天下女人皆如此，而原谅了她们。《女人皆如此》，即此剧名称的由来。这件差事实在不适合莫扎特目前悲哀的心情（特别是康斯坦策在巴登传出了一些绯闻流言），但他仍能写出使这部歌剧具体表现出的聪明机智的音乐。闹剧写得这样堂皇富丽实在是罕见的。1790年1月26日首次公演，并未得到太大的成功，但每月4次的演出，也带给莫扎特100杜卡特的报偿。不久约瑟夫二世去世（2月20日），维也纳的剧院也在4月12日关闭了！
莫扎特期待新王能给他一份工作，但利奥波德二世完全把他忽视了！庞特也未被重用，他离开维也纳到了英国、美国，最后在如今的纽约州的哥伦比亚大学教意大利语。莫扎特一再向布奇贝克求助（1789年12月29日，1790年1月20日，2月20日，4月1日、8日、23日），虽然不曾被拒，但很少借到他要求的数目。5月初，他求借600基尔德来付房租，而布奇贝克只送来了100基尔德。5月17日，他在信里向布奇贝克坦率地说：“我常去求助放高利贷者”，而且提到他只有两个学生，并要求他的朋友替他传出“他要教学生的消息”，但他的神经质与缺乏耐心，使他难以成为好老师，有时他甚至没有在约定的时间去教学生。有时他和学生玩撞球而不上课，但他发现学生具有可堪造就的天分时，便毫不保留地倾囊相授。如此，他很成功地教出了约翰·胡美尔。他从8岁（1787年）起就师事莫扎特，而成为他那个时代杰出的钢琴演奏家。
严重的病情更令莫扎特的忧愁加上痛苦，一位医生诊断他的病“是化脓性分泌肾脏炎，肾脏将缓慢地破坏，而最后趋于不可避免的肾机能萎缩”——也就是萎缩性发脓性的肾炎。“今天我实在痛苦已极，”他在1790年8月14日写给布奇贝克的信上说，“昨晚痛得令我不能入睡……您可稍加想象我的情形，疾病加上忧虑的煎熬……您能借助我少量的金钱吗？不论多小的数目，我都非常感激。”结果布奇贝克寄了10基尔德给他。
不顾病痛，莫扎特在绝望中仍不得不负起家庭的重担，利奥波德二世将于1790年10月9日加冕，有17位宫廷乐师被编入国王的随从中，但莫扎特未被邀请。但他不管这些，径自和他的妻舅小提琴家弗朗茨·霍弗一起去了！为了支付费用，他把家中的银盘当了。10月15日，在法兰克福，他演奏并指挥他的D大调钢琴协奏曲（K.537），这是他3年前写的，但不知是谁出的主意，后人竟把此曲称为《加冕协奏曲》——这是他最好的作品之一。“从尊严与荣耀来说，它获得了辉煌的成果，”他在写给妻子的信中说，“但提到钱呢，却是一大失败！”他回到维也纳时，更是入不敷出了！11月，他搬到更便宜的劳斯特恩加瑟街70号的房子。那里，也就是他死亡的所在。
