弗朗西斯一世去世时（1765年8月18日），玛丽亚·特蕾莎有一段时期可谓身心俱裂。她和他的情妇一起为他哀悼，她剪短头发，舍弃衣物，尽弃珠宝，并终身为他戴孝。她把国政交给约瑟夫，想要退隐修女院。其后，又恐其冲动的继承人无法胜任，才又过问国政，同年11月17日，发表了共同摄政宣言。她对奥地利、匈牙利及波希米亚内政保有最高权力。约瑟夫则继任皇帝，负责处理外交和军政，在行政和财政方面也有不完整的权力，但在外交方面，他接受考尼茨的指导，他在各方面所做的决定仍由女皇事先加以审核。他对权力的热衷已和对母亲的敬爱混为一体。她几乎死于天花之际（1767年），他很少离开她的身旁，其焦虑和悲哀之深很令宫廷惊讶。这种疾病三次袭击皇室，使奥地利医生开始为人注射天花疫苗。
其爱子的急于改革很令做母亲的困扰。1765年11月，他将令人震惊的备忘录送达枢密院：
为保有更多人才服务于邦国，我将下令——不论教皇和全世界的教士意见如何——我的子民在25岁以前……不得担任教职。太早宣誓为上帝服务，往往导致男女两性的悲惨结局。这一事实是我们自以为是，而无视于国家的利益所致。
宗教信仰自由、宽容的出版检查、道德上的过失免于追诉、不探察个人隐私，应是政府治理国家的金科玉律……无可置疑，宗教与道德的理想是统治者要达成的基本目标。但是，其不应扩大为企图改正或转变人的信仰和行为。信仰与道德需要说服，用暴力必然无效。在出版检查方面，我们固应特别注意已经出版发行的印刷品，但是检查人们的口袋及箱子，尤其是检查外国人的，未免热心过度。我们很容易就可以证明，纵使有了现在的严格检查，任何禁书在维也纳也都可以买到，而人人受了查禁的吸引，可能愿以双倍的高价去购买……
假如除了香料外禁止一切外国货物进口、废止垄断、设立商业学校并消除商业妨碍贵族政治的观念，深信工商业可以更发达……
我们应容许婚姻自由，甚至我们称为“mèsalliances”（指不同阶级间的通婚）的婚姻也该容许。神法或自然皆未禁止婚姻自由。只是我们的偏见才令我们深信，我的祖父为伯爵，我就比别人更有价值。或者只因为我有查理五世签署的羊皮文件就与众不同。实则我们能承继我们父母的只是躯体而已，因此，国王、伯爵、中产阶级、农民，完全是一样的。
玛丽亚·特蕾莎和枢密院大臣一定从该建议中，嗅到伏尔泰或百科全书派的气息。年轻的奥皇本应采取渐进政策，他却急于成功。他把父王留给他的2000万基尔德——现金、股票及财产——交给财政部，并代偿国债，取费只有4%而非6%。他出售先王的皇家猎区，并下令屠杀野猪，只因那是猎人的目标，并是农田的破坏者。他不顾贵族的反对，在得到其母的支持后，开放布拉特公园及其他公园让民众进入。
令女皇和宫廷震惊的是，1769年他断然至西里西亚的尼斯与奥地利最痛恨的死敌腓特烈大帝做3天的友谊谈判（8月25—27日）。他从普鲁士王那里学到国王“就是国家第一号公仆”（the first servant of the state）的观念。他赞许腓特烈把教会置于国家之下和宽容不同教派的政策。他羡慕普鲁士完美的军队组织和法律改革。他二人觉得消除歧见，共御俄国日益增长的势力，此当其时。约瑟夫致书其母说：“晚餐以后……我们一面抽烟，一面谈伏尔泰。”普王此时57岁，对现年28岁的奥皇评价不高。他说：“这位年轻的君王素性坦白，这倒很符合他的个性……他很想多学习，但没有太多的耐心。他拥有高位只有使他更肤浅而已……无尽的野心吞噬了他……他极乐于研读伏尔泰的作品，并欣赏此人的优点。”
俄国叶卡捷琳娜二世惊人的成功，迫使考尼茨安排第二次与腓特烈的会晤。普王、奥皇及亲王三人于1770年9月3日至7日，会谈于摩拉维亚的诺伊施塔特。在这一年中，约瑟夫一定有了长足的进步，因为腓特烈写信给伏尔泰说：“奥皇虽然长于褊狭的宫廷里，却能扬弃迷信；虽然生活于奢华中，却宁取简单的礼仪；虽然处身粉香钟鼎之家，仍很朴素；虽然热切地追求光荣，仍然为了孝顺而牺牲了自己的志向。”
这两次会议是约瑟夫政治教育的一部分。他旋又访问其统治地，实地研究他们的问题及发展的可能性，以增加政治见识。他骑在马上并非以皇帝的身份出巡，而是以一般旅行者的身份出游。他避开一切礼仪，住的是旅舍而非别墅。1764年和1768年他曾访问匈牙利，注意到农奴极端贫穷的情况，并在发现原野中有饿死的小孩尸体时，大为震惊。1771年至1772年，他在波希米亚和缪拉维亚两地又见到同样的情况。他到处听到或看到地主残酷而农奴饥饿的报告或证据。他曾写道：“我国内部的情况简直令人难以置信、难以描述，那真令人伤心至极。”回到维也纳，他怒责女皇和大臣计划的只是小节的改革而已。他说：“微小的改革无关宏旨，只有全盘的改革才有效果。”他计划第一步先没收波希米亚一些教产，设置学校、难民收容所及医院。经多次辩论后，他终于促使枢密院公布《奥伯林法》（Urbarian Law），减少并限定封建地主拥有农奴的数目。波希米亚和匈牙利的贵族抗拒该法，波希米亚的农奴群起暴动，为军队敉平。玛丽亚·特蕾莎将暴动归咎于其子。她曾写信给其驻巴黎代表默兹说：
皇帝太急切地追求民望，在多次旅行中过分奢谈……宗教自由和农民解放问题。这类说法已经在我们的日耳曼诸省引起骚乱……不但波希米亚的农民可畏，摩拉维亚、斯蒂里亚及奥地利的农民也有可虑；甚至在本地区，他们都敢放纵嚣张，极为无礼。
约瑟夫参与腓特烈与叶卡捷琳娜二世第一次瓜分波兰时（1772年），母子间的关系便日见紧张了。她抗议不该对友好的（天主教）国家有这种粗暴行动。约瑟夫与考尼茨强使她签署瓜分波兰一部分给奥地利的协定时，她为之流泪不止。腓特烈讽刺地批评她：“她一面哭，一面取。”我们从她写给其子斐迪南的信中，可以看出她感到遗憾乃是实情：“有多少次我希望不参与玷辱本国的这个行动；上帝会谅解，我在另一个世界，也不该负任何责任。这件事使我心理负担沉重，使我的头脑受到折磨，而且每天都感到痛苦。”
她又惧又爱地思考其子的个性。“他喜欢被人尊敬和顺从，视反抗他为可厌之事，几乎难以容忍……他常常不够体贴……其日增的活力使他强烈地希望诸事均能顺应其意……我儿心地善良。”一次，她激烈地责备他：
我死时，我希望我会活在你的心里，那样我们的家族和国家在我死后仍然没有什么损失……你的模仿（腓特烈）并非可喜之事。这位英雄……这位征服者——难道他有一位朋友吗？……一个人若无人性，生命成了什么呢？不管你有多大的才智，你不可能已经有了各种经验。注意别陷入恶毒的深渊！你的心并不邪恶，却可能变得邪恶。别再以说俏皮话来取乐，这种耍聪明的对话，唯一的目的就是嘲笑他人……你是一位爱卖弄才智的人。你是一位无思想的模仿者，却自以为是一位独立的思想家。
约瑟夫致书利奥波德，透露了他的处境：
此间诸事皆不能确定，已达到你不能想象的极点。工作日益累积，但一事无成。每天直到下午5点或6点，除了15分钟的独自进餐外，我都在工作，但没有效果。因为有许多不相干的理由从中作梗，而我一直是这些密谋的受骗者，万事皆有所制其者。我想把长子的地位当作礼品赠送给你。
他蔑视为其母服务的老臣。他们中只有考尼茨支持他，但带着不安的谨慎。年老的女皇听了其子的革命思想，惊恐万分。她坦白地告诉他：
你主张的最重要的根本原则是：一，宗教信仰自由，但是任何天主教君王都不敢不负责任地允许它。二，摧毁贵族（因为废止农奴制度）……三，不断地声称各种自由……我已经太老，难以赞同这种思想，我要祈祷上帝，别让我的继承人轻易尝试……宽容和平等主义显然是毁坏一切的手段……若无国教，还有约束吗？没有。绞架或刑轮均无约束可言……我是从政治的观点立论，而非以基督徒的立场说话。世界上找不到比宗教更有用、更有益的东西了。你是否愿意让每个人各依其幻想去行动呢？假如没有固定的信仰，也不服从教会的领导，我们会变得怎样呢？弱肉强食就是其后果……我唯一的愿望是，我见到祖先于地下时，能够引以为慰的，是我的儿子一如其先人一样伟大和虔信宗教，而且他会放弃虚伪的主张、邪恶的书籍，也会拒与诱导他舍弃有价值和神圣事物的人为伍。舍弃神圣事物的唯一结果是建立幻想的自由，那只会……导致全面的毁灭而已。
但是，若有一件事是约瑟夫急于想做的，那就是宗教自由。他也许不是某些人想象的那种无神论者，但他的确深受法国文学的影响。1763年，已有一群奥地利知识分子组成了“启蒙党”（Aufkl?rungspartei）。1772年，匈牙利作家拜塞涅伊（Gy?rgy Bessenyei）在维也纳出版一部剧本，附和伏尔泰的思想。他为了取悦于玛丽亚·特蕾莎，愿意改信天主教，但在她死后又回到理性主义的路线。约瑟夫无疑读过《天主教主教名人传》（1763年）一书，一位著名的天主教主教，名为费布罗纽斯，重申“一般委员会”优于教皇的理论，并力主各国教会应有自治之权。年轻的国王认为奥地利教会的财富之多，已成为经济发展的绊脚石，而教会控制教育也成为奥人心智成熟的主要障碍。1770年1月，他致书舒瓦瑟尔说：
关于计划踢开耶稣会教士一事，我完全赞同。别太倚重我的母亲，哈布斯堡家族传统与耶稣会教士有很深的关系……不过，考尼茨是你的朋友，他在女王面前仍然可以随心所欲地做事。
约瑟夫尽情使用其对罗马的影响力，敦促教皇克莱门特十四世采取决定性的行动，教皇终于下令废止该教团时（1773年），他倍感欢欣。
玛丽亚·特蕾莎震惊地从其子的信件中发现他误陷哲学家的阵营已经很深。她尽其所能，阻止耶稣会遭到解散，但考尼茨劝她接受其他天主教强权的看法。她写信给朋友：“对耶稣会教士，我感到又难过又绝望，这一生我是又喜欢又尊敬他们，我从他们身上看到了教养。”她指定一个委员会从事研究，暂缓执行教皇的敕令，奥地利的耶稣会教士因而得到自该国移出现款、财宝及契约的时间。耶稣会教士的财产虽然被政府没收，但女皇设法使该会会员领取年金、衣物及各种赠品。
约瑟夫对镇压耶稣会教士的行动，显然极为满意，以致更加深了母子间的隔阂。1773年12月，他不耐烦于这种紧张的关系，请求她不要再过问国政。她对这项可惊的提议感到恐慌，因而写信给他，诚恳要求双方和解：
我该承认我的能力、颜容、听觉及能力均已江河日下，而我这一生最畏惧的弱点——举棋不定——已随胆气日衰和没有忠诚的仆从而完全暴露。你和考尼茨跟我疏远，对我忠心的大臣日渐减少，反宗教的情况、道德的堕落及大家使用的那些我听不懂的术语等——这些已够令我屈服了。我愿完全信任你，请你注意我犯的种种错误……协助你的母亲，她……活在寂寞之中，她看到她的努力和痛苦得来的成果尽遭毁坏时，她宁愿去死。告诉我你的愿望，我会照办。
他答应和解，这位曾尽全力抗拒腓特烈的妇人曾一度答应和腓特烈的赞赏者及其学生合作。他们两人共同利用耶稣会教士被没收的财产，进行教育改革。1774年，他们发表《学校管理》，重整小学与中学的组织。小学对一切学童采取义务教育的方式，允许新教徒和犹太人为其学生和教师，并不分宗教信仰，教导各种宗派的理论，并将之置于国家管辖之下。这种公立小学被视为欧洲最佳的教育制度。另建师范学校以训练师资，职业学校专教科学与技术，高级中学则教学生拉丁文和人文学科。维也纳大学大致着重法律、政治学及行政学，并作为文官培养学校。教育原由教会控制，现在改由国家施以同样强有力的控制。
母子间继续合作废止刑讯（1776年）。但是，次年发生的一些大事粉碎了双方的和解。约瑟夫向往访问巴黎久矣——并非只是看看法国的哲学家和文艺沙龙的风光，而是研究法国的资源、军队及其政府，探望玛丽·安托瓦内特并改善两国之间的关系。路易十五逝世时，法国似有分裂的危险，约瑟夫致书利奥波德说：“我很替我的妹妹焦虑，她要扮演很困难的角色。”1777年4月18日，他抵达巴黎，化名为“法尔肯施泰因伯爵”，而不公开其身份。他劝告年轻好玩的王后，弃绝奢侈、轻浮及脂粉气。她却不耐烦听他的劝告。他想和路易十六制定秘密同盟，以防止俄国的向外扩张，但没有成功。他快速游遍巴黎，“在数天之内，他就比路易十六费尽一生还了解得更多”。他拜访巴黎医院，但对医院不人道的管理方法，很难隐藏其惊讶的神色。这位高高在上的欧洲皇帝穿得有如一般市民，说起法语和法国人一样，还以最诚恳的态度接见各个阶层人士，这很令巴黎市民着迷，凡尔赛宫的廷臣却大为惊疑。他会晤文艺大家，特别是卢梭与布丰。他还参与内克夫人家里举行的晚会，并会晤吉本、马蒙泰尔及杜德芳夫人。他为她的仪态和名声感到局促不安，比她为其高位而感到不安的程度为深，然而这样反使他更受赞赏。平等主义者必定有目如盲，无视贵人的存在，因为贵人半数是衣着硬衬起来的。他曾参观巴黎议会开会，并参加法兰西学院集会。法国哲学家觉得，他们终于找到一位开明君主，可以如他们所望进行和平的革命。游历一个月后，约瑟夫离开巴黎前往各省旅行，北至诺曼底，再循西海岸至贝约讷，然后至图卢兹、蒙彼利埃和马赛，又沿莱茵河向上至里昂，向东至日内瓦。经过费内，却未拜访伏尔泰。他并不想太冒犯其母，或太公开与此人结好，只因此人对于奥人和法国国王来说，简直就是魔鬼的化身。
他急于缓和其母的情绪，在出游期间，有1万缪拉维亚人放弃天主教，改信新教，而玛丽亚·特蕾莎——或枢密院——却采取仿照路易十四反胡格诺教派的龙骑兵方式来加以镇压。改信新教运动的领袖纷纷被捕，新教教会均被解散。顽固的改教者被征入军队服劳役，女人则送至监狱工厂。约瑟夫返回维也纳时，他立即向其母抗议：“为了使这些人再改信天主教，你把他们征入军队，把他们送到矿场，或罚他们去筑公共工程……我要坚决地宣告……谁负责发布这项命令，谁就是你的臣民中最无耻的人，他只会令我轻视，因为他不但是笨蛋，而且鼠目寸光。”女皇答以不是她而是枢密院发布这类命令。但她并未收回成命。缪拉维亚新教徒代表往见约瑟夫，玛丽亚·特蕾莎即下令加以逮捕。考尼茨劝她收回这些命令时，母子间的危机已经慢慢陷入僵局了。迫害行动终告停止。改教的人获允作新的膜拜，假如他们能悄悄地在家里作的话。世代间的冲突终于停止了。
1777年12月30日，巴伐利亚选帝侯马克西米利安·约瑟夫经过长治久安的统治后，终于死亡，并无子嗣，因而争执又告恢复。在继承其位的竞争中，巴拉丁选帝侯查理·特奥多尔获得约瑟夫二世的支持，条件是巴伐利亚的一部分割予奥地利。而瑞布鲁肯公爵查理斯则得到腓特烈大帝的支持，腓特烈宣称他决不让奥地利得到任何巴伐利亚的土地。女皇警告其子，别挑衅那位无敌的普鲁士国王。约瑟夫不顾其劝告，在得到考尼茨的支持后，即派遣奥军赴巴伐利亚。腓特烈也命令其军队入侵波希米亚，想占领布拉格，只要奥军不退出巴伐利亚，就不撤军。约瑟夫率领其主力军卫护布拉格。敌对双方主力对峙，另一次奥普战争爆发，流的必是兄弟阋墙的血。腓特烈违反先例且出人预料，竟然避而不战，以其士兵蹂躏波希米亚的农作物而自满。而约瑟夫知道腓特烈是驰名的统帅，迟迟不敢进攻。他曾希望法国会出兵协助，并致书恳请其妹玛丽·安托瓦内特协助。路易十六致送1500万利维尔给他，此外一无表现，因为法国早与美洲殖民地签订盟约，必须准备与英国作战。约瑟夫在营中焦虑不安，一面为痔疮所苦，一面则因心情愤怒而激动不已。
玛丽亚·特蕾莎终于又表现了坚强的意志，把事情揽在手中，暗中遣使向腓特烈提出和议（7月12日）。腓特烈同意谈判，约瑟夫服从其母的决定，法王路易十六和俄国女皇叶卡捷琳娜二世则从中斡旋。双方签订《特申条约》（The Treaty of Teschen，1779年5月13日）。巴伐利亚割让34平方公里的土地予奥地利，聊慰约瑟夫之心，但该国的其他土地归查理·特奥多尔，促成了巴伐利亚与巴拉丁的联合。等到拜罗伊特和安斯巴赫两地的无嗣统治者去世后，普鲁士即接收。每个人自称获得胜利。
年迈的腓特烈大帝与年老的奥地利女皇之间发生的第三次危机，终于耗尽了女王的生命。1780年，她不过63岁，但身体肥胖，并患气喘。两次大战、16次怀孕及无尽的忧虑，已使她心脏极为衰弱。11月，她在敞篷的御辇里，适为大雨所淋，引起严重的咳嗽，第二天她仍然坚持工作。她曾表示：“睡觉费了那样多的时间，我不得不怪自己。”发觉躺下即几乎无法呼吸时，她只得坐在椅子上度过了最后的时光。约瑟夫召回其兄弟姐妹至母亲身旁，并殷勤地照料她。医生不再对她抱有希望，她遂听任为她做最后的圣礼。在弥留数小时后她站了起来，蹒跚地从椅子走到床边。约瑟夫试着安慰她说：“陛下躺错了地方。”她却答道：“是的，但死在这里已很不错了。”她逝于1780年11月29日。
