天主教教会的力量依靠着以下几种要素的支持：人类自然的超自然信仰、肉体上的冲动和异教残存的承认与升华、天主教丰实内容的激励、丰富诗文与希望，及有益于道德纪律和社会秩序的一种神学的谆谆教诲。在意大利，教会也是国家收入的主要来源，而且对于一个特别迷信异端邪说而感情炽烈的民族而言，不啻一种有价值的抑制力量。异教的信条、习俗和仪式，由于教会温和的准许而残存着。歌德写道：“我已经深切地坚信原来基督教的所有痕迹已经在罗马这里消灭了。”然而，有许多真正的基督徒停留于基督教王国中，甚至在意大利。基乌萨诺伯爵，阿斯蒂的主教，放弃其富有的财产继承，宁愿过着贫困的生活，仅以步行游历。蒙利尔的主教泰斯塔睡在稻草上面，每餐仅求饱食，仅保留他岁入的3000里拉作为私人用途，而将其余的岁入奉献于公共工程和救济穷人。
教会对启蒙运动或多或少有所反应。伏尔泰、卢梭、狄德罗、爱尔维修、霍尔巴赫、拉梅特里和其他自由思想家的作品当然被列于《禁书索引》中，然而可以获得教皇的允许以阅读它们。卡塔尼亚主教文蒂米利奥（1757—1773年在位）的图书室中，有伏尔泰、爱尔维修和卢梭的作品的所有版本。托斯卡纳和帕尔马的宗教裁判所于1769年被废除，1782年西西里、1809年罗马的宗教裁判所也被废除。1783年，一位天主教教士坦比里尼以其朋友特劳特曼斯多夫的名义，出版一篇名为《论教会和国家的容忍》（“On Ecclesiastical and Civil Toleration”）的论文。在该论文中，他咒骂宗教裁判所，宣称一切良心的强制行为皆非属基督教，而且提倡除了对无神论外，应容忍其他所有的神学理论。
18世纪后期，不幸的教皇们必须面对信奉天主教的君主们所做的解散耶稣会的要求。反耶稣会会士的运动仅为现代国家的民族主义和由于宗教改革、启蒙运动及商业阶级的兴起而逐渐衰落的教皇制度的世界主义之间的部分权力斗争。与耶稣会敌对的天主教徒并不公开坚持反对耶稣会不断地主张教皇的权力优于国王的权力，但他们对耶稣会除了其教长和教皇外不承认有其他更高权力的一个组织，应该在每个国家中有效地组织一个外力机构，感到强烈的愤怒。他们承认耶稣会会士的学识和虔敬，包括其对科学、文学、哲学和艺术的贡献，其勤勉而有效地对年青一代的天主教徒的教育，其海外布道的英勇气概，及重新获得从前失落于新教徒手中的许多领土。但他们指控耶稣会已经三番两次地干预社会的事务，从事商业以谋取物质上的利益，教授诡辩而曲解的原则，以辩护不道德和犯罪的行为，宽恕甚至参与谋杀国王的罪行，允许异教的习俗和信仰使它成为改变教徒信仰的基础，以及由于其尖锐的争辩和侮慢的语调，而触怒其他的教团。葡萄牙、西班牙、那不勒斯和法国的各国王的大使们坚持教皇对耶稣会的特许成立应被取消，而且该组织应普遍解体。
葡萄牙于1759年驱逐耶稣会士，法国于1764年至1767年，西班牙和那不勒斯于1767年，但耶稣会仍然在意大利中部和北部、奥匈帝国、信奉天主教的德国、西里西亚、波兰境内保留其活动。1768年2月7日，他们被驱逐于波旁王朝的帕尔马公国之外，而增加了教皇国中拥挤的耶稣会难民。教皇克莱门特十三世抗议辩解说，帕尔马是教皇的一个领地。他威胁公爵斐迪南六世和他的大臣们说，假使驱逐耶稣会会士的敕令被执行，他将除去他们的教籍。他们坚持驱逐时，他发布一道教皇敕令，宣称公爵的官位和官衔被剥夺而取消了。西班牙、那不勒斯和法国的天主教政府对教皇开战。坦努奇攫取教皇国的城市贝那芬托和蓬泰科尔沃，而法国占领阿维尼翁。1768年12月10日，法国驻罗马大使以法国、那不勒斯和西班牙的名义，致送教皇收回对抗帕尔马的敕令和废除耶稣会的一个要求。76岁的教皇在最后通牒的逼迫之下，其抵抗的防线崩溃了。1769年2月3日，他召开一个由高阶教士和特使们组成的宗教会议讨论此事。不久，他因一条脑血管破裂去世了。
被召唤以选举其继任人的红衣主教分成两派：一派为激进派，主张向国王们寻衅；另一派为保皇派，赞成一些平和的适应措施。因为意大利的红衣主教们几乎全是激进派，而且很快地聚集于罗马城，他们企图在法国、西班牙和葡萄牙的保皇派的红衣主教们尚未到达之时，召开红衣主教互选教皇的秘密会议。法国大使提出抗议，而这一个互选教皇的秘密会议便被阻延下来。同时，耶稣会会长洛伦佐·里奇发行一本小册子以质问教皇，如何具有废除耶稣会的权力以妥协两派。3月，伯尔尼斯红衣主教从法国来到罗马，为了保证能够选出一位令国王陛下们满意的教皇，从而使他们支持天主教信仰，而开始去游说诸位红衣主教。后来有传闻，说他或其他人贿赂或者引诱乔瓦尼红衣主教去承诺此种举措，假使他被选上的话。而这些传闻遭到天主教和反天主教的史学家们的驳斥。甘格涅里被公认为一个学识广博、虔敬而廉正之士，然而他属于圣方济教派，该教派在传道上和神学理论上和耶稣会会士相悖。1769年5月19日，他因40位红衣主教全体一致的赞成而被选为教皇，号称克莱门特十四世。他当时63岁。
他发现自己处在几个天主教势力的支配之下。法国和那不勒斯继续掌握它们已经夺得的教皇领土，西班牙和帕尔马具有挑衅的意味，葡萄牙势将建立一个独立于罗马之外的教长制度，甚至玛丽亚·特蕾莎一直狂热地效忠于教皇制度和耶稣会，而现在却失其权力于其自由思想家的儿子约瑟夫二世，回复求助的教皇，说她无法抵抗如此众多的权势君主的联合意志。统治法国的舒瓦瑟尔授意贝尼斯告诉教皇：“假使他不妥协，则他可以考虑和法国终止一切关系。”西班牙的查理三世也在4月22日发出相似的最后通牒。拖延以争取时间的克莱门特立刻答应查理：“将向贤明而有才智的国王奉上一个彻底灭绝耶稣会的计划。”他命令其属下参考档案文件而摘要耶稣会的历史成就和被指控的触犯行为。他拒绝屈就于舒瓦瑟尔对他所作的在两个月中决定该问题的要求。他拖了3年，但最后屈服了。
1773年7月21日，他在历史性的摘略《我们的上帝和救世主》上签字。摘略的开头是一系列的长表，列出在时光飞逝中，曾受罗马教廷压迫的宗教团体。它摘录了许多反对耶稣会会士们的抱怨，及数位教皇对这些被如此宣称的权力滥用所做的许多补救的努力。“我们以最悲痛的哀伤观察到这些补救和后来施行的其他补救，既无效也无力量终止这些麻烦、指控和抱怨。”该摘要略做结论道：
已经承认耶稣会无法再产生创立并赞许该会的各位教皇和先圣先贤所追求的丰硕成果和伟大善处，他们赋予许多最令人钦羡的特权以装饰它，而且已经看出耶稣在世时要让教会享有一份真正而坚实的和平，几乎是而且真正地绝对是不可能的事……因此，经过一番审慎的审查，由于我们知悉其中的事实，并借着教皇顶峰的权力，我们要镇压并废止耶稣会，我们取消并废除它的一切官职、职务、行政、房舍、学校、学院、收容所、避难所及其他以任何方式属于它，而在任何省、王国（kingdom）或国家（state）中被发现的组织。
该摘要继续提供养老金给那些尚未担任神职而希望恢复俗人生活的耶稣会会士。它允许耶稣会教士加入俗世的教士，或某一个由罗马教廷核准的宗教团体。它允许已经宣誓加入某教团而做过最后绝对誓言的耶稣会会士，假使他们的穿着像世俗的教士，并服从地方主教的权力，就可以居留在他们以前的房子里。
大部分的耶稣会会士顺服地接受处死他们的判决。然而，匿名的小册子传播开来为他们辩护，而希皮奥内和他的几位助手被逮捕，未经证明而被指控以和国王敕令的反对者通讯的罪名。希皮奥内于1775年11月24日死于狱中，时年72岁。
克莱门特十四世仅比他发布的敕令多活了一年多。传闻说他最后几个月心智已近崩溃。包括坏血病和痔疮这些肉体上的疾病，使他日日夜夜熬受着痛苦。1774年4月，他全身发冷，这一症状直至其死亡。8月底，红衣主教们已在讨论继承问题。9月22日，克莱门特十四世去世。
经过许多拖延和阴谋后，教皇互选会于1775年2月15日选举乔瓦尼·布雷斯齐为教皇，称为庇护六世。他是一个文人而不是一个政治家。他收集艺术品，以仁慈吸引着任何人，改进罗马教廷的行政，并实现庞廷沼泽地（Pontine Marshes，罗马城东南部的一个地区，昔为沼泽地）的部分开垦。他为耶稣会会士安排了一份与腓特烈大帝订立的暂时协定。1793年，他加入反抗革命法国的联合阵线。1796年，拿破仑入侵教皇国。1798年，法国军队进驻罗马，颁布其为共和国，并要求教皇放弃所有的世俗权力。他因拒绝而遭受逮捕，并在多个地方被监禁直至死亡（1799年8月29日）。他的继任人庇护七世于1814年恢复耶稣会，而为反拿破仑联盟取得部分胜利。
