戈雅于1797年辞去马德里艺术学院绘画系主任之职。他现在太忙碌而不能教绘画。1798年，他被选任去装饰佛罗里达圣安东尼教堂的圆顶及拱和楣之间的部分。而且，虽然他画上天使们艳丽的手足而使教士们不安，但几乎所有的教士都赞同，他在一阵炽热的灵感之下，已经将其绘画的方向由马德里街道上的生活和血肉转移到天上神圣的仙境。1799年10月31日，他被任命为“宫廷首席画家”，每年薪金1.5万雷亚尔。他在1800年画出他最著名的绘画作品《查理四世和他的家庭》——无情地透露出皇室家族的低能。我们想到这些臃肿的身体和发育不全的灵魂，要是没有这些具有魅力的衣服来遮掩，不知看起来像什么样子时，甚至会不寒而栗——这一光芒四射的艺术技巧，在艺术史上是少见的，不会有人比得上他。据说这幅画中的牺牲品，也就是画中的主人公，对这件作品表示完全满意。
在那张画的一个角落里，戈雅画上了自己。我们对他的许多自画像的自我吹嘘必须予以宽恕；它们当中的一些，毫无疑问地是对着镜子所做的实验性的研究，就像一位演员在一面玻璃镜前面练习面部表情一样；而且其中的两张气势宏大。它们当中最佳的一张（幻想画中的第一张）显示他在50岁之年，耳聋而高傲，有一个喜斗好战的下巴、性感的双唇、硕大的鼻子、慧黠而乖戾的双眼、长到超过耳朵而几乎到达下巴的黑发。最引人注目的，是一顶高贵的丝帽戴在他硕大的头上，就像向世界上所有的世袭贵族挑战一样。过了19年，在一次革命中苟活后，他丢弃这顶帽子，在颈子部位翻开他的衬衫，表现出一种较为平易可亲的神情，但仍然是高傲的，过于自信而不向挑战低头。
画人像画是他的特长。虽然和他同时代的画家们知道他不会奉承他们，他们却很热切地服从于一种艺术的裁决，他们希望这种艺术将为他们带来若干世纪的英名或丑名。我们知道300位贵族和88位王室家族成员让他作过画，这些人像画中的200幅迄今犹存。其中最好的一张是法国大使斐迪南·基耶马德特的画像——它被斐迪南带到巴黎，1865年为卢浮宫所获，并成为激起戈雅在法国的声名的一幅重要的画。在戈雅所画的小孩子画像中，最好的一幅是现存于纽约大都会艺术博物馆的朱尼加的画像，这一画像能与委拉斯开兹所作的画像匹敌。他在妇女的画像方面再度与委拉斯开兹匹敌，这些画像的种类包括从《婴孩玛丽·约瑟》（Infanta Maria Josefa）中衣衫褴褛的人像画，到迷人心窍的葛西亚女士画像，和年华老去的女演员蒂蕾娜画像——蒂蕾娜画像已经减弱其美丽而代之以个性。
戈雅所画的女人中暴露最彻底的是一位性感的下层社会美女。约1798年戈雅为她画了一张没穿衣服的裸体画《裸体的玛哈》（Maja Desnuda），其后，她挑逗性地穿着衣服去给戈雅作《穿衣服的玛哈》（La Maja Vestida）。这两张姐妹画在普拉杜博物馆中吸引的观众几乎和《蒙娜丽莎》画像在卢浮宫中吸引的观众一样多。《裸体的玛哈》和委拉斯开兹的《镜中的维纳斯女神》（Venus in the Mirror）这两张画是西班牙绘画中仅有的两张裸体画，因为在西班牙描绘裸体画可处一年的监禁，没收作品和放逐。委拉斯开兹在菲利普四世的保护下冒险作画，戈雅同样喜爱丰满的胸脯、纤细的腰围和隆突的嘴唇。尽管有某种传说，戈雅所画的玛哈并非代表阿尔巴公爵夫人，但是这两张画卖给或送给了公爵夫人，而在她去世时遗留下来，成为戈多伊的收藏。戈雅作人像画以资助其家庭生活之时，他于1796年至1797年作蚀刻画和水彩画以自娱，这些画在1799年以《幻想画》（Los Caprichos）的总名出版——83张由雕刻刀、画笔和愤怒的心灵所作的幻想画，以阴沉的讽刺画和讽刺的插图说明来描绘他那个时代的礼仪规范、道德和风俗。这一连串的作品中最具意义的是第43号作品：许多魔鬼环绕在一个人的头部四周时，他正伏在桌上睡着了。在桌子上有一行铭文“理性的梦产生魔鬼”。戈雅解释这个表示“被理性摒弃的狂想产生了魔鬼，与理性结合的狂想是各种艺术之母和创造它们的绝佳奇作的来源”。这对沉沦西班牙人的心智于黑暗之中的迷信，不啻为一大刺戳，但是它也是对戈雅半数艺术作品的性质的一种描述。他常为噩梦所扰，这些幻想画尤其具有这些梦的恐怖。在这些幻想画中，人的外形恶化成为一百个肿胀的、憔悴的、残废的、野兽般的身形。猫头鹰和猫恶意地睨视我们，狼和兀鹰狂嗥着，妖巫飞舞于空中，遍地是头骨、胫骨和刚死去不久的新生婴孩的尸体。那好像是希罗尼摩斯·博施（Hieronymus Bosch）病态的想象力已经越过法国和几个世纪，进入并扰乱戈雅的心灵一样。
戈雅是一位理性主义者吗？我们仅能说他倾向于理性，反对迷信。在他作的一张画中，显示一个年轻的女人，头上戴着月桂冠，手执一架天平，用一根鞭子驱赶黑色的鸟。在这张画底下，戈雅写道：“神圣的理性，不要舍弃任何人啊！”另一张描绘脱下法衣的修道士们。而对一个正在祈祷中的修道士，他画上了疯子的脸。他画出宗教裁判所中许多可怜的牺牲品接受冷酷的官吏们审判的一种阴霾的景象。他描绘一位被锁在宗教裁判所一间小室中的犹太人，而且写出底下的插图说明：“查巴塔，你的荣耀将是永存不朽的。”这是伏尔泰所著的《查巴塔问卷》（Ouestions of Zapata）一书的回响吗？他作了29张画以描绘宗教裁判所的牺牲品忍受各种处罚的苦痛，并在它们的尾端画上一个鼓舞人心的图形说明“自由神圣”。然而，终其一生，他自己作着虔诚的合十膜拜，以求基督和圣徒们的保佑，并在信函的开头画一个十字架，或许所有这些皆是他青年时期形成的习惯的痕迹。
