1775年，葡萄牙国王已60岁了，疾病和后妃们使他比实际的年龄更苍老。他花了许多时间沉思罪恶和死亡。他不知道他的许多政策是否做对了。他对耶稣会士公平合理吗？他其实已经宽恕了那些身陷囹圄的贵族和教士，而今他设法宽恕他自己，但他如何向毫不动怜的蓬巴尔提起这种念头呢？若他没有蓬巴尔将怎么办呢？1776年11月12日，他得了一次中风，宫廷上下几乎明显因期待一个新的王朝和新的内阁而喜形于色。继承王位的是他的女儿玛丽亚·弗朗西丝卡，她嫁给他的兄弟佩德罗。她是一位好妇人、好妻子和好母亲，一位仁慈而慈爱的人，但也是一位狂热的天主教徒。她对蓬巴尔反教士的做法感到非常愤怒，以至于曾经离开宫廷，和佩德罗安静地住在离首都数英里远的克卢什市（Queluz）。外国的外交官们说他们的政府期待着葡萄牙的政策早日改弦更张。
11月18日，国王受领圣体。11月29日，玛丽亚成为摄政。其初期的措施之一是终止科因布拉主教的长期监禁。这位74岁高龄的高级教士，在几乎举国同欢的情况下恢复其重见光明的自由。蓬巴尔见其权力日渐减弱，在郁闷的预感中注意到新近卑屈于其下的朝臣，已经视他为政治上的末途。在一个最后的专制行动中，他对特伐利亚村（Trefaria）采取野蛮的报复，该村的渔民曾反对他们的孩子们被征召入伍。他命令一排士兵将该村焚毁，他们在黑暗中投掷火把穿破木屋的窗户而完成任务（1777年1月23日）。
2月24日，约瑟夫一世逝世。摄政王变成女皇玛丽亚一世（1777—1816年），而其丈夫成为国王佩德罗三世（1777—1786年）。佩德罗是一个优柔寡断的人，玛丽亚专心致力于宗教的虔信和布施，迅速地恢复了葡萄牙人民的宗教力量。宗教裁判所恢复其检查和镇压异端邪说的活动。玛丽亚女皇赠送教皇4万英镑，以部分补偿教皇照料被放逐的耶稣会士所负担的费用。老国王的葬礼完毕后，玛丽亚女皇命令释放800名囚犯，他们大多数因在政治上反对蓬巴尔而下狱。他们当中的许多人已在地牢中监禁20年之久，出狱时，他们的眼睛几乎不能在阳光下睁开，几乎所有人都是衣衫褴褛，许多人比他们的实际年龄苍老两倍。数百名犯人已死于狱中。18年前被禁锢的124位耶稣会士中，仅残存45名。被断定为共谋企图杀害约瑟夫一世而被定罪的5位贵族拒绝出狱，直至官方正式宣布他们无罪。
看到被释放出来的蓬巴尔敌对者的凄惨景象，及听到特伐利亚村被焚烧的信息，使蓬巴尔的不受欢迎到了他不敢在公众前露面的地步。3月1日，他致送女皇玛丽亚一封信以辞去所有官职，并请求准许他隐居于蓬巴尔城的私人房舍中。围绕在女皇四周的贵族们要求将他监禁和处罚。但她发觉贵族们感到愤怒的所有措施都是由已故国王签准时，她发现若处罚蓬巴尔势必在公众中对先王的印象造成污点。她接受这位大臣的辞职，并准许他隐居在蓬巴尔城，但命令他必须停留在那里。3月5日，他乘坐一辆租来的单马双轮的轻马车离开里斯本，期望能逃避注意。一些人认出他，用石头投掷他的马车，但他逃脱了。在奥埃拉什城（Oeiras），他的妻子与他会合。他年已77岁。
既然他现在仅为一平民身份，他受到各方面诉讼的攻击，计有：未偿付债务的诉讼、曾经造成伤害的诉讼和夺取财产而未能适当补偿的诉讼。法庭监守官们以一连串的法院令状贴满蓬巴尔城的每扇房门。他写道：“没有一只葡萄牙的大黄蜂或小蚊蚋不飞到此处僻壤，而在我耳边嗡嗡作响。”他靠着女皇批准他当大臣时领受的生活费用，及增加些许养老津贴来帮助他渡过难关。尽管如此，无数的反对者敦促女皇以渎职和叛国的罪名控告他而传唤他至法庭接受审判。她妥协而让步，允许法官们访问他并命令他接受被控罪名的审问。他们连续在三个半月中，每次审问他几个小时，直至这个老独裁者精疲力竭而恳求饶恕。女皇希望蓬巴尔之死能解除她的困扰而拖延该次审讯的进程。同时，她借着命令审查曾经企图暗杀她的父亲而被判共同犯罪的那些人，以设法绥靖他的敌人。新法庭确认阿维耶若公爵和他的三个仆人的罪名，但开释其他所有的被告人。塔沃拉侯爵家人被宣告无罪，所有他们的荣誉和财产被归还给他们家族中的残存者（1781年4月3日）。8月16日，女皇发布一道敕令，宣判蓬巴尔为一个“不名誉的罪犯”，但附带说既然他已恳求饶恕，他将被和平地放逐并和平地停留于其私有土地上。
蓬巴尔正在忍受着已入膏肓的疾病。他的身体满是流脓的痛处，显然他患了麻风病。苦痛使他一天睡不到两个小时，痢疾使他身体虚弱，而他的医生们，好像要增加他的痛楚似的，力劝他去喝一种蛇肉煮成的汤汁。他为死亡而祷告，接受了临终礼，于1782年5月8日去世，方才解脱痛苦。45年后，一群耶稣会士路过该城，停留其坟前，得意洋洋并带着怜悯之心默诵安魂弥撒曲，以使他的灵魂获得安息。
