约翰五世在罹患8年之久的麻痹症和虚弱中，死于1750年。他的儿子约瑟夫一世开始其有声有色的统治。他任命梅洛为其内阁中的国防和外交大臣，此人以蓬巴尔侯爵闻名青史，他是曾经统治过葡萄牙的大臣中最伟大、最显赫的一位。
约瑟夫登上王位时，蓬巴尔已经51岁了。在科因布拉大学受教于耶稣会会士时，他首先以一个运动员和横行里斯本市具有旺盛精力的魔福克帮（Mohock，魔福克帮是18世纪初夜间骚扰伦敦、里斯本等欧洲大城市的盗匪集团，多是贵族子弟）领袖而赢得首次声誉。1733年，他怂恿出身高贵的多娜·特蕾莎女士和他私奔。她的家人起初指责他，后来认识到他的才能并促进其政治生涯。他的妻子为他带来一笔小财富，他又从他的叔叔处继承一笔财富。他靠着影响力、魄力和出色的才能自闯天下。1739年，他被任命为驻伦敦全权公使。他的妻子隐栖于一座修道院，于1745年死于该修道院。在伦敦的6年中，蓬巴尔研究英国经济和政府，注意到英国国教服从于国家之下，或许在此时他流露出对天主教的信仰。他回到里斯本（1744年），被任命为驻维也纳公使（1745年），在那里娶了道恩元帅的侄女，蓬巴尔与她同甘共苦终生不渝。道恩元帅曾一度击败腓特烈大帝而获得不朽的声名。
约翰五世因蓬巴尔具有“铁石般心肠”并“来自一个残忍的、仇念深重的家族”，而且具有能力向一位国王挑衅，已经不信任他。1749年，蓬巴尔被召回国，得到耶稣会的帮助而擢升至大臣职位。约瑟夫一世批准这一任命。智慧加上勤奋立刻使蓬巴尔在新阁中取得优越地位。一位法国的助理大使报道说：蓬巴尔将被视为首任大臣。他是无法被击败的、积极的、行动敏捷的。他已经赢得国王的信任，而且在所有的政事处理上，无人能比他具有更大的权力。
他的能力在1755年11月1日的大地震中表现得甚为明显。万圣节上午9点40分，大部分人正在教堂中做礼拜时，四次地震使半个里斯本城成为废墟，1.5万多人死亡，大部分教堂被破坏，大多数妓院和蓬巴尔的房子皆未能幸免。许多居民于惊恐中飞奔至塔古斯河（Tagus）河岸，但一个15英尺高的浪潮淹死了数千人，并毁坏了停泊在河中的船舰。里斯本城的每个角落都起了大火，夺走了更多的生命。在接踵而来的混乱中，下等社会中的人们开始毫无顾虑地抢劫、杀戮。葡萄牙国王自己也间不容发地想要逃难，并问其大臣们应该怎么办。据说蓬巴尔回答道：“掩埋死者，拯救生还者。”约瑟夫一世给予他全权，而蓬巴尔以特有的活力和迅捷来运用这一权力。他用军队来维持秩序，建立帐篷和营房以容纳无家可归者，而且下令对抢劫死者的人格杀勿论。他将供应品的价格固定在地震前通行的价格，还强迫进口的船舶卸下它们的食品货物，并以同等价格售卖这些食品货物。受到不折不扣的巴西黄金流入的帮助，他监督建造宽敞的林荫大道和铺设照明设备良好的街道，以迅速重建里斯本城。如同今日所见，该城的中央部分是在蓬巴尔的监督下由那些土木建筑师和工程师完成的建筑。
他在处理这次大灾难时的成功使他在内阁中的权力根深蒂固。现在，他从事两项远大的工作：使政府免于教会的统治，并使该国的经济免于英国的控制。这些事业需要一个刚毅、富爱国心、铁面无私和孤傲的人。
如果说他的反教士主义特别以耶稣会士为攻击对象，主要是由于他怀疑他们煽动反抗，以反对葡萄牙占领他们的巴拉圭领土。在那里，耶稣会士自1605年来已经将10万印第安人组成31个印第安人保留区（Settlements，专供印第安人居住，禁止他人前往居住）或殖民地，这些印第安人保留区或殖民地以半共产的方式建立，并正式服从西班牙的统治。西班牙和葡萄牙的探险家们已经听过（十分传奇的）在巴拉圭土地中有黄金，而且商人抱怨耶稣会的神父们一直垄断巴拉圭的出口贸易，并将所得利润纳入他们教团的基金中。1750年由蓬巴尔协议达成一项条约，依据该条约，葡萄牙让给西班牙富庶的圣萨克拉门托殖民地（San Sacramento，在拉普拉塔河河口，乌拉圭与阿根廷之间）而换回毗邻巴西边界的7个耶稣会的印第安人保留区（专区）。该条约约定这些社区的3万印第安人应移至别处居住，并放弃其土地而转入新来的葡萄牙人之手。西班牙的斐迪南六世命令巴拉圭的耶稣会士离开这些殖民地，并授意他们的臣民和平地离开。耶稣会士宣称已经服从这些命令，但印第安人以炽热而猛烈的顽固态度反抗，葡萄牙军队花了3年时间才加以平息。蓬巴尔指控耶稣会秘密鼓励这种反抗行动。他决心终止任何耶稣会士干预葡萄牙的工商业和政府。葡萄牙的耶稣会士察觉到这一点，参与推翻他的行列中。
推翻蓬巴尔运动的领袖为马拉格里达（Gabriel Malagrida），1689年生于科莫湖（位于意大利北部）的梅纳焦。他在学校求学时即以咬自己的手直到流血而出名，所以他说他准备让自己忍受殉道的苦痛。他加入耶稣会，并远赴巴西去当传教士。1724年至1735年，他在热带丛林中向印第安人布施福音。好几次，他从人食人的惨剧、鳄鱼、船毁和疾病中逃过死亡的厄运。刚迈入中年他的胡子已经变白了。别人相信他具有神奇的力量，而且无论何时，只要他出现在巴西诸城中，期待的群众总会跟随在他的背后。他建造教堂和修道院，并设立神学院。1747年，他到里斯本请求约翰五世给予资金。他得到这些资金，航回巴西，建造更多的修道院，更时常参与建造工作。1753年，他再度居于里斯本，因为他已经答应为太后安排后事。他将1755年的大地震归罪于人民的罪恶，呼唤道德重整，而且和他教团中的其他教友预言，假使道德未能改善的话，必将有另外的地震产生。他宗教收容所的房子变成反抗蓬巴尔的阴谋中心。
一些贵族家族被牵扯进这些阴谋中，他们反对一个无重要地位的乡绅之子（指蓬巴尔）居然做了葡萄牙的统治者，掌握葡萄牙人的生命和财产。这些人中的一派由马斯卡伦哈斯·何塞（阿维耶若公爵）领导；另外一派以公爵之妻舅阿希兹·弗朗西斯科为首。塔沃拉之妻利奥诺侯爵夫人是葡萄牙耶稣会的领导人之一，为马拉格里达神父的狂热信徒和常客。她的长子，路易斯先生，这位“年轻的侯爵”娶他自己的姑母为妻。路易斯离家远赴印度当兵时，这个可爱而美丽的“年轻的侯爵夫人”成为约瑟夫一世的夫人；这也是阿维耶若公爵家人和塔沃拉侯爵家人不能宽恕的。他们衷心地表示赞成耶稣会士的看法，认为只有蓬巴尔被革职后，形势才能稳定。
蓬巴尔还以颜色，游说约瑟夫一世，告之耶稣会正在巴拉圭秘密地煽动另一次叛变，不仅阴谋反抗内阁，而且正在阴谋反抗葡萄牙国王。1757年9月19日，国王发布一道命令，将耶稣会为皇室家族听告解的神父驱逐于宫廷之外。蓬巴尔授意其堂兄弟阿尔马达·弗朗西斯科，当时任葡萄牙驻梵蒂冈公使，募集资金以促进并供应在罗马的反耶稣会团体。10月，阿尔马达致送教皇本尼狄克特十四世一封控告耶稣会士的信，说：“在盲目地希求使他们自己成为政府的统治者的梦幻中，他们牺牲了所有基督教的、宗教的、自然的和政治的义务，而且，耶稣会被一种希求获得并积存外国财富、甚至篡取君王们的统治权的无餍的奢欲怂动。”1758年4月1日，教皇命令萨尔达尼亚红衣主教里斯本教区的教长，调查这些控告案件。5月15日，萨尔达尼亚发布一道敕令，宣称葡萄牙的耶稣会士违反所有的宗教法和世俗法进行商业交易。他命令他们停止交易。6月7日，可能由于蓬巴尔的敦促，他命令他们解除听告解和布道的工作。7月，里斯本耶稣会士的最高长官被逐出宫廷120英里外。同时（1758年5月3日），教皇本尼狄克特十四世去世。他的继任者，克莱门特十三世任命另一个审问团，该团报告说：在蓬巴尔对耶稣会士所提的控告案件中，他们是无罪的。约瑟夫一世是否将会支持其大臣以攻击耶稣会士，令人产生一些怀疑。但是一些事件的戏剧性转变，迫使国王完全倾向于蓬巴尔这边。1758年9月3日晚上，可能是约瑟夫一世正从一次秘密约会中（靠近贝伦，与年轻的塔沃拉侯爵夫人）返回皇宫，快到午夜时分，三个蒙面人从一个导水沟渠的拱桥中出现，而且射击马车，但是没有奏效。御车的车夫驾起马车飞驰，但过了一会儿，另一支伏兵又射来两弹，一次射伤马车夫，另一次射伤了国王的右肩和手臂。根据随后的一次法庭审问报告，第三支伏兵出于塔沃拉族人，他们远远地在通往贝伦的大路上等待这辆马车。但是约瑟夫命令他的车夫驶离大道而驾到皇室的外科医生家里，国王的御医为其包扎伤口。这些凑在一起的事件使整个欧洲起了大骚动，但假使第三支伏兵在其暗杀行动中成功的话，情况将可能大大地改观。
蓬巴尔把巧妙的筹划付诸行动。这次袭击的谣传被官方正式否认，并宣布国王的卧病是由于跌倒。三个月来他的密探们收集各种证据。一个人被找出来，他作证说安东尼奥·弗雷拉于8月3日从他那里借去一支毛瑟枪，而9月8日才归还。另外一人根据报道，说弗雷拉于9月3日向他借去一把手枪而于数天之后归还。这两个证人都说弗雷拉受雇于阿维耶若公爵。在贝伦的一个仆人萨尔瓦多·杜朗作证说，在袭击国王的当天晚上，他在阿维耶若公爵家里执行被分派的室外工作时，偷听到阿维耶若家族的一些族人刚结束一次夜间大行动归来。
蓬巴尔以谨慎和大胆的态度准备他的讼案。他舍弃法律规定的程序，若依据该程序，这些贵族嫌犯将由他们贵族组成的法庭来审判，这种法庭将永不会判他们的罪。相反，此次犯罪行为首次揭露于公众后，国王于12月9日发布两道命令：一道命令任命佩德罗·贡萨尔维·佩雷拉博士为法官，以主持这一“高度叛国行为特别刑庭”（Special Tribunal of High Treason）；另一道是命令他去发掘、逮捕并处决对此次暗杀国王的企图负有罪责的那些人。佩雷拉被授予超越所有循例的法律程序的权力，而且该法庭被授命于宣判罪名之日即为处决犯人之时。在国王颁布的这些敕令之外，蓬巴尔附加一个宣言，贴遍整个里斯本城，陈述9月3日发生的事件，并悬赏任何能提供证据以逮捕暗杀犯的那些人。
12月13日，政府官员们逮捕了阿维耶若公爵、他16岁大的儿子戈维亚侯爵、他的从仆安东尼奥·弗雷拉、塔沃拉老侯爵、塔沃拉小侯爵、塔沃拉老侯爵夫人、这两个家族中的所有仆人及另外5名贵族。当天，所有耶稣会的学院皆被军队包围，马拉格里达神父和另外12位首要的耶稣会士被判下狱。为了加速这些事件的发展，一道国王的命令于12月20日发布，这一命令（违反葡萄牙传统惯例）允许使用酷刑以逼供。在酷刑和胁迫之下，50个犯人被审问。几个人的招供牵连到阿维耶若公爵，他自己在酷刑之下承认其罪；安东尼奥·弗雷拉承认他对马车开火，但发誓说他不知道国王是此次袭击的对象。在酷刑逼迫之下，几个塔沃拉家族的仆人牵累整个塔沃拉家族；小侯爵承认共谋；老侯爵被逼刑至快死的地步，仍坚决否认其罪名。蓬巴尔也亲自审问证人和囚犯。他派人检查信件，宣称在这些信件中，有24封是由阿维耶若公爵、几个塔沃拉家族中人、马拉格里达神父和其他耶稣会士所写，去通知他们的巴西朋友和亲戚们，告以此次阴谋的失败，而且答应重新筹划推翻政府的努力。1759年1月4日，国王任命西奎拉·尤西比欧·塔瓦雷斯博士为这些被告辩护。西奎拉辩称，用这些由酷刑逼出的供词作为证据是无价值的，所有被告的贵族皆能提出不在犯罪现场而在他处的证明。这一辩称被判为无说服力，中途截取的这些信件显为真实无讹，并能确证这些供词。1月12日，法庭宣告被起诉的所有嫌犯有罪。
他们当中的9人于1月13日被处决于贝伦的公共广场。首先处决塔沃拉老侯爵夫人。在绞首台上，刽子手弯身去绑她的双腿，她拒斥他，说：“不要碰我，杀了我。”她被迫去看行刑具——绞轮、铁槌和熟铁块，她的丈夫和儿子们也将死于这些刑具，随后她被斩首了。她的两个儿子随后于绞轮中被杀。阿维耶若公爵和老塔沃拉侯爵跨上绞首轮时，他们的尸体正摆在绞首台上。他们熬受同样的碎尸刑罚，而阿维耶若公爵被允许在极端的痛苦中徘徊，直至最后的处刑——活烧安东尼奥·弗雷拉。所有的尸体都被焚烧，骨灰则抛入塔古斯河。葡萄牙仍在辩论：这些贵族虽然已承认反对蓬巴尔，但是否有意要杀害国王呢？
耶稣会士涉及此次阴谋吗？毋庸置疑，马拉格里达神父在其炽热的怒斥中，曾经预言蓬巴尔的垮台和葡萄牙国王的早亡，而且，他和其他耶稣会士曾经与有官衔的部长举行过多次会议。他曾写给宫廷的一位女士一封信，乞求她提醒约瑟夫一世防备一次迫在眉睫的危险，从这封信我们可知，这暗示他已经知道一个阴谋的形成。在牢狱中，他被问及如何得知这次危险，他在忏悔室中做了回答。根据一位反耶稣会的历史学者所做的言论，除此而外，“没有任何确凿的证据来证明耶稣会士与此次暴行有关”。蓬巴尔指控他们借着布道和传教来煽惑其同僚们产生暗杀国王的决意。他说服国王道：这种情况给君主制度提供了一个巩固自己权力以反抗教会的良机。1月19日，约瑟夫一世发布敕令，扣押所有葡萄牙境内的耶稣会财产，而且将所有耶稣会士，在教皇处理这些控告他们的案件做出裁决之前，禁足于其屋舍或学院中。同时，蓬巴尔利用政府新闻社来印制许多小册子，以陈述这一不利于贵族和耶稣会士的案件，并由他的官员们广泛地发行于国内和国外。这显然是政府第一次利用印刷品来向其他国家解释其所采取的行动。这些印刷品可能在引导法国和西班牙驱逐其耶稣会士的行动中有些许影响。
1759年夏，蓬巴尔从教皇克莱门特十三世处获得允许将被捕的耶稣会士交付“高度叛国行为特别刑庭”裁判。甚至，他建议今后所有被控以叛国罪的教士均应于国家（世俗）的法庭中审判，而不在教会法庭中审判。在一封由约瑟夫一世致教皇的私人函件中，国王宣称其驱逐耶稣会士于葡萄牙国境之外的决心，而且表示希望教皇核准他们行动中所采取的措施是正当的，而且是基于保护君主制度所必要的。克莱门特对国王的这些咨文感到震惊，但他害怕假如他直接反对，蓬巴尔将诱导国王中断葡萄牙教会与教皇之间的关系。他曾经取消亨利八世在英国的行动和措施，而且他知道法国也正在敌对耶稣会。8月11日，他同意在国家法庭审判之前，准许先行审问耶稣会士，但明显地表露其答应耶稣会士受国家法庭的审判，仅限于目前的案件。他私下恳求葡萄牙国王对被告的僧侣们给予慈悲；他提醒约瑟夫一世过去耶稣会教团的成就，并相信所有的葡萄牙耶稣会士将不会因为少数耶稣会士的过错而遭受处罚。
教皇的恳求失败了。1759年9月3日是企图谋杀的周年纪念日，国王发布一道敕书，列述耶稣会士被断定之罪，制成一册冗长书表，并颁令：
这些教士正在腐化中，并脱节于其神圣的组织（规则），又由于这种可憎的、宿恶极深的罪行，显然他们变得无法返归天主教的信奉，必须以国王和王国的背叛者、叛国者、敌人和侵略者而适当并有效地禁止、放逐、被充军……根据命令：无论何种地位和情况的任何人，将不允许他们进入任何他的领地，或以语言、书信和他们保持联系。
那些尚未正式宣誓或请求解除他们初步誓言的耶稣会士，被免于受到国王敕令的约束。所有耶稣会的财产被国家没收；被放逐者，除了私人衣服外，被禁止随身携带任何东西。他们乘车或徒步，从葡萄牙的各个区域被引导上运送他们去往意大利的船只。同样的放逐也在巴西和其他葡萄牙领地进行着。第一批船运的被放逐者于10月24日到达奇维塔韦基亚，甚至在那里的蓬巴尔的代表也被他们的情况感动而怜悯他们。一些人由于年龄大的关系，身体孱弱，一些人濒临饿死的边缘，一些人在中途死掉。洛伦佐·里奇，作为耶稣会会长，安排幸存者进入意大利的耶稣会的房舍中，多明我教派的修道士也给予他们厚待。1760年6月17日，葡萄牙政府与梵蒂冈中断外交关系。
蓬巴尔的胜利似乎是完全的，但他知道他的胜利并不为葡萄牙全国欢迎。由于感到不安全，他扩张权力，成为完全的独裁者，并开始一种专制和恐怖的统治，直到1777年。他的密探向他报告每件被打探出来的、反对他的政策或方法。很快，里斯本的监狱中便充塞了政治犯。许多贵族或教士被控以反抗国王的新阴谋或与旧阴谋牵连的罪名，而遭受逮捕。在里斯本和贝伦中间的胡恩奎拉发城堡（the Junqueira Fort）成为贵族们的特别监牢，许多贵族陷身在那里直到死亡。其他监狱禁闭从殖民地运来的被控以反政府罪名的耶稣会士——有些已历19年之久了。马拉格里达神父在送交审判之前，已经在监狱中禁闭了32个月之久而憔悴苍老了。这个老人靠着写作《圣安妮英雄式的一生，玛丽之母、圣安妮口授马拉格里达神父笔录》（The Heroic Life of St.Anne,the Mother of Mary,Dictated to the Reverend Father Malagrida by St.Anne Herself）一书来慰藉其禁锢。蓬巴尔夺得此书的原稿，而且发现其中有几处可以被指为异端邪说的谬论。马拉格里达神父说道：像玛丽一样，圣安妮被假想未沾上原罪的污点，而且她已经在她母亲的子宫中说话和哭泣。在使自己的兄弟卡瓦略·保罗成为葡萄牙宗教裁判所裁判长之后，蓬巴尔将马拉格里达传唤至法庭面前，并亲自草拟一份起诉书，控告该耶稣会士以贪婪、伪君子、欺诈、亵渎神圣和三番两次以死亡预言威胁国王的罪名。时年72岁、被苦痛折磨成半神经病的马拉格里达对宗教裁判所的裁判们说，他曾经与罗耀拉（St.Ignatius Loyola）和圣·特蕾莎谈过话。一位法官受感动而生怜悯心，希望停止审判，蓬巴尔便将他革职。1761年1月12日，宗教裁判所宣布马拉格里达犯有异教、诽谤、不敬神和假造神的启示欺骗人民的罪名。他被允许再多活8个多月。9月20日，他被引导到普拉加·罗西欧的一个绞首台上被绞杀，其尸体被当场焚烧。路易十五闻及这一处决时评论道：“那好像我在精神病院中焚烧一个说他自己是天父的老疯子一样。”伏尔泰宣称这件事为“与最恐怖的邪恶结合一气的愚行和荒诞”。
法国哲学家们曾于1758年视蓬巴尔为“开明专制者”，现在却不悦他的行为。他们欢迎他推翻耶稣会士，却反对这种独裁者专断独裁的做事方法，反对他小册子中暴戾的语调和野蛮的处罚。他们耶稣会士放逐期间遭受的处置，震惊于古代家族的集体被处决及马拉格里达神父遭受的非人道处置。然而，我们没有他们因反对科因布拉主教诅咒蓬巴尔的审查委员会并允许像伏尔泰的《哲学字典》和卢梭的《社会契约论》激进的作品刊行而受到8年监禁的记载。
蓬巴尔自己不传播异端邪说，而且按时前往教堂做弥撒。他不以摧毁教会为目标，而以教会屈服于国王之下为目标。1770年，克莱门特十四世赞成让政府提名主教人选时，他与梵蒂冈媾和。约瑟夫一世临死之时，因想到毕竟他可以在死后享受教士的完整服务而感到高兴。教皇送给蓬巴尔的兄弟保罗一顶红衣主教的帽子，并送给蓬巴尔本人一枚刻有教皇画像的戒指，一副钻石框成的小画像和四位圣徒的全身塑像。
