两年中，卢梭舒适、安静地定居于莫捷，读书、写作、养病——遭受了坐骨神经痛的侵袭（1764年10月），及很有礼貌地接见了经过泰蕾兹细查过的拜访者。其中一位拜访者感激地描写道：
你没有办法来描述他的社交是何等迷人，他的举止是何等有礼，他的谈吐安详与令人愉快是何等的有深度。你不构想一幅与众不同的图画，说服自己把他想象成怪物，永远严肃而有时是粗暴的吗？啊，这是何等的错误呀！以最温和的措辞来说，他把一闪一闪的火花联结起来，而且看到了眼力看不见的愉快。当你抓住只要他感兴趣的任何题目，那么他的眼睛、他的嘴唇、他的双手——他身上的任何部分——都在说话。把他描写为一位爱发牢骚的人，那么你可能完全错了。他绝不像那种人，他跟大家一起笑，与小孩子们喋喋不休并说笑话，他嘲笑他的管家。
但当地牧师已发现《爱弥儿》和《山间信简》中的异端邪说，而这件事对他们似乎是一件丑闻，以至于认为像这种魔鬼势必因为他的出现而玷污了瑞士。为了安抚他们，卢梭在一项正式的文件中提出自我约束的保证（1765年3月10日）：“决不再发表任何有关宗教的新著作，决不在任何其他新的著作中间接地处理宗教问题……而且，由情感与言行，将继续证明我十分重视我与教会连在一起的幸福。”纳沙泰尔的宗教法庭召他出庭并答辩异端的指控，他请求赦免：“即使我十分愿意，要求我长期出庭是不可能的事。”那是很痛苦的真话。他自己的牧师背叛他，而且在公共的聚会中斥责他是反教会分子。牧师对他的攻击在教区中已如火如荼地展开，某些村民在卢梭散步时向他扔石头。约9月6日至7日深夜，他和泰蕾兹被一阵石头击打在沙墙上的声音及打破窗户玻璃的声音惊醒。一块大石头打破玻璃落在他面前。一位邻居——村中的官员——召来几位守卫保护他，群众散了，但卢梭在莫捷仅有的朋友劝告他离开。
他提出某些避难的场所，“但我已如此热爱瑞士，只要有可能让我留下来，我决不离开”。一年前，他曾访问比尔湖中央的圣皮埃尔小岛，小岛上只有一个房屋——守卫的家庭。那里是酷爱安静者的理想场所。两年前驱他出境的伯尔尼，给他非正式的保证，他可迁到该小岛而免受逮捕的恐惧。
因此，约1765年9月中旬，即居住莫捷26个月后，他和泰蕾兹离开了他们钟爱的家，前往守卫的家共膳宿。那个地方如此与世隔绝，以至于“既无普通人也没有教会的人来干扰它”。“我想我必须住在该岛以与人们隔得更远，也可很快地被人们遗忘。”为了应付他的开销，他授权画家杜·佩鲁出版他所有的著作，“并由他保管论文，但在我死之前不能使用，以使我的内心在余年中安详度过，不做把我再卷入公共场合的任何事情”。基思送给他1200英镑的年金，他同意取其半数，他安排另一半年金给泰蕾兹。他与她定居岛上，对生命不再有所求，现在他已年届53岁了。
13年以后——他生命的最后一年——他写了他的最佳著作之一《一位孤独漫步者的遐想》，以冷静的优雅来描写他在圣皮埃尔岛上的生活。“使人愉快的懒散是首要的享受，我希望真能品尝到其中所有的甜蜜。”我们已处处看到他如何羡慕林尼厄斯。现在他手持瑞典植物学家的书，开始研究与列出他小天地中的植物。或者在好天气时，像在瓦尔登湖的梭罗：
湖水平静时，我将自己投入小舟，划到湖中央，在那里，我把全身伸直躺在舟上，我的眼睛朝向天空，我让自己随着湖水慢慢到处飘荡，有时好几个小时，投入数不清的梦乡。
但甚至在这里，他也不能再长久地停留。1765年10月17日，伯尔尼的参议院命令他于15天内离开该岛与该州。他不知所措，失去镇静。“为了获得官方的默认，为获得曾一度失去、用以安身立命的宁静，为了获得从伯尔尼来的某些人的访问，采取的措施”，使他深信目前他已摆脱迫害与驱逐而获得安全。他请求州参议院给他解释的机会并延缓期限，并对被驱逐出境做绝望的挣扎：
我有一项解决办法，尽管它可能很糟糕，我也会毫无怨言地积极接受，假如诸位先生能发善心同意的话。你们可以把我关在城堡的监牢里，或任何你们觉得恰当的地方，我将在你们指定的地方度过余年。我会自费在那个地方生活。我将保证不让你们负担任何费用。我情愿不带纸或笔，或不与外界通信……只要让我带几，有时可在花园散步的自由，那么我就心满意足了。
伯尔尼的答复是颁下一道命令：限24小时之内离开该岛及伯尔尼所有的领土。
他到哪里去？腓特烈二世邀请他到波茨坦，迪保利邀请他到科西嘉，达朗贝尔邀请他到洛林，出版家雷伊邀请他到阿姆斯特丹，休谟邀请他到英国。10月22日，已是英国驻巴黎使馆秘书的休谟，写信给卢梭：
你的乖舛与前所未闻的不幸，你的品德与才华的奇特独行，必引起同情你的每个人情感的共鸣。但我敢说，在英国你可获得免于迫害的绝对安全，不仅因为我们法律的容忍精神，而且源自那里的人们对你性格的尊敬。
10月29日，卢梭离开了圣皮埃尔岛。他安排泰蕾兹暂居瑞士，他自己搬到斯特拉斯堡。在那里他停留了整整一个月，仍犹豫不决。最后他决定接受休谟的邀请赴英国。法国政府发给他回到巴黎的签证。在巴黎，休谟第一次会晤卢梭，很快发现自己很喜欢卢梭。巴黎所有的人都在谈论这位被放逐者的归来。休谟写着：“很难描述或想象法国对卢梭关切的热烈程度……从来没有人如此受到他们的重视……伏尔泰及其他的人全已黯然失色。”
新的友谊在其诞生时就出现了裂痕，在这里想确定事实，或者无所偏倚地把他们的内容报告出来是很困难的。1766年1月1日，格里姆把下列报告送给他的读者：
卢梭于12月17日进入巴黎，次日他穿着亚美尼亚服装在卢森堡公园散步。没人受到警告，也没人从这种景观中获益。孔蒂王子把他安顿在神庙，该处的亚美尼亚人每天观察他。他每天也在一定的时间在他居所附近散步 ……这里有他停留巴黎期间到处流传的一封信，而那封信已获得最大的成功。
关于这一点，格里姆刊印了声称来自腓特烈二世致卢梭的一封信。这是一封由沃波尔编造的信，为的是开卢梭的玩笑。沃波尔于1766年1月12日在致康韦的信中写道：
我目前由于一篇非常普通的文章出名了，但是该文引起令人难以置信的骚动。一天晚上，我在若弗兰夫人处开卢梭爱好与厌恶的玩笑，而且说某些事情将会使他们转变。回家后我就把这些事写在一封信上，第二天我把它送给爱尔维修和尼韦努瓦。他们对这件事很感兴趣，在他们告诉我用字上的某些错误之后……他们鼓励我把它刊印出来。正如你知道的，我一向很喜欢嘲笑政治或文学上的走方郎中，就让他们大展才华，我并不反对。这封信的复印本就像野火般传开，而我就跟着流行起来……这封信内容如下（这封信是由法文逐字翻译过来的）：
普鲁士国王致卢梭先生：
我敬爱的让—雅克，你已放弃了你的祖国日内瓦，你让你自己被瑞士这个你曾经在你的著作中大加赞扬的国家驱逐，法国已发布命令反对你。那么，来我这里吧，我仰慕你的才华，我被你的梦想愉悦。梦想（但愿如过去所说的）占去你太多的时间。你终究是明智、快乐的。你谈及太多有关怪僻的地方，那样不适合一位真正的伟人。向反对你的人展示有时你也有常识，这会使他们烦扰而不至于去做伤害你的事。我的国家将提供你和平安全的住所；我希望你健康，而且很愿意帮你的忙，只要你提出需要。但假如你继续摒弃我的帮助，请深信我绝不告诉任何人。假如你坚持再绞尽脑汁自寻灾祸，那么也请自便吧。我是国王，可以满足你的任何愿望，当你放弃在被迫害中寻求荣耀时（在被敌人环绕时，你很难做到），我也不再强求你。
你的好友腓特烈
沃波尔从未见过卢梭。他老于世故的智慧与天生的幸运几乎与卢梭的作品相对。他在若弗兰夫人的餐会上听到卢梭的错误与愚蠢，也见到了狄德罗和格里姆。他可能不了解，由于卢梭对神经机能疾病的敏感，已被一连串的论战与忧患逼近精神崩溃的边缘。假如沃波尔了解此点，那么他的“益智玩笑”未免可耻得残酷了。我们必须加一句话，即休谟请求他在英国为卢梭找隐居的地方以实现他对卢梭的承诺时，沃波尔即努力供给避难所需的一切协助。
休谟知道这封信吗？很显然这封信最初捏造之时，他正在若弗兰夫人那里。他被指控为“参与”这封信的撰写。1766年2月16日，他写信给布哈本德诺侯爵：“如果说我开过卢梭的玩笑，像在普鲁士国王的假信中那样，也是我在奥索里爵士的餐桌上写的。”1766年1月3日，休谟在霍尔巴赫子爵的餐会做了惜别访问。休谟盼望使卢梭免于迫害，并使他在英国快乐。霍尔巴赫是一个怀疑论者。“我很抱歉，”他说，“我不想打击你的希望与幻想，但我告诉你，不久你会悲痛地醒悟过来。你不了解你自己，我十分难过地告诉你，在你的怀中你正培养一条毒蛇。”
次晨，休谟与卢梭，让—雅克·吕兹与卢梭的爱犬苏丹，乘着两辆邮车离开了巴黎，朝着加来地区出发。在拒绝了休谟、布弗莱夫人和威德兰夫人（Mme.de Verdelin）为他提供的款项后，卢梭自费支付此行的旅费。1月10日，他们抵达多佛，卢梭拥抱着休谟，并感谢他把他带到自由之邦英国。
