像《爱弥儿》这样一本公开攻击基督教基本原理的书，想要通过检查而在法国出版，确是一件困难的事。检查者是富有容忍与同情心的马勒泽布。在允许出版之前，他促请卢梭删去该书内可能招致教会激烈攻击的几段文字，但卢梭拒绝了。几位非基督徒以假名发表文章而避免个人遭受迫害，但卢梭勇敢地在他的书的封面使用了真名。
哲学家更指斥《爱弥儿》背叛哲学，法国大主教及巴黎与日内瓦等地的长官谴责它叛离基督教。反詹森派教徒（anti-Jansenist）的巴黎大主教于1762年8月准备好了强有力的宗教指令攻击该书。亲詹森教派的巴黎议会正忙着驱逐耶稣会教徒，然而该议会显示出其维护天主教教义的热忱，《爱弥儿》一书的出现正是其给予教会致命打击的良机。与议会斗争的贵族院，倡议逮捕卢梭。风闻这一消息的卢梭的贵族朋友，劝他马上离开法国。6月8日，克雷基夫人写了一封急信给卢梭：“一道逮捕你的命令已经颁下了，这是千真万确的事。看在上帝的分上，赶快走吧！……焚你的书，并未害及你，但是你确不可等着入狱，请与你的邻居商量。”
他的邻居就是卢森堡元帅与夫人。他们恐因卢梭被捕而受牵连，与孔蒂亲王促他早走，并给他钱财与可以跨越法国到瑞士的一辆远程马车。卢梭很勉强地接受。他委托元帅夫人照顾泰蕾兹，于6月9日离开了蒙莫朗西。就在当天，一道逮捕卢梭的命令已经颁下，但该令执行的缓慢是故意的，因为很多政府官员有意让卢梭及时逃出。就在同一天，德弗勒里手执《爱弥儿》一书的抄本，告诉巴黎议会说：
这本著作似仅以将一切回归于自然宗教，及以发展作者为教育其学生所做的计划中的犯罪系统为其主要目标……
卢梭认为所有的宗教都具有相当的好处，就其所在地的气候、政府与人民的性格而论，所有的宗教都具有存在的理由……
因此，他敢于寻衅摧毁《圣经》的真理、先知的预言、《圣经》中描写的奇迹的真实性、天启的绝对可靠性，及教会的权威……他嘲笑与亵渎只有上帝才能创造的基督教……
作者居然大胆将其姓名签于之上，应尽速将其逮捕归案。这一点很重要……我们必须以最严厉的处分，对付作者与那些……曾阅读或推销此书的人，以伸张正义。
议会旋即下令：
刑罚最高执行者应将该书在司法大厦正面楼梯下的广场上撕毁并焚烧，那些拥有该书抄本的人，应把那些抄本送到登记处烧焚；严禁出版商出版、贩卖、推销；所有贩卖者或推销者将依其所犯法条的轻重予以逮捕或判刑……而卢梭应被逮捕送到王宫的巴黎古监狱（Conciergerie）。
6月11日，《爱弥儿》一书依照命令“撕毁并焚烧”，但那天卢梭已抵达瑞士。“抵达伯尔尼的片刻，我吩咐车夫停下来，我走出马车，卧倒地上，吻着土地，而满怀着一种强烈快乐的情绪，大声喊道：‘上苍，品德的保护者，应受赞扬，我已触及自由之土！’”
他的马车继续朝着伊韦尔以东的方向走，该地靠近纳沙泰尔湖南端，属于伯尔尼。在那里，卢梭停留了一个月，与他的老朋友罗甘相聚。卢梭需要在日内瓦找个家吗？但是，6月19日，统治日内瓦的二十五议会（the Council of Twenty-five）谴责《爱弥儿》与《社会契约论》为：
不虔诚，可耻，狂妄，充满了反宗教的亵渎与诽谤。在怀疑的气氛下，作者集合了有意腐蚀、动摇与摧毁基督教主要基础的每件事情……这些以法文（而非以秘密的拉丁文）、以最具有引诱性的体裁，而且以“日内瓦公民”的名义来出版，尤具危险且更可谴责。
该议会下令焚毁上述两，禁止销售，并颁下卢梭一旦踏入共和国的领土即应逮捕的命令。日内瓦的牧师对此并未提出抗议。毫无疑问，他们担心对“萨伏依牧师虔诚的表白”，作者表示了他们的同情时，势必证实了达朗贝尔透露给他们秘密的唯一神教派的情感。雅各布·韦尔纳是卢梭多年的朋友，背叛了卢梭并要求他回避。卢梭回忆说：“假如在一般大众中有任何谣言，那是对我不利的，好管闲事者与腐儒正以鞭笞一位未能背诵教义的学生的方式公开虐待我。”
伏尔泰对他的对手（卢梭）的处境深表同情。他曾读了《爱弥儿》，他对该书的批注，我们今日尚可在日内瓦图书馆所存伏尔泰的抄本中看到。6月15日，在伏尔泰写的有关的一封信中，他说：“这是由一位愚蠢的奶妈用4卷书拼成的杂碎，以40页史无前例地大胆攻击基督教……攻击耶稣基督，正如他说出许多有害的事情以攻击哲学家一般，只不过哲学家较牧师宽容而已。”无论如何，伏尔泰很羡慕“虔诚的表白”。伏尔泰称它们为“好的50页”，但是他接着说：“它们是出于这类的骗子的手笔，实在是一件令人遗憾的事。”他在写给杜德芳夫人的信中说：“我将永远敬爱《萨伏依教区的副牧师》的作者，不管他已经做了什么，及他将来可能做什么。”他听到卢梭已变为无家可归时，他大声喊叫：“让他到这里（费内）来，他一定要来，我将摊开双臂迎接他，他将是我这里的主人，地位比我高，我将款待他一如我儿。”伏尔泰将这项邀请书分送7个不同的地址，卢梭必曾收到其中之一，因为卢梭后来曾表示以未能给伏尔泰回音为憾。1763年伏尔泰重邀卢梭，卢梭拒绝，并指控伏尔泰煽动二十五议会谴责《社会契约论》与《爱弥儿》。伏尔泰否认卢梭的指控，很显然伏尔泰说的是真话。
早在1762年7月，伯尔尼的参议院通知卢梭说，该院已无法容忍他出现在伯尔尼城。他必须于15天内离开，否则将被捕入狱。同时他接到了达朗贝尔善意的短笺，劝他到纳沙泰尔领地定居，因为该地是在普鲁士皇帝腓特烈二世管辖之下，而由基思伯爵统治。达朗贝尔说：“基思伯爵将以《旧约》族长接待有品德而被迫害的人一般来接待您。”卢梭颇为犹豫，因为他曾经严斥德皇是披着哲学家外衣的暴君。然而，1762年7月10日，他接受了罗甘外甥女拉图尔夫人之邀，迁入她在莫捷特拉弗斯（M?tier-Tavers）拥有的一间房子，在纳沙泰尔西南方15英里处，那里正如博斯韦尔描写的：“群山环绕的美妙翠谷。”约7月11日，卢梭以显著的谦虚与自豪向统治者申请，他写道：
普鲁士之王：
我曾好几次说过您的坏话，我将来可能说您更多的坏话；虽然我被驱逐而离开法国、日内瓦、伯尔尼，来到您的国土寻求庇护……陛下，我实在配不上您的恩赐。我对您无所祈求，但是我应向陛下宣称，我是在您的权力控制之下，而我也愿意如此做。陛下可随时处置我。
在“七年战争”进行中的某一天，腓特烈曾写信给基思伯爵说：
我们必须拯救这个可怜的不幸者。他唯一的冒犯，就是具有许多他认为好的奇异见解，我要给他100银币，从这一款项中，烦你给他所需的一切，我想他乐意接受现成的供给，而非现款。假如我们不再进行战争，假如我们不被摧毁，我将为他建造一座有花园的隐居处所，我相信他可以像我们的祖先一般在那里生活……我相信可怜的卢梭已失业。很显然，他生来命中就注定过着著名隐士的生活，一位凄凉的父亲，以严酷和鞭笞出名……我的结论是，你野蛮的道德正如他心境那般的纯洁是不合逻辑的。
被卢梭称为憔悴、年老、心神不定的圣人基思伯爵，送食物、煤、木柴给卢梭，而且建议“为我建造一间小屋”。卢梭认为这种供给来自腓特烈，而拒绝接受，但是“从那时起，我是如此真诚地倾向于他，以至于我已与他的荣耀息息相关，就如直到那时我对他的成就认为是属于不正当那么强烈”。11月1日，战争快要结束时，他写信给腓特烈，提出了和平工作的方案：
陛下：
您是我的保护者与恩人，而我已有感激之心，假如我能够，我愿与你共尽责任。
您要给我面包，难道您的臣民中没有一个缺乏面包吗？
请您把在我眼前闪闪发亮而且会伤害我的剑拿开。
……您国王生涯的气概是伟大的，而您离属于您的时代尚远，但是时间已很急促，没有一刻容您浪费……您能决心不为人间最伟大的豪杰默然而逝吗？
能够容许我眼见公正而令人敬畏的腓特烈二世，最后，使他全国的人民幸福快乐，能使自己作为人民的保护者。那么我，卢梭，国王们的对头，愿在他的王位下欣然而逝。
腓特烈没有公开回答，但是基思到柏林时，国王告诉他说，他已从卢梭那里挨了“一顿骂”。
很显然，为了保有实际的家庭，卢梭要泰蕾兹来与他团聚，至于她是否愿意来，卢梭还是没有把握，因为他已“长期觉察到她的爱情越来越冷淡了”。他把此事归咎于已与她停止性生活，“因为与女人的性生活有害于我的健康”。可能她现在喜爱巴黎甚至瑞士，但是她毕竟来了，于是，他们含泪相聚，最后盼望至少能有几年安定的日子。
