最后，爱弥儿18岁时，我们应对他谈起有关神的事情：
我知道很多读者将会很惊奇地发现，我的学生早年的课程并未对他谈及宗教。15岁时，他还不知道他有灵魂。18岁时，他可能还没有准备研究灵魂……假如我不得不叙述最伤心的愚蠢，我必须描写一位腐儒教授儿童有关教义问答。假如我要迫使儿童发狂，我要求他能够解释他学到的教义问答……假如我们值得享有永生，毫无疑问我们将不可能放纵过一瞬的时间。但假如重复几个字就可以获得永生，我不了解为什么不在天堂安置八哥、喜鹊及儿童。
尽管这项呼吁已激怒了巴黎主教，卢梭仍将其哲学上最尖锐的矛瞄准当时的哲学家。我们看到生动描写伏尔泰或狄德罗之类的记叙：
我请教哲学家……我发现他们都有骄傲、武断与教条的脾性，甚至声称他们所谓的怀疑论知道任何事情。若无法证明任何事情，他们就互相嘲笑。这种嘲笑的特点……是使我感到他们唯一正确的一点。攻击上的自夸者，其实也是防卫上的弱者。衡量一下他们的辩论，全属于毁灭性的。比较一下他们的呼声，每个人都仅为自己说话……假如碰巧发现错误与真理之间有所不同时，他们人人都宁可喜好自己的谎言，而不喜好他人已发现的真理。为了本身的光彩而不欺骗整个世界的哲学家在哪里呢？
卢梭继续谴责不宽容之际，他与拜尔背道而驰，他排斥无神论，认为无神论较宗教狂热更具危险性。他对他的读者提供“信仰的表白”，以此他盼能转变霍尔巴赫、爱尔维修及狄德罗的无神论趋势，回到信仰上帝、自由意志与不朽。他记起了年轻时代认识的两位神父——盖姆和加捷。他把这两位神父安置到萨伏依的幻想中的教区，而且他应用这个乡村教区的宣传工具说出了回归宗教的充分理由（卢梭的观点如此）的感触与立论。
《萨伏依教区的副牧师》就是意大利阿尔卑斯山区小教区牧师的写照。他私下对某些怀疑论者承认：他怀疑《先知篇》预言的神灵，《使徒篇》与圣人的神迹，及《福音书》的真实性。而且一如休谟，他问道：“谁敢出来告诉我，成为一项可信靠的神迹，到底需要多少证人？”他排斥恳求的祈祷，我们的祈祷必须是对上帝荣耀的赞美歌，而且是顺从上帝意志的表词。天主教教条内的许多教条，对于他而言，似乎是属于迷信或神学的。然而他感觉到，只要不提及他的怀疑，而且能对所有的人（无论信徒与非信徒）实践仁慈与善行，及忠诚地从事罗马教会的宗教仪式，他必能对他的人民提供最佳的服务。品德是幸福的必备条件，信仰上帝、自由意志、天堂及地狱也是品德的必备条件。宗教，不管其罪行如何，已使男人与女人，比起他们没有宗教信仰时，更具有品德，至少，也可使残忍与卑鄙降至最低限度。这些宗教传播似是而非的教条，或者以仪式来使我们厌烦时，为了团体的缘故，我们必须使我们的怀疑归于沉寂。
甚至从哲学的观点而论，宗教本质上是正确的。卢梭提到的牧师，一开始就像笛卡儿一样说：“我存在，因而由我受到的印象，我有许多感觉；这就是使我体会的第一真理，而我也被迫接受它。”他迅速处理贝克莱的作品：“我有知觉的原因是在我本身之外的，因此他们影响我，不管我对他们是否有任何理由。他们被产生而摧毁那些独自属于我的部分……因此除了我自己之外，尚存有其他的实体。”第二步回答了休谟并启发了康德：“我发现我有力量来比较我的知觉，因为天赋予我积极性力量来处理经验。”这种心的主体不能解释为物质的一种的形式，思维行为中并没有物质或机械过程中的符号。非物质的心的主体如何加诸行为于物质的实体是超越我们的理解的。但这是马上可以觉察到的一项事实，而且为了某些抽象的推理的原因，我们也不能否定它。哲学家必须学习承认某些事情可能是真的，即使他们不能了解它——而且尤其当它属于全部真理时，一个人最易马上觉察到。
第三步（牧师承认）仅是推理。我没有感觉到神，我觉察出正如在我自发的行为中存在着一种理性作为动作的原因，因此，在宇宙动作后就可能存在一项宇宙的理性。上帝是不可知的，但我感觉他是处处存在的。从我的眼睛的构造到星星的移动，我从许多例子中看到设计。我不仅不该再想着把有机活体中和世界系统中手段与目的的调节归因于偶然几率（虽然这经常以狄德罗的方式被大大增加），也不该将印刷《埃涅阿斯纪》时令人愉快的字母组合归因于意外的运气。
假如在宇宙奥秘后面有智慧之神存在，我们难以相信他会允许正义永远被击败。假如仅是为避免邪恶胜利的微弱信念，我必须深信有一位好的上帝，他保证善良终必胜利。因此，我必须信仰来世和报偿良好德行的天堂。虽然地狱的观念背叛我，但我宁可相信那些邪恶的人在他们内心中会遭受地狱般的痛苦。然而，假如为控制人类邪恶之念所需要的话，我甚至愿接受不好的教条，在那种情况下，我会祈求上帝不要使地狱的痛苦永远存在。因此炼狱的教条，作为处罚几乎是最反抗与无反悔的罪人的场所，比起永远受祝福与永远受惩二者择其一，是更具仁慈的。即使我们承认我们无法证实的天堂的存在，但若剥去人民在悲伤时获得安慰、在失败时撑得住的这个希望，将是何等的残忍啊！不信仰上帝与来世，道德观就会毁灭，生命也就毫无意义了，因为对于无神论者的哲学而言，生命就是由无数苦难到达可怕与永恒死亡的一个机械式的不幸历程。
因此，我们必须全部接受宗教是赐予人类的一项重要恩惠。我们也不必计较已使基督教分裂的各种不同教派，只要使人们的行为有所进步，希望有所维持。假如认为：我们自己以外的那些人，因为有他们自己的教规、神、神圣的雕像，“就该遭天谴”，这是荒谬与不适当的。“假如地球上只有一种宗教，而超出其界限之外，就应该被判为永远的处罚……那种宗教的上帝势必成为不公与残忍的暴君。”因此，爱弥儿将不被授以基督教的任何形式。“但我们将教导他选择的方法，使他能依其理性正确应用而择其适当的。”最好的方法是：继续信仰父母留给的或取自自己社团的宗教。而卢梭本人想象的牧师的忠告是：“回到你自己的家乡，回到你祖先的宗教，内心虔诚地跟随它并永远勿抛弃它，它是最简单、最圣洁的。在宗教内没有比使道德观更纯洁，或者比它的教条更能满足我们的理性更重要的事了。”
1754年，卢梭已期望这种忠告——他曾回到日内瓦并服从该地的教条。然而，他未曾履行在解决法国事务后，他将回来并定居在那里的诺言。10年后，他在所写的《山间信简》（Letters from the Mountain）中，正如我们将看到的，他否定了他祖先最忠诚的信仰。在他最后的10年，我们将看到他劝告别人信仰宗教时，几乎未提及宗教信仰的任何心得或他日常生活的见证。清教徒、天主教徒、加尔文教徒与耶稣会信徒群起联合攻击他。他代人受苦的“信仰的表白”大部分已非基督徒的。他为爱弥儿建议的教育，使基督教的读者因其非宗教而震惊，因为他们怀疑，一位普通的青年不以宗教来教养，而且后来也不选择一种宗教，是否能成为一个道德的公民。除为了社会的方便，除了正式接受加尔文教义外，卢梭还抛弃了原罪与耶稣基督死亡赎罪角色的教条。他拒绝接受《旧约》中的圣道，并认为《新约》“充满了令人无法相信、违背理性的事”。但他爱好《福音书》，认为它是所有书籍中最动人与具有启发性的书：
人们能够马上写出一本如此富丽与如此雄伟的书吗？而其中叙述他的历史仅涉及一个人，这有可能吗？……他的行为是多么优美与纯洁，他的教训中含有多么感人的慈爱！他的话语何其高尚，他的说教何其深刻睿智，他的回答何其公正与清晰！何等人，何等圣哲能够在生活中、遭受痛苦时，甚至在死亡时，而无缺失与不夸张粉饰？假如苏格拉底的生死是一位哲学家的生死，那么耶稣基督的生死就是上帝的生死。
