卢梭在发表《新爱洛漪丝》的前两个月，即1760年12月11日，写信给勒尼普先生（M.Lenieps）说：
我已永远放弃写作的职业。著作中仍存有我们必须抵赎的原罪，放弃写作以后，人们将看不到我的著作了。我知道最快乐的人莫过于除了让知心朋友了解之外，成为默默无闻的人……此后，抄写乐曲将成为我唯一的职业。
1761年6月25日，他又写道：
直到年届40岁，我才算聪明。38岁时我从事写作，但在50岁之前我放弃了写作。我咒诅生命的每一天，那些愚蠢的、骄傲的、迫我写作的日子，及我的幸福、安静、健康等如烟云消逝而无从追回之时。
这是一种姿态吗？未必。诚然他于1762年出版了《社会契约论》与《爱弥儿》。但这些著作都于1761年完成，这些著作就是他所指的“著作中必须抵赎的原罪”。诚然后来他曾写信答复巴黎主教和日内瓦的宗教法庭，及应科西嘉与波兰之请起草这两国的宪法。不过，这些撰著都是应景文章，均由未能预见的事件而引起。至于《忏悔录》、《对话录》与《一个孤独散步者的遐思》都在死后才发表。主要是因为他固守着新的愿望，这也难怪1761年他已有精疲力竭与大限之期将至的感觉，因为在短短5年中，他完成了3部巨著，每一部著作都是思想史上的一件大事。
早在1743年，他还是法国驻威尼斯大使的秘书时，他观察到威尼斯的政府组织与日内瓦和法国有所不同，便已有从事政治制度实质探讨的计划。两篇论文就是从那种构想的热忱中所散发的火花，不过这两篇论文都是仓促成篇，图以夸大引起注目，因而这两篇论文对他思想的发展未能偿其夙愿。就在那时，他研究柏拉图、格劳秀斯、洛克与普芬多夫。他梦想的大著作尚未完成，卢梭并不具有井然的心思、忍耐的意志与平静的气质来写这本著作。他的确需要理智与灵感兼备，隐藏而非宣泄的热情，然而这种自我克制是卢梭做不到的。他宣布退出文坛就是承认失败。但是，1762年他将他的计划最光辉的部分给了整个世界，即在阿姆斯特丹出版的125页厚的《社会契约论》或称《政治权利之原则》。
大家都知道卢梭以大胆的呼声，在《社会契约论》第一章写道：“人生而自由，却处处都在桎梏中。”卢梭以生动的夸张作为他著作的开端，因为他知道逻辑是有力的“煽动引力”。他很正确地判断并提出如此尖锐的阐释，他这句口号成为百年来的标语。在他的论文里，他认为原始的“自然状态”并无法律存在。他指控目前的国家正在摧毁这项自由，同时他为目前的国家设想而提出建议：“寻出一个结社组织，以共同的力量防卫与保护参与结社的每一分子的生命与财产，在那种情况下，每一分子报效团体时，他仍然可以服从自己，而且仍然如同以往享有自由……这就是社会契约论提供的解决的最基本的问题。”
卢梭说社会契约并不是被统治者对统治者的誓言（例如霍布斯在其著作《利维坦》中曾提出这种主张），而是每个人将其判断、权利及力量服从于社团整体的需要与判断的一项协议。每个人以接受团体法律保护时起，即默示他已签订该项契约。主权并不存在于任何统治者——个人的或集体的——而存在于社团的公共意志。而主权虽然可以部分或一时来代表，却永远不会被放弃。
但什么是“公共意志”？它是所有公民的意志或者仅是多数人的意志。它并不是全体意志，因为它可能与许多个人的意志冲突。它也并非永远是在某些特殊时刻内生存者（或投票者）的多数人的意志，它是具有生命与现实的社团的意志，加上其成员的生命与意志。（卢梭像中古的“现实主义者”，是属于集体性或一般理想，一项现实加上那些属于其特殊的成分。公共意志或“公共精神”，应该不仅属于目前正在生存的公民，而且属于那些已死或尚未出生的呼声。因此，其特征赋予其本身为不仅应指目前的意志，而且应指该社团过去的历史与未来的目标。它好像某一古老的家庭以世代相传自我期许，尊崇其祖先并保护其子孙后裔。因此，一位父亲，由于对于尚未出生的孙子负有义务，可统御目前尚存的儿子的欲望，而一位政治家可能自觉不仅必须思考竞选的措辞，而且应顾及许多后代的福利。） 然而，“多数的投票恒常拘束其余”。谁可以投票呢？每位公民。谁是公民？很显然并不是指所有成年男性，卢梭在这一点上显得特别暧昧，但他赞扬达朗贝尔辨别“男人的四项定则……他们居住在我们的城市（日内瓦），其中只有两项包括公众，没有其他法国作家……已了解‘公民’这个字眼的真正含义”。
卢梭说：就理想来说，法律应该是公共意志的表现。人生于世绝多性善，但他具有必须被控制而可能形成社会的天性。《社会契约论》并未将“自然状态”理想化。有一段时间，卢梭说话像洛克或孟德斯鸠，甚至像伏尔泰：
人们从自然状态到公民状态的过程中，产生了许多显著的变化，在他的行为中，法律取代了他的本性，而且赋予他行动上以前欠缺的道德……虽然在这个（公民）状态内，他自己剥夺了曾经由自然界获取的某些利益，但是相对地，他的获得如此重大——他的智能如此受到刺激与发展，他的理想如此扩展，及他整个灵魂如此被提升，以致假如他对新条件的滥用并不常贬低于他残留的那些条件，他必须不断祝福永远使他从公民状态得到快乐的时刻，使他成为一个有理性的有机体与真正的一个人，而非一个愚蠢、无想象力的动物。
因此卢梭（他以前发表的言论并不完全像哲学上的无政府主义）现在完全站在维护法律神圣的一边，只要法律能表达公共意志。假如，像日常发生的，一个人不同意规定于法律之内的公共意志，那么国家有权强迫个人服从该法律，这并非侵犯自由，而是保护自由，甚至对难以驾驭驯服的人也是如此。因为在公民状态中，仅通过法律的途径，个人才有免于侵犯、窃盗、迫害、诽谤及其他数不清的恶意骚扰的自由。因此，强制个人服从法律，事实上是社会“强制个人享有自由”。这种情况在共和国尤其如此，因为“服从我们自己制定的法律就是自由”。
政府是执行机关而公共意志可以暂时由其权力的某些部分代表。国家不仅需要被考虑为政府，而且是政府、公民及公共意志的灵魂。任何国家如由法律而非由独裁君主命令统治就是共和国，在这一含义下，甚至君主政体也可被认作共和国。但是，假如君主政体是绝对的——例如国王制定并执行法律——那么就没有共和国或共和政治的存在，仅有暴君统治奴隶而已。因此，卢梭拒绝应和那些赞扬腓特烈二世或叶卡捷琳娜二世为促进文明与改革而采取的“开明专制”的哲学家。他认为居住在极带或热带气候的人民，可能需要维持生命与秩序的绝对规则。但在温带的人民，贵族政治与民主政治的混合型则较为适宜。世袭的贵族政治是“所有政府形式中最坏的一种”，而“由选举组成的贵族政治”是最好形式的政府，最好的政府是指定期选出具有智慧与道德优越的少数人，来制定法律并领导政府。
由全民直接领导的民主政治，对于卢梭来说，似乎是不可能的：
假如我们将字义做严格的解释，那么根本就没有真正的民主政治，而且将来也不会有。多数人享有统治权，少数人却被统治，这是违背自然秩序的。人民必须一直继续集会，将他们的时间专注在公众的事物上，那是一件不可想象的事。而且，他们绝不可能为这一目的设立委员会，而不改变行政的形式，这一点也是极为明显的。
除此之外，这一形式的政府，很难具备的条件还有许多。首先，一个国家必须小到很容易召集人民开会，而且每个公民能够很容易地认识其他人。其次，方式上的简化，以便防止事务变为复杂与引起棘手的问题。接着，在阶级与财产的平等上采取大规模措施，否则权利与权威的平等就无法长期存在。最后，小气或者简朴，因为奢侈立即腐化了富人与穷人——富人聚敛，穷人贪婪……这就是像孟德斯鸠这样有名气的作家，一再强调品德就是共和国的基本原则的原因，否则所有这些条件就无法存在了……假如有神的子民存在，他们的政府势必属于民主政治，但那样完整的政府不是为人们而设的。
上述这段话引起了曲解。卢梭所指的民主一词的意义很难归入政治或历史范畴。例如，一个政府的所有法律应由全体人民在国民大会中制定。实际上，他喜好的“选举的贵族政治”，即我们所称的代议制民主政治——由大众选出被假定为有优越能力的官员主持政府。但是卢梭排斥代议制的民主政治，其理由是代表极易为自己的利益而非为公共利益立法：“英国人民自认享有自由，但他们都大错特错。他们仅在选举国会议员期间享有自由，一旦议员当选，奴隶制度就控制了人民，人民也停止信赖议员了。”只有行政与司法机关可以以代议制行之，而立法机关不可以。所有法律必须由人民在国民大会中制定，而国民大会必须具有罢免其所选出的官员的权力。因此，理想的国家应该小到足以让所有的公民经常集会，“国家越大，自由越少”。
卢梭是社会主义者吗？他的第二篇论文几乎来自建立私有财产制文明的所有罪恶。甚至这篇论文认为制度一旦根深蒂固、深入社会结构后，除非发生骚动或悲惨的革命，否则无法铲除。《社会契约论》允许私有权，但隶属于社团的控制。社团必须拥有所有的基本权利，它可以为共同利益而扣押私有财产，而且它必须规定允许任何一个家庭可拥有财产的最高额。它可以处分财产的遗赠，但假如它认为财富有流于分裂性的集中的趋势时，它可以以遗产税重做分配以减少社会与经济的不平衡。“这是千真万确的，因为任何事情的力量，永远要摧毁立法永远要维护的平等。”《社会契约论》目的之一即“人们在力量或智慧上可能不平等，但在社会与法律权利上必须一律平等。”对付奢侈者应课以重税。“社会福利国家只有在所有人都有某些东西，而没有任何人掌握太多东西时，对于人类才有利可言。”卢梭从未将其本人投入集体主义的阵营，也从未想到“无产阶级的独裁”；他轻视城市中初期的无产阶级，而且同意伏尔泰的观点，指责这个阶级的人是“流氓”——暴民、卑贱之人。他的理想是一个富足、独立快活而具有品德的中产阶级，构成了他写的《新爱洛漪丝》中主人公华尔莫那样的家庭。普鲁东势必控诉卢梭把中产阶级捧上天的罪过。
宗教在国家中应居于何等地位？卢梭感到某些宗教对道德是不可或缺的，认为“没有一个国家不是靠宗教基础来建立的”：
假如聪明人试图以他们自己的说法而非以通常的说法，对一般群众说话，则不可能使一般群众理解……如果欲使幼稚的国民热衷的政治理论健全原则……那就要倒果为因：原由这些社会制度产生的社会精神，反而回过头来指导社会制度了，而人们在法律产生之前就应该如法律产生之后的那种样态。因此，立法者由于不能诉诸武力或理性，必须诉诸另一种特殊的权威，该权威具有不以暴力却能约束的能力……正因为如此，无论什么时代，国家的建立者都不得不借天行事，并以自己的智慧见解托之于神祇，以使人民服从国家的法律，如同服从自然的法则一样……而愿意服从国家的法律，并温驯地忍受公共福利的约束。
卢梭并不坚持这种宗教上古老的政治观点，但在《社会契约论》中，他把国家工具当作超自然的信仰，而且认为最好的牧师就是“天国警察”之类。但他反对罗马天主教教士担任这项职务，因为他们的教会主张高于国家，而这种分裂的力量，把公民对国家的效忠也分裂了。再者（他呼吁），基督徒假如把自己的神学认真考虑，集中注意力于身后事，而很少在这方面给予评价，到这种程度时，他将是一个可怜的公民。这样的一个基督徒如同一位冷漠的士兵，他可能为其本国作战，但仅在永久的压迫与督阵下始能为之。他不认为进行战争是为国家，因为他仅有一个祖国——教会。基督教文明传播苦役与温驯依赖的福音，因此，其精神对暴君颇为有利，以致暴君均乐与其合作——“真正的基督徒即被视为奴隶”。在这一点上，卢梭同意狄德罗的看法，比吉本更进一步，有时比反天主教的伏尔泰更为激烈。
然而，他觉得某些宗教是需要的，这是指某些由国家制定而对其人民可行使强制力的“国民宗教”。至于教义——
国民宗教的教条必须少、简单，文字力求准确，但用不着注解与评语。一位全能、睿智与仁慈的上帝存在，具有先见与天命。有所谓来生，正人得福、恶人遭殃，社会契约与法律的神圣不可侵犯。这些都是它实质性的内容。
因此，卢梭——至少因为政治的因素——主张信仰基督教的基本教义，而摒弃其过分和平与国际主义的伦理部分，这正与保存基督教伦理而摒除其神学部分的一般哲学程序相反。在他想象的国家中，他容许其他宗教存在，但仅以不违反政府命令为条件。他可以“容忍那些其他教义”的宗教，但“对胆敢说‘在教堂之外根本就不能得救’的宗教，必须从国家中驱逐，除非国家就是教会，因此，君王就是主教”。否认国家宗教的条款是不允许的：
国家虽不能强迫任何人相信这些条款，却有权将他驱逐出境，不是因为他的不虔诚，而因为他是一个反社会的人，不能真正地爱惜法律与正义，及不能在必要时牺牲生命以尽义务。假如任何人公开宣称信奉这些教条，而行为与之违背，假如不信奉这些教条，则不妨处以死刑。
仅次于“人生而自由，却处处都在桎梏中”，上述这段话是《社会契约论》中最著名的名言。严格地说，任何人如不信仰上帝、天堂或地狱就应被处以死刑，如适用于当时的巴黎，巴黎的人口将锐减。卢梭喜作惊奇与绝对之言，这一喜好可能误导他言过其实。然而，他似乎重申了1555年奥格斯堡的决议——凡签字于该决议的君王，在其本国的领土可以放逐不接受该国信仰的任何人。严格说（例如在塞尔维特一案中），该法律给卢梭突如其来的残暴提供了一个先例。古代的雅典曾制定律法，否认公认的神等于犯了一项重罪，在放逐阿那克萨哥拉及毒死苏格拉底的案件中可看出来。罗马帝国迫害基督徒也类似被原谅了。而在卢梭的刑罚学内，1762年对他的逮捕令也可以被列为基督教仁慈的一项证明。
《社会契约论》是一本具有革命性的书吗？可以回答为是，也可以回答为否。在卢梭处处要求建立一个对公共意志负责的政府中，某些时刻的小心总使他冷静，正如他有时写道：“除了在有最重大危险之际，没有人能弥补改变公共定则的危险；除了国家面临危急时，法律的神圣力量不应该被阻挡。”他谴责私有财产为几近无恶不作，但他呼吁一旦人类积习难改的腐化有所需要时，私有财产制还是要维持。他怀疑人类的天性，经过革命之后，是否会重新产生新名词下的古老制度与奴隶。“当过主人的人决不轻易让主人的权威停止……误信解除桎梏即能获得自由，只不过以他们的革命行动获得解放后，而将自己交到煽动者的手中，更加重他们的桎梏而已。”
虽然如此，他的看法在当时是最富有革命性的呼声。虽然他处处低估、不信赖广大群众，然而这里的呼吁是为大众而作的。他了解不平等是不可避免的，但他对不平等做了有力而生动的谴责。他模棱两可地宣布说：一个政府总是违反公共意志，就应该被推翻。伏尔泰、狄德罗及达朗贝尔正谄媚国王或王后时，卢梭正对现存的政府发起攻击，人们一定听到由西欧到东欧的一片抗议之声。哲学家正安于现状仅呼吁零星改革特殊病状之际，卢梭却在攻击整个经济、社会和政治秩序，而且以他那种彻底的个性，指出除革命别无他途可循。同时，他预言革命的来临：“欧洲诸大王朝已不可能再图长久的存续。每个王朝都有其光辉灿烂的一段时期，但经过这段辉煌期后，无可避免地一定会衰败下去。危机已经来了，我们处于革命的边缘。”此外，他预言改革的深远影响：“俄罗斯帝国将图霸欧洲，而她本身也会被征服。鞑靼人——他们的臣民或邻居——以我认为不可避免的革命，将成为俄国或我们的主人。”
《社会契约论》，只要我们彻底体认时，可以说是卢梭最具有革命性的著作；但比起《新爱洛漪丝》，其引起的反响少得太多了。法国已为情感的发泄和罗曼蒂克的爱情做好准备，但她尚未准备推翻君主政体。这是一本自卢梭写完以后一直引起争论的书，读起来并不如读伏尔泰的才情洋溢的作品那么容易。就以它日后风行一时的印象而论，我们很惊奇地察觉此书的声望与影响，是在法国大革命之后才开始的，而非在此之前。即使如此，我们发现达朗贝尔于1762年写信给伏尔泰时说：“我们不应厉声反对卢梭或对他的作品大唱反调，因为他有几分像赫尔斯（Halles）的一位国王。”——他在巴黎中央市场粗鲁的工人心中，有至高无上的地位，而且，通常来说，在一般老百姓当中也如此。这种说法可能夸大其词，但我们可以把1762年划为他哲学的转折期——从攻击基督教变为批评国家。
很少有书像《社会契约论》引起这么多批评。伏尔泰在他的《社会契约论》抄本旁注了不少回答。因此，卢梭因强烈无信仰而导致死亡的方子就是：“教条上所有的逼迫都是可憎的。”学者一再提醒我们，主权存在于人民这项呼吁不知有多古老：帕多瓦的马西利乌斯、奥坎的威廉，甚至天主教的神学家如贝拉米尔内、玛丽安娜及苏亚雷斯都有类似的呼吁。这种论调曾出现在乔治·布坎南、格劳秀斯、弥尔顿、阿尔杰农·西德尼、洛克、普芬道夫的言论中。《社会契约论》几乎如同卢梭的政治与道德哲学一般——一位市民想把日内瓦理想化，但因为距离太远而感觉不出其权力威胁所做的回声与反应。这是日内瓦的斯巴达，是加尔文的《要义》与柏拉图的《法律论》的混合物。
许许多多的批评已指出卢梭《论人类不平等的起源和基础》的个人主义与《社会契约论》的合法主义之间的论点并不一致。远在卢梭出生之前，费尔默在其1642年发表的《族长论》（Patriarcha）中，已提出了人生而自由，仅服从于其族长的权威以及社团的习惯法。卢梭本人，为维护自由而初作呼吁后，已渐渐由维护自由而倾向于维护秩序——个人倾向于服从公共意志。就思想观念而言，在他的著作中，我们可以发现他的性格与思想之间存在着许多矛盾。就气质、疾病及缺乏正式训练而论，卢梭是个人主义的叛徒。就以他对没有一个互助合作的社会能由无党无派的人士组成的缓慢体认而论，他是一位共有主义者（但绝非共产主义者，甚而也绝非集体主义者）。我们必须承认这样的发展模式：一个人的理想就是他的经验与岁月的一种结果。有思想的人，很自然地在年轻时变成一位个人主义者，爱好自由及善于把握理想；而在成熟时采取中庸之道，爱好秩序而尽可能地倾向和解。情感上，卢梭永远童心未泯，憎恶习俗、禁忌、法律。但思考时，他体认出在维持社会秩序必需的限制之内，自由仍然是可以存在的。而他的结论是：在一个社团内，自由并非祭品而是法律的产物——因对集体自加的限制的一般服从，它毋宁扩大，而非缩小。哲学上的无政府主义者与政治上的集权主义者同样能依他们的目的引用卢梭之言，但也同样的不当，因为他承认命令就是自由的第一条法律，而他所指的命令就是公共意志的表现。
卢梭否认其哲学上有任何矛盾之处：“我所有的观念都是前后连贯的，但我无法立即详细叙述。”他承认他写的书“必须重写，但我既无体力也无时间来做”。他有体力时，迫害就夺走他的时间。而迫害停止时，时间是有了，但体力已被耗尽。在后来的几年，他变得怀疑自己的论点：“那些自认完全彻底了解《社会契约论》的人都比我聪明。”在实践方面，他完全忽略了自己提出的原则，他被邀为波兰和科西嘉起草宪法时，他从未试图将《社会契约论》的理论应用于该项宪法。
