1753年11月，第戎学院宣布举办第二次征文比赛。新的问题是“人与人之间的不平等，起源为何？其是否为自然律认可？”“受到这个大问题的冲激，”卢梭说，“使我大为惊讶的是，学院竟然有此胆量提出这样的问题。但是既然它有此勇气……我即刻着手探讨了。”他为自己的论文所取的题目是《论人类不平等的起源和基础》（Discours sur l’origine et Les Fondements de l’ Inégalité Parmi les Hommes）。1754年6月12日，他在尚贝里将这第二篇论文献给“日内瓦共和国”，并加上赞美词，以呈奉“最荣耀的、最伟大的、最有权力的上帝”。在此，他吐露了一些政治学讨论中最著名的意见：
在我的研究中，依循常识是一个政府的宪法准备的最佳规则，而我不禁大为讶异，发现所有这些均已在你的政府中实现。甚至，即使我不在你的城内出生，我仍旧认为将这幅人类社会的蓝图呈献给大家是必需的；因为在这里，所有人民，不论年龄大小，似乎都拥有最大的利益，而对因此产生的弊端，也有其最佳的防止办法。
他昔日用以赞美日内瓦的词句，似乎十分适合今天的瑞士：
由于幸运地缺少权力，这个国家将它的注意力，自残酷地耽于征服转移开了。而且由于更为幸运的情势，它得以不至于害怕自身为其他国家征服：这个自由城市，位于数个无意攻打它的国家之中，而这几个国家的存在，对防止它受别国的攻击，有其作用。
这位未来法国大革命的偶像人物，认为日内瓦的某些措施对民主政治造成了独特的限制，因为这里只有占总人口8%的居民拥有选举权。但是：
为求防止自私自利和恶意设想的计划——所有诸如此类的危险性改革，使雅典最后归于毁灭——任何人都不能随心所欲地自由提出新的法律。这权力应该完全属于兼理行政司法的长官（magistrates）……法律伟大的古老传统，是它令人崇敬和感到神圣的最主要原因；人们若看到法律朝令夕改，那么很快就学会轻视它们了。而一个国家若以改革为借口，使自身习惯于忽视古老习俗，那么时常会引进较其希望予以祛除更为严重的弊端。
这是不是他重新成为日内瓦公民的答辩呢？
所求目标既然达成，卢梭将他的论文提交第戎学院。他并未获奖，但在出版这一部论文（1755年6月）后，对自己再度成为巴黎沙龙里的热门话题，他还是感到满意的。他留下的自相矛盾的陈述，都成为激烈辩论的焦点。他不否认“自然的”或“生物学上的”不平等。他承认某些人在体格上或在性格上、心灵上，生来就比别人更为强壮或更为健康。但是，他认为所有其他的不平等——经济的、政治的、社会的和道德的——都是不自然的。这些都是在人类离开“自然状态”，建立私有财产和设立国家，以保护财产和特权时造成的。“人性本善”，人之所以变坏，主要是经由限制或败坏人的趋向自然行为的社会制度。卢梭描绘出一幅理想的原始生活的情境：生活其中的大多数人，都有强壮的手臂、快捷的双腿和清晰的视力， 而其所过的，是行动的生活。思想在这里永远是工具，是行动的偶发结果，而不是使行动衰弱的代替品。他用这种自然的健康，与财富及使人懒散的职业在文明中造成的疾病相对照，以为讨论：
我们罹患的疾病，大部分是我们自己造成的；如果我们依循自然赋予的简朴、一致而独居的生活态度，那么我们几乎可以避免罹患所有这些疾病。假使自然注定使人健全，那么我有意声称，被指责的情状应该是与自然相反的那些，而有思想的人就是堕落的动物了（l’ homme qui médite est un animal dépravé）。一旦我们思及野蛮人良好的结构——至少要思及没有被我们的麻醉毒液所毁灭的那些人，而且考虑到他们几乎不受任何疾病，除了受伤和年老之外的困扰，那么我们亟欲相信，依循文明社会的历史，却可知晓人类疾病矣。
卢梭承认，理想的“自然情态……可能从未存在，而将来也可能不会存在”。但是，他不以此作为历史事实，而是作为比较的标准提出。这就是他何以有惊人提议的含义：“让我们抛开事实来讨论，因为它们对问题的解决没有作用。我们将研究的……必定不被当作历史真理来处理，而是仅仅被视为条件及假设的推论。”无论如何，我们可以体察现代状态的条件和行为，尚未形成其社会组织结构之前，人类生活的一些观念，因为“今日情状仍然停留在自然状态”——每个个体的主权已被知晓，实际上除了狡诈和力量之外，照旧是没有律法的。我们可以设想，先于社会之人，同样置身于个体主权的、不安全的、集体混乱的及继续暴行的环境里。卢梭的理想不是这样的一种先于社会的想象存在（因为社会可能与人同样古老），而是发展过程的晚近阶段，而人生活其中及所处的是尚未进化到建立私有财产、以父权为主的家庭及部落的团体。“所有社会最古老的，而且唯一属于自然的，是家庭。”这才是人类享有最大幸福的时代。它有其缺陷、痛苦和处罚，但是它没有父权和家庭规范之外的法律，“它全部是人所能体验的最佳情状，因此，仅能经由某些致命的偶发事件，方能予以扫弃”。如此事件，即为私有财产的建立，而经济的、政治的和社会的不平等，及现代生活的大部分罪恶，得以产生：
第一个人既经占有一小块土地，心中自忖，然后声称“这是我的”，并发现人们是如此轻易地相信他所说。那么，这就是文明社会的创始人了。如果任何一人能拔掉界桩、填平界沟，然后向众人疾呼：“听这位伪君子讲话的时候要小心呀！千万别忘记地上果实是属于我们大家的，土地本身不属于任何个体，否则你就会遭到毁灭的厄运了。”如此，始可望将人类从如许的罪恶、战争和谋杀，及不计其数的可怕不幸的事物中，解救出来。
从那最初被容许霸占开始，文明的不幸遂接踵而至：阶级区分、奴隶制度、奴役、嫉妒、抢劫、战争、法律不公、政治腐败、商业欺诈、发明、科学、文学、艺术和“进步”——总之，无非堕落而已。为求保护私有财产，力量被人类组织化了，成为国家。为使政府易于推动，于是法律发展了，以便以最少的力量和代价，使弱者习惯于服从强者。这样造成的结果是“少数特权阶级饱食终日、山珍海味，而饥饿大众却无法维持最低生活”。不仅如此，除掉这些不公之外，尚有由此衍化而成的大堆邪恶事物：“可耻的方法有时被使用于阻止人的出生。”堕胎、杀婴、割除卵巢、性变态，“遗弃或谋杀为数众多的婴孩，因为他们不幸成为双亲贫苦的牺牲者了”。所有这些大不幸，无一不使道德败坏。它们为动物界所不知，它们在人类的身体上制造“文明”这个恶瘤。一旦同这种形态复杂的腐败和邪恶相比较，野蛮人的生活倒是健康的、神圣的，及合乎人性的了。
那么，我们是不是应该返回野蛮呢？“社会必须要全然地予以废弃吗？你我之分，一定要取消吗？而我们一定要返回森林中与熊为伍吗？”这些对于我们来说，已不再可能。文明的毒素已深入我们的血液中，所以仅用逃回森林的方式是无法将之祛除的。结束私有财产、法律和政府，将会使人民陷入比文明更坏的混乱。“一旦人类离开天真无邪和平等的阶段，他们将永远不能返回了。”革命可能有其正当的理由，因为强力是能推翻强力所建立、所持有的。但是时至今日，革命已不适合了。我们所能做的最好的办法是重新研究福音，并以施行基督教伦理的方式，尝试于清除我们邪恶的冲动。我们能养成对同类的自然同情心，以之作为道德和社会秩序的基础。我们能下决心去过一种较不复杂的生活，而对仅有必需品的生活感到满足，而且轻视奢侈、规避对“进步”的追逐和狂热。我们能接二连三地脱掉人为的假道学和文明的败坏，而将自身改造成一位老实的、自然的和真诚的人。我们能远离城市的嘈杂和喧闹，及其所有的仇恨、放纵和罪行。我们能生活在乡下，过着一种简朴的、有家庭责任的和满足的生活。我们能放弃哲学的死胡同和矫饰，并皈依一种宗教信仰，而使我们在面对苦难和死亡之际，得以支持自身于不坠。
今天，因为相似的论调我们听了已不止几百次，所以感到在这样的正当愤懑里，还含有一种矫饰意味。我们不禁怀疑：卢梭描述的罪恶，起于腐败制度的成分多呢，或起于人性的成分多？但是，制度毕竟为人性建造。他在写作第二篇论文之际，正是所谓“友善而流行的野蛮”理想化到达巅峰状态的时刻。1640年，哈蒙德（Walter Hamond）出版了一本小册子，“以证明马达加斯加的居民是世界上最幸福不过的”。耶稣会教士关于休伦族和易洛魁印第安人的记载，似乎产生了笛福所著《鲁滨孙漂流记》一那位和蔼可亲的星期五（Friday）先生的形象。一般说来，伏尔泰对高贵野蛮人的传说，无不加以讥嘲，但他愉快地将它们应用在自己的作品中。狄德罗自娱地将它们用于《博甘维尔航海补遗》（Supplément au Voyage de Bougainville）。但是爱尔维修讥嘲卢梭的理想化野人，而杜克罗斯虽为卢梭的忠实友人，仍然争辩：“在野蛮人中，罪行才是最常发生的。而一个国家的雏形，并非是它天真无邪的时代。”总之，当时学界风气还是比较偏爱卢梭的观点。
广受责备的卢梭，只有将这篇论文当作与第一篇论文一样是无的放矢，方能使自己对得起良心。杜德芳夫人（Mme.du Deffand）公开指责他是一位冒充内行的人。怀疑派讥笑他对基督教正统的信仰及有关《创世记》的字面解释。理性派哲学家开始不相信他了，因为他被疑为存心破坏，致力于赢取政府，以便从事社会改革的理想计划。理性派哲学家承认有剥削人的事实，但是他们看不出，以暴民取代政府的地位，究竟有何建设性。政府本身对卢梭的非难，没有任何不满的表示。宫廷人士可能将他的论文当作练习朗诵之用了。卢梭对自己文章的流畅，颇为自豪。他送了一份论文的抄本给伏尔泰，而焦急地等待后者赞美之辞的到来。伏尔泰的回信堪称法国文学机智和体裁的瑰宝之一：
先生，我已接到你那篇与人类对抗的新作。多谢你了。你会使大家高兴的，尤其你在说真心话时涉及的那些人。但是你不可能令他们幡然悔改的。你以十分逼真的色彩，描绘出人类社会的惨状……从来没有人使用这样深刻的智慧来说服人，而使他相信自己是一只野兽。读完你的作品，使人真想用四只脚走路。但是，自从失去这样子的习惯已达60年之久，我不幸地感到自己无法再恢复了。
文学和科学有时是大多数罪行的原因，我的意见跟你相同……（但是），想想，不是西塞罗，也不是瓦罗、卢克莱修、维吉尔和贺拉斯等人，造成马略、苏拉、安东尼、列庇都斯、屋大维等人遂行的杀戮……看看，并非彼特拉克、薄伽丘引起意大利内部的纷乱！亦非马罗的嘲弄引起圣巴托罗缪大屠杀的发生，而高乃依的《熙德》也没有制造投石党运动。大罪大恶是那些为人歌颂，然而本身却一无所知的人犯下的。使这世界成为泪水之谷，过去是由人类顽强的骄傲及贪得无厌而促成的，将来也会如此。文学滋养、改正和安慰了灵魂。它使你荣耀，即使在你为文反对它的同时……
沙皮伊先生通知我，说你的健康坏透了。你应该到我这里，在你的故乡的空气里，使自己康复，跟我一起享受自由，共饮我们的牛所挤的奶水，而且可在我们的草地上从容一游。在很哲学的及最温柔的估计下，我是一位你很谦虚的、很顺从的仆人。
卢梭的回信，同样的客气，并答应返回瑞士时到莱斯代利斯做一次拜访。但是，他对日内瓦有关这一部论文的反应大为失望，尤其在他以讨好的赞美之词，奉献给这城市之后。统治这个共和国的小寡头政团，明显地感到这部论文有如芒刺在背，而为之坐立不安。对卢梭全盘地非难财产、政府和法律，他们感到不太高兴。“我看不出有哪一位日内瓦人，会对在这篇作品中可以发现的衷心热忱，感到欢欣。”所以，他判定这不是返回日内瓦的最佳时刻。
