1750年12月，卢梭患了很严重的膀胱炎，这使他卧床6星期之久。这次不幸，使他的退隐的意愿更为加强了。他有钱的朋友叫私人医生来诊断，但是以当时的医疗水平，医生对他的病情是无能为力的。“越听从他们的指示，我越感到虚弱、消瘦。依我的想象……我面临坟墓边侧，除了由尿沙、尿石和尿潴留造成的持续性痛苦之外，别无其他。任何对于别人而言减轻病情的法子——灌水药、洗浴和放血——只是增加我的痛苦而已。”
1751年初，泰蕾兹为卢梭生下第三个小孩，而这个跟从前几个一样，仍然被送到弃儿收容所。他后来对这件事有所说辞：因为他太穷了，无法抚养，若由勒瓦瑟尔家抚养，可能会毁了他们全家，而且如此去做，可能会大大妨碍他在作曲和写作方面的工作。他的病使他放弃杜潘属下的收税员职位和收入，因此他的生活主要是依赖抄写乐谱，以每页10苏计算来维持的。可能是狄德罗忽略了，或者是出版商的吝啬，他那部论文的版权，并没有给他带来任何收入。这可以证明他在音乐方面的收入比哲学方面的收入更多。
1752年10月18日，由杜克罗斯力荐，卢梭的歌剧《乡村法师》（Le Devin du Village）在枫丹白露的宫廷上演，国王和大臣们都在场。这次演出是成功的，所以一个礼拜后，重演一次。在巴黎公演（1753年3月1日）时，此剧赢得广泛的好评，而这位形同退休的作家，再度发现自己闻名遐迩了。卢梭用音乐和文字所写的插戏（intermède），几乎是“对话”的伴奏（obbligato）：剧中的牧羊女柯尔蒂由于情人科林与城里的少女们调情说爱而悲伤，后来接受了乡村牧师的指导，也以自身的调情卖弄赢回科林的欢心。科林带着一颗忌妒之心归来，然后他们齐唱芭蕾舞曲，赞美乡村生活，反对城市。卢梭参加了这次初演，几乎与城市社会融洽如初了：
在国王御前，没有鼓掌声。所以任何事情都可以听到，这对作者本人和歌剧都有益处。我听到几位妇女低声地在谈论我，而这些女人无一不是美如天仙的。她们以很低的语调，交头接耳：“这多么迷人，多么勾魂；几乎没有一丝声响不打入人的心坎深处。”以如许情绪上的快感，给予如此之多的人，使我感动得快要流泪了。而在第一幕第二部合唱时，我按捺不住了，因为当时我观察在场诸人，不只是我自己在流泪。
那天黄昏，达克·德奥蒙（Duc d’ Aumont）捎信儿，叫他第二天早上11点到王宫晋见国王。这位信使的附言是，国王打算给他年金。但卢梭的膀胱宿疾发作，使他无法如愿：
谁能相信，如此光彩的日子对于我来说，竟会是一个痛苦的、困扰的夜晚？首先映入我脑海中的是，晋见以后，我当即打算随时退休。这使我在戏院里受到非常大的折磨，而这可能在第二天使我更为苦恼，如果我必须在套房里，或在国王的套房中，面对所有达官贵人，等待陛下离去的话。我孱弱的身体是阻止我参加社交活动及与美人交谈的主要原因……只有那几位熟悉我处境的人，方能判断我接受如此建议造成的危险和恐怖。
所以，他的回复是：不能赴约。两天后，狄德罗责备他何以放弃这么好的机会，尤其这个机会能改善他和泰蕾兹的处境，而使之更能适合他自身的发展。“他以较为热情的态度谈论年金这个话题，其关心的程度比一位哲学家所能企求于他的更大……虽然照道理讲，我应该感谢他的关心，但是我对他抱持的原则不感兴趣。这样，我们之间，第一次产生激烈的争执了。”卢梭不是没有从《乡村法师》一剧中获得任何益处。蓬巴杜夫人非常喜爱这出戏，所以在宫廷里的第二次演出，她竟然扮演柯尔蒂的角色；她赠予卢梭50路易，而路易给他100路易。国王本人“以法国最差劲的声音”，接着高唱柯尔蒂的悲伤独唱曲“我迷失了自己”——这是格鲁克（Gluck）的警句。
同时，卢梭为《百科全书》准备了一篇有关音乐的论文：“这些是我在狄德罗给我的3个月时间里仓促写就的，结果是一塌糊涂。”提莫在一本题为《百科全有关音乐方面的错误》（Erreurs sur la Musique dans l’ Encyclopédie，1755年）的小册子中严厉地批评这篇论文。卢梭把所提到的项目予以修正了，以之作为《音乐辞典》（Dictionnaire de la Musique，1767年）的精华部分。除了提莫之外，当时一般人无不将他视为“最上流的音乐家”；现在我们倒应该把他归类为后进派的优秀作曲家之一了，但毫无疑问，他是当时的音乐作曲家中最有趣的一位。
1752年，一群意大利歌剧的歌手侵入巴黎时，有关法国和意大利的乐风在精神上孰优孰劣的争执，更为白热化了。卢梭因写了《关于法国音乐的信》（Lettre sur la Musique Fran?aise，1753年），而卷入了争端。格里姆说：“他在信中证明用法国文字写作乐曲是不可能的，法国语言全部是不适合音乐的。法国从未有音乐，将来也不会有。”卢梭所说的音乐指歌曲而言。他在《一个孤独漫步者的遐想》一写道：“我们唱了一些古老的歌，而这些比起现在的嘈杂之声，要好得多了。”哪一个时代没有倾听这样朴素的音乐呢？在《音乐辞典》中，有一篇题为《歌剧》的文章，隐约预示了瓦格纳（Wagner）的风格，并将“歌剧”界定为“一种戏剧性的、抒情诗似的景象，以之寻求联合所有唯美艺术的魅力，而成为一项热情行动的代表……一出歌剧的组成是诗、是音乐、是装饰：诗针对心灵，音乐针对耳朵，而绘画则针对视觉……希腊戏剧庶可称之为歌剧矣！”
1752年，莫里斯——图尔的“昆廷”（Quentin de la Tour）——以颜料为卢梭画像。他将卢梭的微笑、英俊和清爽，一一予以表现，引致狄德罗责备这一幅画与真实违背。马蒙泰尔描绘的卢梭，一如在霍尔巴赫的晚餐聚会那几年所见：“他赢得首奖……在第戎……一位胆怯、有礼的人……有时……太逢迎人，几近屈辱。从他害怕的保留中，讨厌别人的情绪隐约可见。他低垂的双眼，以充满阴沉的、怀疑的眼光，注视所有的事物。他很少加入别人的谈话，也不太愿意坦诚地与我们相处。”
由于这样强烈地指责科学和哲学，卢梭在控制沙龙的理性派哲学家的圈子里，时常感到格格不入。他的论文使他不得不采取维护宗教的立场。埃皮奈夫人描述在奎诺夫人（Mme.Quinault）所办的晚宴中，女主人发现话题太过离谱之后，如何要求宾客们“至少尊重自然宗教”。达朗贝尔——此人为日后伏尔泰追求夏特莱夫人（Mme.du Ch?telet）的对手，不久又是卢梭追求乌德托夫人的情敌——反唇相讥：“不可比尊重其他更多。”埃皮奈夫人继续如下的记述：
对这样的回答，卢梭发火了，口中嘀咕着一些使人讥笑他的话，他说：“如果，允许任何人在背后谈论不在场朋友的闲话，这是懦弱的，那么允许任何人谈论在场上帝的闲话，就是罪恶的了。而且，我信仰上帝，先生。”……我转向达朗贝尔说：“先生，你是一位诗人，你将会同意我，一种永生的生命——万能而最有智慧——的存在，是最美丽的热情的源泉。”他回答说：“我承认，看到这神的脸庞面向世界，关怀芸芸众生是美丽的……然而这种想法是愚行的源泉。”卢梭插嘴了：“先生，如果你再多说一句，我要拂袖而去了。”事实上，他已离开自己的座位，而且真的打算一走了之，幸亏亲王此时到来。
这样，大家才把争执的话题置之度外。如果埃皮奈夫人的《回忆录》所记的值得相信，那么卢梭曾对她表示过，这些无神论者，照道理讲，是应该打入十八层地狱的。
在为他创作的喜剧《水仙花》所写的序言中，卢梭再度向文明挑战。本剧在1752年12月18日由多米迪·弗朗西斯扮演。卢梭写道：“讲求享受的嗜好，是一个人腐化的开始，而不久，腐化益剧。如许嗜好在一个国家中之所以产生，其可恶的源泉有二……懒惰和出风头的欲望。”无论如何，直到1754年，他仍然继续参加霍尔巴赫的自由思想家的“集会”（synagogue）。在那里，一天，马蒙泰尔、格里姆、达朗贝尔和其他人，围着听珀蒂神父朗诵自己所写的悲剧。他们发现他写得很差劲，却还故意地大大夸奖一番。这位神父因为酒喝得太多了，所以看不出他们是在取笑，反而洋洋自得，不可一世。卢梭对这些朋友的不厚道大为反感，便毫不留情地向这位神父大声斥责：“你的作品一文不值……这几位绅士无非在笑话你。你最好离开这里，滚回老家，去当乡村教士算了。”霍尔巴赫对卢梭的粗鲁行为大表不满；而卢梭在愤恨之余，索性离去。有一年之久，他不再出席这样的聚会。
同伴们摧毁掉他的天主教信仰，但是影响不了他对基督教根本教义的信仰。天主教在他心中的地位下降时，孩童时代的新教浮升到表面，取而代之了。他把年轻时代的日内瓦理想化了，而自以为住在那边，将会比住在使他灵魂厌烦的巴黎更为舒适。如果他返回日内瓦，将会重新获得公民的头衔，及其所包括的权利。1754年6月，他搭乘驿马车抵达尚贝里，发现华伦夫人又贫苦又不快乐，所以倾囊相助，然后径赴日内瓦。他被视作一位回头浪子，受到大家的欢迎。他似乎签署了一项支持加尔文教派的宣言。日内瓦教士对这样一位百科全书派的学者能矫正其宗教信仰，不禁雀跃三丈。他再度恢复公民的身份。此后，他就可以骄傲地用“公民卢梭”（Jean-Jacques Rousseau，Citoyen）为其签名头衔了：
由市政府和宗教议会、市长、市府官员、市民的善待和隆重的礼仪，加在我身上的仁慈，给予我的印象，甚为深刻……除了放下家务，为勒瓦瑟尔先生及其夫人寻找住处，或为他们准备生活费用之外，我根本不想重返巴黎，而在办完事后，我跟泰蕾兹回到日内瓦，打算在此度过我的余生。
他现在已比少年时代更能淋漓尽致地欣赏湖光山色之美了：“对湖的远方尽头，我保留活生生的记忆，几年之后，在《新爱洛漪丝》一书里，我写了有关的描述。”他在这本小说中，把瑞士农夫的住处写成有如田园诗似的农舍：他们有自己的农场，而没有人口税，也没有劳役，冬日无一不忙于处理自己的家务杂事，自足地与世隔绝，几乎不涉及人间的嘈杂和争端。他在《社会契约论》（Du Contrat Social）一描写他的政治理想时，心中所思所想的都是以瑞士小城邦为其蓝本。
1754年10月，他到巴黎去了，行前答应尽快回来。伏尔泰在卢梭离开两个月之后，到达日内瓦，并在代利斯定居。在巴黎，卢梭和狄德罗、格里姆的友谊恢复了，但是不如从前那样真诚。当他获知霍尔巴赫夫人去世，就写了一封亲切的哀悼信函，寄给霍尔巴赫。两人于是重归于好，而卢梭再度与这位不信教人士同席共餐了。约有3年以上的时光，他在各个方面都表现得像一位理性派哲学家；而他新近改信的加尔文教义，在他心中所占的地位，又变得微不足道了。他现在集中心力于出版第二篇论文。这一篇比上一篇更能震动世界。
